Doublet Group distance statistics: 50863

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 5, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O6	A	0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N7	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C8	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N2	A	0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O2'	A	0, 0.078, 0.215, 0.353, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.215 std_dev=0.137
C2'	A	0, 0.128, 0.305, 0.483, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.305 std_dev=0.178
O4'	A	0, 0.145, 0.353, 0.562, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.353 std_dev=0.208
C3'	A	0, 0.257, 0.624, 0.990, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.624 std_dev=0.367
C4'	A	0, 0.261, 0.634, 1.007, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.634 std_dev=0.373
O3'	A	0, 0.369, 0.907, 1.445, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.907 std_dev=0.538
OP2	B	0, 0.422, 0.999, 1.576, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.999 std_dev=0.577
C5'	A	0, 0.410, 0.992, 1.575, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.992 std_dev=0.583
O5'	A	0, 0.408, 1.003, 1.599, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.003 std_dev=0.595
O2'	B	0, 0.464, 1.089, 1.713, 1.614 max_d=1.614 avg_d=1.089 std_dev=0.625
C2'	B	0, 0.467, 1.098, 1.728, 1.591 max_d=1.591 avg_d=1.098 std_dev=0.631
N7	B	0, 0.501, 1.199, 1.896, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.199 std_dev=0.697
C8	B	0, 0.515, 1.225, 1.935, 1.720 max_d=1.720 avg_d=1.225 std_dev=0.710
C5	B	0, 0.529, 1.253, 1.977, 1.737 max_d=1.737 avg_d=1.253 std_dev=0.724
O6	B	0, 0.533, 1.262, 1.991, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.262 std_dev=0.729
C6	B	0, 0.537, 1.269, 2.001, 1.748 max_d=1.748 avg_d=1.269 std_dev=0.732
P	A	0, 0.522, 1.254, 1.985, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.254 std_dev=0.732
O5'	B	0, 0.540, 1.287, 2.035, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.287 std_dev=0.748
N9	B	0, 0.550, 1.298, 2.046, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.298 std_dev=0.748
C4	B	0, 0.557, 1.309, 2.061, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.309 std_dev=0.752
C3'	B	0, 0.562, 1.315, 2.069, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.315 std_dev=0.754
N1	B	0, 0.564, 1.321, 2.078, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.321 std_dev=0.757
O3'	B	0, 0.586, 1.366, 2.146, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.366 std_dev=0.780
C2	B	0, 0.587, 1.369, 2.150, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.369 std_dev=0.781
C1'	B	0, 0.584, 1.366, 2.149, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.366 std_dev=0.783
N3	B	0, 0.589, 1.375, 2.161, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.375 std_dev=0.786
OP2	A	0, 0.576, 1.374, 2.171, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.374 std_dev=0.797
N2	B	0, 0.612, 1.421, 2.229, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.421 std_dev=0.808
OP1	A	0, 0.582, 1.429, 2.275, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.429 std_dev=0.846
C4'	B	0, 0.708, 1.660, 2.612, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.660 std_dev=0.952
O4'	B	0, 0.706, 1.660, 2.614, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.660 std_dev=0.954
P	B	0, 0.729, 1.728, 2.726, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.728 std_dev=0.998
C5'	B	0, 0.849, 2.020, 3.190, 2.957 max_d=2.957 avg_d=2.020 std_dev=1.170
OP1	B	0, 1.127, 2.666, 4.205, 3.827 max_d=3.827 avg_d=2.666 std_dev=1.539

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.04	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.01	0.07	0.11	0.08
C2	0.03	0.00	0.11	0.20	0.00	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.23	0.03	0.22	0.01	0.25	0.38	0.29
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.08	0.13	0.11	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.09	0.05	0.02
C3'	0.02	0.20	0.00	0.00	0.15	0.00	0.14	0.01	0.17	0.05	0.20	0.21	0.18	0.09	0.08	0.01	0.00	0.01	0.03	0.17	0.10	0.05	0.01
C4	0.02	0.00	0.06	0.15	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.16	0.02	0.18	0.01	0.21	0.31	0.25
C4'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.08	0.04	0.09	0.08	0.07	0.06	0.04	0.06	0.01	0.00	0.01	0.09	0.06	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.14	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.17	0.01	0.21	0.00	0.27	0.37	0.30
C5'	0.02	0.13	0.01	0.01	0.11	0.00	0.13	0.00	0.14	0.09	0.14	0.13	0.11	0.11	0.08	0.05	0.02	0.01	0.01	0.16	0.06	0.01	0.01
C6	0.02	0.00	0.05	0.17	0.01	0.08	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.21	0.01	0.23	0.00	0.32	0.42	0.34
C8	0.00	0.01	0.03	0.05	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.01	0.15	0.01	0.18	0.22	0.21
N1	0.03	0.00	0.08	0.20	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.24	0.02	0.24	0.01	0.30	0.42	0.33
N2	0.04	0.00	0.13	0.21	0.01	0.08	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.25	0.04	0.22	0.01	0.25	0.38	0.29
N3	0.03	0.00	0.11	0.18	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.19	0.03	0.19	0.01	0.20	0.31	0.25
N7	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.11	0.01	0.18	0.01	0.26	0.33	0.29
N9	0.01	0.01	0.01	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.08	0.01	0.13	0.01	0.15	0.21	0.18
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.03	0.06	0.04	0.05	0.05	0.03	0.05	0.06	0.04	0.03	0.02	0.00	0.03	0.06	0.04	0.05	0.06	0.06	0.04
O3'	0.00	0.23	0.01	0.00	0.16	0.01	0.17	0.02	0.21	0.06	0.24	0.25	0.19	0.11	0.08	0.03	0.00	0.01	0.06	0.21	0.11	0.06	0.01
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.05	0.01	0.07	0.07	0.06
O5'	0.06	0.22	0.02	0.03	0.18	0.01	0.21	0.01	0.23	0.15	0.24	0.22	0.19	0.18	0.13	0.04	0.06	0.05	0.00	0.24	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.05	0.17	0.01	0.09	0.00	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.21	0.01	0.24	0.00	0.36	0.46	0.37
OP1	0.07	0.25	0.09	0.10	0.21	0.06	0.27	0.06	0.32	0.18	0.30	0.25	0.20	0.26	0.15	0.06	0.11	0.07	0.01	0.36	0.00	0.00	0.00
OP2	0.11	0.38	0.05	0.05	0.31	0.03	0.37	0.01	0.42	0.22	0.42	0.38	0.31	0.33	0.21	0.06	0.06	0.07	0.01	0.46	0.00	0.00	0.00
P	0.08	0.29	0.02	0.01	0.25	0.02	0.30	0.01	0.34	0.21	0.33	0.29	0.25	0.29	0.18	0.04	0.01	0.06	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.34	0.20	0.36	0.41	0.27	0.42	0.26	0.48	0.20	0.35	0.18	0.19	0.24	0.32	0.32	0.35	0.42	0.36	0.33	0.18	0.33	0.14	0.37
C2	0.11	0.22	0.24	0.32	0.14	0.25	0.21	0.30	0.30	0.06	0.28	0.23	0.15	0.16	0.07	0.24	0.41	0.11	0.23	0.37	0.19	0.10	0.25
C2'	0.29	0.19	0.28	0.34	0.23	0.39	0.22	0.48	0.18	0.31	0.19	0.20	0.21	0.27	0.27	0.26	0.34	0.34	0.30	0.19	0.37	0.11	0.37
C3'	0.20	0.23	0.20	0.26	0.21	0.28	0.20	0.37	0.22	0.20	0.24	0.25	0.22	0.19	0.20	0.18	0.28	0.23	0.19	0.23	0.31	0.02	0.27
C4	0.20	0.16	0.28	0.36	0.13	0.32	0.14	0.39	0.19	0.18	0.19	0.17	0.13	0.13	0.17	0.28	0.41	0.21	0.28	0.25	0.29	0.14	0.33
C4'	0.27	0.23	0.29	0.34	0.25	0.34	0.25	0.42	0.23	0.27	0.23	0.23	0.24	0.26	0.26	0.27	0.36	0.29	0.25	0.23	0.32	0.09	0.32
C5	0.13	0.18	0.24	0.32	0.13	0.27	0.16	0.33	0.22	0.12	0.22	0.19	0.14	0.13	0.12	0.24	0.41	0.14	0.24	0.28	0.31	0.16	0.31
C5'	0.19	0.22	0.22	0.28	0.20	0.26	0.21	0.34	0.22	0.20	0.23	0.23	0.21	0.20	0.20	0.20	0.31	0.20	0.18	0.22	0.28	0.03	0.25
C6	0.07	0.23	0.18	0.27	0.17	0.19	0.23	0.24	0.29	0.12	0.28	0.23	0.18	0.20	0.11	0.19	0.39	0.07	0.18	0.34	0.26	0.15	0.26
C8	0.22	0.17	0.29	0.36	0.17	0.34	0.17	0.41	0.18	0.22	0.18	0.18	0.17	0.18	0.20	0.28	0.42	0.24	0.29	0.20	0.35	0.16	0.35
N1	0.05	0.26	0.17	0.27	0.20	0.17	0.27	0.22	0.33	0.13	0.31	0.26	0.20	0.24	0.12	0.19	0.39	0.06	0.18	0.38	0.20	0.13	0.23
N2	0.08	0.27	0.23	0.31	0.19	0.22	0.28	0.25	0.36	0.05	0.34	0.28	0.20	0.23	0.06	0.24	0.40	0.07	0.20	0.42	0.10	0.05	0.18
N3	0.21	0.16	0.29	0.36	0.11	0.32	0.12	0.38	0.21	0.19	0.21	0.18	0.12	0.11	0.16	0.29	0.41	0.22	0.28	0.29	0.24	0.12	0.30
N7	0.16	0.17	0.25	0.33	0.14	0.28	0.15	0.36	0.20	0.15	0.20	0.18	0.14	0.14	0.14	0.25	0.41	0.17	0.25	0.24	0.34	0.16	0.33
N9	0.26	0.17	0.32	0.38	0.19	0.37	0.18	0.44	0.17	0.26	0.17	0.17	0.18	0.22	0.24	0.31	0.42	0.28	0.31	0.19	0.33	0.15	0.36
O2'	0.49	0.31	0.45	0.49	0.43	0.55	0.44	0.63	0.34	0.53	0.28	0.26	0.38	0.52	0.49	0.43	0.46	0.55	0.44	0.29	0.44	0.20	0.47
O3'	0.21	0.27	0.20	0.25	0.23	0.27	0.22	0.36	0.24	0.20	0.27	0.29	0.25	0.20	0.21	0.19	0.26	0.23	0.16	0.24	0.30	0.04	0.25
O4'	0.33	0.23	0.36	0.41	0.28	0.40	0.27	0.47	0.23	0.34	0.21	0.21	0.25	0.31	0.31	0.35	0.43	0.34	0.32	0.21	0.33	0.15	0.36
O5'	0.13	0.24	0.12	0.17	0.19	0.16	0.19	0.24	0.23	0.13	0.25	0.25	0.21	0.16	0.15	0.11	0.22	0.12	0.09	0.25	0.23	0.05	0.18
O6	0.08	0.25	0.14	0.23	0.21	0.12	0.26	0.17	0.31	0.17	0.30	0.25	0.21	0.25	0.15	0.15	0.38	0.10	0.13	0.36	0.26	0.16	0.21
OP1	0.14	0.21	0.11	0.16	0.17	0.14	0.17	0.21	0.19	0.14	0.21	0.22	0.19	0.15	0.15	0.12	0.20	0.12	0.07	0.19	0.22	0.11	0.13
OP2	0.24	0.30	0.14	0.07	0.28	0.09	0.29	0.03	0.30	0.26	0.31	0.31	0.29	0.28	0.26	0.17	0.08	0.22	0.15	0.31	0.10	0.23	0.06
P	0.15	0.24	0.09	0.10	0.21	0.08	0.21	0.14	0.24	0.16	0.25	0.26	0.22	0.19	0.18	0.10	0.15	0.13	0.05	0.25	0.15	0.14	0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.01	0.09	0.12	0.05
C2	0.01	0.00	0.17	0.18	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.23	0.05	0.14	0.01	0.15	0.27	0.12
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.01	0.08	0.07	0.14	0.20	0.17	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.06	0.16	0.10	0.05
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.09	0.00	0.06	0.02	0.10	0.09	0.15	0.21	0.16	0.06	0.03	0.02	0.00	0.01	0.10	0.08	0.17	0.12	0.08
C4	0.01	0.00	0.09	0.09	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.11	0.03	0.12	0.01	0.11	0.23	0.10
C4'	0.00	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.05	0.04	0.06	0.05	0.04	0.02	0.06	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.04	0.01
C5	0.01	0.00	0.04	0.06	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.08	0.02	0.12	0.01	0.10	0.26	0.11
C5'	0.02	0.04	0.01	0.02	0.05	0.00	0.07	0.00	0.06	0.09	0.05	0.05	0.04	0.09	0.05	0.06	0.03	0.01	0.01	0.07	0.03	0.00	0.02
C6	0.01	0.00	0.08	0.10	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.13	0.03	0.13	0.00	0.12	0.29	0.12
C8	0.01	0.01	0.07	0.09	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.10	0.02	0.09	0.01	0.05	0.20	0.08
N1	0.01	0.00	0.14	0.15	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.20	0.04	0.15	0.00	0.14	0.29	0.13
N2	0.01	0.00	0.20	0.21	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.20	0.29	0.06	0.15	0.01	0.16	0.27	0.13
N3	0.01	0.00	0.17	0.16	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.20	0.05	0.14	0.00	0.13	0.23	0.11
N7	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.10	0.02	0.07	0.24	0.09
N9	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.10	0.01	0.08	0.19	0.08
O2'	0.01	0.16	0.00	0.02	0.08	0.06	0.05	0.06	0.08	0.05	0.13	0.20	0.15	0.03	0.01	0.00	0.03	0.05	0.08	0.07	0.11	0.09	0.04
O3'	0.01	0.23	0.01	0.00	0.11	0.00	0.08	0.03	0.13	0.10	0.20	0.29	0.20	0.08	0.03	0.03	0.00	0.00	0.20	0.12	0.17	0.23	0.13
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.06	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.13	0.03	0.06	0.16	0.09
O5'	0.08	0.14	0.04	0.10	0.12	0.01	0.12	0.01	0.13	0.09	0.15	0.15	0.14	0.10	0.10	0.08	0.20	0.13	0.00	0.13	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.02	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.07	0.12	0.03	0.13	0.00	0.12	0.31	0.12
OP1	0.09	0.15	0.16	0.17	0.11	0.08	0.10	0.03	0.12	0.05	0.14	0.16	0.13	0.07	0.08	0.11	0.17	0.06	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.27	0.10	0.12	0.23	0.04	0.26	0.00	0.29	0.20	0.29	0.27	0.23	0.24	0.19	0.09	0.23	0.16	0.01	0.31	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.12	0.05	0.08	0.10	0.01	0.11	0.02	0.12	0.08	0.13	0.13	0.11	0.09	0.08	0.04	0.13	0.09	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00