ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50817

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.002, 0.059, 0.116, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.059 std_dev=0.057
N9 B 0, 0.027, 0.294, 0.561, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.294 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.115, 0.398, 0.681, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.398 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.007, 0.346, 0.685, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.346 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.146, 0.501, 0.856, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.501 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.021, 0.401, 0.780, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.401 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.178, 0.612, 1.046, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.612 std_dev=0.434
C5 B 0, 0.172, 0.636, 1.100, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.636 std_dev=0.464
N7 B 0, 0.048, 0.534, 1.021, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.534 std_dev=0.487
N3 B 0, 0.211, 0.722, 1.233, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.722 std_dev=0.511
C3' B 0, 0.216, 0.742, 1.269, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.742 std_dev=0.527
O4' A 0, -0.049, 0.594, 1.236, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.594 std_dev=0.642
C6 B 0, 0.275, 0.958, 1.642, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.958 std_dev=0.683
C2' A 0, 0.018, 0.747, 1.475, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.747 std_dev=0.729
C2 B 0, 0.300, 1.031, 1.763, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.031 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.094, 0.835, 1.575, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.835 std_dev=0.741
C5' B 0, 0.160, 0.917, 1.674, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.917 std_dev=0.757
C3' A 0, 0.222, 1.002, 1.782, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.002 std_dev=0.780
N1 B 0, 0.329, 1.124, 1.919, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.124 std_dev=0.795
O6 B 0, 0.312, 1.156, 2.001, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.156 std_dev=0.844
C4' A 0, 0.049, 0.926, 1.803, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.926 std_dev=0.877
O3' B 0, 0.279, 1.214, 2.149, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.214 std_dev=0.935
N2 B 0, 0.395, 1.354, 2.314, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.354 std_dev=0.959
O3' A 0, 0.388, 1.375, 2.361, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.375 std_dev=0.986
O5' B 0, 0.033, 1.197, 2.362, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.197 std_dev=1.165
O2' A 0, 0.233, 1.422, 2.612, 2.912 max_d=2.912 avg_d=1.422 std_dev=1.190
O2' B 0, 0.137, 1.395, 2.654, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.395 std_dev=1.259
P B 0, 0.392, 1.662, 2.931, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.662 std_dev=1.270
OP2 B 0, 0.325, 1.663, 3.002, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.663 std_dev=1.339
C5' A 0, -0.194, 1.229, 2.652, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.229 std_dev=1.423
OP1 B 0, 0.647, 2.427, 4.207, 4.218 max_d=4.218 avg_d=2.427 std_dev=1.780
O5' A 0, -0.509, 2.025, 4.559, 5.598 max_d=5.598 avg_d=2.025 std_dev=2.534
P A 0, -0.356, 2.908, 6.171, 7.466 max_d=7.466 avg_d=2.908 std_dev=3.264
OP2 A 0, -0.108, 3.450, 7.008, 8.347 max_d=8.347 avg_d=3.450 std_dev=3.558
OP1 A 0, -0.248, 3.441, 7.130, 8.557 max_d=8.557 avg_d=3.441 std_dev=3.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.29 0.20 0.51 0.30
C2 0.02 0.00 0.16 0.10 0.00 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.14 0.01 0.16 0.16 0.11 0.65 0.24
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.18 0.01 0.11 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.47 0.53 0.72 0.57
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.14 0.09 0.13 0.11 0.01 0.01 0.17 0.01 0.32 0.28 0.29 0.28
C4 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.02 0.00 0.05 0.54 0.56 1.26 0.80
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.21 0.05 0.04 0.16 0.16 0.02 0.07 0.01 0.01 0.23 0.10 0.09
C5 0.01 0.01 0.14 0.16 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.02 0.41 0.05 0.01 0.20 0.84 0.90 1.52 1.14
C5' 0.05 0.12 0.13 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.26 0.04 0.08 0.23 0.04 0.13 0.08 0.02 0.01 0.14 0.25 0.02
C6 0.01 0.00 0.18 0.14 0.00 0.21 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.02 0.43 0.05 0.00 0.24 0.85 0.81 1.34 1.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.09 0.00 0.03 0.42 0.31 0.84 0.53
N3 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.09 0.01 0.10 0.25 0.17 0.88 0.41
O2 0.06 0.01 0.31 0.11 0.01 0.16 0.02 0.23 0.02 0.03 0.02 0.00 0.53 0.24 0.02 0.27 0.16 0.41 0.35 0.13
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.22 0.16 0.41 0.04 0.43 0.12 0.18 0.53 0.00 0.04 0.22 0.10 0.48 0.55 0.83 0.60
O3' 0.19 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.05 0.09 0.09 0.24 0.04 0.00 0.01 0.12 0.27 0.07 0.15 0.12
O4 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.00 0.04 0.55 0.62 1.35 0.86
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.05 0.01 0.20 0.02 0.24 0.03 0.10 0.27 0.10 0.12 0.04 0.00 0.07 0.17 0.15 0.02
O5' 0.29 0.16 0.47 0.32 0.54 0.01 0.84 0.01 0.85 0.42 0.25 0.16 0.48 0.27 0.55 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.11 0.53 0.28 0.56 0.23 0.90 0.14 0.81 0.31 0.17 0.41 0.55 0.07 0.62 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.65 0.72 0.29 1.26 0.10 1.52 0.25 1.34 0.84 0.88 0.35 0.83 0.15 1.35 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.24 0.57 0.28 0.80 0.09 1.14 0.02 1.05 0.53 0.41 0.13 0.60 0.12 0.86 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.67 0.21 0.21 0.23 0.07 0.27 0.18 0.61 0.31 0.78 0.78 0.42 0.18 0.14 0.50 0.17 0.11 1.02 0.68 0.85 1.48 0.97
C2 0.17 0.68 0.10 0.28 0.20 0.06 0.21 0.17 0.42 0.35 0.68 0.85 0.42 0.32 0.18 0.27 0.29 0.14 0.79 0.39 0.53 1.14 0.69
C2' 0.18 0.29 0.19 0.32 0.07 0.15 0.11 0.28 0.25 0.31 0.34 0.36 0.16 0.27 0.17 0.39 0.31 0.09 1.18 0.29 1.07 1.66 1.14
C3' 0.54 0.42 0.58 0.23 0.34 0.34 0.32 0.33 0.39 0.63 0.49 0.50 0.32 0.51 0.49 0.83 0.18 0.47 0.92 0.47 0.87 1.52 0.90
C4 0.22 0.47 0.18 0.37 0.18 0.11 0.19 0.22 0.27 0.32 0.42 0.59 0.32 0.26 0.22 0.24 0.43 0.15 0.65 0.24 0.42 0.86 0.54
C4' 0.67 0.49 0.77 0.52 0.26 0.52 0.23 0.40 0.45 0.77 0.63 0.66 0.25 0.54 0.57 1.03 0.49 0.61 0.59 0.59 0.60 1.14 0.58
C5 0.27 0.45 0.16 0.31 0.18 0.13 0.16 0.27 0.31 0.30 0.44 0.53 0.31 0.17 0.22 0.51 0.32 0.13 0.80 0.29 0.60 1.02 0.70
C5' 1.00 0.26 1.12 0.90 0.42 0.88 0.32 0.74 0.21 1.07 0.39 0.44 0.21 0.75 0.85 1.34 0.85 0.95 0.22 0.37 0.39 0.74 0.23
C6 0.25 0.54 0.22 0.24 0.20 0.10 0.22 0.25 0.44 0.32 0.58 0.61 0.35 0.16 0.19 0.56 0.22 0.12 0.93 0.44 0.75 1.24 0.85
N1 0.21 0.64 0.15 0.23 0.21 0.07 0.22 0.19 0.50 0.35 0.69 0.75 0.40 0.24 0.18 0.45 0.20 0.13 0.91 0.49 0.69 1.28 0.83
N3 0.17 0.58 0.17 0.34 0.18 0.08 0.22 0.18 0.33 0.34 0.53 0.76 0.37 0.32 0.20 0.17 0.39 0.15 0.68 0.30 0.44 0.95 0.57
O2 0.14 0.71 0.10 0.27 0.18 0.04 0.21 0.12 0.40 0.37 0.71 0.95 0.43 0.37 0.18 0.21 0.27 0.16 0.76 0.40 0.51 1.13 0.66
O2' 0.50 0.45 0.50 0.87 0.50 0.77 0.49 0.91 0.40 0.47 0.40 0.42 0.49 0.46 0.50 0.20 0.84 0.60 1.81 0.27 1.64 2.30 1.78
O3' 0.39 0.65 0.42 0.16 0.38 0.37 0.42 0.54 0.66 0.45 0.76 0.74 0.47 0.38 0.36 0.64 0.13 0.43 1.20 0.80 1.11 1.89 1.20
O4 0.22 0.41 0.27 0.41 0.19 0.12 0.21 0.20 0.25 0.29 0.36 0.53 0.29 0.26 0.23 0.12 0.52 0.17 0.49 0.24 0.35 0.65 0.40
O4' 0.54 0.64 0.61 0.39 0.16 0.38 0.19 0.23 0.55 0.65 0.78 0.83 0.31 0.42 0.44 0.90 0.37 0.47 0.63 0.68 0.56 1.13 0.61
O5' 1.96 0.46 2.05 1.87 1.23 1.91 1.09 1.79 0.49 2.04 0.25 0.22 0.91 1.62 1.79 2.19 1.73 1.97 0.94 0.22 0.86 0.68 0.94
OP1 2.34 0.54 2.50 2.55 1.41 2.61 1.21 2.66 0.54 2.29 0.28 0.25 1.08 1.78 2.05 2.60 2.46 2.52 1.77 0.33 1.72 1.50 1.81
OP2 3.31 1.62 3.38 3.33 2.39 3.40 2.11 3.30 1.46 3.15 1.30 1.39 2.13 2.54 3.01 3.46 3.07 3.42 2.44 1.08 2.18 1.99 2.40
P 2.61 0.85 2.75 2.72 1.70 2.76 1.48 2.71 0.81 2.56 0.57 0.58 1.38 2.01 2.34 2.86 2.59 2.72 1.83 0.48 1.68 1.47 1.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.20 0.02 0.30 0.04 0.31 0.34 0.27
C2 0.06 0.00 0.32 0.23 0.02 0.16 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.25 0.41 0.33 0.33 0.01 1.03 0.45 0.56
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.10 0.15 0.18 0.25 0.38 0.31 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.22 0.12 0.08 0.29 0.11
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.02 0.24 0.19 0.24 0.25 0.20 0.21 0.12 0.02 0.00 0.02 0.24 0.25 0.28 0.15 0.13
C4 0.03 0.02 0.18 0.18 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.24 0.18 0.50 0.01 0.62 0.69 0.49
C4' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.11 0.22 0.15 0.12 0.04 0.15 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.15 0.06
C5 0.03 0.01 0.09 0.21 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.11 0.74 0.00 0.64 1.06 0.70
C5' 0.03 0.21 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.24 0.13 0.29 0.19 0.21 0.06 0.05 0.13 0.01 0.01 0.06 0.33 0.31 0.01
C6 0.04 0.01 0.15 0.24 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.25 0.18 0.68 0.00 0.73 1.02 0.67
C8 0.02 0.02 0.18 0.19 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.08 0.12 1.05 0.02 0.79 1.29 0.97
N1 0.05 0.00 0.25 0.24 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.35 0.27 0.46 0.01 0.90 0.72 0.57
N2 0.07 0.00 0.38 0.25 0.02 0.22 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.33 0.51 0.38 0.33 0.02 1.28 0.32 0.68
N3 0.05 0.01 0.31 0.20 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.24 0.38 0.31 0.29 0.01 0.90 0.38 0.49
N7 0.02 0.02 0.08 0.21 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.23 0.09 0.04 1.05 0.02 0.82 1.44 1.01
N9 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.10 0.03 0.62 0.02 0.46 0.76 0.54
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.13 0.15 0.15 0.05 0.15 0.25 0.19 0.33 0.24 0.23 0.12 0.00 0.08 0.10 0.09 0.16 0.09 0.12 0.07
O3' 0.20 0.41 0.03 0.00 0.24 0.03 0.18 0.13 0.25 0.08 0.35 0.51 0.38 0.09 0.10 0.08 0.00 0.14 0.07 0.24 0.30 0.13 0.04
O4' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.18 0.01 0.11 0.01 0.18 0.12 0.27 0.38 0.31 0.04 0.03 0.10 0.14 0.00 0.27 0.14 0.41 0.17 0.31
O5' 0.30 0.33 0.22 0.24 0.50 0.02 0.74 0.01 0.68 1.05 0.46 0.33 0.29 1.05 0.62 0.09 0.07 0.27 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.12 0.25 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.24 0.14 0.80 0.00 0.77 1.23 0.78
OP1 0.31 1.03 0.08 0.28 0.62 0.10 0.64 0.33 0.73 0.79 0.90 1.28 0.90 0.82 0.46 0.09 0.30 0.41 0.02 0.77 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.45 0.29 0.15 0.69 0.15 1.06 0.31 1.02 1.29 0.72 0.32 0.38 1.44 0.76 0.12 0.13 0.17 0.02 1.23 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.56 0.11 0.13 0.49 0.06 0.70 0.01 0.67 0.97 0.57 0.68 0.49 1.01 0.54 0.07 0.04 0.31 0.01 0.78 0.00 0.01 0.00