ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50818

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O4' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C3' A 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
N7 B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
P A 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O3' A 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
O6 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP2 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
OP1 A 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C8 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.000, 0.320, 0.639, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.320 std_dev=0.320
P B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
N9 B 0, 0.000, 0.370, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.370 std_dev=0.370
N3 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C3' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
O4' B 0, 0.000, 0.421, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.421 std_dev=0.421
N2 B 0, 0.000, 0.423, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C4' B 0, 0.000, 0.449, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C1' B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.000, 0.473, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
O5' B 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.000, 0.695, 1.390, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O2' B 0, 0.000, 1.189, 2.378, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.189 std_dev=1.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.07 0.03 0.08
O4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.10 0.12 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05
O5' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.08 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.02 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.07 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.01 0.00 0.10 0.02 0.08 0.00 0.05 0.05 0.09 0.07 0.00 0.03 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.10 0.36 0.00 0.15 0.03 0.10 0.03 0.06 0.16 0.08 0.09 0.15 0.10 0.18 0.68 0.01 0.07 0.08 0.01 0.08 0.05 0.01
C2 0.10 0.03 0.23 0.06 0.07 0.04 0.03 0.10 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03 0.08 0.61 0.07 0.02 0.17 0.04 0.01 0.01 0.05
C2' 0.24 0.15 0.41 0.03 0.19 0.06 0.13 0.00 0.08 0.20 0.11 0.14 0.20 0.12 0.23 0.64 0.01 0.11 0.05 0.03 0.08 0.07 0.02
C3' 0.18 0.10 0.38 0.00 0.12 0.02 0.05 0.03 0.02 0.09 0.06 0.10 0.14 0.02 0.15 0.57 0.10 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01
C4 0.05 0.00 0.12 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.57 0.15 0.03 0.18 0.06 0.05 0.02 0.04
C4' 0.17 0.09 0.36 0.02 0.11 0.00 0.06 0.04 0.03 0.09 0.06 0.09 0.13 0.04 0.14 0.62 0.16 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00
C5 0.12 0.07 0.19 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.01 0.06 0.67 0.16 0.02 0.13 0.02 0.10 0.02 0.01
C5' 0.15 0.09 0.33 0.03 0.09 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.10 0.12 0.01 0.10 0.60 0.22 0.03 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01
C6 0.18 0.11 0.30 0.01 0.13 0.03 0.07 0.03 0.04 0.08 0.08 0.10 0.14 0.04 0.13 0.74 0.11 0.06 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01
N1 0.17 0.09 0.31 0.01 0.14 0.01 0.09 0.05 0.05 0.12 0.07 0.08 0.13 0.08 0.15 0.69 0.07 0.05 0.11 0.00 0.08 0.03 0.00
N3 0.05 0.01 0.15 0.07 0.01 0.06 0.02 0.12 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.56 0.11 0.05 0.19 0.08 0.01 0.01 0.06
O2 0.08 0.01 0.23 0.07 0.06 0.06 0.03 0.12 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.57 0.04 0.03 0.18 0.06 0.03 0.01 0.06
O2' 0.25 0.17 0.42 0.04 0.22 0.09 0.17 0.03 0.11 0.24 0.13 0.16 0.22 0.17 0.26 0.61 0.02 0.15 0.01 0.06 0.07 0.13 0.06
O3' 0.17 0.10 0.37 0.01 0.12 0.03 0.05 0.01 0.03 0.09 0.07 0.11 0.14 0.02 0.15 0.47 0.15 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O4 0.01 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.12 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.48 0.18 0.06 0.19 0.08 0.05 0.03 0.05
O4' 0.17 0.08 0.34 0.03 0.12 0.00 0.07 0.05 0.04 0.11 0.06 0.07 0.12 0.06 0.14 0.67 0.10 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00
O5' 0.20 0.09 0.37 0.07 0.10 0.09 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.10 0.13 0.00 0.12 0.68 0.06 0.11 0.05 0.03 0.17 0.02 0.08
OP1 0.13 0.06 0.22 0.06 0.04 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04 0.05 0.41 0.22 0.08 0.11 0.05 0.15 0.03 0.08
OP2 0.07 0.01 0.11 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.11 0.04 0.51 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.06 0.02
P 0.15 0.05 0.25 0.07 0.04 0.08 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04 0.06 0.56 0.09 0.08 0.06 0.05 0.17 0.01 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.00 0.03 0.27 0.08 0.15
C2 0.06 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.46 0.08 0.03 0.00 0.23 0.10 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.00 0.05 0.03 0.17 0.05 0.41 0.21 0.31
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.12 0.04 0.12 0.08 0.11 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.11 0.10 0.00
C4 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.29 0.03 0.07 0.02 0.23 0.10 0.11
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.10 0.05 0.12 0.08 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.26 0.22 0.01 0.13 0.01 0.16 0.07 0.04
C5' 0.01 0.05 0.10 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.10 0.01 0.09 0.06 0.11 0.02 0.02 0.17 0.02 0.00 0.07 0.03 0.10 0.02
C6 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.29 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.03
C8 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.05 0.08 0.15 0.00 0.19 0.08 0.06
N1 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.40 0.05 0.08 0.00 0.18 0.09 0.07
N2 0.06 0.01 0.05 0.12 0.02 0.12 0.03 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.54 0.10 0.00 0.02 0.24 0.11 0.12
N3 0.06 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.43 0.08 0.01 0.01 0.26 0.12 0.14
N7 0.01 0.02 0.07 0.11 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.27 0.10 0.07 0.18 0.00 0.10 0.05 0.00
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.17 0.01 0.06 0.01 0.27 0.11 0.13
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.19 0.12 0.26 0.02 0.29 0.21 0.25 0.10 0.12 0.27 0.14 0.00 0.04 0.06 0.15 0.32 0.43 0.17 0.31
O3' 0.22 0.46 0.05 0.00 0.29 0.02 0.22 0.17 0.29 0.05 0.40 0.54 0.43 0.10 0.17 0.04 0.00 0.11 0.20 0.27 0.07 0.32 0.14
O4' 0.00 0.08 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.10 0.08 0.07 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.17 0.02 0.07
O5' 0.00 0.03 0.17 0.06 0.07 0.03 0.13 0.00 0.13 0.15 0.08 0.00 0.01 0.18 0.06 0.15 0.20 0.05 0.00 0.16 0.01 0.03 0.01
O6 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.27 0.00 0.16 0.00 0.08 0.04 0.01
OP1 0.27 0.23 0.41 0.11 0.23 0.12 0.16 0.03 0.13 0.19 0.18 0.24 0.26 0.10 0.27 0.43 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.21 0.10 0.10 0.06 0.07 0.10 0.06 0.08 0.09 0.11 0.12 0.05 0.11 0.17 0.32 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.11 0.31 0.00 0.11 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.12 0.14 0.00 0.13 0.31 0.14 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00