ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50839

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.012, 0.054, 0.095, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.054 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.019, 0.065, 0.111, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.065 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.026, 0.099, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.099 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.049, 0.172, 0.296, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.172 std_dev=0.124
O5' A 0, 0.028, 0.167, 0.306, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.167 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.056, 0.200, 0.343, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.200 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.050, 0.217, 0.384, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.217 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.066, 0.247, 0.427, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.247 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.048, 0.257, 0.465, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.257 std_dev=0.208
P A 0, 0.012, 0.282, 0.551, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.282 std_dev=0.270
OP1 A 0, 0.052, 0.373, 0.695, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.373 std_dev=0.322
O3' A 0, 0.074, 0.415, 0.756, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.415 std_dev=0.341
OP2 A 0, 0.148, 0.507, 0.866, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.507 std_dev=0.359
N9 B 0, 0.066, 0.425, 0.784, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.425 std_dev=0.359
C5 B 0, 0.046, 0.457, 0.867, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.457 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.174, 0.610, 1.045, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.610 std_dev=0.435
C8 B 0, -0.018, 0.478, 0.975, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.478 std_dev=0.496
C6 B 0, -0.035, 0.603, 1.241, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.603 std_dev=0.638
C1' B 0, 0.262, 0.908, 1.555, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.908 std_dev=0.647
C2' B 0, 0.059, 0.778, 1.498, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.778 std_dev=0.719
N7 B 0, -0.171, 0.616, 1.403, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.616 std_dev=0.787
N1 B 0, 0.083, 0.907, 1.732, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.907 std_dev=0.824
O6 B 0, -0.135, 0.788, 1.710, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.788 std_dev=0.922
N3 B 0, 0.254, 1.177, 2.100, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.177 std_dev=0.923
C3' B 0, 0.419, 1.433, 2.446, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.433 std_dev=1.014
C2 B 0, 0.201, 1.254, 2.306, 2.575 max_d=2.575 avg_d=1.254 std_dev=1.052
O2' B 0, 0.203, 1.448, 2.693, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.448 std_dev=1.245
O4' B 0, 0.256, 1.618, 2.979, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.618 std_dev=1.362
O3' B 0, 0.590, 2.069, 3.547, 3.365 max_d=3.365 avg_d=2.069 std_dev=1.478
N2 B 0, 0.235, 1.779, 3.323, 3.765 max_d=3.765 avg_d=1.779 std_dev=1.544
C4' B 0, 0.374, 2.098, 3.822, 4.223 max_d=4.223 avg_d=2.098 std_dev=1.724
C5' B 0, 0.343, 2.965, 5.587, 6.377 max_d=6.377 avg_d=2.965 std_dev=2.622
O5' B 0, -0.273, 3.355, 6.984, 8.395 max_d=8.395 avg_d=3.355 std_dev=3.628
OP2 B 0, -0.267, 4.217, 8.701, 10.427 max_d=10.427 avg_d=4.217 std_dev=4.484
P B 0, -0.373, 4.196, 8.765, 10.549 max_d=10.549 avg_d=4.196 std_dev=4.569
OP1 B 0, -0.254, 4.756, 9.767, 11.683 max_d=11.683 avg_d=4.756 std_dev=5.011

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.03 0.09 0.07 0.24 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.07 0.06 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.00 0.06 0.13 0.16 0.09
C4 0.04 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.05 0.11 0.17 0.33 0.21
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.05 0.12 0.20 0.36 0.23
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.13 0.15 0.30 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.10 0.08 0.23 0.15
N3 0.04 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.05 0.10 0.12 0.29 0.18
N4 0.04 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.13 0.05 0.11 0.21 0.36 0.22
O2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.04 0.08 0.03 0.21 0.13
O2' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.00 0.03 0.02 0.04 0.16 0.08 0.05
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.12 0.02 0.11 0.03 0.08 0.06 0.11 0.13 0.06 0.03 0.00 0.00 0.13 0.26 0.32 0.21
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.15 0.10
O5' 0.08 0.09 0.04 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.10 0.11 0.08 0.04 0.13 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.09 0.13 0.17 0.11 0.20 0.09 0.15 0.08 0.12 0.21 0.03 0.16 0.26 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.24 0.07 0.16 0.33 0.04 0.36 0.03 0.30 0.23 0.29 0.36 0.21 0.08 0.32 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.03 0.09 0.21 0.02 0.23 0.02 0.20 0.15 0.18 0.22 0.13 0.05 0.21 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.56 0.29 0.18 0.26 0.12 0.05 0.43 0.14 0.05 0.22 0.88 0.53 0.21 0.21 1.10 0.50 0.13 0.73 0.47 0.76 0.84 0.76
C2 0.43 0.10 0.36 0.20 0.11 0.10 0.17 0.73 0.40 0.02 0.31 0.25 0.26 0.20 0.17 1.33 0.51 0.05 1.09 0.63 1.30 1.49 1.30
C2' 0.39 0.57 0.35 0.13 0.31 0.01 0.09 0.53 0.06 0.03 0.36 0.79 0.52 0.11 0.24 1.11 0.43 0.10 0.94 0.27 0.96 0.89 0.95
C3' 0.36 0.58 0.35 0.12 0.31 0.03 0.11 0.56 0.11 0.02 0.40 0.80 0.51 0.09 0.23 1.10 0.41 0.10 0.99 0.14 1.03 0.93 1.01
C4 0.43 0.11 0.41 0.22 0.07 0.19 0.17 0.93 0.39 0.04 0.38 0.11 0.13 0.14 0.17 1.47 0.52 0.12 1.34 0.57 1.73 2.00 1.71
C4' 0.39 0.68 0.28 0.15 0.33 0.12 0.09 0.36 0.11 0.04 0.46 0.97 0.59 0.16 0.23 1.01 0.46 0.15 0.67 0.18 0.63 0.63 0.63
C5 0.43 0.12 0.40 0.20 0.13 0.12 0.12 0.83 0.29 0.03 0.21 0.22 0.25 0.14 0.19 1.41 0.52 0.09 1.23 0.50 1.56 1.79 1.55
C5' 0.39 0.64 0.28 0.15 0.32 0.11 0.10 0.39 0.11 0.04 0.43 0.93 0.57 0.14 0.23 1.03 0.46 0.15 0.71 0.14 0.70 0.72 0.70
C6 0.44 0.28 0.37 0.18 0.19 0.06 0.09 0.68 0.23 0.03 0.08 0.47 0.36 0.16 0.21 1.31 0.52 0.08 1.05 0.47 1.27 1.45 1.27
N1 0.43 0.31 0.35 0.18 0.19 0.06 0.10 0.62 0.26 0.03 0.08 0.55 0.39 0.19 0.20 1.26 0.51 0.07 0.97 0.53 1.13 1.28 1.13
N3 0.43 0.14 0.41 0.21 0.06 0.17 0.19 0.89 0.43 0.03 0.44 0.14 0.12 0.15 0.17 1.45 0.52 0.10 1.28 0.61 1.62 1.87 1.61
N4 0.40 0.25 0.42 0.25 0.04 0.27 0.20 1.08 0.43 0.04 0.48 0.31 0.05 0.13 0.14 1.52 0.52 0.18 1.49 0.58 2.00 2.31 1.96
O2 0.43 0.12 0.35 0.19 0.11 0.09 0.21 0.63 0.46 0.04 0.38 0.32 0.29 0.23 0.17 1.28 0.51 0.04 0.98 0.70 1.11 1.26 1.12
O2' 0.34 0.71 0.28 0.15 0.34 0.07 0.12 0.36 0.16 0.03 0.58 0.93 0.59 0.14 0.22 0.92 0.39 0.10 0.72 0.19 0.61 0.49 0.60
O3' 0.30 0.60 0.33 0.11 0.32 0.09 0.17 0.57 0.24 0.01 0.50 0.79 0.51 0.05 0.22 1.00 0.35 0.13 1.03 0.07 1.02 0.79 0.99
O4' 0.41 0.62 0.25 0.19 0.28 0.17 0.04 0.35 0.07 0.08 0.32 0.97 0.57 0.23 0.20 1.02 0.50 0.17 0.59 0.38 0.58 0.69 0.59
O5' 0.36 0.46 0.28 0.18 0.25 0.04 0.07 0.61 0.07 0.05 0.26 0.69 0.44 0.14 0.20 1.11 0.40 0.12 0.99 0.22 1.08 1.13 1.07
OP1 0.47 0.62 0.39 0.09 0.41 0.09 0.25 0.48 0.26 0.15 0.47 0.81 0.58 0.09 0.34 1.18 0.46 0.20 0.86 0.13 0.93 0.93 0.92
OP2 0.33 0.27 0.28 0.27 0.20 0.24 0.11 0.89 0.12 0.09 0.15 0.38 0.29 0.11 0.20 1.16 0.27 0.25 1.33 0.21 1.55 1.61 1.52
P 0.35 0.42 0.27 0.20 0.24 0.07 0.08 0.66 0.08 0.05 0.24 0.61 0.41 0.11 0.20 1.11 0.36 0.13 1.04 0.17 1.17 1.23 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.16 0.00 0.08 0.69 0.17
C2 0.06 0.00 0.28 0.72 0.02 0.42 0.03 0.87 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.43 0.37 0.25 1.03 0.02 0.94 0.89 0.90
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.01 0.13 0.10 0.21 0.34 0.28 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.17 0.11 0.15 0.49 0.08
C3' 0.00 0.72 0.01 0.00 0.44 0.01 0.33 0.03 0.44 0.08 0.61 0.85 0.68 0.11 0.18 0.03 0.02 0.01 0.13 0.40 0.23 0.21 0.05
C4 0.04 0.02 0.15 0.44 0.00 0.23 0.00 0.47 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.31 0.14 0.14 0.69 0.00 0.45 0.23 0.37
C4' 0.03 0.42 0.03 0.01 0.23 0.00 0.16 0.00 0.23 0.09 0.34 0.51 0.38 0.03 0.06 0.22 0.02 0.01 0.01 0.21 0.16 0.47 0.12
C5 0.02 0.03 0.08 0.33 0.00 0.16 0.00 0.36 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.30 0.09 0.08 0.65 0.02 0.33 0.36 0.29
C5' 0.01 0.87 0.01 0.03 0.47 0.00 0.36 0.00 0.52 0.14 0.74 1.06 0.76 0.10 0.14 0.19 0.11 0.01 0.01 0.46 0.21 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.44 0.00 0.23 0.02 0.52 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.36 0.17 0.13 0.80 0.00 0.52 0.34 0.50
C8 0.03 0.05 0.10 0.08 0.03 0.09 0.03 0.14 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.13 0.14 0.10 0.24 0.07 0.18 1.06 0.35
N1 0.05 0.01 0.21 0.61 0.01 0.34 0.03 0.74 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.43 0.29 0.20 0.98 0.02 0.81 0.70 0.79
N2 0.07 0.01 0.34 0.85 0.02 0.51 0.03 1.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.46 0.49 0.29 1.17 0.04 1.20 1.34 1.17
N3 0.08 0.00 0.28 0.68 0.02 0.38 0.02 0.76 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.31 0.23 0.91 0.01 0.78 0.59 0.71
N7 0.01 0.04 0.06 0.11 0.00 0.03 0.01 0.10 0.05 0.00 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.22 0.07 0.04 0.39 0.07 0.09 0.84 0.22
N9 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.03 0.01 0.37 0.02 0.11 0.63 0.10
O2' 0.01 0.43 0.01 0.03 0.31 0.22 0.30 0.19 0.36 0.13 0.43 0.46 0.39 0.22 0.15 0.00 0.07 0.15 0.23 0.34 0.35 0.40 0.08
O3' 0.17 0.37 0.03 0.02 0.14 0.02 0.09 0.11 0.17 0.14 0.29 0.49 0.31 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.02 0.15 0.32 0.16 0.08
O4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.14 0.01 0.08 0.01 0.13 0.10 0.20 0.29 0.23 0.04 0.01 0.15 0.08 0.00 0.17 0.11 0.08 0.77 0.19
O5' 0.16 1.03 0.17 0.13 0.69 0.01 0.65 0.01 0.80 0.24 0.98 1.17 0.91 0.39 0.37 0.23 0.02 0.17 0.00 0.77 0.01 0.04 0.01
O6 0.00 0.02 0.11 0.40 0.00 0.21 0.02 0.46 0.00 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.34 0.15 0.11 0.77 0.00 0.44 0.33 0.45
OP1 0.08 0.94 0.15 0.23 0.45 0.16 0.33 0.21 0.52 0.18 0.81 1.20 0.78 0.09 0.11 0.35 0.32 0.08 0.01 0.44 0.00 0.00 0.00
OP2 0.69 0.89 0.49 0.21 0.23 0.47 0.36 0.24 0.34 1.06 0.70 1.34 0.59 0.84 0.63 0.40 0.16 0.77 0.04 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.90 0.08 0.05 0.37 0.12 0.29 0.02 0.50 0.35 0.79 1.17 0.71 0.22 0.10 0.08 0.08 0.19 0.01 0.45 0.00 0.00 0.00