ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50836

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C3' A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O2' A 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.000, 0.327, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.327 std_dev=0.327
C2 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5' A 0, 0.000, 0.336, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O5' A 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
N3 B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
OP1 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O3' A 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C3' B 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
P B 0, 0.000, 0.378, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.378 std_dev=0.378
N6 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C4 B 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C4' B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
O3' B 0, 0.000, 0.428, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O2' B 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
N9 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C1' B 0, 0.000, 0.464, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.464 std_dev=0.464
O4' B 0, 0.000, 0.478, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.478 std_dev=0.478
N7 B 0, 0.000, 0.501, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.501 std_dev=0.501
OP2 B 0, 0.000, 0.503, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.503 std_dev=0.503
P A 0, 0.000, 0.506, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.506 std_dev=0.506
C8 B 0, 0.000, 0.515, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.515 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.000, 0.651, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP2 A 0, 0.000, 0.666, 1.333, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.666 std_dev=0.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.09 0.09 0.20 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.18 0.23 0.32 0.23
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.19 0.24 0.30 0.23
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.09 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.15 0.16 0.20 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.14 0.16 0.27 0.18
N4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.20 0.28 0.37 0.26
O2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.00 0.06 0.04 0.16 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.09 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04
O5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.15 0.08 0.14 0.20 0.06 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.09 0.00 0.01 0.23 0.04 0.24 0.05 0.16 0.08 0.16 0.28 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.20 0.03 0.01 0.32 0.00 0.30 0.01 0.20 0.15 0.27 0.37 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.01 0.01 0.23 0.01 0.23 0.00 0.15 0.09 0.18 0.26 0.08 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06 0.13 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01
C2 0.13 0.10 0.07 0.10 0.13 0.15 0.14 0.17 0.13 0.14 0.11 0.11 0.14 0.14 0.13 0.03 0.04 0.17 0.11 0.01 0.05 0.04
C2' 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.06 0.02 0.01 0.10 0.09 0.08
C3' 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.05 0.15 0.15 0.14
C4 0.16 0.16 0.10 0.12 0.17 0.18 0.17 0.19 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.06 0.06 0.21 0.13 0.02 0.08 0.06
C4' 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.00 0.05 0.16 0.16 0.14
C5 0.15 0.14 0.09 0.11 0.15 0.17 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.05 0.06 0.19 0.12 0.01 0.06 0.05
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.18 0.16 0.15
C6 0.12 0.11 0.07 0.09 0.12 0.14 0.12 0.16 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.04 0.04 0.16 0.10 0.00 0.04 0.03
N1 0.11 0.08 0.06 0.08 0.10 0.14 0.11 0.16 0.10 0.12 0.09 0.09 0.11 0.12 0.11 0.02 0.03 0.15 0.10 0.01 0.03 0.02
N3 0.16 0.15 0.09 0.11 0.16 0.18 0.17 0.19 0.17 0.17 0.16 0.15 0.16 0.17 0.16 0.05 0.06 0.20 0.13 0.02 0.08 0.06
N4 0.18 0.18 0.11 0.13 0.18 0.19 0.18 0.20 0.18 0.18 0.19 0.18 0.17 0.18 0.18 0.08 0.08 0.23 0.14 0.03 0.10 0.08
O2 0.11 0.06 0.06 0.09 0.11 0.14 0.13 0.17 0.11 0.13 0.07 0.08 0.12 0.14 0.12 0.01 0.03 0.16 0.11 0.01 0.05 0.04
O2' 0.11 0.17 0.13 0.11 0.13 0.08 0.12 0.04 0.14 0.08 0.17 0.15 0.13 0.08 0.11 0.16 0.15 0.08 0.09 0.16 0.17 0.15
O3' 0.13 0.12 0.16 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.16 0.17 0.12 0.18 0.27 0.29 0.26
O4' 0.06 0.05 0.03 0.06 0.06 0.11 0.05 0.14 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.03 0.02
O5' 0.10 0.14 0.06 0.08 0.10 0.11 0.08 0.11 0.09 0.06 0.12 0.13 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.13 0.04 0.10 0.07 0.07
OP1 0.04 0.13 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.11 0.11 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.22 0.18 0.17
OP2 0.27 0.33 0.23 0.24 0.27 0.28 0.23 0.26 0.24 0.21 0.30 0.32 0.19 0.19 0.25 0.23 0.22 0.30 0.17 0.01 0.05 0.05
P 0.14 0.20 0.10 0.11 0.14 0.14 0.11 0.14 0.12 0.08 0.17 0.18 0.08 0.06 0.12 0.09 0.09 0.16 0.06 0.10 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.12 0.02 0.04
C2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.05 0.05 0.15 0.07 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.07
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.15 0.04 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.05 0.08
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.15 0.06 0.09
C8 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.04 0.15 0.07 0.11
N3 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.05 0.05 0.14 0.05 0.09
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.06 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04
O3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.18 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.14 0.03 0.07
O5' 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.15 0.03 0.01 0.15 0.05 0.15 0.01 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.03 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.10 0.13 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.12 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.11 0.09 0.09 0.06 0.06 0.04 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00