ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50819

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2' A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C4' B 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C5' B 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C3' B 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O3' B 0, 0.000, 0.069, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O5' B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O4' B 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' B 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
C8 B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C1' B 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
N9 B 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C5' A 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
P B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP1 A 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
N7 B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
P A 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
OP1 B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
OP2 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C4 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O6 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N2 B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.06
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.19 0.08
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.16 0.05
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.21 0.09
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.04
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.13 0.05
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.11 0.19 0.16 0.03 0.11 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07 0.13 0.21 0.16 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.03 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06
C2' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06 0.06
C3' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.02
C4 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.03 0.04
C4' 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03
C5' 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.07 0.10 0.05 0.04 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.05
C6 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
N3 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05
O2 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.07 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.12 0.11 0.10
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04
O4 0.03 0.10 0.01 0.00 0.09 0.02 0.09 0.03 0.10 0.05 0.11 0.10 0.09 0.06 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.09 0.02 0.03 0.03
O4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04
O5' 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.04 0.08 0.11 0.06 0.03 0.05 0.12 0.08 0.04 0.03 0.07 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07
OP1 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03
OP2 0.05 0.02 0.06 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.10 0.06 0.07 0.05 0.09 0.08 0.08
P 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00