ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.028, 0.058, 0.087, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.017, 0.057, 0.097, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.057 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.068, 0.175, 0.282, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.107
O4' A 0, 0.048, 0.161, 0.273, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.161 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.164, 0.376, 0.588, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.376 std_dev=0.212
C3' A 0, 0.362, 0.599, 0.836, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.599 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.302, 0.566, 0.829, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.566 std_dev=0.263
O3' A 0, 0.214, 0.480, 0.745, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.480 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.121, 0.391, 0.661, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.391 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.139, 0.416, 0.693, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.416 std_dev=0.277
N1 B 0, 0.386, 0.682, 0.978, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.682 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.450, 0.813, 1.176, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.813 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.143, 0.551, 0.960, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.551 std_dev=0.409
N9 B 0, 0.282, 0.743, 1.205, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.743 std_dev=0.461
C5' A 0, 0.654, 1.145, 1.635, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.145 std_dev=0.491
C6 B 0, 0.399, 0.892, 1.385, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.892 std_dev=0.493
C2' B 0, 0.566, 1.110, 1.654, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.110 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.251, 0.819, 1.388, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.819 std_dev=0.569
O4' B 0, 0.369, 0.949, 1.529, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.949 std_dev=0.580
O5' A 0, 0.296, 0.972, 1.647, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.972 std_dev=0.676
N6 B 0, 0.539, 1.222, 1.905, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.222 std_dev=0.683
C8 B 0, 0.330, 1.016, 1.701, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.016 std_dev=0.685
C3' B 0, 0.622, 1.312, 2.001, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.312 std_dev=0.689
N7 B 0, 0.344, 1.104, 1.864, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.104 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.215, 1.055, 1.894, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.055 std_dev=0.840
O3' B 0, 0.730, 1.605, 2.480, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.605 std_dev=0.875
OP1 A 0, 0.346, 1.251, 2.156, 3.291 max_d=3.291 avg_d=1.251 std_dev=0.905
O2' B 0, 0.435, 1.341, 2.248, 3.404 max_d=3.404 avg_d=1.341 std_dev=0.906
P A 0, 0.176, 1.153, 2.130, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.153 std_dev=0.977
C5' B 0, 0.669, 1.681, 2.693, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.681 std_dev=1.012
O5' B 0, 1.286, 2.422, 3.557, 3.729 max_d=3.729 avg_d=2.422 std_dev=1.136
P B 0, 1.727, 3.352, 4.976, 5.362 max_d=5.362 avg_d=3.352 std_dev=1.625
OP2 A 0, -0.184, 1.532, 3.247, 5.937 max_d=5.937 avg_d=1.532 std_dev=1.716
OP1 B 0, 2.125, 4.012, 5.899, 6.743 max_d=6.743 avg_d=4.012 std_dev=1.887
OP2 B 0, 1.618, 4.090, 6.561, 7.139 max_d=7.139 avg_d=4.090 std_dev=2.471

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.31 0.35 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.02 0.48 0.17 0.61 0.42
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.10 0.08 0.15 0.01 0.04 0.02 0.23 0.29 0.26 0.12
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.10 0.06 0.11 0.10 0.14 0.04 0.02 0.02 0.21 0.20 0.29 0.16
C4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.61 0.32 1.16 0.76
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.08 0.11 0.04 0.00 0.03 0.33 0.37 0.19
C5 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.61 0.37 1.22 0.80
C5' 0.07 0.14 0.05 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.24 0.16 0.17 0.23 0.11 0.10 0.11 0.05 0.01 0.09 0.11 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.57 0.25 0.90 0.62
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.47 0.19 0.56 0.40
N3 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.13 0.02 0.55 0.20 0.90 0.60
N4 0.04 0.02 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.23 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.02 0.63 0.42 1.35 0.86
O2 0.06 0.01 0.15 0.14 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.06 0.42 0.25 0.39 0.28
O2' 0.03 0.11 0.01 0.04 0.08 0.11 0.03 0.10 0.03 0.04 0.11 0.09 0.17 0.00 0.08 0.06 0.14 0.44 0.53 0.24
O3' 0.04 0.13 0.04 0.02 0.10 0.04 0.10 0.11 0.10 0.06 0.13 0.12 0.18 0.08 0.00 0.03 0.16 0.25 0.58 0.24
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.26 0.41 0.09 0.09
O5' 0.31 0.48 0.23 0.21 0.61 0.03 0.61 0.01 0.57 0.47 0.55 0.63 0.42 0.14 0.16 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.17 0.29 0.20 0.32 0.33 0.37 0.09 0.25 0.19 0.20 0.42 0.25 0.44 0.25 0.41 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.61 0.26 0.29 1.16 0.37 1.22 0.11 0.90 0.56 0.90 1.35 0.39 0.53 0.58 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.42 0.12 0.16 0.76 0.19 0.80 0.03 0.62 0.40 0.60 0.86 0.28 0.24 0.24 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.20 0.46 0.32 0.18 0.15 0.16 0.42 0.15 0.17 0.16 0.21 0.16 0.16 0.19 0.64 0.47 0.17 0.29 0.73 0.68 0.42
C2 0.19 0.17 0.54 0.40 0.18 0.22 0.18 0.49 0.17 0.20 0.11 0.20 0.21 0.21 0.20 0.76 0.60 0.24 0.30 0.51 0.69 0.29
C2' 0.28 0.26 0.52 0.43 0.26 0.32 0.25 0.64 0.22 0.28 0.19 0.28 0.25 0.28 0.28 0.66 0.47 0.26 0.37 0.60 0.75 0.23
C3' 0.32 0.27 0.56 0.49 0.29 0.39 0.29 0.75 0.25 0.34 0.21 0.30 0.28 0.33 0.32 0.69 0.49 0.29 0.45 0.61 0.82 0.20
C4 0.22 0.15 0.60 0.50 0.18 0.28 0.20 0.58 0.18 0.25 0.11 0.19 0.24 0.26 0.22 0.82 0.70 0.27 0.44 0.48 0.83 0.34
C4' 0.23 0.24 0.50 0.41 0.23 0.23 0.23 0.53 0.22 0.24 0.22 0.24 0.23 0.24 0.24 0.63 0.44 0.13 0.36 0.77 0.66 0.29
C5 0.21 0.18 0.57 0.45 0.18 0.26 0.19 0.56 0.17 0.23 0.12 0.20 0.22 0.23 0.21 0.78 0.65 0.25 0.38 0.49 0.79 0.30
C5' 0.23 0.24 0.51 0.41 0.23 0.24 0.23 0.56 0.23 0.25 0.21 0.24 0.26 0.26 0.24 0.65 0.43 0.15 0.39 0.75 0.68 0.25
C6 0.20 0.19 0.53 0.39 0.19 0.22 0.18 0.52 0.16 0.21 0.14 0.22 0.20 0.21 0.20 0.73 0.58 0.23 0.31 0.55 0.73 0.30
N1 0.20 0.20 0.51 0.37 0.18 0.20 0.17 0.48 0.16 0.19 0.14 0.22 0.19 0.19 0.20 0.71 0.55 0.22 0.28 0.58 0.69 0.32
N3 0.21 0.14 0.59 0.47 0.18 0.27 0.20 0.55 0.18 0.24 0.11 0.19 0.24 0.25 0.21 0.82 0.68 0.27 0.40 0.46 0.77 0.32
N4 0.23 0.12 0.63 0.57 0.18 0.32 0.22 0.62 0.20 0.28 0.11 0.17 0.26 0.29 0.23 0.86 0.76 0.28 0.55 0.53 0.92 0.44
O2 0.18 0.16 0.51 0.36 0.16 0.20 0.16 0.45 0.16 0.18 0.11 0.20 0.20 0.18 0.18 0.72 0.55 0.23 0.27 0.55 0.64 0.31
O2' 0.26 0.30 0.45 0.40 0.26 0.28 0.23 0.54 0.21 0.23 0.25 0.30 0.19 0.21 0.26 0.56 0.39 0.23 0.39 0.80 0.71 0.39
O3' 0.42 0.34 0.62 0.61 0.38 0.54 0.38 0.91 0.33 0.44 0.28 0.38 0.36 0.43 0.42 0.71 0.55 0.41 0.58 0.74 0.88 0.28
O4' 0.19 0.20 0.45 0.32 0.19 0.14 0.17 0.38 0.17 0.18 0.17 0.20 0.16 0.17 0.19 0.63 0.46 0.17 0.33 0.82 0.70 0.49
O5' 0.31 0.29 0.63 0.54 0.29 0.34 0.27 0.68 0.24 0.30 0.24 0.31 0.23 0.29 0.30 0.79 0.58 0.19 0.40 0.59 0.78 0.17
OP1 0.50 0.54 0.54 0.48 0.52 0.57 0.55 0.80 0.56 0.54 0.56 0.52 0.60 0.55 0.52 0.65 0.49 0.63 0.74 0.92 1.29 0.84
OP2 0.40 0.36 0.56 0.46 0.45 0.44 0.57 0.77 0.59 0.60 0.46 0.36 0.77 0.67 0.47 0.76 0.55 0.47 0.67 0.71 1.43 0.82
P 0.25 0.25 0.51 0.41 0.26 0.30 0.31 0.64 0.32 0.33 0.26 0.25 0.41 0.36 0.28 0.73 0.52 0.28 0.48 0.63 1.09 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.14 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.31 0.00 0.34 0.45 0.44 0.38
C2 0.05 0.00 0.27 0.17 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.44 0.46 0.22 0.36 0.92 0.64 0.63
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.03 0.09 0.24 0.15 0.14 0.23 0.26 0.12 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.42 0.26 0.62 0.36
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.23 0.30 0.20 0.15 0.27 0.31 0.17 0.01 0.01 0.02 0.24 0.13 0.30 0.18
C4 0.03 0.01 0.14 0.16 0.00 0.03 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.27 0.28 0.12 0.44 0.75 0.67 0.55
C4' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.19 0.08 0.13 0.06 0.16 0.06 0.29 0.03 0.00 0.02 0.27 0.17 0.15
C5 0.03 0.01 0.09 0.24 0.01 0.06 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.19 0.06 0.55 0.87 0.81 0.62
C5' 0.14 0.20 0.24 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.29 0.37 0.24 0.18 0.32 0.38 0.24 0.15 0.22 0.02 0.01 0.35 0.35 0.03
C6 0.04 0.02 0.15 0.23 0.02 0.04 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.25 0.10 0.51 0.93 0.79 0.62
C8 0.02 0.02 0.14 0.30 0.01 0.19 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.31 0.12 0.14 0.71 0.89 0.91 0.70
N1 0.05 0.01 0.23 0.20 0.02 0.08 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.39 0.36 0.17 0.42 0.94 0.71 0.63
N3 0.05 0.01 0.26 0.15 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.41 0.47 0.22 0.35 0.83 0.58 0.58
N6 0.05 0.03 0.12 0.27 0.03 0.06 0.02 0.32 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.35 0.21 0.08 0.56 1.01 0.86 0.65
N7 0.02 0.02 0.07 0.31 0.01 0.16 0.01 0.38 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.31 0.14 0.08 0.70 0.99 0.97 0.72
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.06 0.02 0.24 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.18 0.17 0.02 0.51 0.65 0.66 0.52
O2' 0.04 0.44 0.00 0.01 0.27 0.29 0.29 0.15 0.34 0.31 0.39 0.41 0.35 0.31 0.18 0.00 0.06 0.19 0.38 0.16 0.61 0.31
O3' 0.31 0.46 0.04 0.01 0.28 0.03 0.19 0.22 0.25 0.12 0.36 0.47 0.21 0.14 0.17 0.06 0.00 0.23 0.24 0.29 0.38 0.34
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.14 0.17 0.22 0.08 0.08 0.02 0.19 0.23 0.00 0.33 0.59 0.31 0.45
O5' 0.34 0.36 0.42 0.24 0.44 0.02 0.55 0.01 0.51 0.71 0.42 0.35 0.56 0.70 0.51 0.38 0.24 0.33 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.45 0.92 0.26 0.13 0.75 0.27 0.87 0.35 0.93 0.89 0.94 0.83 1.01 0.99 0.65 0.16 0.29 0.59 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.64 0.62 0.30 0.67 0.17 0.81 0.35 0.79 0.91 0.71 0.58 0.86 0.97 0.66 0.61 0.38 0.31 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.63 0.36 0.18 0.55 0.15 0.62 0.03 0.62 0.70 0.63 0.58 0.65 0.72 0.52 0.31 0.34 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00