ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50831

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.026 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.025, 0.058, 0.092, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.058 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.015, 0.072, 0.128, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.072 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.042, 0.173, 0.303, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.173 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.016, 0.206, 0.395, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.206 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.162, 0.352, 0.543, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.352 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.004, 0.213, 0.422, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.213 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.053, 0.378, 0.702, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.378 std_dev=0.325
C4' A 0, 0.004, 0.351, 0.697, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.351 std_dev=0.347
OP1 A 0, 0.063, 0.449, 0.834, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.449 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.269, 0.690, 1.112, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.690 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.059, 0.528, 0.997, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.528 std_dev=0.469
C4 B 0, 0.162, 0.631, 1.100, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.631 std_dev=0.469
O3' A 0, 0.057, 0.580, 1.103, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.580 std_dev=0.523
P A 0, -0.107, 0.435, 0.978, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.435 std_dev=0.542
N3 B 0, -0.017, 0.545, 1.107, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.545 std_dev=0.562
OP2 A 0, -0.037, 0.537, 1.111, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.537 std_dev=0.574
O5' A 0, 0.060, 0.713, 1.366, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.713 std_dev=0.653
C6 B 0, 0.279, 0.973, 1.666, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.973 std_dev=0.693
C5 B 0, 0.605, 1.299, 1.993, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.299 std_dev=0.694
N9 B 0, 0.360, 1.161, 1.961, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.161 std_dev=0.800
C1' B 0, 0.368, 1.178, 1.987, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.178 std_dev=0.810
C2' B 0, 0.773, 1.651, 2.528, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.651 std_dev=0.877
C8 B 0, 0.999, 2.106, 3.213, 3.010 max_d=3.010 avg_d=2.106 std_dev=1.107
C3' B 0, 1.059, 2.215, 3.372, 3.135 max_d=3.135 avg_d=2.215 std_dev=1.157
O4' B 0, 0.761, 1.925, 3.089, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.925 std_dev=1.164
N7 B 0, 1.053, 2.245, 3.437, 3.504 max_d=3.504 avg_d=2.245 std_dev=1.192
N6 B 0, 0.287, 1.579, 2.870, 3.918 max_d=3.918 avg_d=1.579 std_dev=1.291
O2' B 0, 1.005, 2.372, 3.739, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.372 std_dev=1.367
C4' B 0, 0.548, 1.934, 3.319, 3.519 max_d=3.519 avg_d=1.934 std_dev=1.386
O3' B 0, 1.337, 2.804, 4.270, 4.223 max_d=4.223 avg_d=2.804 std_dev=1.467
C5' B 0, 1.133, 3.264, 5.395, 5.458 max_d=5.458 avg_d=3.264 std_dev=2.131
O5' B 0, 1.723, 4.587, 7.450, 7.523 max_d=7.523 avg_d=4.587 std_dev=2.864
P B 0, 2.175, 5.848, 9.522, 9.715 max_d=9.715 avg_d=5.848 std_dev=3.673
OP2 B 0, 2.857, 6.626, 10.395, 10.154 max_d=10.154 avg_d=6.626 std_dev=3.769
OP1 B 0, 2.404, 6.905, 11.405, 11.480 max_d=11.480 avg_d=6.905 std_dev=4.501

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.40 0.03
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.17 0.02 0.39 0.15 0.21 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.05 0.15 0.00 0.01 0.01 0.27 0.28 0.22 0.15
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.14 0.09 0.18 0.01 0.01 0.01 0.34 0.37 0.13 0.25
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.04 0.52 0.15 0.09 0.24
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.13 0.37 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.51 0.13 0.16 0.22
C5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.05 0.07 0.11 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.43 0.11 0.30 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.35 0.12 0.30 0.09
N3 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.18 0.03 0.47 0.16 0.12 0.20
N4 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.05 0.55 0.16 0.07 0.29
O2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.23 0.02 0.32 0.16 0.22 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.03 0.12 0.25 0.27 0.06
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.11 0.02 0.05 0.01 0.07 0.05 0.18 0.13 0.23 0.02 0.00 0.02 0.29 0.49 0.11 0.31
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.54 0.17
O5' 0.17 0.39 0.27 0.34 0.52 0.02 0.51 0.01 0.43 0.35 0.47 0.55 0.32 0.12 0.29 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.15 0.28 0.37 0.15 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.16 0.16 0.16 0.25 0.49 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 0.21 0.22 0.13 0.09 0.37 0.16 0.36 0.30 0.30 0.12 0.07 0.22 0.27 0.11 0.54 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.15 0.25 0.24 0.03 0.22 0.01 0.12 0.09 0.20 0.29 0.11 0.06 0.31 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.18 0.20 0.16 0.14 0.20 0.11 0.20 0.12 0.13 0.07 0.21 0.24 0.13 0.16 0.64 0.63 0.22 0.54 0.79 0.78 0.22
C2 0.33 0.04 0.21 0.31 0.23 0.41 0.20 0.43 0.12 0.31 0.09 0.18 0.14 0.26 0.31 0.50 0.79 0.46 0.66 0.66 0.67 0.18
C2' 0.21 0.16 0.22 0.14 0.11 0.18 0.24 0.21 0.37 0.18 0.22 0.22 0.61 0.30 0.13 0.75 0.57 0.19 0.67 1.02 0.58 0.23
C3' 0.25 0.18 0.28 0.20 0.17 0.23 0.31 0.28 0.43 0.27 0.25 0.25 0.71 0.39 0.18 0.80 0.57 0.23 0.73 1.14 0.51 0.32
C4 0.36 0.03 0.23 0.39 0.24 0.51 0.24 0.54 0.14 0.37 0.09 0.13 0.16 0.33 0.34 0.44 0.90 0.55 0.67 0.57 0.67 0.20
C4' 0.16 0.17 0.20 0.10 0.08 0.12 0.21 0.18 0.29 0.18 0.11 0.20 0.54 0.29 0.09 0.73 0.54 0.13 0.57 1.01 0.70 0.24
C5 0.32 0.06 0.22 0.35 0.22 0.43 0.20 0.45 0.13 0.31 0.08 0.16 0.15 0.26 0.30 0.49 0.88 0.46 0.60 0.55 0.73 0.17
C5' 0.21 0.19 0.24 0.15 0.09 0.17 0.20 0.21 0.28 0.17 0.11 0.23 0.53 0.28 0.11 0.75 0.60 0.18 0.60 1.01 0.69 0.23
C6 0.30 0.12 0.22 0.30 0.21 0.36 0.17 0.36 0.12 0.25 0.08 0.20 0.16 0.21 0.26 0.55 0.81 0.39 0.58 0.62 0.76 0.18
N1 0.29 0.12 0.22 0.27 0.20 0.33 0.16 0.34 0.12 0.23 0.08 0.21 0.17 0.18 0.25 0.57 0.77 0.36 0.59 0.67 0.74 0.17
N3 0.37 0.04 0.23 0.38 0.25 0.51 0.24 0.54 0.14 0.39 0.10 0.13 0.15 0.33 0.35 0.44 0.87 0.56 0.70 0.62 0.65 0.22
N4 0.38 0.06 0.25 0.44 0.24 0.57 0.26 0.62 0.15 0.43 0.09 0.10 0.17 0.38 0.37 0.42 0.95 0.62 0.70 0.57 0.65 0.25
O2 0.33 0.03 0.20 0.27 0.24 0.38 0.20 0.41 0.12 0.30 0.10 0.19 0.13 0.25 0.31 0.51 0.73 0.44 0.70 0.73 0.64 0.21
O2' 0.14 0.23 0.20 0.06 0.10 0.08 0.29 0.14 0.42 0.24 0.20 0.23 0.72 0.37 0.10 0.78 0.43 0.09 0.65 1.11 0.61 0.32
O3' 0.31 0.23 0.36 0.28 0.27 0.30 0.48 0.39 0.59 0.45 0.35 0.29 0.94 0.60 0.30 0.88 0.49 0.29 0.85 1.37 0.39 0.53
O4' 0.20 0.19 0.20 0.14 0.14 0.18 0.11 0.18 0.12 0.13 0.07 0.22 0.25 0.15 0.15 0.65 0.61 0.20 0.50 0.82 0.83 0.27
O5' 0.43 0.29 0.44 0.41 0.26 0.43 0.20 0.40 0.25 0.22 0.15 0.39 0.48 0.24 0.30 0.95 0.93 0.43 0.61 0.87 0.75 0.05
OP1 0.45 0.30 0.46 0.45 0.26 0.46 0.24 0.42 0.30 0.25 0.17 0.40 0.58 0.31 0.30 1.03 0.98 0.44 0.65 0.82 0.83 0.10
OP2 0.48 0.30 0.42 0.49 0.30 0.53 0.26 0.49 0.34 0.27 0.29 0.38 0.53 0.28 0.35 0.87 1.02 0.53 0.90 1.13 0.41 0.36
P 0.40 0.21 0.39 0.40 0.20 0.42 0.15 0.38 0.23 0.16 0.09 0.32 0.48 0.20 0.25 0.91 0.95 0.40 0.67 0.90 0.69 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.37 0.40 0.51 0.18
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.28 0.02 0.58 0.87 0.62 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.21 0.03 0.06 0.06 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.67 0.89 0.56 0.54
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.18 0.00 0.27 0.03 0.25 0.33 0.20 0.10 0.28 0.35 0.20 0.01 0.00 0.00 0.44 0.83 0.08 0.44
C4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.32 0.15 0.02 0.60 0.84 0.60 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.06 0.03 0.06 0.12 0.07 0.27 0.04 0.00 0.03 0.28 0.36 0.09
C5 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.04 0.03 0.71 1.10 0.59 0.39
C5' 0.08 0.05 0.21 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.21 0.01 0.01 0.32 0.37 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.25 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.41 0.06 0.04 0.73 1.18 0.59 0.41
C8 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.12 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.20 0.16 0.02 0.71 0.98 0.61 0.38
N1 0.01 0.00 0.06 0.20 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.16 0.03 0.67 1.05 0.61 0.35
N3 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.32 0.02 0.53 0.73 0.60 0.23
N6 0.04 0.01 0.05 0.28 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.43 0.07 0.06 0.79 1.33 0.57 0.49
N7 0.02 0.01 0.04 0.35 0.00 0.12 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.28 0.18 0.03 0.76 1.23 0.59 0.47
N9 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.19 0.08 0.01 0.56 0.71 0.58 0.25
O2' 0.02 0.38 0.01 0.01 0.32 0.27 0.35 0.05 0.41 0.20 0.41 0.34 0.43 0.28 0.19 0.00 0.03 0.21 0.38 0.69 0.59 0.40
O3' 0.30 0.28 0.04 0.00 0.15 0.04 0.04 0.21 0.06 0.16 0.16 0.32 0.07 0.18 0.08 0.03 0.00 0.23 0.28 0.70 0.29 0.50
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.21 0.23 0.00 0.13 0.19 0.70 0.43
O5' 0.37 0.58 0.67 0.44 0.60 0.03 0.71 0.01 0.73 0.71 0.67 0.53 0.79 0.76 0.56 0.38 0.28 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.40 0.87 0.89 0.83 0.84 0.28 1.10 0.32 1.18 0.98 1.05 0.73 1.33 1.23 0.71 0.69 0.70 0.19 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.62 0.56 0.08 0.60 0.36 0.59 0.37 0.59 0.61 0.61 0.60 0.57 0.59 0.58 0.59 0.29 0.70 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.27 0.54 0.44 0.28 0.09 0.39 0.01 0.41 0.38 0.35 0.23 0.49 0.47 0.25 0.40 0.50 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00