ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50854

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N7 A 0, -0.002, 0.019, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.001, 0.035, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C4 B 0, 0.058, 0.282, 0.507, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.282 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.094, 0.328, 0.561, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.328 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.099, 0.338, 0.577, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.338 std_dev=0.239
O4' A 0, 0.024, 0.274, 0.524, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.274 std_dev=0.250
O4 B 0, 0.003, 0.268, 0.534, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.268 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.113, 0.388, 0.663, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.388 std_dev=0.275
C2' A 0, 0.046, 0.322, 0.598, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.322 std_dev=0.276
C2 B 0, 0.108, 0.388, 0.667, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.388 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.122, 0.416, 0.710, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.416 std_dev=0.294
O2' A 0, 0.067, 0.386, 0.706, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.386 std_dev=0.320
O2 B 0, 0.105, 0.487, 0.869, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.487 std_dev=0.382
C4' A 0, 0.015, 0.408, 0.801, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.408 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.165, 0.575, 0.984, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.575 std_dev=0.409
C3' A 0, 0.038, 0.454, 0.869, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.454 std_dev=0.415
O4' B 0, 0.182, 0.642, 1.102, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.642 std_dev=0.460
P A 0, 0.188, 0.653, 1.118, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.653 std_dev=0.465
OP2 A 0, 0.186, 0.678, 1.171, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.678 std_dev=0.493
OP1 A 0, 0.205, 0.705, 1.205, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.705 std_dev=0.500
O5' A 0, 0.071, 0.584, 1.098, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.584 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.224, 0.766, 1.307, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.766 std_dev=0.541
O2' B 0, 0.251, 0.864, 1.477, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.864 std_dev=0.613
O3' A 0, 0.029, 0.659, 1.289, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.659 std_dev=0.630
C5' A 0, 0.064, 0.698, 1.332, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.698 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.246, 0.879, 1.513, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.879 std_dev=0.634
C3' B 0, 0.270, 0.930, 1.591, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.930 std_dev=0.661
C5' B 0, 0.290, 1.032, 1.773, 1.710 max_d=1.710 avg_d=1.032 std_dev=0.741
O5' B 0, 0.308, 1.056, 1.804, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.056 std_dev=0.748
O3' B 0, 0.341, 1.179, 2.017, 1.872 max_d=1.872 avg_d=1.179 std_dev=0.838
P B 0, 0.388, 1.330, 2.271, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.330 std_dev=0.941
OP2 B 0, 0.410, 1.461, 2.513, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.461 std_dev=1.051
OP1 B 0, 0.465, 1.600, 2.735, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.600 std_dev=1.135

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.09 0.07
C2 0.03 0.00 0.20 0.18 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.26 0.03 0.10 0.01 0.13 0.03 0.05
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.01 0.13 0.04 0.17 0.23 0.19 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.27 0.07 0.06
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.05 0.15 0.22 0.17 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.32 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.13 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.02 0.11 0.01 0.12 0.04 0.04
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.09 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.07 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.03 0.16 0.01 0.14 0.00 0.05
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.11 0.16 0.07 0.05 0.04 0.16 0.08 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.16 0.04 0.17 0.01 0.15 0.03 0.07
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.19 0.01 0.13 0.04 0.03
N1 0.02 0.00 0.17 0.15 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.23 0.04 0.13 0.01 0.14 0.02 0.05
N2 0.03 0.00 0.23 0.22 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.32 0.03 0.09 0.00 0.13 0.04 0.06
N3 0.03 0.00 0.19 0.17 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.23 0.02 0.09 0.01 0.12 0.06 0.06
N7 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.21 0.01 0.15 0.01 0.07
N9 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.11 0.01 0.12 0.07 0.04
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.12 0.02 0.16 0.03 0.21 0.29 0.22 0.06 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.16 0.29 0.07 0.06
O3' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.15 0.00 0.12 0.03 0.16 0.03 0.23 0.32 0.23 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.15 0.43 0.18 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.04 0.06 0.20 0.17
O5' 0.05 0.10 0.03 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.17 0.19 0.13 0.09 0.09 0.21 0.11 0.03 0.04 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.12 0.08 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.04 0.19 0.00 0.16 0.06 0.10
OP1 0.11 0.13 0.27 0.32 0.12 0.15 0.14 0.07 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.15 0.12 0.29 0.43 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.03 0.07 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.07 0.07 0.18 0.20 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.05 0.06 0.11 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.18 0.17 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.06 0.20 0.04 0.20 0.08 0.34 0.08 0.04 0.08 0.10 0.00 0.22 0.05 0.10 0.45 0.68 0.79 0.60
C2 0.05 0.03 0.08 0.19 0.02 0.19 0.08 0.32 0.09 0.04 0.05 0.05 0.03 0.20 0.04 0.11 0.43 0.58 0.68 0.53
C2' 0.21 0.27 0.16 0.02 0.18 0.04 0.12 0.16 0.14 0.20 0.26 0.33 0.24 0.04 0.17 0.15 0.29 0.52 0.68 0.47
C3' 0.23 0.29 0.15 0.05 0.19 0.10 0.16 0.21 0.17 0.22 0.27 0.35 0.24 0.05 0.19 0.18 0.34 0.61 0.77 0.54
C4 0.07 0.05 0.09 0.22 0.05 0.22 0.09 0.36 0.10 0.05 0.06 0.07 0.05 0.24 0.06 0.12 0.46 0.67 0.78 0.60
C4' 0.08 0.13 0.04 0.20 0.09 0.20 0.10 0.37 0.10 0.08 0.14 0.18 0.05 0.24 0.10 0.11 0.49 0.77 0.89 0.67
C5 0.09 0.06 0.12 0.24 0.07 0.25 0.10 0.39 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.27 0.10 0.15 0.48 0.70 0.82 0.63
C5' 0.13 0.08 0.16 0.34 0.10 0.33 0.17 0.51 0.18 0.11 0.09 0.11 0.11 0.39 0.08 0.21 0.63 0.95 1.05 0.83
C6 0.10 0.08 0.12 0.23 0.09 0.24 0.09 0.38 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.25 0.13 0.15 0.47 0.67 0.80 0.61
C8 0.09 0.06 0.12 0.25 0.06 0.26 0.10 0.40 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.29 0.07 0.15 0.50 0.75 0.86 0.66
N1 0.07 0.05 0.09 0.20 0.06 0.21 0.08 0.34 0.09 0.06 0.08 0.07 0.05 0.21 0.12 0.13 0.44 0.60 0.71 0.55
N2 0.05 0.02 0.10 0.19 0.04 0.18 0.10 0.30 0.09 0.05 0.02 0.04 0.06 0.20 0.02 0.10 0.40 0.53 0.61 0.49
N3 0.05 0.03 0.08 0.20 0.03 0.20 0.09 0.33 0.09 0.04 0.04 0.06 0.02 0.21 0.03 0.11 0.44 0.62 0.72 0.56
N7 0.10 0.07 0.14 0.26 0.08 0.27 0.10 0.41 0.12 0.09 0.09 0.08 0.11 0.30 0.10 0.16 0.50 0.75 0.87 0.66
N9 0.07 0.05 0.10 0.22 0.05 0.23 0.09 0.37 0.10 0.06 0.06 0.07 0.05 0.25 0.06 0.13 0.47 0.70 0.81 0.62
O2' 0.27 0.33 0.25 0.13 0.22 0.10 0.15 0.09 0.18 0.26 0.32 0.40 0.34 0.14 0.21 0.20 0.22 0.44 0.59 0.39
O3' 0.38 0.43 0.31 0.14 0.29 0.18 0.24 0.11 0.27 0.35 0.39 0.51 0.41 0.11 0.27 0.31 0.23 0.50 0.69 0.44
O4' 0.09 0.02 0.15 0.30 0.04 0.28 0.11 0.43 0.12 0.07 0.03 0.04 0.09 0.34 0.03 0.15 0.54 0.79 0.88 0.69
O5' 0.20 0.12 0.24 0.40 0.16 0.41 0.24 0.58 0.25 0.18 0.11 0.11 0.19 0.46 0.13 0.28 0.69 1.01 1.13 0.90
O6 0.13 0.10 0.15 0.25 0.13 0.27 0.11 0.40 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.28 0.17 0.17 0.49 0.69 0.83 0.63
OP1 0.23 0.14 0.25 0.40 0.18 0.42 0.26 0.57 0.27 0.21 0.13 0.11 0.22 0.44 0.16 0.31 0.67 0.96 1.06 0.86
OP2 0.18 0.11 0.19 0.33 0.11 0.36 0.18 0.52 0.20 0.15 0.11 0.12 0.18 0.38 0.09 0.26 0.60 0.91 1.00 0.80
P 0.18 0.12 0.19 0.34 0.12 0.37 0.19 0.53 0.20 0.15 0.11 0.12 0.16 0.39 0.11 0.26 0.62 0.94 1.03 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.01 0.09 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.06 0.11 0.06
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.03 0.17 0.21 0.25 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.04 0.18 0.21 0.24 0.20
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.05 0.08 0.03 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.14 0.15 0.15 0.14
N1 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.10 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.01 0.01 0.13 0.16 0.19 0.15
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.02 0.09 0.01 0.06 0.05 0.10 0.06 0.01 0.00 0.12 0.01 0.06 0.08 0.19 0.09
O4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.03 0.20 0.25 0.31 0.24
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04
O5' 0.02 0.09 0.03 0.05 0.17 0.02 0.18 0.01 0.14 0.08 0.13 0.07 0.01 0.06 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.05 0.06 0.21 0.04 0.21 0.03 0.15 0.10 0.16 0.08 0.04 0.08 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.12 0.06 0.11 0.25 0.03 0.24 0.02 0.15 0.10 0.19 0.09 0.05 0.19 0.31 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.03 0.06 0.20 0.01 0.20 0.00 0.14 0.08 0.15 0.07 0.01 0.09 0.24 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00