ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 26, 17, 7, 3, 6, 3, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.043 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.041 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.001, 0.070, 0.140, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.070 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.008, 0.090, 0.171, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.090 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.045, 0.136, 0.228, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.136 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.068, 0.173, 0.278, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.173 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.035, 0.154, 0.274, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.154 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.080, 0.237, 0.394, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.237 std_dev=0.157
N7 B 0, 0.077, 0.240, 0.402, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.240 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.069, 0.242, 0.414, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.242 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.073, 0.246, 0.419, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.246 std_dev=0.173
C8 B 0, 0.064, 0.255, 0.446, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.255 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.084, 0.278, 0.472, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.278 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.096, 0.312, 0.529, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.312 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.037, 0.278, 0.519, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.278 std_dev=0.241
O6 B 0, 0.053, 0.311, 0.570, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.311 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.083, 0.347, 0.611, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.347 std_dev=0.264
N9 B 0, -0.009, 0.279, 0.567, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.279 std_dev=0.288
N3 B 0, 0.029, 0.337, 0.646, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.337 std_dev=0.309
N2 B 0, 0.094, 0.419, 0.745, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.419 std_dev=0.325
O5' A 0, -0.029, 0.341, 0.711, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.341 std_dev=0.370
P A 0, -0.064, 0.327, 0.717, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.327 std_dev=0.391
OP2 A 0, -0.001, 0.390, 0.781, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.390 std_dev=0.391
OP1 A 0, -0.086, 0.370, 0.826, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.370 std_dev=0.456
C1' B 0, -0.124, 0.341, 0.806, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.341 std_dev=0.465
O4' B 0, -0.154, 0.354, 0.863, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.354 std_dev=0.508
C2' B 0, -0.205, 0.399, 1.004, 3.438 max_d=3.438 avg_d=0.399 std_dev=0.605
OP1 B 0, -0.085, 0.552, 1.189, 3.352 max_d=3.352 avg_d=0.552 std_dev=0.637
C4' B 0, -0.263, 0.428, 1.120, 3.656 max_d=3.656 avg_d=0.428 std_dev=0.691
P B 0, -0.200, 0.515, 1.231, 3.615 max_d=3.615 avg_d=0.515 std_dev=0.715
C3' B 0, -0.292, 0.461, 1.215, 4.130 max_d=4.130 avg_d=0.461 std_dev=0.754
C5' B 0, -0.288, 0.470, 1.229, 4.727 max_d=4.727 avg_d=0.470 std_dev=0.759
O5' B 0, -0.238, 0.523, 1.285, 3.874 max_d=3.874 avg_d=0.523 std_dev=0.761
O2' B 0, -0.218, 0.545, 1.308, 4.039 max_d=4.039 avg_d=0.545 std_dev=0.763
OP2 B 0, -0.198, 0.691, 1.580, 4.232 max_d=4.232 avg_d=0.691 std_dev=0.889
O3' B 0, -0.326, 0.585, 1.496, 4.578 max_d=4.578 avg_d=0.585 std_dev=0.911

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.10 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.03 0.19 0.02 0.19 0.26 0.20
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.05 0.13 0.14 0.12
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.18 0.07 0.18 0.12 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.20 0.01 0.20 0.25 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.25 0.02 0.27 0.31 0.27
C5' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.05 0.13 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.12 0.09 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.26 0.01 0.29 0.33 0.28
C8 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.25 0.03 0.25 0.27 0.25
N1 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.03 0.23 0.02 0.25 0.30 0.25
N2 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.12 0.04 0.17 0.03 0.17 0.24 0.18
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.16 0.02 0.17 0.23 0.17
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.28 0.03 0.30 0.33 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.18 0.02 0.18 0.21 0.18
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.10 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.04 0.05 0.00 0.02 0.16 0.08 0.17 0.10 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.17 0.07
O5' 0.09 0.19 0.13 0.18 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.25 0.23 0.17 0.16 0.28 0.18 0.07 0.16 0.06 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.29 0.00 0.33 0.37 0.32
OP1 0.10 0.19 0.13 0.18 0.20 0.07 0.27 0.09 0.29 0.25 0.25 0.17 0.17 0.30 0.18 0.10 0.17 0.06 0.02 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.26 0.14 0.12 0.25 0.12 0.31 0.18 0.33 0.27 0.30 0.24 0.23 0.33 0.21 0.10 0.10 0.17 0.02 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.12 0.15 0.21 0.02 0.27 0.02 0.28 0.25 0.25 0.18 0.17 0.30 0.18 0.06 0.13 0.07 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.23 0.16 0.11 0.11 0.12 0.19 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11 0.41 0.20 0.12 0.34 0.16 0.32 0.61 0.33
C2 0.14 0.13 0.21 0.14 0.12 0.11 0.13 0.17 0.14 0.15 0.14 0.13 0.12 0.14 0.13 0.36 0.21 0.12 0.33 0.16 0.25 0.60 0.30
C2' 0.12 0.14 0.19 0.10 0.12 0.11 0.13 0.18 0.15 0.13 0.16 0.15 0.13 0.13 0.12 0.37 0.14 0.15 0.39 0.17 0.30 0.65 0.33
C3' 0.12 0.14 0.17 0.10 0.13 0.12 0.14 0.18 0.16 0.13 0.16 0.15 0.13 0.14 0.12 0.34 0.12 0.18 0.39 0.19 0.29 0.63 0.32
C4 0.11 0.12 0.20 0.13 0.10 0.10 0.11 0.18 0.13 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.36 0.16 0.12 0.33 0.16 0.30 0.62 0.33
C4' 0.12 0.13 0.21 0.14 0.11 0.11 0.12 0.18 0.14 0.12 0.15 0.14 0.12 0.13 0.11 0.38 0.17 0.14 0.33 0.16 0.33 0.59 0.31
C5 0.09 0.11 0.17 0.12 0.09 0.11 0.11 0.20 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.10 0.08 0.32 0.14 0.12 0.32 0.16 0.32 0.62 0.34
C5' 0.15 0.15 0.23 0.20 0.15 0.16 0.16 0.22 0.17 0.16 0.17 0.15 0.14 0.16 0.15 0.38 0.22 0.18 0.32 0.19 0.36 0.55 0.32
C6 0.09 0.11 0.16 0.11 0.08 0.10 0.11 0.19 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.10 0.08 0.28 0.12 0.12 0.32 0.16 0.29 0.61 0.33
C8 0.09 0.11 0.19 0.15 0.09 0.13 0.11 0.22 0.13 0.09 0.13 0.12 0.10 0.10 0.08 0.34 0.16 0.12 0.33 0.16 0.37 0.61 0.35
N1 0.12 0.11 0.18 0.12 0.10 0.10 0.11 0.17 0.13 0.13 0.13 0.11 0.09 0.12 0.11 0.31 0.17 0.12 0.32 0.16 0.25 0.59 0.31
N2 0.17 0.15 0.23 0.17 0.16 0.13 0.16 0.17 0.16 0.18 0.16 0.15 0.15 0.18 0.17 0.38 0.26 0.14 0.33 0.17 0.23 0.58 0.29
N3 0.13 0.13 0.22 0.15 0.12 0.10 0.12 0.17 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.38 0.20 0.12 0.34 0.16 0.27 0.61 0.31
N7 0.08 0.11 0.17 0.14 0.09 0.13 0.11 0.23 0.14 0.08 0.14 0.12 0.09 0.11 0.08 0.31 0.15 0.13 0.32 0.17 0.37 0.61 0.36
N9 0.11 0.12 0.21 0.14 0.10 0.11 0.11 0.19 0.13 0.10 0.14 0.13 0.10 0.11 0.10 0.37 0.17 0.12 0.33 0.16 0.33 0.62 0.34
O2' 0.13 0.16 0.22 0.12 0.14 0.11 0.14 0.17 0.16 0.14 0.17 0.18 0.15 0.14 0.14 0.41 0.18 0.15 0.41 0.17 0.30 0.67 0.35
O3' 0.13 0.15 0.15 0.10 0.13 0.16 0.14 0.21 0.17 0.14 0.17 0.16 0.13 0.14 0.13 0.32 0.10 0.21 0.44 0.19 0.30 0.67 0.35
O4' 0.13 0.13 0.24 0.18 0.11 0.13 0.12 0.21 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11 0.41 0.21 0.12 0.32 0.17 0.36 0.60 0.34
O5' 0.26 0.24 0.24 0.22 0.26 0.26 0.27 0.28 0.26 0.30 0.24 0.23 0.24 0.29 0.27 0.37 0.23 0.33 0.56 0.27 0.51 0.68 0.46
O6 0.08 0.12 0.13 0.11 0.10 0.12 0.12 0.20 0.15 0.08 0.14 0.12 0.10 0.12 0.08 0.24 0.11 0.13 0.30 0.17 0.30 0.60 0.34
OP1 0.32 0.28 0.30 0.28 0.31 0.31 0.31 0.32 0.30 0.34 0.29 0.27 0.29 0.34 0.32 0.42 0.30 0.37 0.61 0.31 0.61 0.68 0.54
OP2 0.38 0.37 0.38 0.33 0.38 0.35 0.39 0.34 0.38 0.40 0.38 0.37 0.37 0.40 0.39 0.49 0.36 0.41 0.60 0.39 0.59 0.65 0.52
P 0.30 0.29 0.29 0.26 0.30 0.28 0.32 0.29 0.31 0.33 0.30 0.28 0.29 0.34 0.31 0.42 0.28 0.34 0.57 0.32 0.57 0.66 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.15 0.03 0.17 0.22 0.09
C2 0.04 0.00 0.11 0.08 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.28 0.12 0.21 0.02 0.21 0.34 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.07 0.05 0.09 0.12 0.10 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.24 0.07 0.31 0.30 0.21
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.04 0.37 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.06 0.22 0.02 0.17 0.36 0.17
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.08 0.13 0.10 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.19 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.16 0.05 0.27 0.01 0.18 0.46 0.23
C5' 0.04 0.13 0.09 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.15 0.12 0.17 0.12 0.15 0.08 0.06 0.10 0.01 0.01 0.13 0.23 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.07 0.28 0.01 0.18 0.49 0.24
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.08 0.30 0.02 0.19 0.46 0.26
N1 0.04 0.01 0.09 0.06 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.25 0.10 0.24 0.01 0.18 0.42 0.20
N2 0.05 0.01 0.12 0.10 0.01 0.13 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.32 0.15 0.20 0.03 0.25 0.30 0.16
N3 0.04 0.01 0.10 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.26 0.12 0.19 0.01 0.21 0.30 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.07 0.32 0.02 0.22 0.53 0.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.14 0.02 0.22 0.02 0.16 0.34 0.16
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.12 0.04 0.13 0.06 0.16 0.13 0.19 0.25 0.19 0.14 0.06 0.00 0.06 0.03 0.25 0.17 0.38 0.34 0.23
O3' 0.15 0.28 0.05 0.01 0.19 0.02 0.16 0.10 0.20 0.08 0.25 0.32 0.26 0.10 0.14 0.06 0.00 0.09 0.12 0.18 0.42 0.18 0.17
O4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.15 0.12 0.07 0.02 0.03 0.09 0.00 0.09 0.07 0.13 0.15 0.07
O5' 0.15 0.21 0.24 0.16 0.22 0.02 0.27 0.01 0.28 0.30 0.24 0.20 0.19 0.32 0.22 0.25 0.12 0.09 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.17 0.18 0.07 0.31 0.00 0.20 0.55 0.29
OP1 0.17 0.21 0.31 0.37 0.17 0.19 0.18 0.23 0.18 0.19 0.18 0.25 0.21 0.22 0.16 0.38 0.42 0.13 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.34 0.30 0.18 0.36 0.13 0.46 0.19 0.49 0.46 0.42 0.30 0.30 0.53 0.34 0.34 0.18 0.15 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.21 0.16 0.17 0.03 0.23 0.02 0.24 0.26 0.20 0.16 0.14 0.29 0.16 0.23 0.17 0.07 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00