ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50860

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 5, 10, 4, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.017, 0.024, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.019, 0.028, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.020, 0.030, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.025, 0.037, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.020, 0.032, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.026, 0.040, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.040 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.037, 0.059, 0.081, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.059 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.029, 0.054, 0.080, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.054 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.045, 0.071, 0.097, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.071 std_dev=0.026
C5 B 0, 0.237, 0.469, 0.701, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.469 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.243, 0.477, 0.711, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.477 std_dev=0.234
N7 B 0, 0.257, 0.501, 0.746, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.501 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.485, 0.733, 0.981, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.733 std_dev=0.248
N9 B 0, 0.277, 0.529, 0.781, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.529 std_dev=0.252
O4' A 0, 0.246, 0.536, 0.826, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.536 std_dev=0.290
P A 0, 0.357, 0.668, 0.979, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.668 std_dev=0.311
C8 B 0, 0.307, 0.626, 0.944, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.626 std_dev=0.318
C2' A 0, 0.281, 0.606, 0.931, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.606 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.354, 0.684, 1.013, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.684 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.309, 0.653, 0.997, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.653 std_dev=0.344
O6 B 0, 0.352, 0.698, 1.045, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.698 std_dev=0.347
O5' A 0, 0.347, 0.702, 1.058, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.702 std_dev=0.356
N3 B 0, 0.255, 0.615, 0.976, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.615 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.386, 0.782, 1.178, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.782 std_dev=0.396
OP1 A 0, 0.411, 0.822, 1.233, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.822 std_dev=0.411
O4' B 0, 0.364, 0.779, 1.194, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.779 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.332, 0.827, 1.322, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.827 std_dev=0.495
OP2 B 0, 0.215, 0.718, 1.221, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.718 std_dev=0.503
N1 B 0, 0.382, 0.886, 1.390, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.886 std_dev=0.504
O2' B 0, 0.477, 0.983, 1.489, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.983 std_dev=0.506
C2 B 0, 0.342, 0.852, 1.362, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.852 std_dev=0.510
C5' A 0, 0.458, 0.979, 1.499, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.979 std_dev=0.520
C4' A 0, 0.333, 0.867, 1.400, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.867 std_dev=0.533
C4' B 0, 0.331, 0.872, 1.412, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.872 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.254, 0.805, 1.357, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.805 std_dev=0.552
O3' B 0, 0.378, 0.987, 1.596, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.987 std_dev=0.609
C5' B 0, 0.283, 0.896, 1.508, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.896 std_dev=0.613
P B 0, 0.290, 0.910, 1.530, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.910 std_dev=0.620
O2' A 0, 0.522, 1.148, 1.774, 1.858 max_d=1.858 avg_d=1.148 std_dev=0.626
C3' A 0, 0.419, 1.046, 1.674, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.046 std_dev=0.628
N2 B 0, 0.405, 1.116, 1.826, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.116 std_dev=0.711
OP1 B 0, 0.367, 1.187, 2.007, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.187 std_dev=0.820
O3' A 0, 0.670, 1.803, 2.937, 2.881 max_d=2.881 avg_d=1.803 std_dev=1.134

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.20 0.03 0.18 0.27 0.21
C2 0.03 0.00 0.23 0.24 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.22 0.10 0.13 0.02 0.14 0.22 0.18
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.12 0.03 0.08 0.18 0.13 0.10 0.20 0.27 0.22 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.39 0.13 0.38 0.53 0.43
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.27 0.01 0.37 0.01 0.39 0.35 0.33 0.19 0.19 0.40 0.24 0.03 0.01 0.03 0.11 0.44 0.15 0.17 0.12
C4 0.01 0.01 0.12 0.27 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.10 0.06 0.12 0.02 0.14 0.22 0.18
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.08 0.06 0.04 0.15 0.08 0.33 0.02 0.00 0.02 0.14 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.37 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.13 0.04 0.11 0.02 0.14 0.20 0.17
C5' 0.07 0.07 0.18 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.15 0.23 0.02 0.01 0.10 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.11 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.15 0.06 0.12 0.01 0.15 0.20 0.17
C8 0.02 0.01 0.10 0.35 0.00 0.14 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.20 0.08 0.11 0.03 0.15 0.22 0.18
N1 0.03 0.01 0.20 0.33 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.08 0.12 0.02 0.15 0.21 0.17
N2 0.03 0.01 0.27 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.32 0.13 0.14 0.02 0.15 0.22 0.18
N3 0.02 0.00 0.22 0.19 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.27 0.10 0.14 0.02 0.15 0.23 0.19
N7 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.25 0.06 0.12 0.03 0.15 0.19 0.17
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.06 0.02 0.13 0.03 0.15 0.24 0.19
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.25 0.33 0.33 0.15 0.34 0.29 0.29 0.20 0.20 0.35 0.21 0.00 0.08 0.22 0.23 0.37 0.22 0.54 0.29
O3' 0.30 0.22 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.23 0.15 0.20 0.11 0.32 0.27 0.25 0.06 0.08 0.00 0.20 0.35 0.24 0.57 0.45 0.43
O4' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.13 0.10 0.06 0.02 0.22 0.20 0.00 0.11 0.06 0.11 0.13 0.13
O5' 0.20 0.13 0.39 0.11 0.12 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12 0.13 0.23 0.35 0.11 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.44 0.02 0.14 0.02 0.10 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.37 0.24 0.06 0.13 0.00 0.17 0.20 0.17
OP1 0.18 0.14 0.38 0.15 0.14 0.06 0.14 0.07 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.22 0.57 0.11 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.22 0.53 0.17 0.22 0.03 0.20 0.02 0.20 0.22 0.21 0.22 0.23 0.19 0.24 0.54 0.45 0.13 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.18 0.43 0.12 0.18 0.02 0.17 0.02 0.17 0.18 0.17 0.18 0.19 0.17 0.19 0.29 0.43 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.17 0.21 0.15 0.17 0.17 0.17 0.14 0.17 0.25 0.19 0.19 0.16 0.22 0.21 0.21 0.12 0.23 0.15 0.21 0.15 0.14 0.15
C2 0.17 0.20 0.20 0.15 0.17 0.13 0.17 0.10 0.21 0.13 0.22 0.21 0.19 0.13 0.16 0.18 0.14 0.16 0.11 0.25 0.13 0.12 0.10
C2' 0.51 0.24 0.47 0.42 0.39 0.47 0.38 0.42 0.27 0.56 0.22 0.21 0.32 0.50 0.49 0.49 0.38 0.54 0.42 0.24 0.40 0.37 0.42
C3' 0.27 0.36 0.22 0.23 0.13 0.33 0.15 0.37 0.32 0.33 0.43 0.47 0.20 0.24 0.22 0.23 0.20 0.37 0.38 0.42 0.49 0.43 0.48
C4 0.18 0.18 0.19 0.14 0.16 0.14 0.16 0.12 0.19 0.17 0.20 0.19 0.17 0.15 0.17 0.18 0.12 0.18 0.13 0.23 0.15 0.13 0.12
C4' 0.20 0.30 0.18 0.14 0.16 0.18 0.18 0.17 0.28 0.24 0.34 0.37 0.20 0.20 0.18 0.19 0.14 0.25 0.17 0.34 0.19 0.18 0.20
C5 0.17 0.20 0.19 0.15 0.17 0.14 0.16 0.13 0.20 0.14 0.21 0.21 0.19 0.13 0.16 0.18 0.14 0.17 0.14 0.23 0.17 0.14 0.14
C5' 0.18 0.28 0.19 0.15 0.17 0.15 0.18 0.13 0.27 0.22 0.33 0.35 0.20 0.19 0.17 0.19 0.16 0.21 0.14 0.32 0.17 0.15 0.16
C6 0.17 0.22 0.20 0.17 0.18 0.14 0.17 0.14 0.21 0.13 0.23 0.24 0.21 0.14 0.16 0.18 0.17 0.16 0.14 0.24 0.19 0.14 0.15
C8 0.18 0.18 0.19 0.14 0.16 0.15 0.16 0.13 0.18 0.18 0.20 0.19 0.17 0.15 0.18 0.18 0.12 0.19 0.14 0.22 0.18 0.15 0.15
N1 0.16 0.22 0.20 0.16 0.18 0.13 0.18 0.12 0.22 0.13 0.23 0.24 0.21 0.15 0.16 0.18 0.16 0.15 0.12 0.25 0.16 0.12 0.13
N2 0.16 0.21 0.20 0.16 0.18 0.12 0.18 0.09 0.22 0.12 0.22 0.22 0.20 0.14 0.15 0.19 0.15 0.15 0.10 0.25 0.12 0.14 0.11
N3 0.18 0.18 0.19 0.14 0.16 0.14 0.16 0.11 0.20 0.18 0.20 0.19 0.17 0.15 0.17 0.19 0.13 0.18 0.12 0.24 0.13 0.12 0.11
N7 0.17 0.19 0.19 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.19 0.15 0.21 0.21 0.18 0.13 0.16 0.17 0.14 0.18 0.15 0.23 0.19 0.15 0.15
N9 0.19 0.17 0.19 0.14 0.16 0.15 0.16 0.13 0.18 0.20 0.19 0.18 0.16 0.17 0.18 0.19 0.12 0.20 0.14 0.22 0.15 0.14 0.13
O2' 0.27 0.25 0.26 0.18 0.27 0.18 0.29 0.16 0.27 0.33 0.26 0.25 0.25 0.33 0.29 0.28 0.16 0.23 0.16 0.29 0.19 0.21 0.17
O3' 0.31 1.04 0.41 0.34 0.64 0.19 0.68 0.12 0.98 0.28 1.14 1.18 0.81 0.41 0.40 0.38 0.37 0.18 0.13 1.10 0.21 0.15 0.18
O4' 0.19 0.26 0.22 0.19 0.20 0.16 0.21 0.15 0.26 0.20 0.29 0.30 0.22 0.20 0.19 0.22 0.20 0.19 0.16 0.30 0.18 0.16 0.14
O5' 0.14 0.30 0.15 0.12 0.17 0.11 0.19 0.10 0.28 0.16 0.34 0.35 0.21 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.11 0.34 0.17 0.14 0.14
O6 0.18 0.25 0.22 0.19 0.20 0.17 0.19 0.17 0.22 0.15 0.25 0.27 0.23 0.16 0.17 0.20 0.20 0.17 0.16 0.25 0.22 0.16 0.18
OP1 0.16 0.29 0.15 0.11 0.16 0.13 0.18 0.13 0.28 0.18 0.34 0.36 0.20 0.16 0.15 0.15 0.13 0.20 0.14 0.33 0.21 0.16 0.17
OP2 0.15 0.31 0.17 0.14 0.21 0.13 0.23 0.13 0.31 0.15 0.34 0.35 0.24 0.18 0.16 0.16 0.16 0.14 0.15 0.36 0.22 0.17 0.16
P 0.12 0.29 0.15 0.13 0.17 0.10 0.19 0.10 0.28 0.13 0.33 0.34 0.22 0.14 0.13 0.14 0.17 0.13 0.12 0.33 0.19 0.15 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06
C2 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.28 0.03 0.10 0.01 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.16 0.26 0.21 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.10 0.19 0.16 0.27 0.20 0.16 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.14 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.02 0.09 0.02 0.10 0.15 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.12 0.06 0.13 0.09 0.11 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.14 0.01 0.17 0.21 0.17
C5' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.16 0.07 0.10 0.07 0.17 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.13 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.03 0.14 0.01 0.19 0.24 0.18
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.21 0.03 0.19 0.02 0.20 0.20 0.17
N1 0.03 0.01 0.16 0.16 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.03 0.11 0.01 0.15 0.20 0.15
N2 0.05 0.01 0.26 0.27 0.02 0.13 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.31 0.38 0.04 0.11 0.02 0.13 0.16 0.13
N3 0.04 0.01 0.21 0.20 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.03 0.09 0.02 0.10 0.14 0.10
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.18 0.02 0.20 0.02 0.25 0.27 0.22
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.12 0.09
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.11 0.05 0.07 0.05 0.12 0.07 0.19 0.31 0.22 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.11 0.06 0.04
O3' 0.02 0.28 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.13 0.21 0.22 0.38 0.26 0.18 0.06 0.05 0.00 0.02 0.12 0.13 0.23 0.14 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.10 0.11 0.10
O5' 0.04 0.10 0.04 0.07 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.19 0.11 0.11 0.09 0.20 0.08 0.04 0.12 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.13 0.03 0.17 0.00 0.25 0.29 0.23
OP1 0.06 0.11 0.10 0.14 0.10 0.06 0.17 0.07 0.19 0.20 0.15 0.13 0.10 0.25 0.09 0.11 0.23 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.08 0.09 0.15 0.04 0.21 0.02 0.24 0.20 0.20 0.16 0.14 0.27 0.12 0.06 0.14 0.11 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.05 0.08 0.11 0.02 0.17 0.01 0.18 0.17 0.15 0.13 0.10 0.22 0.09 0.04 0.16 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00