ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50835

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
OP2 A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N6 B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
P A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O3' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP1 A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
N7 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C8 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
N9 B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C2' B 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O4' B 0, 0.000, 0.433, 0.867, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O2' B 0, 0.000, 0.445, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C3' B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
O5' B 0, 0.000, 0.456, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.456 std_dev=0.456
P B 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O3' B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C4' B 0, 0.000, 0.478, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C5' B 0, 0.000, 0.543, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.543 std_dev=0.543
OP1 B 0, 0.000, 0.609, 1.219, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.609 std_dev=0.609

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
N4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04
C2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03
C2' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.09 0.01 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07
C3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.08 0.07 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03
N3 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02
N4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
O2 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.10 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03
O2' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.08 0.08 0.07 0.07
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.07 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03
OP1 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03
OP2 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.09 0.02 0.02 0.08 0.06 0.06 0.05
P 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01
O2' 0.01 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07
O3' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00