ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50845

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O4 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.095, 0.174, 0.254, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.174 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.089, 0.173, 0.257, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.173 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.081, 0.195, 0.309, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.195 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.153, 0.277, 0.401, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.277 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.155, 0.288, 0.421, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.288 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.216, 0.413, 0.609, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.413 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.255, 0.458, 0.662, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.458 std_dev=0.204
O5' A 0, 0.271, 0.521, 0.771, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.521 std_dev=0.250
P A 0, 0.325, 0.584, 0.843, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.584 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.151, 0.422, 0.693, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.422 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.182, 0.480, 0.778, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.480 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.139, 0.440, 0.740, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.440 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.139, 0.441, 0.744, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.441 std_dev=0.303
C5' B 0, 0.190, 0.497, 0.804, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.497 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.152, 0.462, 0.771, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.462 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.189, 0.503, 0.817, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.503 std_dev=0.314
OP1 A 0, 0.318, 0.635, 0.951, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.635 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.219, 0.536, 0.853, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.536 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.227, 0.546, 0.864, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.546 std_dev=0.318
C3' B 0, 0.213, 0.538, 0.863, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.538 std_dev=0.325
N1 B 0, 0.135, 0.469, 0.804, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.469 std_dev=0.334
N3 B 0, 0.211, 0.547, 0.884, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.547 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.292, 0.632, 0.972, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.632 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.248, 0.607, 0.966, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.607 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.269, 0.631, 0.992, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.631 std_dev=0.362
C4 B 0, 0.267, 0.645, 1.023, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.645 std_dev=0.378
P B 0, 0.236, 0.617, 0.999, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.617 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.154, 0.541, 0.928, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.541 std_dev=0.387
C5 B 0, 0.225, 0.628, 1.031, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.628 std_dev=0.403
O4 B 0, 0.366, 0.771, 1.175, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.771 std_dev=0.404
OP2 B 0, 0.247, 0.717, 1.187, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.717 std_dev=0.470

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.12 0.07
C2 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.07 0.09 0.11 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.19 0.15 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.07 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.19 0.16 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.08 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.04 0.11 0.09 0.05
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.05 0.01 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.13 0.12 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.11 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.02 0.07 0.08 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.00 0.04 0.09 0.10 0.12 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.20 0.15 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.15 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.26 0.18 0.14
O4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.10 0.07
O5' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.09 0.03 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.09 0.19 0.19 0.08 0.10 0.11 0.01 0.13 0.11 0.08 0.10 0.20 0.26 0.07 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.11 0.15 0.16 0.08 0.11 0.09 0.09 0.12 0.11 0.10 0.12 0.15 0.18 0.07 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.09 0.10 0.05 0.04 0.05 0.01 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.14 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.05 0.04 0.10 0.07
C2 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.10 0.04 0.09 0.05 0.06 0.06 0.06 0.14 0.11 0.07 0.10 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.10 0.06 0.04 0.11 0.07
C3' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.10 0.08 0.04 0.08 0.05 0.04 0.10 0.07
C4 0.04 0.10 0.05 0.03 0.10 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.11 0.13 0.08 0.04 0.11 0.06 0.02 0.03 0.05 0.03
C4' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.10 0.07
C5 0.05 0.09 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.06 0.08 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04
C5' 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.15 0.14
C6 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.07 0.04
N1 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.03 0.09 0.05
N3 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.09 0.04 0.04 0.09 0.07 0.14 0.11 0.10 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06
O2 0.12 0.09 0.15 0.14 0.08 0.14 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.10 0.19 0.17 0.09 0.12 0.09 0.09 0.13 0.11
O2' 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.08 0.12 0.08 0.06 0.13 0.09
O3' 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.11 0.09 0.05 0.08 0.06 0.05 0.11 0.08
O4 0.08 0.16 0.09 0.05 0.14 0.04 0.12 0.05 0.11 0.12 0.16 0.18 0.11 0.05 0.15 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03
O4' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.09 0.06
O5' 0.09 0.07 0.12 0.13 0.06 0.11 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06 0.07 0.16 0.14 0.06 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
OP1 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10
OP2 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08
P 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.04
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04
O5' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00