ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50861

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.005, 0.029, 0.052, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.019, 0.043, 0.068, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.019, 0.050, 0.081, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.050 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.012, 0.047, 0.081, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.047 std_dev=0.035
C5 B 0, 0.302, 0.542, 0.781, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.542 std_dev=0.239
C2' A 0, 0.143, 0.414, 0.685, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.414 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.382, 0.656, 0.929, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.656 std_dev=0.273
C6 B 0, 0.251, 0.537, 0.822, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.537 std_dev=0.285
O4' A 0, 0.104, 0.408, 0.713, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.408 std_dev=0.305
O6 B 0, 0.208, 0.532, 0.857, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.532 std_dev=0.325
N9 B 0, 0.371, 0.705, 1.040, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.705 std_dev=0.335
O2' A 0, 0.195, 0.533, 0.872, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.533 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.386, 0.748, 1.109, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.748 std_dev=0.361
N7 B 0, 0.252, 0.622, 0.993, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.622 std_dev=0.371
N3 B 0, 0.440, 0.835, 1.230, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.835 std_dev=0.395
C8 B 0, 0.283, 0.706, 1.130, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.706 std_dev=0.423
C2 B 0, 0.442, 0.889, 1.336, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.889 std_dev=0.447
C3' A 0, 0.224, 0.676, 1.128, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.676 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.390, 0.844, 1.298, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.844 std_dev=0.454
C4' A 0, 0.192, 0.666, 1.140, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.666 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.378, 0.903, 1.429, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.903 std_dev=0.526
O3' A 0, 0.348, 0.907, 1.467, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.907 std_dev=0.559
C2' B 0, 0.475, 1.126, 1.776, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.126 std_dev=0.650
N2 B 0, 0.457, 1.137, 1.817, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.137 std_dev=0.680
C4' B 0, 0.346, 1.148, 1.950, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.148 std_dev=0.802
O2' B 0, 0.482, 1.315, 2.147, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.315 std_dev=0.832
C5' A 0, 0.350, 1.186, 2.022, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.186 std_dev=0.836
C3' B 0, 0.383, 1.268, 2.152, 3.210 max_d=3.210 avg_d=1.268 std_dev=0.885
C5' B 0, 0.312, 1.300, 2.288, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.300 std_dev=0.988
O5' B 0, 0.227, 1.337, 2.446, 3.925 max_d=3.925 avg_d=1.337 std_dev=1.109
O5' A 0, 0.472, 1.622, 2.772, 3.484 max_d=3.484 avg_d=1.622 std_dev=1.150
O3' B 0, 0.328, 1.498, 2.668, 4.197 max_d=4.197 avg_d=1.498 std_dev=1.170
P B 0, 0.221, 1.568, 2.914, 4.463 max_d=4.463 avg_d=1.568 std_dev=1.346
P A 0, 0.523, 1.947, 3.372, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.947 std_dev=1.425
OP1 A 0, 0.670, 2.100, 3.530, 4.287 max_d=4.287 avg_d=2.100 std_dev=1.430
OP2 A 0, 0.464, 2.084, 3.703, 4.682 max_d=4.682 avg_d=2.084 std_dev=1.619
OP1 B 0, 0.350, 2.063, 3.777, 4.655 max_d=4.655 avg_d=2.063 std_dev=1.713
OP2 B 0, 0.256, 2.076, 3.896, 5.883 max_d=5.883 avg_d=2.076 std_dev=1.820

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.29 0.02 0.50 0.29 0.34
C2 0.05 0.00 0.21 0.12 0.01 0.19 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.17 0.28 0.36 0.01 0.45 0.40 0.32
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.13 0.03 0.07 0.04 0.10 0.12 0.16 0.26 0.21 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.24 0.09 0.67 0.35 0.38
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.18 0.02 0.18 0.22 0.14 0.12 0.10 0.23 0.13 0.03 0.02 0.02 0.24 0.21 0.68 0.32 0.37
C4 0.02 0.01 0.13 0.13 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.14 0.39 0.01 0.51 0.44 0.42
C4' 0.02 0.19 0.03 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.25 0.15 0.26 0.19 0.23 0.10 0.13 0.03 0.01 0.02 0.15 0.33 0.21 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.14 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.17 0.06 0.50 0.02 0.61 0.60 0.57
C5' 0.07 0.35 0.04 0.02 0.27 0.01 0.37 0.00 0.37 0.47 0.35 0.42 0.31 0.49 0.26 0.11 0.07 0.03 0.01 0.42 0.31 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.13 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.11 0.48 0.00 0.59 0.60 0.54
C8 0.00 0.02 0.12 0.22 0.01 0.25 0.00 0.47 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.15 0.21 0.14 0.65 0.03 0.74 0.69 0.75
N1 0.05 0.00 0.16 0.14 0.03 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.18 0.16 0.22 0.39 0.00 0.48 0.48 0.39
N2 0.05 0.01 0.26 0.12 0.02 0.26 0.01 0.42 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.21 0.34 0.38 0.01 0.45 0.39 0.32
N3 0.04 0.01 0.21 0.10 0.01 0.19 0.00 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.24 0.15 0.28 0.34 0.01 0.45 0.36 0.31
N7 0.00 0.01 0.07 0.23 0.00 0.23 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.22 0.09 0.66 0.03 0.77 0.77 0.78
N9 0.01 0.03 0.02 0.13 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.43 0.02 0.56 0.45 0.48
O2' 0.02 0.24 0.00 0.03 0.13 0.13 0.10 0.11 0.13 0.15 0.18 0.31 0.24 0.14 0.06 0.00 0.06 0.12 0.10 0.13 0.57 0.30 0.27
O3' 0.04 0.17 0.04 0.02 0.12 0.03 0.17 0.07 0.18 0.21 0.16 0.21 0.15 0.22 0.10 0.06 0.00 0.02 0.32 0.21 0.74 0.41 0.42
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.03 0.11 0.14 0.22 0.34 0.28 0.09 0.02 0.12 0.02 0.00 0.31 0.07 0.41 0.28 0.30
O5' 0.29 0.36 0.24 0.24 0.39 0.02 0.50 0.01 0.48 0.65 0.39 0.38 0.34 0.66 0.43 0.10 0.32 0.31 0.00 0.55 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.15 0.02 0.42 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.21 0.07 0.55 0.00 0.68 0.72 0.65
OP1 0.50 0.45 0.67 0.68 0.51 0.33 0.61 0.31 0.59 0.74 0.48 0.45 0.45 0.77 0.56 0.57 0.74 0.41 0.02 0.68 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.40 0.35 0.32 0.44 0.21 0.60 0.34 0.60 0.69 0.48 0.39 0.36 0.77 0.45 0.30 0.41 0.28 0.01 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.32 0.38 0.37 0.42 0.09 0.57 0.02 0.54 0.75 0.39 0.32 0.31 0.78 0.48 0.27 0.42 0.30 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.28 0.49 0.68 0.26 0.59 0.26 0.77 0.26 0.39 0.29 0.32 0.25 0.34 0.32 0.65 0.77 0.40 0.85 0.28 1.31 1.31 0.99
C2 0.30 0.23 0.39 0.59 0.24 0.48 0.23 0.63 0.20 0.36 0.23 0.25 0.23 0.33 0.29 0.54 0.61 0.33 0.68 0.21 1.38 1.18 0.86
C2' 0.33 0.46 0.49 0.58 0.32 0.50 0.33 0.68 0.40 0.39 0.48 0.54 0.37 0.36 0.33 0.67 0.67 0.33 0.80 0.43 1.37 1.19 0.96
C3' 0.39 0.36 0.57 0.68 0.32 0.59 0.30 0.76 0.31 0.44 0.37 0.43 0.33 0.38 0.38 0.72 0.80 0.42 0.87 0.32 1.38 1.25 1.03
C4 0.35 0.23 0.51 0.67 0.25 0.58 0.24 0.74 0.21 0.39 0.24 0.25 0.23 0.33 0.32 0.66 0.75 0.40 0.83 0.23 1.31 1.28 0.96
C4' 0.43 0.32 0.58 0.82 0.35 0.70 0.34 0.86 0.32 0.46 0.33 0.34 0.32 0.41 0.41 0.69 0.95 0.49 0.94 0.32 1.34 1.38 1.07
C5 0.39 0.22 0.59 0.71 0.27 0.63 0.24 0.78 0.20 0.41 0.22 0.23 0.24 0.33 0.36 0.74 0.81 0.44 0.88 0.21 1.28 1.32 0.99
C5' 0.64 0.52 0.80 1.05 0.56 0.91 0.54 1.05 0.51 0.65 0.51 0.53 0.54 0.59 0.61 0.86 1.21 0.70 1.12 0.49 1.42 1.50 1.23
C6 0.40 0.23 0.59 0.69 0.28 0.61 0.24 0.76 0.20 0.41 0.22 0.23 0.26 0.32 0.36 0.73 0.78 0.43 0.84 0.21 1.28 1.29 0.95
C8 0.40 0.23 0.62 0.73 0.26 0.65 0.24 0.82 0.21 0.41 0.23 0.25 0.24 0.33 0.36 0.78 0.86 0.45 0.94 0.23 1.27 1.35 1.05
N1 0.34 0.21 0.48 0.62 0.25 0.52 0.22 0.66 0.19 0.39 0.21 0.22 0.23 0.32 0.32 0.62 0.67 0.36 0.72 0.20 1.36 1.19 0.88
N2 0.29 0.26 0.31 0.53 0.26 0.42 0.26 0.56 0.23 0.33 0.26 0.28 0.26 0.33 0.29 0.44 0.50 0.31 0.58 0.21 1.41 1.11 0.81
N3 0.31 0.25 0.41 0.62 0.25 0.51 0.24 0.67 0.23 0.36 0.26 0.28 0.24 0.33 0.30 0.57 0.66 0.35 0.73 0.24 1.35 1.22 0.89
N7 0.43 0.23 0.66 0.75 0.28 0.67 0.24 0.83 0.20 0.42 0.22 0.23 0.26 0.33 0.38 0.81 0.88 0.47 0.96 0.21 1.25 1.37 1.06
N9 0.36 0.24 0.54 0.69 0.26 0.61 0.24 0.78 0.23 0.40 0.25 0.27 0.24 0.33 0.33 0.69 0.80 0.42 0.87 0.25 1.30 1.32 1.00
O2' 0.27 0.49 0.39 0.52 0.30 0.45 0.31 0.65 0.42 0.33 0.53 0.59 0.38 0.32 0.27 0.60 0.59 0.29 0.77 0.47 1.38 1.18 0.95
O3' 0.37 0.42 0.54 0.63 0.32 0.54 0.31 0.73 0.34 0.43 0.43 0.51 0.35 0.38 0.36 0.70 0.74 0.39 0.86 0.36 1.43 1.23 1.04
O4' 0.45 0.38 0.59 0.84 0.40 0.73 0.40 0.88 0.38 0.47 0.39 0.39 0.38 0.44 0.44 0.69 0.96 0.52 0.95 0.39 1.30 1.43 1.07
O5' 0.49 0.28 0.74 0.86 0.36 0.71 0.34 0.85 0.28 0.50 0.27 0.28 0.32 0.43 0.45 0.90 1.05 0.48 0.99 0.27 1.41 1.10 1.05
O6 0.45 0.26 0.67 0.74 0.31 0.67 0.26 0.80 0.22 0.43 0.24 0.26 0.30 0.31 0.40 0.78 0.83 0.49 0.91 0.22 1.23 1.33 0.99
OP1 0.57 0.25 0.84 0.83 0.38 0.72 0.35 0.86 0.27 0.56 0.24 0.22 0.32 0.46 0.50 1.05 1.02 0.54 1.07 0.27 1.51 1.12 1.16
OP2 0.79 0.49 1.13 1.08 0.62 0.91 0.57 1.02 0.45 0.78 0.44 0.46 0.57 0.67 0.73 1.32 1.27 0.71 1.18 0.39 1.57 1.12 1.23
P 0.55 0.24 0.86 0.83 0.37 0.69 0.33 0.81 0.22 0.54 0.21 0.22 0.32 0.45 0.49 1.08 1.03 0.49 1.01 0.18 1.46 1.12 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.01 0.15 0.03 1.03 0.41 0.39
C2 0.02 0.00 0.34 0.29 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.27 0.18 0.32 0.03 1.34 0.80 0.65
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.14 0.16 0.13 0.27 0.42 0.33 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.11 0.12 0.94 0.24 0.35
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.25 0.00 0.29 0.01 0.31 0.23 0.31 0.29 0.25 0.28 0.18 0.01 0.01 0.01 0.09 0.32 0.56 0.31 0.11
C4 0.01 0.01 0.18 0.25 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.09 0.25 0.03 1.29 0.71 0.58
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.20 0.07 0.09 0.07 0.20 0.09 0.18 0.03 0.00 0.01 0.11 0.56 0.16 0.16
C5 0.01 0.01 0.10 0.29 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.04 0.27 0.02 1.35 0.82 0.61
C5' 0.05 0.12 0.14 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.19 0.27 0.14 0.12 0.11 0.29 0.13 0.06 0.12 0.01 0.00 0.22 0.31 0.36 0.01
C6 0.02 0.02 0.16 0.31 0.02 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.23 0.09 0.30 0.01 1.41 0.89 0.67
C8 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.20 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.13 0.14 0.30 0.04 1.21 0.80 0.54
N1 0.02 0.01 0.27 0.31 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.14 0.31 0.03 1.40 0.87 0.68
N2 0.04 0.01 0.42 0.29 0.02 0.09 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.35 0.30 0.20 0.34 0.03 1.30 0.81 0.66
N3 0.02 0.00 0.33 0.25 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.18 0.29 0.04 1.27 0.70 0.60
N7 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.20 0.00 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.08 0.30 0.03 1.29 0.88 0.59
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.21 0.03 1.20 0.63 0.50
O2' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.09 0.18 0.19 0.06 0.17 0.34 0.13 0.35 0.22 0.32 0.16 0.00 0.04 0.13 0.15 0.23 0.82 0.22 0.27
O3' 0.25 0.27 0.03 0.01 0.19 0.03 0.19 0.12 0.23 0.13 0.25 0.30 0.26 0.18 0.14 0.04 0.00 0.16 0.25 0.25 0.41 0.38 0.17
O4' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.14 0.20 0.18 0.08 0.01 0.13 0.16 0.00 0.19 0.07 0.95 0.38 0.37
O5' 0.15 0.32 0.11 0.09 0.25 0.01 0.27 0.00 0.30 0.30 0.31 0.34 0.29 0.30 0.21 0.15 0.25 0.19 0.00 0.31 0.01 0.02 0.00
O6 0.03 0.03 0.12 0.32 0.03 0.11 0.02 0.22 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.23 0.25 0.07 0.31 0.00 1.43 0.95 0.69
OP1 1.03 1.34 0.94 0.56 1.29 0.56 1.35 0.31 1.41 1.21 1.40 1.30 1.27 1.29 1.20 0.82 0.41 0.95 0.01 1.43 0.00 0.03 0.00
OP2 0.41 0.80 0.24 0.31 0.71 0.16 0.82 0.36 0.89 0.80 0.87 0.81 0.70 0.88 0.63 0.22 0.38 0.38 0.02 0.95 0.03 0.00 0.03
P 0.39 0.65 0.35 0.11 0.58 0.16 0.61 0.01 0.67 0.54 0.68 0.66 0.60 0.59 0.50 0.27 0.17 0.37 0.00 0.69 0.00 0.03 0.00