ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50832

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.002, 0.026, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.028
C4 A 0, -0.001, 0.028, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.029
C1' A 0, -0.002, 0.027, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.029
O2 A 0, -0.002, 0.073, 0.149, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.073 std_dev=0.075
N4 A 0, -0.008, 0.097, 0.201, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.097 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.006, 0.122, 0.238, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.122 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.033, 0.153, 0.273, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.153 std_dev=0.120
OP1 A 0, 0.035, 0.190, 0.345, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.018, 0.195, 0.373, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.195 std_dev=0.177
C4' A 0, -0.013, 0.170, 0.353, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.170 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.052, 0.245, 0.438, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.245 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.077, 0.286, 0.494, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.286 std_dev=0.209
P A 0, 0.022, 0.237, 0.451, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.237 std_dev=0.214
O2' A 0, 0.071, 0.290, 0.508, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.290 std_dev=0.218
O5' A 0, 0.082, 0.316, 0.551, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.316 std_dev=0.234
O3' A 0, 0.033, 0.270, 0.507, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.270 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.114, 0.393, 0.672, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.393 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.018, 0.318, 0.618, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.318 std_dev=0.300
N3 B 0, 0.127, 0.443, 0.759, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.443 std_dev=0.316
OP2 A 0, 0.088, 0.419, 0.750, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.419 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.128, 0.504, 0.881, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.504 std_dev=0.377
N6 B 0, 0.158, 0.539, 0.919, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.539 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.138, 0.521, 0.904, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.521 std_dev=0.383
N7 B 0, 0.164, 0.696, 1.229, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.696 std_dev=0.532
N9 B 0, 0.187, 0.722, 1.256, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.722 std_dev=0.534
C8 B 0, 0.194, 0.794, 1.394, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.794 std_dev=0.600
C2' B 0, 0.252, 0.873, 1.495, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.873 std_dev=0.621
C1' B 0, 0.236, 0.863, 1.490, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.863 std_dev=0.627
O4' B 0, 0.281, 0.993, 1.704, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.993 std_dev=0.711
C4' B 0, 0.316, 1.086, 1.856, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.086 std_dev=0.770
O2' B 0, 0.312, 1.117, 1.921, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.117 std_dev=0.804
C3' B 0, 0.382, 1.316, 2.249, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.316 std_dev=0.933
C5' B 0, 0.390, 1.341, 2.293, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.341 std_dev=0.951
O5' B 0, 0.398, 1.504, 2.610, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.504 std_dev=1.106
O3' B 0, 0.479, 1.636, 2.793, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.636 std_dev=1.157
P B 0, 0.481, 2.013, 3.545, 3.714 max_d=3.714 avg_d=2.013 std_dev=1.532
OP2 B 0, 0.430, 2.020, 3.610, 3.885 max_d=3.885 avg_d=2.020 std_dev=1.590
OP1 B 0, 0.970, 3.672, 6.374, 6.425 max_d=6.425 avg_d=3.672 std_dev=2.702

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.03 0.15 0.03
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.06 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.18 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.19 0.02
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.02 0.22 0.02
C5' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.07 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.21 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.17 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03 0.06 0.02 0.16 0.02
N4 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.20 0.01
O2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.05 0.01 0.03 0.05 0.12 0.03
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.11 0.00 0.04 0.04 0.04 0.19 0.08 0.05
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.02 0.05 0.27 0.24 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.23 0.14
O5' 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00
OP1 0.05 0.03 0.14 0.18 0.02 0.12 0.02 0.10 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.19 0.27 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.15 0.06 0.12 0.19 0.05 0.22 0.03 0.21 0.17 0.16 0.20 0.12 0.08 0.24 0.23 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.03 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.13 0.11 0.05 0.07 0.04 0.32 0.05 0.04 0.02 0.07 0.11 0.05 0.05 0.23 0.08 0.06 0.25 0.91 0.43 0.38
C2 0.14 0.07 0.16 0.14 0.10 0.14 0.06 0.35 0.05 0.09 0.05 0.11 0.09 0.06 0.11 0.30 0.16 0.14 0.22 0.64 0.48 0.23
C2' 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.45 0.08 0.03 0.08 0.08 0.14 0.04 0.05 0.25 0.03 0.06 0.17 0.90 0.40 0.33
C3' 0.09 0.09 0.07 0.01 0.09 0.14 0.10 0.55 0.12 0.09 0.10 0.09 0.19 0.10 0.09 0.29 0.03 0.10 0.10 0.86 0.40 0.28
C4 0.18 0.08 0.16 0.16 0.13 0.16 0.11 0.43 0.10 0.14 0.08 0.13 0.14 0.12 0.16 0.37 0.17 0.18 0.16 0.48 0.50 0.06
C4' 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.46 0.07 0.05 0.04 0.06 0.15 0.07 0.03 0.24 0.03 0.04 0.15 0.95 0.37 0.34
C5 0.14 0.07 0.14 0.12 0.09 0.13 0.07 0.42 0.07 0.09 0.05 0.11 0.13 0.07 0.11 0.35 0.14 0.14 0.15 0.58 0.47 0.14
C5' 0.05 0.06 0.06 0.02 0.04 0.09 0.07 0.50 0.09 0.06 0.04 0.06 0.17 0.09 0.05 0.26 0.03 0.06 0.12 0.91 0.37 0.30
C6 0.11 0.06 0.12 0.10 0.06 0.10 0.02 0.38 0.05 0.05 0.03 0.09 0.11 0.02 0.08 0.30 0.12 0.10 0.18 0.71 0.45 0.24
N1 0.10 0.06 0.13 0.11 0.06 0.10 0.01 0.35 0.04 0.05 0.02 0.09 0.10 0.01 0.07 0.28 0.12 0.10 0.21 0.75 0.45 0.28
N3 0.18 0.09 0.17 0.17 0.13 0.17 0.11 0.40 0.10 0.14 0.08 0.14 0.13 0.11 0.16 0.36 0.19 0.18 0.19 0.49 0.50 0.11
N4 0.22 0.09 0.19 0.20 0.15 0.19 0.14 0.47 0.12 0.18 0.09 0.14 0.16 0.16 0.19 0.41 0.18 0.21 0.18 0.39 0.53 0.05
O2 0.14 0.08 0.20 0.17 0.11 0.16 0.07 0.29 0.03 0.11 0.04 0.12 0.05 0.08 0.13 0.29 0.18 0.14 0.29 0.69 0.52 0.31
O2' 0.06 0.12 0.04 0.02 0.06 0.10 0.05 0.46 0.07 0.04 0.10 0.10 0.12 0.05 0.05 0.23 0.10 0.07 0.17 1.00 0.38 0.39
O3' 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.22 0.16 0.66 0.18 0.15 0.14 0.11 0.25 0.16 0.13 0.31 0.12 0.14 0.05 0.91 0.35 0.30
O4' 0.07 0.07 0.12 0.10 0.05 0.06 0.05 0.33 0.06 0.05 0.04 0.08 0.12 0.06 0.05 0.22 0.08 0.05 0.24 0.95 0.40 0.39
O5' 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.05 0.48 0.08 0.04 0.04 0.07 0.16 0.06 0.05 0.28 0.07 0.06 0.13 0.82 0.42 0.27
OP1 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.03 0.10 0.40 0.10 0.11 0.08 0.10 0.14 0.12 0.09 0.24 0.13 0.08 0.23 0.92 0.42 0.39
OP2 0.05 0.09 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.44 0.11 0.03 0.11 0.07 0.18 0.06 0.02 0.30 0.06 0.03 0.17 0.79 0.45 0.32
P 0.06 0.06 0.08 0.06 0.03 0.07 0.03 0.45 0.07 0.00 0.05 0.07 0.14 0.04 0.03 0.29 0.07 0.05 0.17 0.84 0.43 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.24 0.74 0.32 0.35
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.24 0.91 0.38 0.39
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.25 0.03 0.08 0.06 0.11 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.44 0.22 0.12
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.32 0.11 0.18
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.15 0.02 0.24 0.95 0.39 0.41
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.07 0.16 0.02 0.04 0.10 0.15 0.07 0.17 0.05 0.00 0.01 0.30 0.05 0.07
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.02 0.22 1.04 0.40 0.42
C5' 0.15 0.26 0.25 0.01 0.31 0.00 0.42 0.00 0.42 0.46 0.34 0.22 0.47 0.49 0.32 0.10 0.13 0.01 0.00 0.22 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.02 0.21 1.04 0.38 0.41
C8 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.16 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.03 0.21 1.06 0.42 0.43
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.22 0.99 0.38 0.41
N3 0.02 0.01 0.11 0.06 0.00 0.04 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.25 0.87 0.38 0.39
N6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.47 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.15 0.02 0.18 1.08 0.37 0.41
N7 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.15 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.03 0.20 1.09 0.42 0.43
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.19 0.02 0.24 0.93 0.39 0.41
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.09 0.17 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.07 0.00 0.09 0.08 0.08 0.42 0.16 0.14
O3' 0.25 0.10 0.02 0.01 0.15 0.05 0.15 0.13 0.14 0.19 0.11 0.12 0.15 0.18 0.19 0.09 0.00 0.28 0.15 0.22 0.12 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.28 0.00 0.31 0.76 0.36 0.42
O5' 0.24 0.24 0.07 0.13 0.24 0.01 0.22 0.00 0.21 0.21 0.22 0.25 0.18 0.20 0.24 0.08 0.15 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.74 0.91 0.44 0.32 0.95 0.30 1.04 0.22 1.04 1.06 0.99 0.87 1.08 1.09 0.93 0.42 0.22 0.76 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.38 0.22 0.11 0.39 0.05 0.40 0.29 0.38 0.42 0.38 0.38 0.37 0.42 0.39 0.16 0.12 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.39 0.12 0.18 0.41 0.07 0.42 0.02 0.41 0.43 0.41 0.39 0.41 0.43 0.41 0.14 0.19 0.42 0.00 0.01 0.01 0.00