ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50838

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.014, 0.041, 0.069, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.014, 0.043, 0.073, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.014, 0.044, 0.074, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.044 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.031, 0.106, 0.181, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.106 std_dev=0.075
N4 A 0, 0.052, 0.142, 0.232, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.142 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.037, 0.143, 0.248, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.143 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.049, 0.230, 0.410, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.230 std_dev=0.181
C2' A 0, 0.066, 0.258, 0.451, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.258 std_dev=0.193
C3' A 0, 0.083, 0.345, 0.607, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.345 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.103, 0.376, 0.650, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.376 std_dev=0.273
C5' A 0, 0.113, 0.416, 0.719, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.416 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.060, 0.436, 0.812, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.436 std_dev=0.376
O3' A 0, 0.122, 0.523, 0.924, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.523 std_dev=0.401
P A 0, 0.046, 0.594, 1.141, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.594 std_dev=0.547
OP2 A 0, 0.080, 0.647, 1.214, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.647 std_dev=0.567
C4 B 0, 0.151, 0.741, 1.331, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.741 std_dev=0.590
C5 B 0, 0.113, 0.714, 1.316, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.714 std_dev=0.602
C2 B 0, 0.139, 0.764, 1.388, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.764 std_dev=0.625
N1 B 0, 0.005, 0.652, 1.299, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.652 std_dev=0.647
OP1 A 0, 0.039, 0.719, 1.399, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.719 std_dev=0.680
N3 B 0, 0.141, 0.839, 1.537, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.839 std_dev=0.698
C8 B 0, 0.244, 0.947, 1.649, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.947 std_dev=0.702
N9 B 0, 0.156, 0.861, 1.567, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.861 std_dev=0.706
C6 B 0, -0.046, 0.692, 1.430, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.692 std_dev=0.738
N7 B 0, 0.077, 0.865, 1.652, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.865 std_dev=0.787
N2 B 0, 0.068, 0.930, 1.792, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.930 std_dev=0.862
O4' B 0, 0.196, 1.116, 2.036, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.116 std_dev=0.920
C1' B 0, 0.102, 1.060, 2.017, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.060 std_dev=0.958
O5' B 0, 0.274, 1.278, 2.282, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.278 std_dev=1.004
O6 B 0, -0.163, 0.892, 1.948, 3.080 max_d=3.080 avg_d=0.892 std_dev=1.056
P B 0, 0.332, 1.400, 2.468, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.400 std_dev=1.068
C4' B 0, 0.288, 1.417, 2.546, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.417 std_dev=1.129
C2' B 0, 0.166, 1.312, 2.458, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.312 std_dev=1.146
C5' B 0, 0.372, 1.528, 2.684, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.528 std_dev=1.156
C3' B 0, 0.274, 1.491, 2.708, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.491 std_dev=1.217
OP2 B 0, 0.446, 1.683, 2.919, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.683 std_dev=1.237
O2' B 0, 0.138, 1.527, 2.916, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.527 std_dev=1.389
O3' B 0, 0.245, 1.729, 3.213, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.729 std_dev=1.484
OP1 B 0, 0.239, 1.757, 3.275, 4.462 max_d=4.462 avg_d=1.757 std_dev=1.518

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.08 0.01 0.13 0.14 0.20 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.12 0.02 0.06 0.10 0.20 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.11 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.01 0.16 0.03 0.15 0.03 0.05 0.14 0.16 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.10 0.06
C4 0.04 0.02 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.13 0.06 0.07 0.12 0.22 0.13
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.02 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.11 0.16 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.19 0.06 0.06 0.11 0.21 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.12 0.15 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.17 0.06 0.09 0.11 0.19 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.12 0.18 0.12
N3 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03 0.11 0.14 0.21 0.13
N4 0.05 0.04 0.10 0.14 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.08 0.17 0.07 0.05 0.12 0.22 0.13
O2 0.07 0.01 0.20 0.16 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.22 0.20 0.04 0.17 0.17 0.20 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.09 0.06 0.09 0.01 0.07 0.08 0.22 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.08 0.05
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.19 0.04 0.17 0.03 0.06 0.17 0.20 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.12 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.12 0.14 0.09 0.10
O5' 0.09 0.13 0.05 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.09 0.12 0.11 0.05 0.17 0.05 0.12 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.14 0.06 0.06 0.12 0.09 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.17 0.07 0.08 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.20 0.11 0.10 0.22 0.04 0.21 0.02 0.19 0.18 0.21 0.22 0.20 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.06 0.06 0.13 0.02 0.13 0.02 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.05 0.10 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.29 0.14 0.20 0.20 0.18 0.45 0.26 0.54 0.46 0.22 0.64 0.23 0.62 0.24 0.21 0.18 0.16 0.46 0.89 0.35 1.16 0.56
C2 0.10 0.18 0.14 0.17 0.25 0.13 0.49 0.17 0.65 0.40 0.48 0.31 0.14 0.55 0.22 0.23 0.19 0.11 0.48 0.90 0.35 1.11 0.56
C2' 0.16 0.45 0.12 0.12 0.16 0.12 0.19 0.17 0.22 0.23 0.28 0.74 0.36 0.34 0.11 0.24 0.10 0.12 0.65 0.46 0.57 1.39 0.76
C3' 0.13 0.43 0.10 0.10 0.13 0.09 0.18 0.17 0.18 0.25 0.26 0.72 0.34 0.35 0.09 0.23 0.08 0.09 0.59 0.40 0.50 1.39 0.71
C4 0.15 0.27 0.23 0.23 0.30 0.17 0.53 0.17 0.70 0.42 0.54 0.27 0.21 0.59 0.25 0.33 0.28 0.14 0.46 0.95 0.31 1.07 0.54
C4' 0.17 0.37 0.15 0.23 0.17 0.22 0.37 0.32 0.35 0.47 0.17 0.70 0.28 0.59 0.24 0.21 0.21 0.20 0.42 0.64 0.33 1.20 0.54
C5 0.18 0.23 0.22 0.22 0.29 0.18 0.54 0.20 0.69 0.47 0.46 0.36 0.21 0.64 0.27 0.33 0.24 0.17 0.43 0.97 0.29 1.08 0.52
C5' 0.23 0.33 0.20 0.28 0.22 0.29 0.44 0.40 0.41 0.57 0.14 0.66 0.26 0.69 0.31 0.24 0.25 0.28 0.37 0.70 0.34 1.11 0.48
C6 0.19 0.22 0.20 0.22 0.28 0.20 0.54 0.25 0.67 0.51 0.39 0.44 0.21 0.67 0.29 0.29 0.21 0.19 0.42 0.97 0.30 1.09 0.52
N1 0.15 0.19 0.16 0.20 0.26 0.17 0.52 0.23 0.65 0.47 0.38 0.46 0.18 0.64 0.26 0.24 0.19 0.16 0.44 0.95 0.32 1.11 0.54
N3 0.11 0.25 0.19 0.20 0.26 0.14 0.49 0.14 0.66 0.37 0.54 0.22 0.17 0.53 0.21 0.29 0.26 0.10 0.49 0.88 0.35 1.08 0.56
N4 0.18 0.33 0.27 0.27 0.32 0.21 0.54 0.19 0.71 0.41 0.59 0.29 0.25 0.58 0.26 0.38 0.35 0.17 0.47 0.94 0.33 1.05 0.55
O2 0.07 0.15 0.09 0.14 0.22 0.10 0.44 0.15 0.60 0.34 0.46 0.28 0.10 0.48 0.19 0.17 0.15 0.10 0.52 0.79 0.41 1.13 0.60
O2' 0.23 0.64 0.15 0.12 0.28 0.15 0.17 0.19 0.24 0.17 0.54 0.89 0.50 0.23 0.18 0.27 0.10 0.18 0.74 0.30 0.69 1.48 0.85
O3' 0.21 0.56 0.16 0.09 0.24 0.11 0.12 0.15 0.18 0.11 0.45 0.79 0.45 0.16 0.15 0.27 0.07 0.14 0.73 0.16 0.69 1.56 0.86
O4' 0.24 0.29 0.23 0.30 0.28 0.29 0.54 0.37 0.58 0.59 0.21 0.64 0.24 0.75 0.34 0.26 0.26 0.28 0.39 0.94 0.33 1.08 0.49
O5' 0.18 0.33 0.17 0.20 0.19 0.20 0.41 0.30 0.42 0.50 0.15 0.66 0.28 0.63 0.25 0.27 0.17 0.21 0.38 0.72 0.28 1.14 0.48
OP1 0.26 0.33 0.21 0.28 0.24 0.32 0.46 0.44 0.42 0.59 0.15 0.65 0.28 0.71 0.33 0.27 0.22 0.33 0.35 0.69 0.35 1.05 0.42
OP2 0.26 0.32 0.28 0.25 0.27 0.25 0.49 0.29 0.52 0.54 0.24 0.61 0.31 0.69 0.31 0.41 0.26 0.26 0.36 0.81 0.31 1.11 0.48
P 0.28 0.31 0.25 0.28 0.28 0.30 0.51 0.39 0.51 0.60 0.20 0.63 0.29 0.74 0.35 0.33 0.25 0.32 0.34 0.80 0.36 1.05 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.03 0.12 0.39 0.24
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.03 0.52 0.03 0.41 1.09 0.63
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.14 0.12 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.05 0.33 0.28 0.28
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.11 0.14 0.11 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.39 0.10 0.50 0.16 0.30
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.55 0.03 0.43 1.07 0.64
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.25 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.71 0.02 0.62 1.43 0.85
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.07 0.02 0.01 0.16 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.32 0.40 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.10 0.04 0.74 0.01 0.67 1.55 0.91
C8 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.72 0.04 0.59 1.26 0.80
N1 0.02 0.01 0.10 0.11 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.13 0.03 0.64 0.02 0.55 1.36 0.79
N2 0.02 0.01 0.14 0.14 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.19 0.19 0.03 0.45 0.03 0.33 0.98 0.56
N3 0.03 0.01 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.03 0.44 0.03 0.32 0.90 0.53
N7 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.80 0.04 0.72 1.58 0.95
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.51 0.04 0.38 0.89 0.56
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.08 0.03 0.06 0.04 0.09 0.03 0.14 0.19 0.15 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.08 0.08 0.14 0.19 0.08
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.10 0.09 0.13 0.19 0.13 0.09 0.03 0.05 0.00 0.01 0.30 0.11 0.53 0.31 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.06 0.06 0.14 0.07
O5' 0.23 0.52 0.32 0.39 0.55 0.02 0.71 0.01 0.74 0.72 0.64 0.45 0.44 0.80 0.51 0.08 0.30 0.08 0.00 0.82 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.05 0.10 0.03 0.08 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.11 0.06 0.82 0.00 0.79 1.76 1.02
OP1 0.12 0.41 0.33 0.50 0.43 0.14 0.62 0.32 0.67 0.59 0.55 0.33 0.32 0.72 0.38 0.14 0.53 0.06 0.02 0.79 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 1.09 0.28 0.16 1.07 0.25 1.43 0.40 1.55 1.26 1.36 0.98 0.90 1.58 0.89 0.19 0.31 0.14 0.01 1.76 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.63 0.28 0.30 0.64 0.03 0.85 0.02 0.91 0.80 0.79 0.56 0.53 0.95 0.56 0.08 0.18 0.07 0.01 1.02 0.01 0.01 0.00