ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50852

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.022, 0.047, 0.072, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.004, 0.023, 0.050, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.023 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.035 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.004, 0.034, 0.065, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.007, 0.039, 0.070, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.039 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.016, 0.049, 0.083, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.049 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.026, 0.069, 0.111, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.069 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.011, 0.064, 0.118, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.064 std_dev=0.054
O4 B 0, 0.151, 0.284, 0.416, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.284 std_dev=0.133
C4 B 0, 0.110, 0.350, 0.590, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.350 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.163, 0.453, 0.744, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.453 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.096, 0.486, 0.876, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.486 std_dev=0.390
OP2 B 0, 0.174, 0.657, 1.140, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.657 std_dev=0.483
C2 B 0, 0.155, 0.643, 1.131, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.643 std_dev=0.488
O2 B 0, 0.219, 0.745, 1.272, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.745 std_dev=0.527
C4' B 0, 0.419, 0.995, 1.571, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.995 std_dev=0.576
C5' B 0, 0.448, 1.033, 1.617, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.033 std_dev=0.584
P B 0, 0.265, 0.849, 1.433, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.849 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.103, 0.688, 1.274, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.688 std_dev=0.586
C3' B 0, 0.442, 1.064, 1.685, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.064 std_dev=0.621
O4' B 0, 0.403, 1.029, 1.654, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.029 std_dev=0.625
O3' B 0, 0.634, 1.273, 1.913, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.273 std_dev=0.639
N1 B 0, 0.114, 0.767, 1.420, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.767 std_dev=0.653
O5' B 0, 0.492, 1.151, 1.809, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.151 std_dev=0.659
C1' B 0, 0.189, 1.043, 1.897, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.043 std_dev=0.854
O3' A 0, 0.089, 1.004, 1.919, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.004 std_dev=0.915
C2' A 0, -0.041, 0.910, 1.861, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.910 std_dev=0.951
C2' B 0, 0.167, 1.162, 2.157, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.162 std_dev=0.995
C3' A 0, -0.071, 0.930, 1.931, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.930 std_dev=1.001
O4' A 0, -0.151, 0.898, 1.947, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.898 std_dev=1.049
C4' A 0, -0.095, 0.977, 2.048, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.977 std_dev=1.071
OP1 B 0, -0.217, 1.132, 2.481, 3.317 max_d=3.317 avg_d=1.132 std_dev=1.349
O2' B 0, 0.407, 1.795, 3.184, 3.781 max_d=3.781 avg_d=1.795 std_dev=1.388
O2' A 0, 0.016, 1.527, 3.038, 3.921 max_d=3.921 avg_d=1.527 std_dev=1.511
C5' A 0, -0.403, 1.901, 4.205, 5.530 max_d=5.530 avg_d=1.901 std_dev=2.304
O5' A 0, -0.573, 2.338, 5.248, 6.943 max_d=6.943 avg_d=2.338 std_dev=2.911
P A 0, -0.809, 3.110, 7.030, 9.311 max_d=9.311 avg_d=3.110 std_dev=3.920
OP1 A 0, -0.456, 3.600, 7.657, 9.937 max_d=9.937 avg_d=3.600 std_dev=4.057
OP2 A 0, -0.963, 3.341, 7.646, 10.134 max_d=10.134 avg_d=3.341 std_dev=4.304

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07 0.02 0.01 0.03 0.26 0.01 0.26 0.04 0.31 0.47 0.29
C2 0.07 0.00 0.50 0.57 0.01 0.24 0.01 0.51 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.16 0.25 0.47 0.03 0.89 0.46 0.56
C2' 0.00 0.50 0.00 0.00 0.23 0.03 0.09 0.20 0.18 0.33 0.36 0.62 0.50 0.21 0.05 0.00 0.05 0.04 0.70 0.14 0.82 1.16 0.82
C3' 0.03 0.57 0.00 0.00 0.28 0.01 0.18 0.03 0.29 0.18 0.45 0.71 0.53 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.39 0.24 0.66 0.75 0.51
C4 0.04 0.01 0.23 0.28 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.14 0.22 0.02 0.28 0.27 0.21
C4' 0.01 0.24 0.03 0.01 0.12 0.00 0.09 0.00 0.13 0.08 0.20 0.30 0.23 0.05 0.03 0.26 0.05 0.01 0.02 0.12 0.29 0.09 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.19 0.09 0.28 0.03 0.27 0.46 0.31
C5' 0.08 0.51 0.20 0.03 0.21 0.00 0.13 0.00 0.22 0.26 0.39 0.67 0.45 0.19 0.10 0.11 0.21 0.02 0.01 0.18 0.03 0.12 0.03
C6 0.03 0.02 0.18 0.29 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.16 0.13 0.28 0.01 0.50 0.35 0.31
C8 0.03 0.02 0.33 0.18 0.02 0.08 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.41 0.32 0.12 0.56 0.05 0.53 0.97 0.69
N1 0.05 0.00 0.36 0.45 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.14 0.20 0.38 0.03 0.78 0.36 0.45
N2 0.08 0.01 0.62 0.71 0.02 0.30 0.01 0.67 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.53 0.24 0.30 0.65 0.04 1.22 0.74 0.82
N3 0.07 0.01 0.50 0.53 0.01 0.23 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.15 0.25 0.39 0.02 0.66 0.31 0.43
N7 0.02 0.01 0.21 0.09 0.01 0.05 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.28 0.08 0.47 0.05 0.38 0.84 0.59
N9 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.24 0.03 0.33 0.04 0.23 0.57 0.37
O2' 0.03 0.44 0.00 0.03 0.25 0.26 0.28 0.11 0.31 0.41 0.37 0.53 0.41 0.38 0.18 0.00 0.13 0.15 0.57 0.34 0.79 1.19 0.73
O3' 0.26 0.16 0.05 0.01 0.16 0.05 0.19 0.21 0.16 0.32 0.14 0.24 0.15 0.28 0.24 0.13 0.00 0.16 0.12 0.18 0.51 0.40 0.15
O4' 0.01 0.25 0.04 0.02 0.14 0.01 0.09 0.02 0.13 0.12 0.20 0.30 0.25 0.08 0.03 0.15 0.16 0.00 0.16 0.12 0.07 0.25 0.14
O5' 0.26 0.47 0.70 0.39 0.22 0.02 0.28 0.01 0.28 0.56 0.38 0.65 0.39 0.47 0.33 0.57 0.12 0.16 0.00 0.30 0.03 0.04 0.01
O6 0.04 0.03 0.14 0.24 0.02 0.12 0.03 0.18 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.34 0.18 0.12 0.30 0.00 0.49 0.43 0.35
OP1 0.31 0.89 0.82 0.66 0.28 0.29 0.27 0.03 0.50 0.53 0.78 1.22 0.66 0.38 0.23 0.79 0.51 0.07 0.03 0.49 0.00 0.02 0.00
OP2 0.47 0.46 1.16 0.75 0.27 0.09 0.46 0.12 0.35 0.97 0.36 0.74 0.31 0.84 0.57 1.19 0.40 0.25 0.04 0.43 0.02 0.00 0.03
P 0.29 0.56 0.82 0.51 0.21 0.08 0.31 0.03 0.31 0.69 0.45 0.82 0.43 0.59 0.37 0.73 0.15 0.14 0.01 0.35 0.00 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.19 0.28 0.07 0.15 0.12 0.13 0.14 0.09 0.08 0.08 0.54 0.29 0.08 0.15 0.29 0.91 0.49 0.05
C2 0.10 0.10 0.21 0.27 0.11 0.11 0.13 0.20 0.12 0.10 0.11 0.11 0.52 0.30 0.10 0.05 0.43 0.98 0.35 0.11
C2' 0.44 0.52 0.57 0.13 0.51 0.15 0.45 0.13 0.43 0.46 0.55 0.56 0.97 0.11 0.52 0.26 0.24 0.95 0.49 0.07
C3' 0.54 0.59 0.55 0.28 0.59 0.32 0.55 0.16 0.54 0.55 0.61 0.63 0.90 0.17 0.58 0.44 0.10 1.04 0.35 0.20
C4 0.12 0.09 0.19 0.26 0.10 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.09 0.10 0.52 0.27 0.08 0.14 0.32 0.93 0.45 0.05
C4' 0.22 0.21 0.18 0.31 0.22 0.17 0.25 0.13 0.25 0.22 0.21 0.23 0.51 0.34 0.20 0.25 0.31 0.85 0.45 0.08
C5 0.15 0.11 0.18 0.28 0.10 0.15 0.16 0.12 0.17 0.13 0.09 0.10 0.48 0.30 0.06 0.19 0.30 0.88 0.47 0.05
C5' 0.45 0.54 0.34 0.19 0.52 0.21 0.45 0.20 0.43 0.47 0.57 0.60 0.68 0.30 0.54 0.43 0.36 0.77 0.44 0.14
C6 0.13 0.11 0.17 0.29 0.09 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.10 0.10 0.44 0.31 0.06 0.17 0.35 0.91 0.42 0.06
C8 0.17 0.11 0.21 0.29 0.09 0.18 0.16 0.11 0.19 0.15 0.09 0.10 0.50 0.32 0.06 0.23 0.23 0.82 0.51 0.09
N1 0.09 0.08 0.19 0.28 0.09 0.10 0.13 0.19 0.12 0.09 0.09 0.09 0.48 0.30 0.07 0.08 0.42 0.96 0.35 0.10
N2 0.14 0.15 0.25 0.29 0.15 0.15 0.14 0.27 0.14 0.14 0.16 0.17 0.55 0.36 0.14 0.09 0.49 1.00 0.30 0.16
N3 0.10 0.10 0.20 0.25 0.11 0.10 0.14 0.17 0.13 0.10 0.10 0.11 0.54 0.27 0.10 0.08 0.38 0.98 0.40 0.08
N7 0.19 0.12 0.20 0.30 0.10 0.20 0.17 0.12 0.19 0.16 0.10 0.12 0.47 0.35 0.06 0.25 0.24 0.80 0.51 0.09
N9 0.14 0.09 0.20 0.26 0.10 0.14 0.16 0.11 0.17 0.13 0.09 0.09 0.53 0.28 0.07 0.18 0.27 0.89 0.48 0.06
O2' 0.45 0.51 0.67 0.35 0.50 0.35 0.43 0.46 0.41 0.45 0.54 0.54 1.09 0.42 0.52 0.31 0.57 0.79 0.80 0.33
O3' 0.10 0.10 0.16 0.29 0.10 0.22 0.11 0.26 0.12 0.10 0.10 0.11 0.56 0.25 0.09 0.20 0.40 0.80 0.65 0.16
O4' 0.15 0.15 0.19 0.46 0.14 0.25 0.14 0.21 0.15 0.15 0.15 0.14 0.37 0.51 0.16 0.24 0.39 0.79 0.50 0.10
O5' 0.42 0.50 0.33 0.50 0.48 0.37 0.41 0.39 0.40 0.43 0.52 0.55 0.52 0.59 0.49 0.46 0.58 0.48 0.72 0.40
O6 0.17 0.15 0.16 0.31 0.11 0.17 0.16 0.12 0.18 0.17 0.12 0.14 0.39 0.35 0.08 0.23 0.34 0.87 0.42 0.05
OP1 1.05 1.21 0.81 0.61 1.12 0.80 0.95 0.65 0.94 1.06 1.24 1.32 1.08 0.57 1.15 1.05 0.50 0.79 0.62 0.49
OP2 0.47 0.61 0.32 0.55 0.56 0.44 0.43 0.52 0.42 0.48 0.67 0.72 0.49 0.62 0.61 0.52 0.74 0.41 0.93 0.68
P 0.55 0.67 0.38 0.52 0.62 0.45 0.51 0.46 0.49 0.56 0.71 0.76 0.58 0.60 0.66 0.58 0.63 0.41 0.80 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.27 0.03 0.00 0.23 0.68 0.56 0.29
C2 0.04 0.00 0.17 0.21 0.01 0.06 0.03 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.26 0.00 0.06 0.33 0.82 0.34 0.20
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.18 0.02 0.20 0.21 0.18 0.09 0.17 0.29 0.01 0.05 0.19 0.02 0.44 0.73 0.42 0.42
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.37 0.01 0.38 0.03 0.31 0.20 0.29 0.17 0.02 0.02 0.40 0.02 0.02 0.34 0.31 0.16
C4 0.03 0.01 0.18 0.37 0.00 0.16 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.35 0.01 0.05 0.47 0.87 0.14 0.09
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.02 0.20 0.09 0.09 0.08 0.24 0.02 0.17 0.01 0.04 0.22 0.52 0.14
C5 0.03 0.03 0.20 0.38 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.03 0.02 0.03 0.34 0.37 0.02 0.11 0.49 0.87 0.13 0.09
C5' 0.09 0.14 0.21 0.03 0.22 0.02 0.26 0.00 0.24 0.15 0.16 0.13 0.09 0.23 0.24 0.02 0.01 0.31 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.31 0.01 0.20 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.03 0.30 0.29 0.02 0.13 0.44 0.84 0.20 0.14
N1 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02 0.09 0.03 0.15 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.21 0.02 0.03 0.33 0.80 0.38 0.21
N3 0.03 0.00 0.17 0.29 0.01 0.09 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.29 0.02 0.04 0.39 0.88 0.22 0.15
O2 0.10 0.00 0.29 0.17 0.01 0.08 0.03 0.13 0.03 0.04 0.02 0.00 0.16 0.32 0.03 0.12 0.29 0.76 0.41 0.21
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.29 0.24 0.34 0.09 0.30 0.17 0.19 0.16 0.00 0.09 0.31 0.15 0.34 0.64 0.43 0.35
O3' 0.27 0.26 0.05 0.02 0.35 0.02 0.37 0.23 0.29 0.21 0.29 0.32 0.09 0.00 0.40 0.18 0.27 0.44 0.35 0.32
O4 0.03 0.00 0.19 0.40 0.01 0.17 0.02 0.24 0.02 0.02 0.02 0.03 0.31 0.40 0.00 0.05 0.51 0.85 0.22 0.09
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.04 0.12 0.15 0.18 0.05 0.00 0.10 0.42 0.69 0.24
O5' 0.23 0.33 0.44 0.02 0.47 0.04 0.49 0.01 0.44 0.33 0.39 0.29 0.34 0.27 0.51 0.10 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.68 0.82 0.73 0.34 0.87 0.22 0.87 0.31 0.84 0.80 0.88 0.76 0.64 0.44 0.85 0.42 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.34 0.42 0.31 0.14 0.52 0.13 0.44 0.20 0.38 0.22 0.41 0.43 0.35 0.22 0.69 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.20 0.42 0.16 0.09 0.14 0.09 0.02 0.14 0.21 0.15 0.21 0.35 0.32 0.09 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00