ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.003 std_dev=0.004
C1' A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C6 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C2 A 0, -0.001, 0.004, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C4 A 0, -0.001, 0.004, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.004 std_dev=0.005
O2 A 0, -0.003, 0.009, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.009 std_dev=0.012
N4 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.008, 0.076, 0.143, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.076 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.006, 0.093, 0.180, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.093 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.026, 0.120, 0.214, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.120 std_dev=0.094
O2' A 0, -0.001, 0.119, 0.239, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.119 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.014, 0.139, 0.265, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.139 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.057, 0.228, 0.400, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.228 std_dev=0.171
O3' A 0, 0.007, 0.201, 0.395, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.201 std_dev=0.194
O5' A 0, 0.070, 0.305, 0.540, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.305 std_dev=0.235
N4 B 0, 0.219, 0.470, 0.722, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.470 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.247, 0.540, 0.833, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.540 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.238, 0.543, 0.847, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.543 std_dev=0.304
P A 0, 0.104, 0.443, 0.782, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.443 std_dev=0.339
C2 B 0, 0.258, 0.628, 0.998, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.628 std_dev=0.370
O2 B 0, 0.262, 0.635, 1.008, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.635 std_dev=0.373
OP1 A 0, 0.120, 0.501, 0.882, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.501 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.249, 0.645, 1.040, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.645 std_dev=0.396
OP2 A 0, 0.105, 0.506, 0.906, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.506 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.263, 0.729, 1.195, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.729 std_dev=0.466
C6 B 0, 0.262, 0.738, 1.213, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.738 std_dev=0.475
OP2 B 0, 0.182, 0.738, 1.294, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.738 std_dev=0.556
C1' B 0, 0.274, 0.843, 1.411, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.843 std_dev=0.568
O4' B 0, 0.284, 0.906, 1.528, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.906 std_dev=0.622
O5' B 0, 0.267, 0.895, 1.523, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.895 std_dev=0.628
P B 0, 0.253, 0.881, 1.509, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.881 std_dev=0.628
C2' B 0, 0.283, 0.920, 1.557, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.920 std_dev=0.637
OP1 B 0, 0.344, 1.020, 1.696, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.020 std_dev=0.676
C3' B 0, 0.294, 0.981, 1.669, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.981 std_dev=0.688
C4' B 0, 0.300, 1.003, 1.707, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.003 std_dev=0.704
O2' B 0, 0.286, 0.993, 1.700, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.993 std_dev=0.707
C5' B 0, 0.297, 1.015, 1.732, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.015 std_dev=0.718
O3' B 0, 0.312, 1.096, 1.880, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.096 std_dev=0.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.10 0.15 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.16 0.22 0.18
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.12 0.16 0.22 0.18
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.12 0.16 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.11
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.13 0.20 0.16
N4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.19 0.25 0.20
O2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.06 0.07 0.13 0.10
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.10 0.13 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.16 0.01 0.12 0.08 0.13 0.19 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.15 0.05 0.03 0.22 0.01 0.22 0.00 0.16 0.12 0.20 0.25 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.04 0.02 0.18 0.00 0.18 0.00 0.14 0.11 0.16 0.20 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.18 0.18 0.15
C2 0.17 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.18 0.16 0.18 0.16 0.15 0.16 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.20 0.19 0.18
C2' 0.09 0.06 0.09 0.09 0.05 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.04 0.04 0.06 0.10 0.09 0.10 0.13 0.17 0.19 0.15
C3' 0.08 0.05 0.08 0.08 0.05 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.03 0.05 0.05 0.08 0.08 0.09 0.13 0.17 0.19 0.15
C4 0.18 0.15 0.17 0.16 0.16 0.19 0.20 0.20 0.20 0.18 0.14 0.16 0.13 0.18 0.15 0.19 0.18 0.22 0.21 0.22
C4' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.04 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.16 0.17 0.14
C5 0.16 0.12 0.14 0.14 0.13 0.16 0.17 0.18 0.17 0.15 0.11 0.13 0.11 0.15 0.13 0.17 0.16 0.21 0.20 0.20
C5' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.17 0.17 0.14
C6 0.13 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.15 0.20 0.19 0.18
N1 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.14 0.19 0.19 0.17
N3 0.19 0.16 0.17 0.16 0.17 0.19 0.21 0.19 0.21 0.19 0.16 0.17 0.15 0.18 0.16 0.20 0.18 0.22 0.20 0.21
N4 0.20 0.16 0.18 0.18 0.17 0.21 0.21 0.22 0.22 0.19 0.15 0.17 0.14 0.19 0.17 0.22 0.20 0.24 0.22 0.24
O2 0.17 0.17 0.16 0.14 0.18 0.15 0.19 0.15 0.19 0.18 0.17 0.17 0.17 0.17 0.14 0.16 0.14 0.19 0.18 0.17
O2' 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.04 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.15 0.17 0.13
O3' 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.12 0.10 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.13 0.16 0.20 0.15
O4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.17 0.17 0.14
O5' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.11 0.10 0.07 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.13 0.19 0.19 0.16
OP1 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.05 0.05 0.07 0.09 0.07 0.09 0.12 0.19 0.19 0.16
OP2 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.10 0.08 0.13 0.09 0.07 0.05 0.04 0.07 0.08 0.07 0.09 0.14 0.21 0.20 0.17
P 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.08 0.12 0.19 0.18 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06
O2 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00