ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50820

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2 A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O4 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C5 B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
N7 B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C2' B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O4' A 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C2' A 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
O6 B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
N1 B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C8 B 0, 0.000, 0.507, 1.014, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.507 std_dev=0.507
N9 B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
N3 B 0, 0.000, 0.558, 1.116, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.558 std_dev=0.558
C2 B 0, 0.000, 0.588, 1.176, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.588 std_dev=0.588
C3' A 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O2' B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
C4' A 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
C3' B 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
O5' A 0, 0.000, 0.742, 1.484, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.742 std_dev=0.742
O3' B 0, 0.000, 0.746, 1.491, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C1' B 0, 0.000, 0.809, 1.618, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.809 std_dev=0.809
C5' A 0, 0.000, 0.853, 1.705, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.853 std_dev=0.853
OP2 A 0, 0.000, 0.904, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.904 std_dev=0.904
N2 B 0, 0.000, 0.915, 1.830, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.915 std_dev=0.915
P A 0, 0.000, 0.953, 1.907, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.953 std_dev=0.953
O2' A 0, 0.000, 1.114, 2.228, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.114 std_dev=1.114
O3' A 0, 0.000, 1.239, 2.478, 2.478 max_d=2.478 avg_d=1.239 std_dev=1.239
C4' B 0, 0.000, 1.298, 2.596, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.298 std_dev=1.298
O4' B 0, 0.000, 1.311, 2.623, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.311 std_dev=1.311
O5' B 0, 0.000, 1.427, 2.854, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.427 std_dev=1.427
OP1 A 0, 0.000, 1.457, 2.914, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.457 std_dev=1.457
OP2 B 0, 0.000, 1.694, 3.388, 3.388 max_d=3.388 avg_d=1.694 std_dev=1.694
C5' B 0, 0.000, 1.952, 3.905, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.952 std_dev=1.952
P B 0, 0.000, 1.965, 3.931, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.965 std_dev=1.965
OP1 B 0, 0.000, 2.488, 4.976, 4.976 max_d=4.976 avg_d=2.488 std_dev=2.488

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.28 0.05 0.01 0.06 0.08 0.03 0.07
C2 0.05 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.25 0.03 0.09 0.04 0.13 0.20 0.10
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.14 0.15 0.05 0.02 0.11 0.01 0.03 0.10 0.01 0.26 0.32 0.39 0.34
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.14 0.10 0.12 0.01 0.02 0.01 0.16 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00
C4 0.05 0.02 0.10 0.15 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.41 0.10 0.00 0.05 0.13 0.32 0.40 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.09 0.25 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.15 0.30 0.38 0.25
C5' 0.04 0.01 0.14 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.03 0.07 0.09 0.17 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03
C6 0.01 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.03 0.01 0.04 0.09 0.17 0.22 0.14
N1 0.02 0.00 0.05 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.16 0.03 0.03 0.02 0.08 0.13 0.05
N3 0.05 0.01 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.36 0.19 0.01 0.08 0.09 0.25 0.32 0.19
O2 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.38 0.02 0.14 0.01 0.06 0.13 0.04
O2' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.41 0.25 0.38 0.09 0.30 0.23 0.36 0.17 0.00 0.03 0.45 0.16 0.16 0.29 0.47 0.30
O3' 0.28 0.25 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.17 0.03 0.16 0.19 0.38 0.03 0.00 0.08 0.16 0.20 0.29 0.18 0.22
O4 0.05 0.03 0.10 0.16 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.45 0.08 0.00 0.05 0.16 0.39 0.47 0.31
O4' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.14 0.16 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02
O5' 0.06 0.04 0.26 0.05 0.13 0.01 0.15 0.00 0.09 0.02 0.09 0.01 0.16 0.20 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.13 0.32 0.03 0.32 0.07 0.30 0.08 0.17 0.08 0.25 0.06 0.29 0.29 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.20 0.39 0.00 0.40 0.01 0.38 0.01 0.22 0.13 0.32 0.13 0.47 0.18 0.47 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.34 0.00 0.25 0.02 0.25 0.03 0.14 0.05 0.19 0.04 0.30 0.22 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.36 0.05 0.09 0.17 0.04 0.09 0.26 0.17 0.03 0.33 0.48 0.29 0.05 0.09 0.15 0.13 0.05 0.05 0.10 0.35 0.35 0.21
C2 0.15 0.23 0.04 0.09 0.15 0.00 0.09 0.19 0.09 0.04 0.17 0.26 0.21 0.02 0.12 0.14 0.14 0.10 0.14 0.02 0.22 0.28 0.10
C2' 0.11 0.26 0.04 0.02 0.12 0.04 0.08 0.09 0.14 0.01 0.24 0.34 0.20 0.02 0.08 0.07 0.04 0.09 0.20 0.10 0.08 0.08 0.01
C3' 0.24 0.14 0.25 0.38 0.18 0.38 0.30 0.57 0.18 0.47 0.09 0.36 0.01 0.51 0.29 0.17 0.38 0.33 0.34 0.28 0.69 0.67 0.59
C4 0.00 0.04 0.03 0.22 0.04 0.21 0.11 0.46 0.13 0.05 0.09 0.02 0.02 0.11 0.02 0.08 0.24 0.14 0.02 0.15 0.42 0.48 0.30
C4' 0.12 0.24 0.12 0.30 0.06 0.32 0.17 0.59 0.05 0.35 0.19 0.44 0.13 0.38 0.17 0.00 0.29 0.26 0.32 0.14 0.79 0.74 0.65
C5 0.08 0.10 0.05 0.26 0.02 0.31 0.08 0.60 0.17 0.06 0.16 0.11 0.04 0.03 0.05 0.05 0.26 0.25 0.16 0.21 0.61 0.63 0.48
C5' 0.28 0.16 0.23 0.43 0.17 0.52 0.25 0.81 0.09 0.49 0.14 0.36 0.02 0.49 0.31 0.12 0.40 0.47 0.55 0.12 1.05 0.96 0.90
C6 0.03 0.18 0.04 0.22 0.05 0.24 0.07 0.51 0.18 0.09 0.22 0.22 0.11 0.04 0.03 0.06 0.22 0.18 0.12 0.21 0.57 0.56 0.43
N1 0.07 0.25 0.01 0.14 0.11 0.10 0.08 0.32 0.15 0.03 0.24 0.31 0.19 0.03 0.05 0.11 0.17 0.02 0.02 0.12 0.38 0.40 0.25
N3 0.13 0.10 0.03 0.13 0.12 0.04 0.10 0.25 0.09 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.13 0.17 0.05 0.12 0.05 0.24 0.31 0.12
O2 0.23 0.28 0.07 0.04 0.19 0.11 0.08 0.05 0.03 0.07 0.15 0.34 0.28 0.01 0.17 0.16 0.11 0.22 0.23 0.07 0.09 0.17 0.02
O2' 0.73 0.87 0.57 0.54 0.76 0.68 0.70 0.59 0.77 0.60 0.89 0.91 0.83 0.58 0.71 0.59 0.47 0.77 0.85 0.70 0.57 0.57 0.68
O3' 0.02 0.42 0.02 0.17 0.02 0.17 0.18 0.38 0.08 0.36 0.29 0.71 0.28 0.45 0.11 0.08 0.16 0.13 0.24 0.28 0.63 0.62 0.52
O4 0.02 0.04 0.03 0.26 0.02 0.25 0.12 0.51 0.12 0.13 0.03 0.09 0.05 0.19 0.03 0.08 0.26 0.17 0.02 0.15 0.41 0.47 0.29
O4' 0.02 0.33 0.01 0.19 0.08 0.20 0.02 0.49 0.08 0.18 0.28 0.48 0.23 0.20 0.02 0.13 0.21 0.12 0.18 0.01 0.67 0.64 0.52
O5' 0.40 0.07 0.33 0.53 0.26 0.65 0.30 0.94 0.10 0.57 0.09 0.23 0.09 0.53 0.41 0.24 0.49 0.61 0.65 0.07 1.14 1.05 1.00
OP1 0.81 0.14 0.68 0.88 0.56 1.08 0.58 1.37 0.29 0.97 0.08 0.07 0.36 0.88 0.78 0.62 0.83 1.07 1.16 0.21 1.64 1.46 1.51
OP2 0.76 0.12 0.67 0.86 0.48 1.04 0.41 1.34 0.11 0.81 0.00 0.01 0.34 0.66 0.69 0.61 0.83 1.01 1.03 0.07 1.49 1.35 1.36
P 0.63 0.04 0.53 0.74 0.40 0.91 0.40 1.23 0.13 0.76 0.03 0.13 0.23 0.66 0.60 0.45 0.69 0.88 0.95 0.04 1.46 1.31 1.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02 0.15 0.04
C2 0.00 0.00 0.22 0.14 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.21 0.15 0.26 0.01 0.19 0.11 0.25
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.20 0.14 0.31 0.22 0.16 0.04 0.01 0.00 0.00 0.25 0.01 0.10 0.08 0.13
C3' 0.03 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.23 0.07 0.23 0.14 0.20 0.05 0.01 0.00 0.03 0.32 0.05 0.13 0.05 0.17
C4 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.09 0.24 0.01 0.13 0.03 0.17
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.07 0.06 0.01 0.04 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.16 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.29 0.02 0.16 0.09 0.20
C5' 0.00 0.09 0.03 0.07 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.04 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.30 0.00 0.20 0.16 0.24
C8 0.02 0.02 0.20 0.23 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.15 0.27 0.07 0.24 0.04 0.06 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.14 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.19 0.11 0.12 0.29 0.01 0.21 0.15 0.26
N2 0.04 0.01 0.31 0.23 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.39 0.33 0.15 0.23 0.04 0.19 0.10 0.25
N3 0.00 0.00 0.22 0.14 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.26 0.20 0.15 0.23 0.00 0.15 0.04 0.20
N7 0.03 0.01 0.16 0.20 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.11 0.24 0.02 0.29 0.04 0.12 0.05 0.14
N9 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.07 0.07 0.10
O2' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02 0.03 0.08 0.15 0.19 0.39 0.26 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.05 0.11 0.09 0.12
O3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.01 0.27 0.11 0.33 0.20 0.24 0.06 0.03 0.00 0.03 0.34 0.05 0.17 0.02 0.20
O4' 0.01 0.15 0.00 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.12 0.15 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.04 0.05 0.23 0.05
O5' 0.10 0.26 0.25 0.32 0.24 0.05 0.29 0.00 0.30 0.24 0.29 0.23 0.23 0.29 0.20 0.19 0.34 0.07 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02
O6 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.30 0.00 0.19 0.17 0.22
OP1 0.02 0.19 0.10 0.13 0.13 0.02 0.16 0.02 0.20 0.06 0.21 0.19 0.15 0.12 0.07 0.11 0.17 0.05 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.11 0.08 0.05 0.03 0.16 0.09 0.22 0.16 0.08 0.15 0.10 0.04 0.05 0.07 0.09 0.02 0.23 0.02 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.25 0.13 0.17 0.17 0.04 0.20 0.02 0.24 0.07 0.26 0.25 0.20 0.14 0.10 0.12 0.20 0.05 0.02 0.22 0.00 0.00 0.00