ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50859

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 8, 6, 4, 5, 4, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.002, 0.021, 0.045, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.021 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.003, 0.024, 0.051, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.024 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.048 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.036 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.041, 0.073, 0.104, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.073 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.007, 0.044, 0.082, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.044 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.035, 0.074, 0.114, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.074 std_dev=0.039
C4 B 0, 0.442, 0.702, 0.962, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.702 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.460, 0.728, 0.996, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.728 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.429, 0.701, 0.972, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.701 std_dev=0.272
C5 B 0, 0.393, 0.680, 0.966, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.680 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.449, 0.740, 1.032, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.740 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.400, 0.696, 0.992, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.696 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.453, 0.760, 1.067, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.760 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.372, 0.692, 1.013, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.692 std_dev=0.321
N7 B 0, 0.401, 0.729, 1.057, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.729 std_dev=0.328
C8 B 0, 0.435, 0.770, 1.104, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.770 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.496, 0.877, 1.257, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.877 std_dev=0.380
O6 B 0, 0.373, 0.762, 1.150, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.762 std_dev=0.388
C2' A 0, 0.596, 1.274, 1.952, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.274 std_dev=0.678
O4' B 0, 1.284, 1.975, 2.666, 3.919 max_d=3.919 avg_d=1.975 std_dev=0.691
O4' A 0, 0.562, 1.261, 1.960, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.261 std_dev=0.699
C3' A 0, 0.561, 1.422, 2.283, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.422 std_dev=0.861
C4' A 0, 0.715, 1.638, 2.562, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.638 std_dev=0.923
C2' B 0, 1.076, 2.014, 2.951, 3.383 max_d=3.383 avg_d=2.014 std_dev=0.937
O3' A 0, 0.316, 1.320, 2.325, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.320 std_dev=1.004
O2' A 0, 0.937, 1.975, 3.012, 4.054 max_d=4.054 avg_d=1.975 std_dev=1.037
C4' B 0, 1.671, 2.763, 3.855, 4.630 max_d=4.630 avg_d=2.763 std_dev=1.092
O2' B 0, 1.488, 2.745, 4.001, 4.478 max_d=4.478 avg_d=2.745 std_dev=1.256
C3' B 0, 1.517, 2.857, 4.196, 4.493 max_d=4.493 avg_d=2.857 std_dev=1.339
O3' B 0, 1.766, 3.277, 4.789, 5.410 max_d=5.410 avg_d=3.277 std_dev=1.511
C5' A 0, 1.358, 2.911, 4.465, 6.074 max_d=6.074 avg_d=2.911 std_dev=1.554
O5' A 0, 1.151, 2.902, 4.653, 7.235 max_d=7.235 avg_d=2.902 std_dev=1.751
C5' B 0, 2.314, 4.393, 6.472, 7.501 max_d=7.501 avg_d=4.393 std_dev=2.079
P A 0, 1.567, 3.962, 6.357, 10.305 max_d=10.305 avg_d=3.962 std_dev=2.395
OP1 A 0, 1.227, 3.697, 6.167, 11.036 max_d=11.036 avg_d=3.697 std_dev=2.470
O5' B 0, 1.837, 4.543, 7.250, 8.840 max_d=8.840 avg_d=4.543 std_dev=2.706
OP2 A 0, 1.965, 4.875, 7.785, 11.764 max_d=11.764 avg_d=4.875 std_dev=2.910
P B 0, 2.080, 6.057, 10.033, 11.548 max_d=11.548 avg_d=6.057 std_dev=3.976
OP1 B 0, 2.417, 6.704, 10.991, 12.103 max_d=12.103 avg_d=6.704 std_dev=4.287
OP2 B 0, 2.227, 6.594, 10.961, 12.995 max_d=12.995 avg_d=6.594 std_dev=4.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.34 0.01 0.44 0.03 0.53 0.48 0.42
C2 0.06 0.00 0.38 0.37 0.01 0.31 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.45 0.33 0.93 0.01 1.03 1.32 1.10
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.03 0.11 0.23 0.17 0.21 0.30 0.46 0.38 0.12 0.03 0.00 0.04 0.03 0.46 0.14 0.69 0.50 0.47
C3' 0.03 0.37 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.33 0.39 0.34 0.45 0.34 0.39 0.21 0.03 0.02 0.02 0.27 0.36 0.54 0.35 0.26
C4 0.03 0.01 0.20 0.25 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.17 0.79 0.02 0.82 1.11 0.86
C4' 0.02 0.31 0.03 0.01 0.14 0.00 0.12 0.01 0.15 0.26 0.23 0.39 0.29 0.21 0.09 0.28 0.04 0.01 0.03 0.15 0.29 0.27 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.31 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.22 0.09 0.91 0.02 0.96 1.45 1.03
C5' 0.08 0.55 0.23 0.02 0.26 0.01 0.23 0.00 0.30 0.40 0.45 0.71 0.49 0.34 0.15 0.12 0.23 0.02 0.01 0.29 0.30 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.33 0.01 0.15 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.25 0.16 0.96 0.01 1.04 1.57 1.12
C8 0.03 0.01 0.21 0.39 0.01 0.26 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.28 0.18 0.98 0.03 1.01 1.43 1.06
N1 0.04 0.01 0.30 0.34 0.01 0.23 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.38 0.34 0.26 0.96 0.01 1.05 1.47 1.13
N2 0.07 0.00 0.46 0.45 0.01 0.39 0.02 0.71 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.57 0.58 0.39 1.02 0.02 1.18 1.45 1.24
N3 0.06 0.01 0.38 0.34 0.01 0.29 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.43 0.46 0.32 0.83 0.01 0.89 1.10 0.94
N7 0.03 0.01 0.12 0.39 0.01 0.21 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.28 0.10 1.02 0.03 1.09 1.67 1.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.20 0.03 0.71 0.02 0.74 0.96 0.74
O2' 0.02 0.45 0.00 0.03 0.26 0.28 0.30 0.12 0.32 0.41 0.38 0.57 0.43 0.39 0.20 0.00 0.07 0.19 0.40 0.34 0.74 0.54 0.43
O3' 0.34 0.45 0.04 0.02 0.27 0.04 0.22 0.23 0.25 0.28 0.34 0.58 0.46 0.28 0.20 0.07 0.00 0.24 0.28 0.26 0.65 0.56 0.36
O4' 0.01 0.33 0.03 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.16 0.18 0.26 0.39 0.32 0.10 0.03 0.19 0.24 0.00 0.38 0.12 0.43 0.39 0.36
O5' 0.44 0.93 0.46 0.27 0.79 0.03 0.91 0.01 0.96 0.98 0.96 1.02 0.83 1.02 0.71 0.40 0.28 0.38 0.00 1.01 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.36 0.02 0.15 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.34 0.26 0.12 1.01 0.00 1.12 1.76 1.22
OP1 0.53 1.03 0.69 0.54 0.82 0.29 0.96 0.30 1.04 1.01 1.05 1.18 0.89 1.09 0.74 0.74 0.65 0.43 0.03 1.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 1.32 0.50 0.35 1.11 0.27 1.45 0.36 1.57 1.43 1.47 1.45 1.10 1.67 0.96 0.54 0.56 0.39 0.02 1.76 0.01 0.00 0.01
P 0.42 1.10 0.47 0.26 0.86 0.07 1.03 0.02 1.12 1.06 1.13 1.24 0.94 1.17 0.74 0.43 0.36 0.36 0.01 1.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.20 0.43 0.61 0.18 0.72 0.18 1.30 0.22 0.26 0.24 0.22 0.18 0.21 0.23 0.79 0.38 0.52 1.66 0.28 2.33 2.55 2.14
C2 0.26 0.19 0.36 0.48 0.19 0.49 0.18 0.84 0.22 0.29 0.23 0.21 0.17 0.24 0.24 0.68 0.32 0.36 1.05 0.30 1.47 1.58 1.29
C2' 0.41 0.49 0.49 0.50 0.43 0.68 0.44 1.24 0.49 0.41 0.52 0.52 0.45 0.41 0.41 0.97 0.37 0.56 1.69 0.53 2.40 2.58 2.21
C3' 0.50 0.49 0.61 0.72 0.47 0.85 0.47 1.41 0.49 0.48 0.51 0.51 0.48 0.46 0.49 0.95 0.53 0.70 1.86 0.51 2.59 2.76 2.38
C4 0.27 0.20 0.44 0.59 0.18 0.69 0.18 1.24 0.23 0.26 0.24 0.21 0.18 0.21 0.23 0.78 0.34 0.49 1.58 0.31 2.19 2.43 2.03
C4' 0.41 0.40 0.60 0.80 0.38 0.88 0.38 1.48 0.40 0.40 0.42 0.42 0.39 0.37 0.39 0.85 0.56 0.66 1.85 0.41 2.57 2.79 2.36
C5 0.27 0.21 0.50 0.63 0.19 0.78 0.20 1.43 0.26 0.24 0.25 0.22 0.18 0.20 0.23 0.81 0.33 0.55 1.83 0.34 2.49 2.81 2.36
C5' 0.64 0.74 0.82 1.01 0.67 1.10 0.67 1.73 0.72 0.61 0.75 0.77 0.70 0.62 0.64 0.99 0.79 0.86 2.11 0.74 2.89 3.13 2.67
C6 0.26 0.21 0.49 0.61 0.19 0.73 0.21 1.34 0.28 0.23 0.26 0.22 0.19 0.20 0.22 0.77 0.31 0.52 1.70 0.36 2.28 2.57 2.16
C8 0.27 0.20 0.52 0.67 0.19 0.86 0.20 1.60 0.25 0.24 0.25 0.21 0.18 0.20 0.23 0.86 0.36 0.60 2.05 0.32 2.86 3.19 2.69
N1 0.26 0.20 0.40 0.52 0.18 0.56 0.19 0.99 0.26 0.27 0.25 0.21 0.18 0.21 0.23 0.70 0.30 0.40 1.24 0.35 1.70 1.85 1.54
N2 0.27 0.20 0.31 0.42 0.20 0.36 0.21 0.57 0.20 0.31 0.22 0.22 0.18 0.29 0.26 0.61 0.32 0.31 0.68 0.26 1.02 1.05 0.77
N3 0.26 0.19 0.38 0.52 0.19 0.55 0.18 0.98 0.21 0.28 0.23 0.21 0.17 0.23 0.24 0.72 0.33 0.41 1.23 0.28 1.72 1.87 1.54
N7 0.27 0.21 0.55 0.69 0.19 0.89 0.21 1.66 0.27 0.23 0.26 0.22 0.19 0.20 0.23 0.86 0.34 0.63 2.13 0.34 2.94 3.32 2.79
N9 0.27 0.20 0.46 0.62 0.18 0.75 0.18 1.38 0.23 0.26 0.24 0.21 0.18 0.20 0.23 0.81 0.36 0.54 1.76 0.30 2.46 2.72 2.29
O2' 0.60 0.65 0.65 0.45 0.58 0.59 0.57 1.03 0.64 0.57 0.68 0.69 0.60 0.55 0.57 1.21 0.53 0.58 1.41 0.69 2.05 2.21 1.88
O3' 0.54 0.60 0.61 0.54 0.54 0.71 0.55 1.18 0.61 0.53 0.63 0.63 0.56 0.53 0.53 1.02 0.39 0.63 1.58 0.66 2.26 2.41 2.04
O4' 0.40 0.38 0.59 0.82 0.36 0.88 0.36 1.47 0.38 0.38 0.40 0.40 0.37 0.35 0.38 0.81 0.57 0.64 1.79 0.41 2.47 2.73 2.28
O5' 1.15 1.17 1.49 1.72 1.14 1.77 1.12 2.43 1.12 1.11 1.15 1.19 1.17 1.09 1.14 1.41 1.40 1.46 2.84 1.10 3.73 3.91 3.46
O6 0.26 0.23 0.56 0.66 0.20 0.83 0.24 1.52 0.30 0.21 0.27 0.23 0.20 0.23 0.21 0.79 0.30 0.59 1.93 0.38 2.52 2.90 2.45
OP1 1.40 1.46 1.77 1.97 1.39 1.97 1.35 2.63 1.38 1.31 1.45 1.52 1.44 1.28 1.37 1.76 1.67 1.65 3.03 1.36 4.02 4.17 3.71
OP2 1.92 1.85 2.30 2.57 1.83 2.66 1.75 3.37 1.73 1.80 1.80 1.88 1.87 1.71 1.86 2.10 2.20 2.30 3.81 1.67 4.84 4.93 4.52
P 1.45 1.52 1.84 2.03 1.45 2.06 1.41 2.74 1.44 1.37 1.50 1.57 1.50 1.34 1.43 1.78 1.69 1.73 3.16 1.41 4.13 4.28 3.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.28 0.03 0.59 0.35 0.27
C2 0.06 0.00 0.44 0.42 0.01 0.66 0.01 1.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.22 0.56 1.74 0.02 1.93 2.70 2.13
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.24 0.02 0.14 0.20 0.23 0.20 0.36 0.52 0.42 0.10 0.04 0.01 0.05 0.02 0.47 0.19 0.76 0.56 0.47
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.25 0.01 0.28 0.03 0.31 0.37 0.36 0.52 0.39 0.36 0.19 0.02 0.01 0.02 0.37 0.33 0.64 0.35 0.36
C4 0.03 0.01 0.24 0.25 0.00 0.28 0.01 0.59 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.29 0.80 0.02 0.86 1.19 0.87
C4' 0.02 0.66 0.02 0.01 0.28 0.00 0.13 0.01 0.24 0.39 0.48 0.84 0.63 0.27 0.07 0.25 0.03 0.01 0.04 0.18 0.42 0.23 0.18
C5 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.13 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.13 0.12 0.57 0.01 0.73 0.94 0.61
C5' 0.08 1.34 0.20 0.03 0.59 0.01 0.35 0.00 0.58 0.63 1.02 1.73 1.23 0.46 0.18 0.14 0.17 0.02 0.02 0.46 0.28 0.35 0.03
C6 0.03 0.01 0.23 0.31 0.01 0.24 0.01 0.58 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.16 0.23 0.83 0.01 0.97 1.41 1.00
C8 0.02 0.01 0.20 0.37 0.01 0.39 0.01 0.63 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.45 0.14 0.31 0.85 0.03 1.13 1.04 0.96
N1 0.05 0.00 0.36 0.36 0.02 0.48 0.01 1.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.18 0.42 1.36 0.02 1.56 2.22 1.70
N2 0.08 0.01 0.52 0.52 0.02 0.84 0.01 1.73 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.61 0.28 0.67 2.25 0.03 2.65 3.61 2.88
N3 0.06 0.01 0.42 0.39 0.01 0.63 0.01 1.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.45 0.22 0.57 1.56 0.01 1.60 2.21 1.78
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.27 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.17 0.17 0.68 0.03 0.98 0.94 0.78
N9 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.07 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.10 0.02 0.38 0.02 0.65 0.54 0.37
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.22 0.25 0.25 0.14 0.27 0.45 0.35 0.61 0.45 0.40 0.18 0.00 0.08 0.17 0.46 0.29 0.87 0.62 0.54
O3' 0.25 0.22 0.05 0.01 0.13 0.03 0.13 0.17 0.16 0.14 0.18 0.28 0.22 0.17 0.10 0.08 0.00 0.18 0.31 0.19 0.64 0.34 0.36
O4' 0.01 0.56 0.02 0.02 0.29 0.01 0.12 0.02 0.23 0.31 0.42 0.67 0.57 0.17 0.02 0.17 0.18 0.00 0.25 0.17 0.54 0.36 0.32
O5' 0.28 1.74 0.47 0.37 0.80 0.04 0.57 0.02 0.83 0.85 1.36 2.25 1.56 0.68 0.38 0.46 0.31 0.25 0.00 0.71 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.19 0.33 0.02 0.18 0.01 0.46 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.29 0.19 0.17 0.71 0.00 0.88 1.26 0.86
OP1 0.59 1.93 0.76 0.64 0.86 0.42 0.73 0.28 0.97 1.13 1.56 2.65 1.60 0.98 0.65 0.87 0.64 0.54 0.02 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 2.70 0.56 0.35 1.19 0.23 0.94 0.35 1.41 1.04 2.22 3.61 2.21 0.94 0.54 0.62 0.34 0.36 0.02 1.26 0.01 0.00 0.01
P 0.27 2.13 0.47 0.36 0.87 0.18 0.61 0.03 1.00 0.96 1.70 2.88 1.78 0.78 0.37 0.54 0.36 0.32 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00