ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50848

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.011, 0.036, 0.082, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.047
C5 A 0, -0.009, 0.040, 0.089, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.040 std_dev=0.049
C6 A 0, -0.017, 0.047, 0.110, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.047 std_dev=0.064
C4 A 0, -0.018, 0.051, 0.119, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.051 std_dev=0.068
C1' A 0, -0.020, 0.065, 0.149, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.065 std_dev=0.084
C2 A 0, -0.021, 0.065, 0.151, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.065 std_dev=0.086
N1 A 0, -0.024, 0.066, 0.157, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.066 std_dev=0.090
O4 A 0, -0.024, 0.090, 0.205, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.090 std_dev=0.114
O2 A 0, -0.051, 0.153, 0.358, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.153 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.089, 0.351, 0.613, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.351 std_dev=0.262
N6 B 0, 0.106, 0.370, 0.633, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.370 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.084, 0.349, 0.615, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.349 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.132, 0.466, 0.800, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.466 std_dev=0.334
N7 B 0, 0.144, 0.500, 0.857, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.500 std_dev=0.356
C2 B 0, 0.142, 0.513, 0.885, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.513 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.182, 0.624, 1.065, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.624 std_dev=0.441
C8 B 0, 0.190, 0.650, 1.109, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.650 std_dev=0.459
N3 B 0, 0.197, 0.675, 1.153, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.675 std_dev=0.478
N9 B 0, 0.219, 0.748, 1.277, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.748 std_dev=0.529
C1' B 0, 0.282, 0.976, 1.670, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.976 std_dev=0.694
C2' B 0, 0.305, 1.110, 1.915, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.110 std_dev=0.805
O2' B 0, 0.322, 1.129, 1.935, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.129 std_dev=0.807
O4' A 0, -0.190, 0.646, 1.482, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.646 std_dev=0.836
O4' B 0, 0.370, 1.316, 2.261, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.316 std_dev=0.946
C2' A 0, -0.224, 0.790, 1.805, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.790 std_dev=1.015
C4' A 0, -0.207, 0.843, 1.894, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.843 std_dev=1.050
C3' B 0, 0.357, 1.413, 2.470, 2.540 max_d=2.540 avg_d=1.413 std_dev=1.056
C4' B 0, 0.428, 1.586, 2.744, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.586 std_dev=1.158
C5' B 0, 0.480, 1.808, 3.135, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.808 std_dev=1.328
O3' B 0, 0.458, 1.805, 3.153, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.805 std_dev=1.347
O2' A 0, -0.294, 1.090, 2.473, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.090 std_dev=1.384
C3' A 0, -0.307, 1.135, 2.578, 3.170 max_d=3.170 avg_d=1.135 std_dev=1.442
C5' A 0, -0.340, 1.714, 3.767, 4.601 max_d=4.601 avg_d=1.714 std_dev=2.053
O5' B 0, 0.617, 2.704, 4.791, 5.081 max_d=5.081 avg_d=2.704 std_dev=2.087
OP2 B 0, 0.685, 2.780, 4.874, 5.054 max_d=5.054 avg_d=2.780 std_dev=2.094
O3' A 0, -0.443, 1.674, 3.790, 4.659 max_d=4.659 avg_d=1.674 std_dev=2.116
P B 0, 0.556, 2.702, 4.847, 5.248 max_d=5.248 avg_d=2.702 std_dev=2.145
OP1 B 0, 0.352, 2.760, 5.169, 5.869 max_d=5.869 avg_d=2.760 std_dev=2.409
O5' A 0, -0.140, 2.645, 5.430, 6.495 max_d=6.495 avg_d=2.645 std_dev=2.785
OP1 A 0, -0.330, 3.496, 7.322, 8.820 max_d=8.820 avg_d=3.496 std_dev=3.826
P A 0, -0.482, 3.410, 7.302, 8.857 max_d=8.857 avg_d=3.410 std_dev=3.892
OP2 A 0, -0.729, 3.773, 8.274, 10.100 max_d=10.100 avg_d=3.773 std_dev=4.502

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.26 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.37 0.26 0.13
C2 0.11 0.00 0.03 0.42 0.05 0.30 0.10 0.50 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.40 0.03 0.11 0.61 0.17 1.32 0.65
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.14 0.16 0.10 0.11
C3' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.23 0.00 0.06 0.02 0.18 0.10 0.43 0.53 0.03 0.00 0.28 0.01 0.21 0.18 0.02 0.13
C4 0.04 0.05 0.04 0.23 0.00 0.09 0.01 0.15 0.06 0.00 0.01 0.04 0.09 0.27 0.01 0.04 0.12 0.36 0.85 0.08
C4' 0.01 0.30 0.02 0.00 0.09 0.00 0.15 0.02 0.20 0.03 0.27 0.43 0.05 0.01 0.12 0.00 0.03 0.12 0.16 0.04
C5 0.02 0.10 0.03 0.06 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.07 0.02 0.11 0.01 0.03 0.04 0.17 0.46 0.83 0.17 0.55
C5' 0.03 0.50 0.02 0.02 0.15 0.02 0.27 0.00 0.35 0.05 0.46 0.84 0.03 0.02 0.20 0.03 0.01 0.04 0.23 0.01
C6 0.04 0.02 0.04 0.18 0.06 0.20 0.00 0.35 0.00 0.02 0.07 0.06 0.07 0.15 0.07 0.16 0.58 0.86 0.24 0.66
N1 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.07 0.07 0.09 0.01 0.03 0.07 0.41 0.45 0.11
N3 0.07 0.01 0.06 0.43 0.01 0.27 0.02 0.46 0.07 0.03 0.00 0.00 0.19 0.45 0.01 0.07 0.56 0.11 1.43 0.62
O2 0.26 0.01 0.07 0.53 0.04 0.43 0.11 0.84 0.06 0.07 0.00 0.00 0.44 0.49 0.01 0.16 1.15 0.67 1.91 1.27
O2' 0.03 0.24 0.01 0.03 0.09 0.05 0.01 0.03 0.07 0.07 0.19 0.44 0.00 0.07 0.08 0.04 0.04 0.09 0.10 0.03
O3' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.27 0.01 0.03 0.02 0.15 0.09 0.45 0.49 0.07 0.00 0.34 0.00 0.25 0.44 0.10 0.22
O4 0.03 0.03 0.06 0.28 0.01 0.12 0.04 0.20 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.03 0.18 0.31 1.00 0.15
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.17 0.03 0.16 0.03 0.07 0.16 0.04 0.00 0.03 0.00 0.14 0.44 0.24 0.17
O5' 0.09 0.61 0.14 0.21 0.12 0.03 0.46 0.01 0.58 0.07 0.56 1.15 0.04 0.25 0.18 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.37 0.17 0.16 0.18 0.36 0.12 0.83 0.04 0.86 0.41 0.11 0.67 0.09 0.44 0.31 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 1.32 0.10 0.02 0.85 0.16 0.17 0.23 0.24 0.45 1.43 1.91 0.10 0.10 1.00 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.65 0.11 0.13 0.08 0.04 0.55 0.01 0.66 0.11 0.62 1.27 0.03 0.22 0.15 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.13 0.34 0.40 0.15 0.29 0.13 0.29 0.11 0.15 0.10 0.14 0.09 0.14 0.17 0.29 0.51 0.19 0.56 0.89 1.04 0.80
C2 0.26 0.22 0.39 0.43 0.23 0.34 0.20 0.34 0.18 0.21 0.19 0.23 0.14 0.19 0.24 0.36 0.52 0.27 0.56 0.97 1.05 0.83
C2' 0.38 0.25 0.66 0.77 0.30 0.59 0.26 0.59 0.20 0.32 0.18 0.30 0.15 0.27 0.34 0.61 0.97 0.38 0.77 1.18 1.23 1.01
C3' 0.83 0.61 1.13 1.18 0.63 1.00 0.46 0.94 0.32 0.57 0.39 0.73 0.13 0.43 0.69 1.19 1.40 0.80 0.99 1.33 1.34 1.17
C4 0.15 0.12 0.23 0.25 0.13 0.20 0.12 0.21 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.14 0.20 0.32 0.16 0.45 0.82 0.95 0.72
C4' 0.75 0.59 0.93 0.94 0.59 0.84 0.45 0.77 0.35 0.53 0.41 0.67 0.19 0.42 0.63 0.99 1.08 0.73 0.86 1.16 1.25 1.06
C5 0.16 0.12 0.27 0.30 0.13 0.23 0.12 0.23 0.10 0.13 0.10 0.13 0.08 0.12 0.15 0.23 0.37 0.17 0.47 0.78 0.97 0.72
C5' 1.18 0.95 1.34 1.27 0.93 1.22 0.70 1.10 0.55 0.82 0.67 1.07 0.30 0.65 1.00 1.48 1.41 1.15 1.06 1.32 1.38 1.22
C6 0.25 0.20 0.39 0.43 0.21 0.34 0.18 0.33 0.14 0.20 0.14 0.22 0.09 0.17 0.23 0.36 0.52 0.26 0.55 0.85 1.03 0.79
N1 0.27 0.22 0.41 0.45 0.23 0.36 0.20 0.35 0.16 0.22 0.17 0.24 0.12 0.19 0.25 0.38 0.55 0.27 0.58 0.92 1.06 0.83
N3 0.17 0.14 0.26 0.29 0.14 0.23 0.13 0.24 0.12 0.13 0.12 0.14 0.10 0.12 0.15 0.24 0.37 0.18 0.47 0.88 0.97 0.75
O2 0.27 0.24 0.41 0.45 0.23 0.35 0.19 0.34 0.16 0.20 0.19 0.25 0.11 0.17 0.24 0.39 0.55 0.27 0.56 0.98 1.04 0.84
O2' 0.06 0.05 0.33 0.51 0.06 0.30 0.10 0.35 0.09 0.13 0.04 0.04 0.13 0.14 0.08 0.21 0.70 0.08 0.64 1.08 1.14 0.90
O3' 0.91 0.61 1.30 1.37 0.66 1.15 0.47 1.08 0.31 0.61 0.37 0.75 0.12 0.45 0.74 1.37 1.67 0.87 1.13 1.48 1.43 1.28
O4 0.13 0.13 0.15 0.16 0.12 0.15 0.11 0.18 0.10 0.11 0.12 0.13 0.08 0.10 0.12 0.15 0.20 0.15 0.40 0.77 0.89 0.67
O4' 0.50 0.44 0.61 0.61 0.42 0.55 0.34 0.50 0.29 0.38 0.34 0.47 0.20 0.32 0.45 0.62 0.69 0.50 0.68 0.97 1.13 0.91
O5' 1.64 1.37 1.79 1.68 1.34 1.66 1.03 1.50 0.82 1.18 0.99 1.53 0.47 0.95 1.41 1.98 1.81 1.59 1.43 1.61 1.69 1.55
OP1 2.02 1.72 2.08 1.94 1.72 1.98 1.43 1.82 1.24 1.58 1.39 1.88 0.91 1.36 1.80 2.27 2.01 1.98 1.65 1.85 1.94 1.80
OP2 1.74 1.26 1.91 1.69 1.22 1.72 0.73 1.46 0.44 0.98 0.69 1.52 0.26 0.62 1.35 2.28 1.85 1.68 1.15 1.22 1.21 1.17
P 2.00 1.65 2.10 1.92 1.62 1.96 1.25 1.77 1.01 1.44 1.20 1.84 0.59 1.16 1.72 2.35 2.02 1.95 1.56 1.70 1.76 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.22 0.09 0.47 0.22
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.20 0.04 0.37 0.45 0.78 0.52
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.11 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.18 0.03 0.44 0.19
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.06 0.13 0.14 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.22 0.05 0.34 0.18
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.38 0.36 0.72 0.48
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.23 0.29 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.46 0.49 0.80 0.58
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.31 0.25 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.47 0.58 0.85 0.62
C8 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.49 0.35 0.68 0.50
N1 0.03 0.00 0.11 0.13 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.17 0.05 0.43 0.56 0.84 0.60
N3 0.03 0.00 0.13 0.14 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.18 0.04 0.33 0.34 0.71 0.44
N6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.50 0.66 0.88 0.67
N7 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.51 0.50 0.80 0.60
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.25 0.62 0.40
O2' 0.03 0.09 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.03 0.09 0.16 0.39 0.11
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.10 0.01 0.07 0.05 0.11 0.07 0.17 0.18 0.10 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.22 0.20 0.22 0.13
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.19 0.19 0.37 0.14
O5' 0.22 0.37 0.18 0.22 0.38 0.01 0.46 0.00 0.47 0.49 0.43 0.33 0.50 0.51 0.37 0.09 0.22 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.09 0.45 0.03 0.05 0.36 0.23 0.49 0.31 0.58 0.35 0.56 0.34 0.66 0.50 0.25 0.16 0.20 0.19 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.47 0.78 0.44 0.34 0.72 0.29 0.80 0.25 0.85 0.68 0.84 0.71 0.88 0.80 0.62 0.39 0.22 0.37 0.00 0.04 0.00 0.01
P 0.22 0.52 0.19 0.18 0.48 0.04 0.58 0.00 0.62 0.50 0.60 0.44 0.67 0.60 0.40 0.11 0.13 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00