ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 5, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.019, 0.033, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.040, 0.070, 0.099, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.070 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.072, 0.129, 0.187, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.129 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.067, 0.126, 0.186, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.126 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.066, 0.152, 0.238, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.152 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.041, 0.128, 0.215, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.128 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.137, 0.247, 0.356, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.247 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.150, 0.274, 0.398, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.274 std_dev=0.124
O3' A 0, 0.156, 0.300, 0.443, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.300 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.216, 0.422, 0.628, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.422 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.055, 0.275, 0.495, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.275 std_dev=0.220
N6 B 0, 0.169, 0.395, 0.621, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.395 std_dev=0.226
C2 B 0, 0.054, 0.285, 0.516, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.285 std_dev=0.231
O5' A 0, 0.225, 0.460, 0.694, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.460 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.100, 0.339, 0.579, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.339 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.076, 0.358, 0.641, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.358 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.098, 0.386, 0.675, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.386 std_dev=0.288
OP2 A 0, 0.266, 0.571, 0.876, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.571 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.088, 0.394, 0.701, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.394 std_dev=0.307
P A 0, 0.276, 0.595, 0.914, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.595 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.143, 0.473, 0.803, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.473 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.121, 0.486, 0.850, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.486 std_dev=0.365
C8 B 0, 0.143, 0.518, 0.893, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.518 std_dev=0.375
OP1 A 0, 0.396, 0.776, 1.157, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.776 std_dev=0.381
O2' B 0, 0.118, 0.533, 0.949, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.533 std_dev=0.416
C1' B 0, 0.140, 0.557, 0.974, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.557 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.131, 0.593, 1.055, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.593 std_dev=0.462
O4' B 0, 0.178, 0.660, 1.143, 2.221 max_d=2.221 avg_d=0.660 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.162, 0.672, 1.182, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.672 std_dev=0.510
C3' B 0, 0.151, 0.689, 1.227, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.689 std_dev=0.538
O5' B 0, 0.239, 0.795, 1.350, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.795 std_dev=0.556
C4' B 0, 0.183, 0.741, 1.299, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.741 std_dev=0.558
OP1 B 0, 0.328, 0.886, 1.445, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.886 std_dev=0.558
P B 0, 0.299, 0.893, 1.487, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.893 std_dev=0.594
C5' B 0, 0.216, 0.816, 1.416, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.816 std_dev=0.600
OP2 B 0, 0.284, 0.901, 1.518, 2.849 max_d=2.849 avg_d=0.901 std_dev=0.617

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.11 0.11 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.09 0.11 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.10 0.13 0.13 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.11 0.04 0.11 0.03 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.03 0.12 0.02 0.09 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.11 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.16 0.12 0.13
C2 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09
C2' 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.18 0.14 0.14
C3' 0.13 0.10 0.15 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.11 0.10 0.13 0.14 0.13 0.15 0.13 0.13 0.17 0.22 0.18 0.18
C4 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.14 0.09 0.07 0.08 0.12 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07
C4' 0.15 0.13 0.16 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.14 0.18 0.22 0.18 0.19
C5 0.09 0.13 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.16 0.11 0.16 0.10 0.17 0.13 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11
C5' 0.18 0.16 0.19 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.21 0.17 0.18 0.21 0.25 0.21 0.22
C6 0.10 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.15 0.12 0.15 0.11 0.16 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.16 0.11 0.12
N1 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11
N3 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07
O2 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.14 0.11 0.11
O2' 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.13 0.18 0.14 0.15
O3' 0.14 0.09 0.16 0.16 0.11 0.15 0.12 0.16 0.11 0.14 0.10 0.10 0.12 0.13 0.13 0.17 0.16 0.14 0.19 0.24 0.20 0.20
O4 0.10 0.06 0.09 0.11 0.07 0.11 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.09 0.14 0.08 0.08 0.10 0.14 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07
O4' 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.14 0.14 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.10 0.12 0.13 0.18 0.14 0.15
O5' 0.19 0.19 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.19 0.20 0.19 0.20 0.16 0.19 0.21 0.25 0.21 0.21
OP1 0.31 0.25 0.32 0.31 0.28 0.31 0.28 0.31 0.26 0.30 0.25 0.27 0.26 0.29 0.30 0.33 0.30 0.31 0.35 0.38 0.34 0.35
OP2 0.26 0.25 0.23 0.22 0.25 0.24 0.25 0.23 0.25 0.26 0.24 0.26 0.24 0.25 0.26 0.23 0.22 0.26 0.25 0.26 0.24 0.24
P 0.24 0.22 0.24 0.22 0.23 0.23 0.23 0.23 0.22 0.24 0.22 0.23 0.22 0.24 0.24 0.24 0.21 0.24 0.25 0.28 0.25 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00