ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C6 A 0, -0.005, 0.021, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.008, 0.044, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.009, 0.046, 0.082, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.046 std_dev=0.037
C2 A 0, 0.005, 0.049, 0.093, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.049 std_dev=0.044
N3 A 0, 0.006, 0.063, 0.119, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.063 std_dev=0.057
O6 A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.051, 0.203, 0.356, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.203 std_dev=0.153
O4' A 0, 0.061, 0.215, 0.369, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.215 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.036, 0.191, 0.346, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.191 std_dev=0.155
N2 A 0, -0.026, 0.151, 0.329, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.151 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.078, 0.266, 0.454, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.266 std_dev=0.188
N7 B 0, 0.091, 0.311, 0.532, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.311 std_dev=0.220
C8 B 0, 0.091, 0.313, 0.535, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.313 std_dev=0.222
P A 0, 0.092, 0.348, 0.604, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.348 std_dev=0.256
O2' A 0, 0.105, 0.361, 0.617, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.361 std_dev=0.256
OP1 A 0, 0.086, 0.345, 0.605, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.345 std_dev=0.259
C5' A 0, 0.094, 0.359, 0.624, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.359 std_dev=0.265
O3' B 0, 0.095, 0.362, 0.630, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.362 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.113, 0.388, 0.664, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.388 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.096, 0.378, 0.659, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.378 std_dev=0.282
O3' A 0, 0.109, 0.394, 0.679, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.394 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.121, 0.415, 0.710, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.415 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.112, 0.419, 0.725, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.419 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.121, 0.428, 0.736, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.428 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.089, 0.404, 0.720, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.404 std_dev=0.315
C1' B 0, 0.092, 0.425, 0.757, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.425 std_dev=0.333
C4 B 0, 0.107, 0.447, 0.788, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.447 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.096, 0.450, 0.804, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.450 std_dev=0.354
O6 B 0, 0.130, 0.489, 0.848, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.489 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.122, 0.484, 0.846, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.484 std_dev=0.362
P B 0, 0.066, 0.434, 0.802, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.434 std_dev=0.368
OP1 B 0, 0.105, 0.487, 0.868, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.487 std_dev=0.381
C5' B 0, 0.083, 0.468, 0.853, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.468 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.043, 0.447, 0.850, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.447 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.073, 0.498, 0.923, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.498 std_dev=0.425
N3 B 0, 0.116, 0.555, 0.993, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.555 std_dev=0.439
O5' A 0, 0.181, 0.655, 1.129, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.655 std_dev=0.474
OP2 A 0, 0.093, 0.579, 1.064, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.579 std_dev=0.486
N1 B 0, 0.112, 0.601, 1.089, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.601 std_dev=0.489
C2 B 0, 0.119, 0.630, 1.141, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.630 std_dev=0.511
N2 B 0, 0.099, 0.755, 1.411, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.755 std_dev=0.656

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.20 0.10 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.10 0.42 0.15
C2 0.10 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.10 0.11 0.16 0.02 0.16 0.35 0.10
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.08 0.03 0.11 0.08 0.26 0.26 0.07
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.05 0.08 0.04 0.01 0.07 0.03 0.03 0.20 0.07 0.34 0.17 0.15
C4 0.01 0.02 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.16 0.06 0.02 0.15 0.02 0.13 0.35 0.10
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.13 0.03 0.00 0.02 0.11 0.10 0.01 0.04 0.05 0.15 0.32 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.13 0.06 0.04 0.16 0.01 0.11 0.34 0.11
C5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.13 0.05 0.04 0.05 0.11 0.07 0.03 0.02 0.03 0.13 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.09 0.02 0.16 0.01 0.10 0.34 0.11
C8 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.08 0.08 0.21 0.06 0.13 0.33 0.10
N1 0.04 0.01 0.09 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.18 0.13 0.02 0.14 0.01 0.10 0.36 0.11
N2 0.20 0.00 0.03 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.02 0.05 0.03 0.00 0.06 0.03 0.09 0.08 0.06 0.22 0.22 0.02 0.23 0.33 0.13
N3 0.10 0.01 0.10 0.08 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.20 0.09 0.12 0.15 0.02 0.16 0.34 0.10
N7 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.06 0.04 0.08 0.20 0.05 0.12 0.31 0.11
N9 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.14 0.03 0.14 0.36 0.10
O2' 0.04 0.17 0.01 0.07 0.16 0.11 0.13 0.11 0.14 0.04 0.18 0.08 0.20 0.06 0.09 0.00 0.23 0.08 0.07 0.14 0.36 0.23 0.11
O3' 0.06 0.10 0.08 0.03 0.06 0.10 0.06 0.07 0.09 0.08 0.13 0.06 0.09 0.04 0.03 0.23 0.00 0.08 0.22 0.10 0.43 0.11 0.22
O4' 0.02 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.08 0.02 0.22 0.12 0.08 0.01 0.08 0.08 0.00 0.13 0.06 0.12 0.53 0.25
O5' 0.03 0.16 0.11 0.20 0.15 0.04 0.16 0.02 0.16 0.21 0.14 0.22 0.15 0.20 0.14 0.07 0.22 0.13 0.00 0.15 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.14 0.10 0.06 0.15 0.00 0.10 0.33 0.13
OP1 0.10 0.16 0.26 0.34 0.13 0.15 0.11 0.13 0.10 0.13 0.10 0.23 0.16 0.12 0.14 0.36 0.43 0.12 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01
OP2 0.42 0.35 0.26 0.17 0.35 0.32 0.34 0.23 0.34 0.33 0.36 0.33 0.34 0.31 0.36 0.23 0.11 0.53 0.03 0.33 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.10 0.07 0.15 0.10 0.06 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.22 0.25 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.33 0.28 0.26 0.25 0.14 0.23 0.11 0.28 0.17 0.33 0.34 0.28 0.19 0.20 0.29 0.24 0.21 0.12 0.31 0.23 0.17 0.16
C2 0.12 0.13 0.17 0.17 0.11 0.10 0.09 0.06 0.11 0.11 0.13 0.12 0.12 0.08 0.11 0.17 0.16 0.11 0.04 0.16 0.16 0.08 0.07
C2' 0.10 0.06 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.06 0.03 0.11 0.06 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01
C3' 0.12 0.05 0.07 0.07 0.06 0.12 0.07 0.10 0.03 0.13 0.05 0.07 0.04 0.11 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.04 0.04 0.04 0.06
C4 0.11 0.15 0.18 0.18 0.11 0.09 0.09 0.05 0.13 0.10 0.16 0.15 0.13 0.08 0.10 0.19 0.18 0.11 0.05 0.17 0.18 0.06 0.08
C4' 0.13 0.28 0.23 0.21 0.19 0.09 0.17 0.05 0.23 0.11 0.29 0.32 0.23 0.12 0.14 0.24 0.20 0.13 0.05 0.25 0.15 0.09 0.07
C5 0.11 0.15 0.19 0.19 0.11 0.10 0.09 0.08 0.13 0.10 0.16 0.14 0.12 0.08 0.10 0.19 0.19 0.10 0.08 0.18 0.16 0.07 0.06
C5' 0.13 0.30 0.25 0.23 0.20 0.08 0.18 0.04 0.24 0.11 0.31 0.34 0.25 0.12 0.14 0.26 0.24 0.12 0.04 0.27 0.15 0.07 0.06
C6 0.11 0.14 0.20 0.20 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.15 0.13 0.12 0.08 0.10 0.19 0.21 0.11 0.09 0.18 0.16 0.11 0.07
C8 0.11 0.19 0.18 0.17 0.12 0.09 0.11 0.08 0.16 0.10 0.20 0.20 0.15 0.08 0.10 0.18 0.17 0.10 0.07 0.21 0.13 0.06 0.05
N1 0.11 0.13 0.20 0.20 0.11 0.09 0.09 0.06 0.12 0.10 0.14 0.12 0.12 0.08 0.10 0.20 0.21 0.11 0.07 0.17 0.18 0.05 0.08
N2 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.09 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.11 0.09 0.11 0.15 0.12 0.11 0.07 0.20 0.07 0.09 0.01
N3 0.11 0.14 0.17 0.16 0.11 0.08 0.09 0.04 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.08 0.10 0.17 0.16 0.10 0.02 0.16 0.17 0.10 0.08
N7 0.11 0.17 0.19 0.18 0.12 0.10 0.10 0.10 0.15 0.10 0.19 0.17 0.14 0.08 0.10 0.19 0.18 0.10 0.09 0.20 0.14 0.09 0.06
N9 0.11 0.21 0.20 0.18 0.14 0.08 0.13 0.05 0.17 0.10 0.21 0.21 0.17 0.10 0.11 0.20 0.18 0.11 0.04 0.21 0.16 0.06 0.07
O2' 0.19 0.07 0.14 0.14 0.15 0.19 0.18 0.14 0.14 0.22 0.07 0.03 0.12 0.22 0.19 0.13 0.15 0.15 0.13 0.13 0.03 0.06 0.08
O3' 0.16 0.02 0.06 0.06 0.09 0.16 0.10 0.14 0.04 0.17 0.02 0.05 0.05 0.14 0.14 0.06 0.06 0.14 0.14 0.04 0.02 0.06 0.11
O4' 0.25 0.45 0.36 0.32 0.34 0.17 0.32 0.11 0.39 0.22 0.46 0.48 0.39 0.25 0.27 0.37 0.30 0.24 0.14 0.43 0.22 0.15 0.15
O5' 0.21 0.31 0.32 0.31 0.24 0.18 0.22 0.15 0.25 0.18 0.31 0.33 0.27 0.18 0.20 0.32 0.32 0.22 0.17 0.27 0.32 0.20 0.22
O6 0.12 0.15 0.21 0.22 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.10 0.16 0.14 0.13 0.09 0.10 0.21 0.24 0.11 0.12 0.19 0.17 0.16 0.09
OP1 0.18 0.40 0.29 0.26 0.28 0.11 0.27 0.08 0.34 0.16 0.41 0.44 0.33 0.20 0.21 0.30 0.25 0.17 0.10 0.38 0.18 0.09 0.11
OP2 0.27 0.21 0.16 0.16 0.23 0.30 0.24 0.34 0.21 0.28 0.21 0.22 0.21 0.27 0.26 0.16 0.15 0.27 0.32 0.20 0.20 0.33 0.29
P 0.04 0.23 0.16 0.14 0.12 0.02 0.10 0.07 0.17 0.02 0.24 0.26 0.17 0.05 0.05 0.16 0.14 0.03 0.06 0.20 0.11 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.17 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.16 0.05 0.16 0.32 0.16
C2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.09 0.06 0.10 0.04 0.01 0.01 0.05 0.15 0.10 0.14 0.27 0.17
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.04 0.01 0.01 0.05 0.17 0.12 0.16 0.24 0.20
C4 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.14 0.06 0.13 0.27 0.13
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.08 0.07 0.07 0.01
C5 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.06 0.07 0.16 0.05 0.17 0.30 0.16
C5' 0.04 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.11 0.09 0.09 0.03 0.06 0.09 0.06 0.09 0.02 0.07 0.03 0.14 0.15 0.01 0.03
C6 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.08 0.07 0.09 0.19 0.02 0.22 0.35 0.20
C8 0.02 0.02 0.09 0.10 0.00 0.04 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.09 0.08 0.16 0.05 0.15 0.25 0.14
N1 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.18 0.03 0.20 0.34 0.19
N2 0.03 0.02 0.09 0.08 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.11 0.04 0.12 0.05 0.12 0.30 0.13
N3 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.14 0.05 0.13 0.29 0.13
N7 0.03 0.05 0.10 0.10 0.03 0.04 0.00 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.12 0.09 0.09 0.17 0.06 0.19 0.30 0.17
N9 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.08 0.02 0.05 0.13 0.06 0.10 0.23 0.10
O2' 0.10 0.03 0.01 0.01 0.04 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.03 0.08 0.03 0.12 0.08 0.00 0.02 0.10 0.17 0.11 0.12 0.26 0.17
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.02 0.02 0.00 0.05 0.17 0.11 0.20 0.22 0.22
O4' 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.04 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.00 0.09 0.12 0.06 0.15 0.03
O5' 0.08 0.16 0.15 0.17 0.14 0.02 0.16 0.03 0.19 0.16 0.18 0.12 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.09 0.00 0.22 0.06 0.04 0.01
O6 0.06 0.05 0.10 0.12 0.06 0.08 0.05 0.14 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.11 0.11 0.12 0.22 0.00 0.28 0.40 0.25
OP1 0.05 0.16 0.14 0.16 0.13 0.07 0.17 0.15 0.22 0.15 0.20 0.12 0.13 0.19 0.10 0.12 0.20 0.06 0.06 0.28 0.00 0.04 0.01
OP2 0.17 0.32 0.27 0.24 0.27 0.07 0.30 0.01 0.35 0.25 0.34 0.30 0.29 0.30 0.23 0.26 0.22 0.15 0.04 0.40 0.04 0.00 0.01
P 0.05 0.16 0.17 0.20 0.13 0.01 0.16 0.03 0.20 0.14 0.19 0.13 0.13 0.17 0.10 0.17 0.22 0.03 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00