ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50827

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.002, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N4 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2' A 0, 0.098, 0.176, 0.254, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.176 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.063, 0.142, 0.221, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.142 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.057, 0.141, 0.224, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.141 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.116, 0.237, 0.359, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.237 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.101, 0.223, 0.345, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.223 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.184, 0.358, 0.532, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.358 std_dev=0.174
N4 B 0, 0.152, 0.350, 0.547, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.350 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.180, 0.386, 0.593, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.386 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.214, 0.447, 0.681, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.447 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.155, 0.398, 0.641, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.398 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.201, 0.463, 0.724, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.463 std_dev=0.261
C5 B 0, 0.198, 0.475, 0.752, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.475 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.274, 0.590, 0.906, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.590 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.260, 0.595, 0.931, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.595 std_dev=0.335
O2 B 0, 0.345, 0.688, 1.031, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.688 std_dev=0.343
P A 0, 0.298, 0.645, 0.992, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.645 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.293, 0.650, 1.008, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.650 std_dev=0.357
OP2 A 0, 0.311, 0.677, 1.044, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.677 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.382, 0.812, 1.242, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.812 std_dev=0.430
OP1 A 0, 0.345, 0.780, 1.215, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.780 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.467, 0.936, 1.405, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.936 std_dev=0.469
O4' B 0, 0.459, 0.935, 1.410, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.935 std_dev=0.475
C2' B 0, 0.383, 0.881, 1.378, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.881 std_dev=0.497
O2' B 0, 0.437, 0.972, 1.508, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.972 std_dev=0.535
O5' B 0, 0.527, 1.071, 1.616, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.071 std_dev=0.544
C3' B 0, 0.440, 1.001, 1.562, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.001 std_dev=0.561
C4' B 0, 0.505, 1.069, 1.633, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.069 std_dev=0.564
P B 0, 0.546, 1.117, 1.688, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.117 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.563, 1.157, 1.750, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.157 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.492, 1.145, 1.797, 2.480 max_d=2.480 avg_d=1.145 std_dev=0.652
OP1 B 0, 0.628, 1.323, 2.018, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.323 std_dev=0.695

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.16 0.20 0.16
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.17 0.20 0.17
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.11 0.13 0.15 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.08 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.13 0.17 0.13
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.19 0.22 0.18
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.07 0.07 0.11 0.08
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.14 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.03 0.05 0.16 0.01 0.17 0.01 0.13 0.08 0.13 0.19 0.07 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.03 0.03 0.20 0.02 0.20 0.01 0.15 0.12 0.17 0.22 0.11 0.03 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.02 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.13 0.09 0.13 0.18 0.08 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.08 0.07 0.08 0.11 0.13 0.15 0.12
C2 0.11 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.12 0.07 0.10 0.10 0.09
C2' 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.09 0.10 0.08 0.04 0.08 0.09 0.11 0.14 0.09
C3' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.12 0.10 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11 0.13 0.09
C4 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11
C4' 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.14 0.13 0.10 0.12 0.07 0.12 0.15 0.16 0.13
C5 0.10 0.10 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.13 0.11 0.08 0.07 0.12 0.08 0.11 0.10 0.10
C5' 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.13 0.15 0.15 0.12 0.14 0.07 0.13 0.15 0.15 0.13
C6 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.12 0.11 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09
N1 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.10 0.11 0.07 0.06 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09
N3 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11 0.11
N4 0.15 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.18 0.13 0.16 0.13 0.14
O2 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.07 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.07 0.10 0.11 0.09
O2' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.14 0.10 0.08 0.06 0.07 0.11 0.13 0.17 0.13
O3' 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.15 0.09 0.09 0.06 0.07 0.10 0.11 0.14 0.10
O4' 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.09 0.13 0.16 0.16 0.14
O5' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.10 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.11 0.09
OP1 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.12 0.11 0.15 0.12 0.12 0.07 0.10 0.11 0.10 0.09
OP2 0.09 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.13 0.08 0.05 0.11 0.10 0.09 0.08 0.07
P 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.13 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.16 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.16 0.21 0.16
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.16 0.20 0.16
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.14 0.10
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.13 0.19 0.14
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.19 0.23 0.18
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.15 0.10
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.13 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.09 0.04 0.06 0.16 0.02 0.16 0.02 0.12 0.08 0.13 0.19 0.07 0.04 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.16 0.06 0.04 0.21 0.03 0.20 0.01 0.16 0.14 0.19 0.23 0.15 0.05 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.03 0.02 0.16 0.02 0.16 0.00 0.13 0.10 0.14 0.18 0.10 0.02 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00