Doublet Group distance statistics: 50816

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O2	A	0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.021
O4	A	0, 0.012, 0.059, 0.105, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.059 std_dev=0.047
O5'	A	0, 0.082, 0.314, 0.547, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.314 std_dev=0.233
O4'	A	0, 0.042, 0.291, 0.539, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.291 std_dev=0.248
C5	B	0, 0.095, 0.347, 0.599, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.347 std_dev=0.252
C6	B	0, 0.107, 0.367, 0.626, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.367 std_dev=0.259
N7	B	0, 0.087, 0.355, 0.622, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.355 std_dev=0.267
N1	B	0, 0.107, 0.380, 0.652, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.380 std_dev=0.272
C4'	A	0, 0.054, 0.333, 0.613, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.333 std_dev=0.279
C8	B	0, 0.065, 0.345, 0.625, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.345 std_dev=0.280
C4	B	0, 0.125, 0.429, 0.733, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.429 std_dev=0.304
C2'	A	0, 0.085, 0.400, 0.715, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.400 std_dev=0.315
C3'	A	0, 0.062, 0.382, 0.701, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.382 std_dev=0.319
O6	B	0, 0.119, 0.438, 0.758, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.438 std_dev=0.319
N9	B	0, 0.139, 0.482, 0.824, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.482 std_dev=0.343
C5'	A	0, 0.123, 0.472, 0.820, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.472 std_dev=0.349
C2	B	0, 0.111, 0.461, 0.810, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.461 std_dev=0.349
P	A	0, 0.147, 0.504, 0.860, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.504 std_dev=0.356
N3	B	0, 0.127, 0.521, 0.915, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.521 std_dev=0.394
OP2	A	0, 0.163, 0.561, 0.958, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.561 std_dev=0.398
C3'	B	0, 0.168, 0.597, 1.026, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.597 std_dev=0.429
N2	B	0, 0.089, 0.520, 0.952, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.520 std_dev=0.431
P	B	0, 0.179, 0.629, 1.078, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.629 std_dev=0.449
OP1	A	0, 0.184, 0.646, 1.108, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.646 std_dev=0.462
OP2	B	0, 0.181, 0.645, 1.108, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.645 std_dev=0.464
O3'	A	0, -0.019, 0.528, 1.076, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.528 std_dev=0.548
O3'	B	0, 0.219, 0.798, 1.377, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.798 std_dev=0.579
O5'	B	0, 0.199, 0.794, 1.389, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.794 std_dev=0.595
C1'	B	0, 0.144, 0.742, 1.339, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.742 std_dev=0.598
C4'	B	0, 0.184, 0.803, 1.422, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.803 std_dev=0.619
O2'	A	0, 0.129, 0.768, 1.406, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.768 std_dev=0.639
OP1	B	0, 0.199, 0.934, 1.670, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.934 std_dev=0.736
O4'	B	0, 0.091, 0.879, 1.666, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.879 std_dev=0.787
C2'	B	0, 0.161, 0.971, 1.782, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.971 std_dev=0.811
C5'	B	0, 0.150, 1.042, 1.934, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.042 std_dev=0.892
O2'	B	0, -0.018, 1.799, 3.617, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.799 std_dev=1.818

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.24	0.01	0.00	0.02	0.14	0.01	0.03
C2	0.02	0.00	0.13	0.06	0.01	0.03	0.01	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.21	0.01	0.10	0.02	0.04	0.14	0.07
C2'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.05	0.01	0.17	0.19	0.21	0.03	0.07	0.25	0.00	0.02	0.03	0.03	0.38	0.50	0.46	0.45
C3'	0.02	0.06	0.00	0.00	0.10	0.00	0.10	0.01	0.08	0.05	0.08	0.05	0.01	0.01	0.12	0.02	0.12	0.36	0.14	0.22
C4	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.02	0.00	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.27	0.12	0.00	0.01	0.06	0.10	0.26	0.19
C4'	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.03	0.06	0.18	0.02	0.02	0.01	0.01	0.15	0.02	0.06
C5	0.01	0.01	0.17	0.10	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00	0.43	0.09	0.01	0.08	0.09	0.15	0.28	0.22
C5'	0.06	0.13	0.19	0.01	0.13	0.00	0.09	0.00	0.06	0.09	0.14	0.14	0.03	0.13	0.15	0.02	0.01	0.04	0.06	0.01
C6	0.02	0.00	0.21	0.08	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.43	0.11	0.01	0.12	0.08	0.09	0.21	0.17
N1	0.00	0.00	0.03	0.05	0.01	0.01	0.01	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.18	0.01	0.00	0.03	0.02	0.12	0.08
N3	0.01	0.00	0.07	0.08	0.00	0.03	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.17	0.01	0.07	0.04	0.03	0.20	0.13
O2	0.03	0.00	0.25	0.05	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.34	0.26	0.01	0.17	0.01	0.11	0.09	0.02
O2'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.27	0.18	0.43	0.03	0.43	0.15	0.07	0.34	0.00	0.11	0.26	0.08	0.36	0.53	0.67	0.52
O3'	0.24	0.21	0.02	0.01	0.12	0.02	0.09	0.13	0.11	0.18	0.17	0.26	0.11	0.00	0.10	0.18	0.04	0.22	0.08	0.12
O4	0.01	0.01	0.03	0.12	0.00	0.02	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.26	0.10	0.00	0.02	0.07	0.13	0.30	0.20
O4'	0.00	0.10	0.03	0.02	0.01	0.01	0.08	0.02	0.12	0.00	0.07	0.17	0.08	0.18	0.02	0.00	0.19	0.08	0.24	0.19
O5'	0.02	0.02	0.38	0.12	0.06	0.01	0.09	0.01	0.08	0.03	0.04	0.01	0.36	0.04	0.07	0.19	0.00	0.01	0.03	0.00
OP1	0.14	0.04	0.50	0.36	0.10	0.15	0.15	0.04	0.09	0.02	0.03	0.11	0.53	0.22	0.13	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.01	0.14	0.46	0.14	0.26	0.02	0.28	0.06	0.21	0.12	0.20	0.09	0.67	0.08	0.30	0.24	0.03	0.00	0.00	0.01
P	0.03	0.07	0.45	0.22	0.19	0.06	0.22	0.01	0.17	0.08	0.13	0.02	0.52	0.12	0.20	0.19	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.34	0.16	0.63	0.23	0.21	0.20	0.12	0.31	0.10	0.19	0.09	0.17	0.23	0.12	0.26	1.35	0.48	0.19	0.68	0.21	0.72	0.44	0.51
C2	0.29	0.17	0.33	0.15	0.18	0.13	0.09	0.17	0.13	0.10	0.08	0.20	0.23	0.12	0.20	0.93	0.42	0.14	0.68	0.30	0.64	0.34	0.42
C2'	0.37	0.12	0.84	0.38	0.15	0.22	0.12	0.25	0.24	0.24	0.20	0.12	0.15	0.11	0.26	1.51	0.62	0.23	0.83	0.41	0.85	0.59	0.65
C3'	0.20	0.18	0.55	0.27	0.20	0.50	0.24	0.71	0.26	0.22	0.22	0.17	0.18	0.27	0.19	1.28	0.30	0.59	0.34	0.32	0.41	0.18	0.24
C4	0.39	0.23	0.21	0.12	0.19	0.15	0.05	0.10	0.12	0.01	0.05	0.29	0.31	0.18	0.21	0.83	0.46	0.26	0.62	0.27	0.68	0.31	0.40
C4'	0.21	0.12	0.60	0.20	0.13	0.40	0.15	0.68	0.17	0.14	0.11	0.13	0.15	0.21	0.14	1.46	0.34	0.44	0.32	0.26	0.44	0.16	0.23
C5	0.49	0.24	0.47	0.17	0.24	0.16	0.01	0.19	0.07	0.05	0.07	0.29	0.33	0.15	0.30	1.27	0.53	0.21	0.61	0.22	0.76	0.36	0.46
C5'	0.30	0.18	0.74	0.20	0.15	0.37	0.09	0.74	0.10	0.10	0.08	0.22	0.22	0.16	0.17	1.70	0.43	0.40	0.23	0.20	0.46	0.12	0.20
C6	0.45	0.22	0.61	0.21	0.24	0.17	0.06	0.27	0.06	0.13	0.08	0.25	0.30	0.10	0.30	1.42	0.51	0.16	0.63	0.20	0.76	0.40	0.49
N1	0.36	0.19	0.52	0.18	0.21	0.16	0.09	0.25	0.09	0.14	0.08	0.21	0.25	0.11	0.25	1.23	0.47	0.15	0.66	0.24	0.70	0.38	0.47
N3	0.30	0.19	0.19	0.13	0.16	0.13	0.06	0.11	0.14	0.05	0.04	0.24	0.25	0.15	0.18	0.74	0.42	0.20	0.66	0.31	0.64	0.31	0.40
O2	0.24	0.15	0.29	0.15	0.15	0.13	0.11	0.16	0.14	0.11	0.10	0.16	0.19	0.11	0.17	0.83	0.39	0.12	0.69	0.30	0.60	0.33	0.41
O2'	0.84	0.30	1.31	0.89	0.57	0.67	0.44	0.64	0.15	0.83	0.14	0.25	0.49	0.64	0.76	1.82	1.09	0.52	1.53	0.10	1.44	1.24	1.30
O3'	0.23	0.15	0.60	0.28	0.18	0.49	0.15	0.69	0.10	0.20	0.11	0.15	0.18	0.17	0.20	1.25	0.32	0.56	0.38	0.06	0.33	0.19	0.25
O4	0.33	0.20	0.06	0.12	0.11	0.16	0.14	0.05	0.19	0.10	0.06	0.28	0.27	0.24	0.12	0.49	0.41	0.32	0.56	0.30	0.62	0.24	0.32
O4'	0.24	0.17	0.51	0.19	0.15	0.33	0.11	0.59	0.11	0.13	0.09	0.21	0.20	0.19	0.15	1.36	0.33	0.33	0.36	0.19	0.47	0.17	0.25
O5'	0.24	0.08	0.71	0.17	0.08	0.39	0.11	0.76	0.15	0.09	0.08	0.11	0.12	0.19	0.10	1.68	0.34	0.43	0.22	0.25	0.55	0.22	0.27
OP1	0.14	0.06	0.65	0.17	0.06	0.55	0.07	0.98	0.07	0.07	0.04	0.09	0.08	0.12	0.06	1.59	0.17	0.57	0.07	0.11	0.39	0.15	0.15
OP2	0.04	0.15	0.57	0.20	0.16	0.62	0.23	1.05	0.25	0.22	0.21	0.13	0.12	0.28	0.13	1.49	0.14	0.67	0.11	0.30	0.46	0.17	0.14
P	0.13	0.07	0.63	0.16	0.08	0.52	0.16	0.94	0.19	0.14	0.13	0.06	0.06	0.22	0.06	1.61	0.19	0.55	0.05	0.25	0.48	0.19	0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.27	0.00	0.42	0.02	0.35	0.07	0.06
C2	0.01	0.00	0.35	0.09	0.00	0.25	0.00	0.41	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.49	0.23	0.39	0.72	0.01	0.42	0.18	0.27
C2'	0.00	0.35	0.00	0.00	0.16	0.00	0.02	0.19	0.09	0.27	0.24	0.44	0.36	0.18	0.03	0.00	0.00	0.02	0.68	0.03	0.86	0.59	0.55
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.10	0.00	0.12	0.01	0.12	0.11	0.11	0.08	0.09	0.12	0.09	0.02	0.01	0.02	0.27	0.12	0.72	0.17	0.29
C4	0.01	0.00	0.16	0.10	0.00	0.10	0.00	0.23	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.19	0.20	0.70	0.01	0.48	0.20	0.30
C4'	0.02	0.25	0.00	0.00	0.10	0.00	0.03	0.01	0.08	0.16	0.18	0.33	0.23	0.10	0.02	0.26	0.02	0.01	0.03	0.05	0.19	0.41	0.20
C5	0.01	0.00	0.02	0.12	0.00	0.03	0.00	0.15	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.16	0.06	0.77	0.00	0.54	0.30	0.39
C5'	0.05	0.41	0.19	0.01	0.23	0.01	0.15	0.00	0.23	0.11	0.34	0.51	0.38	0.04	0.07	0.06	0.22	0.02	0.01	0.19	0.30	0.41	0.02
C6	0.02	0.00	0.09	0.12	0.00	0.08	0.00	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.17	0.14	0.80	0.00	0.52	0.31	0.40
C8	0.00	0.01	0.27	0.11	0.01	0.16	0.01	0.11	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.56	0.11	0.23	0.67	0.01	0.56	0.30	0.38
N1	0.02	0.00	0.24	0.11	0.01	0.18	0.01	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.26	0.20	0.27	0.77	0.01	0.47	0.24	0.34
N2	0.00	0.00	0.44	0.08	0.01	0.33	0.00	0.51	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.70	0.25	0.48	0.69	0.01	0.39	0.14	0.23
N3	0.01	0.00	0.36	0.09	0.00	0.23	0.00	0.38	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.50	0.23	0.39	0.66	0.01	0.41	0.14	0.23
N7	0.01	0.00	0.18	0.12	0.00	0.10	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.49	0.11	0.14	0.74	0.01	0.58	0.37	0.44
N9	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.16	0.18	0.01	0.63	0.01	0.48	0.17	0.26
O2'	0.03	0.49	0.00	0.02	0.10	0.26	0.16	0.06	0.04	0.56	0.26	0.70	0.50	0.49	0.16	0.00	0.05	0.16	0.35	0.15	0.53	0.45	0.24
O3'	0.27	0.23	0.00	0.01	0.19	0.02	0.16	0.22	0.17	0.11	0.20	0.25	0.23	0.11	0.18	0.05	0.00	0.18	0.25	0.16	0.23	0.18	0.17
O4'	0.00	0.39	0.02	0.02	0.20	0.01	0.06	0.02	0.14	0.23	0.27	0.48	0.39	0.14	0.01	0.16	0.18	0.00	0.15	0.07	0.05	0.54	0.28
O5'	0.42	0.72	0.68	0.27	0.70	0.03	0.77	0.01	0.80	0.67	0.77	0.69	0.66	0.74	0.63	0.35	0.25	0.15	0.00	0.82	0.02	0.03	0.01
O6	0.02	0.01	0.03	0.12	0.01	0.05	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.16	0.07	0.82	0.00	0.55	0.36	0.45
OP1	0.35	0.42	0.86	0.72	0.48	0.19	0.54	0.30	0.52	0.56	0.47	0.39	0.41	0.58	0.48	0.53	0.23	0.05	0.02	0.55	0.00	0.01	0.01
OP2	0.07	0.18	0.59	0.17	0.20	0.41	0.30	0.41	0.31	0.30	0.24	0.14	0.14	0.37	0.17	0.45	0.18	0.54	0.03	0.36	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.27	0.55	0.29	0.30	0.20	0.39	0.02	0.40	0.38	0.34	0.23	0.23	0.44	0.26	0.24	0.17	0.28	0.01	0.45	0.01	0.00	0.00