ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O4 B 0, 0.106, 0.490, 0.874, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.490 std_dev=0.384
C4 B 0, 0.096, 0.526, 0.956, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.526 std_dev=0.430
O3' B 0, 0.201, 0.633, 1.065, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.633 std_dev=0.432
C5 B 0, 0.055, 0.510, 0.965, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.510 std_dev=0.455
N3 B 0, 0.112, 0.579, 1.047, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.579 std_dev=0.467
C6 B 0, 0.010, 0.528, 1.046, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.528 std_dev=0.518
C2 B 0, 0.095, 0.616, 1.137, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.616 std_dev=0.521
N1 B 0, 0.037, 0.584, 1.130, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.584 std_dev=0.547
O2 B 0, 0.125, 0.693, 1.260, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.693 std_dev=0.567
C3' B 0, 0.133, 0.729, 1.325, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.729 std_dev=0.596
C1' B 0, 0.027, 0.678, 1.328, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.678 std_dev=0.651
O4' B 0, 0.146, 0.831, 1.516, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.831 std_dev=0.685
C2' B 0, -0.014, 0.745, 1.504, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.745 std_dev=0.759
O2' B 0, 0.081, 0.882, 1.682, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.882 std_dev=0.801
C4' B 0, 0.174, 1.033, 1.892, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.033 std_dev=0.859
O4' A 0, -0.002, 0.910, 1.821, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.910 std_dev=0.911
C2' A 0, -0.002, 0.960, 1.922, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.960 std_dev=0.962
C5' B 0, 0.199, 1.303, 2.406, 2.703 max_d=2.703 avg_d=1.303 std_dev=1.103
C4' A 0, 0.000, 1.128, 2.257, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.128 std_dev=1.129
C3' A 0, 0.018, 1.501, 2.984, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.501 std_dev=1.483
O2' A 0, 0.022, 1.560, 3.099, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.560 std_dev=1.539
O5' B 0, 0.093, 1.950, 3.807, 4.553 max_d=4.553 avg_d=1.950 std_dev=1.857
OP2 B 0, 0.090, 2.078, 4.067, 4.779 max_d=4.779 avg_d=2.078 std_dev=1.988
O3' A 0, 0.034, 2.045, 4.057, 4.095 max_d=4.095 avg_d=2.045 std_dev=2.011
C5' A 0, -0.005, 2.346, 4.697, 5.241 max_d=5.241 avg_d=2.346 std_dev=2.351
P B 0, 0.023, 2.419, 4.815, 5.870 max_d=5.870 avg_d=2.419 std_dev=2.396
O5' A 0, 0.053, 2.702, 5.350, 5.796 max_d=5.796 avg_d=2.702 std_dev=2.649
OP1 B 0, 0.070, 3.782, 7.495, 8.616 max_d=8.616 avg_d=3.782 std_dev=3.712
P A 0, 0.047, 4.007, 7.968, 8.523 max_d=8.523 avg_d=4.007 std_dev=3.961
OP2 A 0, 0.056, 4.536, 9.015, 9.809 max_d=9.809 avg_d=4.536 std_dev=4.480
OP1 A 0, 0.043, 4.710, 9.377, 9.666 max_d=9.666 avg_d=4.710 std_dev=4.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.27 0.01 0.17 0.01 0.19 0.67 0.22
C2 0.02 0.00 0.32 0.32 0.01 0.34 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.34 0.21 0.50 0.01 0.85 0.30 0.25
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.16 0.02 0.06 0.17 0.12 0.13 0.23 0.39 0.33 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.08 0.52 0.45 0.07
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.14 0.00 0.27 0.02 0.22 0.50 0.20 0.47 0.32 0.47 0.22 0.01 0.01 0.02 0.32 0.30 0.58 0.42 0.17
C4 0.01 0.01 0.16 0.14 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.16 0.11 0.30 0.01 0.23 0.78 0.27
C4' 0.01 0.34 0.02 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.07 0.35 0.21 0.48 0.34 0.28 0.09 0.29 0.01 0.00 0.03 0.09 0.40 0.37 0.10
C5 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.12 0.03 0.46 0.01 0.28 1.22 0.67
C5' 0.06 0.74 0.17 0.02 0.29 0.01 0.12 0.00 0.22 0.52 0.52 0.99 0.69 0.42 0.08 0.12 0.18 0.01 0.00 0.15 0.31 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.07 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.43 0.17 0.07 0.40 0.01 0.15 1.09 0.54
C8 0.01 0.01 0.13 0.50 0.01 0.35 0.01 0.52 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.17 0.16 0.85 0.01 0.85 1.69 1.17
N1 0.02 0.00 0.23 0.20 0.01 0.21 0.01 0.52 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.26 0.15 0.38 0.01 0.46 0.62 0.12
N2 0.02 0.01 0.39 0.47 0.01 0.48 0.02 0.99 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.40 0.45 0.27 0.72 0.01 1.28 0.25 0.60
N3 0.03 0.00 0.33 0.32 0.00 0.34 0.01 0.69 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.34 0.21 0.45 0.01 0.80 0.32 0.23
N7 0.01 0.01 0.07 0.47 0.00 0.28 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.19 0.10 0.80 0.01 0.86 1.76 1.18
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.05 0.01 0.39 0.02 0.18 1.02 0.53
O2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.34 0.29 0.38 0.12 0.43 0.23 0.43 0.40 0.36 0.32 0.22 0.00 0.05 0.19 0.30 0.43 0.31 0.59 0.20
O3' 0.27 0.34 0.02 0.01 0.16 0.01 0.12 0.18 0.17 0.17 0.26 0.45 0.34 0.19 0.05 0.05 0.00 0.17 0.27 0.19 0.55 0.35 0.19
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.07 0.16 0.15 0.27 0.21 0.10 0.01 0.19 0.17 0.00 0.05 0.03 0.09 0.61 0.24
O5' 0.17 0.50 0.22 0.32 0.30 0.03 0.46 0.00 0.40 0.85 0.38 0.72 0.45 0.80 0.39 0.30 0.27 0.05 0.00 0.49 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.19 0.03 0.49 0.00 0.37 1.33 0.76
OP1 0.19 0.85 0.52 0.58 0.23 0.40 0.28 0.31 0.15 0.85 0.46 1.28 0.80 0.86 0.18 0.31 0.55 0.09 0.02 0.37 0.00 0.00 0.00
OP2 0.67 0.30 0.45 0.42 0.78 0.37 1.22 0.37 1.09 1.69 0.62 0.25 0.32 1.76 1.02 0.59 0.35 0.61 0.02 1.33 0.00 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.07 0.17 0.27 0.10 0.67 0.01 0.54 1.17 0.12 0.60 0.23 1.18 0.53 0.20 0.19 0.24 0.00 0.76 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.29 0.21 0.04 0.25 0.14 0.15 0.42 0.14 0.20 0.31 0.34 0.52 0.11 0.28 0.08 1.24 2.77 1.72 1.83
C2 0.15 0.28 0.14 0.09 0.21 0.05 0.07 0.29 0.08 0.17 0.31 0.35 0.43 0.14 0.25 0.04 1.12 2.44 1.62 1.63
C2' 0.40 0.47 0.52 0.30 0.41 0.39 0.33 0.59 0.35 0.40 0.48 0.52 0.80 0.43 0.43 0.33 1.25 2.76 1.77 1.82
C3' 0.42 0.54 0.47 0.19 0.50 0.31 0.38 0.41 0.37 0.44 0.57 0.60 0.78 0.34 0.54 0.33 0.96 2.41 1.43 1.48
C4 0.20 0.33 0.25 0.03 0.30 0.15 0.18 0.41 0.17 0.24 0.36 0.37 0.56 0.13 0.34 0.10 1.21 2.69 1.71 1.79
C4' 0.31 0.41 0.33 0.10 0.38 0.30 0.29 0.49 0.27 0.33 0.43 0.45 0.61 0.19 0.43 0.28 1.15 2.62 1.66 1.70
C5 0.26 0.38 0.34 0.04 0.39 0.22 0.28 0.47 0.25 0.30 0.42 0.42 0.65 0.14 0.43 0.16 1.24 2.74 1.74 1.83
C5' 0.60 0.77 0.55 0.32 0.74 0.56 0.58 0.70 0.54 0.64 0.82 0.83 0.80 0.41 0.83 0.60 1.19 2.59 1.71 1.69
C6 0.28 0.41 0.35 0.05 0.43 0.21 0.31 0.44 0.27 0.32 0.45 0.44 0.65 0.15 0.48 0.17 1.20 2.64 1.72 1.78
C8 0.27 0.38 0.36 0.06 0.38 0.25 0.29 0.52 0.27 0.31 0.41 0.41 0.68 0.13 0.41 0.18 1.27 2.83 1.74 1.88
N1 0.20 0.35 0.24 0.05 0.34 0.11 0.17 0.34 0.15 0.24 0.40 0.40 0.53 0.15 0.42 0.08 1.14 2.48 1.65 1.67
N2 0.13 0.23 0.07 0.15 0.12 0.04 0.13 0.20 0.11 0.13 0.24 0.32 0.30 0.15 0.10 0.08 1.04 2.24 1.52 1.50
N3 0.15 0.27 0.15 0.08 0.21 0.08 0.09 0.33 0.09 0.17 0.29 0.33 0.45 0.13 0.24 0.04 1.16 2.56 1.66 1.70
N7 0.30 0.41 0.40 0.08 0.42 0.28 0.34 0.54 0.31 0.34 0.44 0.43 0.72 0.13 0.45 0.21 1.27 2.82 1.75 1.88
N9 0.22 0.33 0.27 0.03 0.31 0.18 0.21 0.44 0.19 0.25 0.36 0.38 0.59 0.13 0.35 0.12 1.24 2.77 1.73 1.83
O2' 0.63 0.55 0.84 0.71 0.48 0.73 0.53 0.98 0.59 0.59 0.51 0.57 1.05 0.77 0.43 0.59 1.68 3.25 2.17 2.25
O3' 0.50 0.61 0.58 0.32 0.55 0.41 0.44 0.51 0.44 0.52 0.63 0.68 0.89 0.48 0.58 0.41 0.98 2.50 1.49 1.53
O4' 0.15 0.23 0.17 0.09 0.21 0.22 0.14 0.48 0.13 0.16 0.24 0.26 0.48 0.03 0.25 0.17 1.27 2.76 1.77 1.85
O5' 0.21 0.31 0.11 0.40 0.30 0.34 0.17 0.42 0.17 0.21 0.37 0.37 0.25 0.33 0.40 0.33 1.37 2.60 1.72 1.84
O6 0.34 0.46 0.44 0.10 0.50 0.28 0.43 0.50 0.37 0.39 0.50 0.47 0.73 0.15 0.51 0.23 1.22 2.66 1.74 1.81
OP1 0.46 0.81 0.33 0.13 0.75 0.31 0.42 0.32 0.35 0.54 0.91 0.95 0.65 0.22 0.90 0.42 1.08 2.25 1.33 1.47
OP2 0.80 0.63 1.03 1.11 0.66 0.82 0.85 0.77 0.90 0.77 0.60 0.58 1.14 1.03 0.61 0.72 0.87 1.44 0.72 1.03
P 0.22 0.26 0.40 0.53 0.26 0.24 0.27 0.16 0.31 0.21 0.34 0.34 0.58 0.45 0.37 0.15 0.94 1.99 1.11 1.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.28 0.01 0.00 0.45 0.71 0.48 0.50
C2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.30 0.02 0.05 0.57 1.15 0.84 0.75
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.21 0.06 0.02 0.05 0.12 0.01 0.04 0.04 0.03 0.62 0.89 0.28 0.57
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.23 0.21 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.00 0.05 0.89 1.81 1.28 1.21
C4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.03 0.02 0.08 0.12 0.04 0.08 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05
C5 0.03 0.00 0.05 0.13 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.08 0.01 0.11 1.03 1.95 1.34 1.34
C5' 0.09 0.11 0.21 0.02 0.24 0.01 0.31 0.00 0.29 0.16 0.16 0.07 0.08 0.17 0.24 0.02 0.01 0.25 0.06 0.02
C6 0.04 0.01 0.06 0.13 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.08 0.01 0.13 0.96 1.66 1.12 1.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.03 0.68 1.20 0.82 0.82
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.26 0.02 0.02 0.71 1.47 1.07 0.97
O2 0.03 0.00 0.12 0.03 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.41 0.03 0.10 0.37 0.84 0.66 0.53
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.17 0.12 0.23 0.08 0.21 0.09 0.11 0.20 0.00 0.03 0.20 0.06 0.60 0.93 0.23 0.56
O3' 0.28 0.30 0.04 0.01 0.16 0.04 0.08 0.17 0.08 0.20 0.26 0.41 0.03 0.00 0.16 0.20 0.03 0.23 0.45 0.16
O4 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.03 0.20 0.16 0.00 0.04 0.93 1.96 1.39 1.30
O4' 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.02 0.10 0.06 0.20 0.04 0.00 0.32 0.45 0.46 0.34
O5' 0.45 0.57 0.62 0.23 0.89 0.03 1.03 0.01 0.96 0.68 0.71 0.37 0.60 0.03 0.93 0.32 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.71 1.15 0.89 0.21 1.81 0.07 1.95 0.25 1.66 1.20 1.47 0.84 0.93 0.23 1.96 0.45 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 0.84 0.28 0.21 1.28 0.08 1.34 0.06 1.12 0.82 1.07 0.66 0.23 0.45 1.39 0.46 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.50 0.75 0.57 0.10 1.21 0.05 1.34 0.02 1.17 0.82 0.97 0.53 0.56 0.16 1.30 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00