ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50866

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.001, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.004, 0.011, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.005, 0.014, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.019
N9 A 0, -0.005, 0.018, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.024
O6 A 0, -0.006, 0.020, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.026
N7 A 0, -0.008, 0.024, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.032
C8 A 0, -0.010, 0.031, 0.073, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.031 std_dev=0.042
C6 B 0, -0.076, 0.204, 0.484, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.204 std_dev=0.280
C5 B 0, -0.082, 0.216, 0.514, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.216 std_dev=0.298
O4' A 0, -0.087, 0.223, 0.533, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.223 std_dev=0.310
C4 B 0, -0.098, 0.256, 0.609, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.256 std_dev=0.353
C2' A 0, -0.106, 0.263, 0.632, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.263 std_dev=0.369
N1 B 0, -0.100, 0.273, 0.647, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.273 std_dev=0.373
O6 B 0, -0.114, 0.294, 0.702, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.294 std_dev=0.408
C4' A 0, -0.121, 0.306, 0.732, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.306 std_dev=0.427
N3 B 0, -0.128, 0.334, 0.796, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.334 std_dev=0.462
C2 B 0, -0.130, 0.347, 0.823, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.347 std_dev=0.477
N7 B 0, -0.142, 0.355, 0.851, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.355 std_dev=0.496
N9 B 0, -0.144, 0.362, 0.868, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.362 std_dev=0.506
O2' A 0, -0.154, 0.395, 0.944, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.395 std_dev=0.549
C3' A 0, -0.164, 0.401, 0.966, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.401 std_dev=0.565
C8 B 0, -0.167, 0.412, 0.991, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.412 std_dev=0.579
C4' B 0, -0.186, 0.470, 1.126, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.470 std_dev=0.656
C1' B 0, -0.200, 0.495, 1.191, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.495 std_dev=0.696
N2 B 0, -0.196, 0.517, 1.231, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.517 std_dev=0.714
O4' B 0, -0.220, 0.552, 1.324, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.552 std_dev=0.772
O3' A 0, -0.223, 0.553, 1.329, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.553 std_dev=0.776
C5' A 0, -0.246, 0.616, 1.477, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.616 std_dev=0.861
C3' B 0, -0.430, 1.049, 2.529, 3.142 max_d=3.142 avg_d=1.049 std_dev=1.480
O5' A 0, -0.432, 1.067, 2.567, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.067 std_dev=1.499
C2' B 0, -0.459, 1.111, 2.680, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.111 std_dev=1.570
OP1 A 0, -0.460, 1.142, 2.745, 3.409 max_d=3.409 avg_d=1.142 std_dev=1.603
P A 0, -0.479, 1.189, 2.857, 3.548 max_d=3.548 avg_d=1.189 std_dev=1.668
C5' B 0, -0.534, 1.314, 3.162, 3.928 max_d=3.928 avg_d=1.314 std_dev=1.848
OP2 A 0, -0.606, 1.494, 3.593, 4.463 max_d=4.463 avg_d=1.494 std_dev=2.099
O3' B 0, -0.610, 1.495, 3.600, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.495 std_dev=2.105
O2' B 0, -0.716, 1.737, 4.190, 5.206 max_d=5.206 avg_d=1.737 std_dev=2.453
O5' B 0, -0.813, 1.991, 4.794, 5.956 max_d=5.956 avg_d=1.991 std_dev=2.804
P B 0, -1.169, 2.853, 6.875, 8.541 max_d=8.541 avg_d=2.853 std_dev=4.022
OP1 B 0, -1.333, 3.256, 7.846, 9.747 max_d=9.747 avg_d=3.256 std_dev=4.590
OP2 B 0, -1.383, 3.369, 8.121, 10.089 max_d=10.089 avg_d=3.369 std_dev=4.752

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.33 0.05 0.08
C2 0.00 0.00 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.05 0.14 0.64 0.01 0.78 0.78 0.63
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.08 0.18 0.14 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.29 0.16 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.12 0.20 0.06 0.03 0.00 0.20 0.10 0.00 0.00 0.00 0.22 0.15 0.24 0.23 0.09
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.05 0.07 0.49 0.00 0.68 0.50 0.44
C4' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.06 0.12 0.11 0.10 0.09 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.12 0.17 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.01 0.48 0.00 0.76 0.53 0.47
C5' 0.03 0.30 0.01 0.03 0.23 0.01 0.24 0.00 0.28 0.09 0.31 0.32 0.26 0.16 0.13 0.00 0.10 0.01 0.01 0.28 0.10 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.11 0.04 0.57 0.00 0.85 0.72 0.59
C8 0.00 0.00 0.14 0.20 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.24 0.11 0.15 0.00 0.54 0.00 0.11
N1 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.03 0.10 0.64 0.01 0.85 0.82 0.66
N2 0.00 0.00 0.18 0.03 0.01 0.11 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.35 0.11 0.18 0.68 0.01 0.79 0.85 0.68
N3 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.06 0.15 0.57 0.00 0.69 0.63 0.53
N7 0.00 0.01 0.10 0.20 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.24 0.07 0.29 0.00 0.70 0.24 0.28
N9 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.29 0.00 0.53 0.20 0.23
O2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.07 0.00 0.12 0.10 0.22 0.35 0.27 0.05 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.09 0.25 0.13 0.02
O3' 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.14 0.10 0.11 0.24 0.03 0.11 0.06 0.24 0.10 0.03 0.00 0.02 0.34 0.16 0.13 0.32 0.17
O4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.10 0.18 0.15 0.07 0.01 0.05 0.02 0.00 0.17 0.01 0.19 0.04 0.04
O5' 0.14 0.64 0.09 0.22 0.49 0.01 0.48 0.01 0.57 0.15 0.64 0.68 0.57 0.29 0.29 0.06 0.34 0.17 0.00 0.55 0.01 0.02 0.01
O6 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.01 0.55 0.00 0.89 0.73 0.59
OP1 0.33 0.78 0.29 0.24 0.68 0.17 0.76 0.10 0.85 0.54 0.85 0.79 0.69 0.70 0.53 0.25 0.13 0.19 0.01 0.89 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.78 0.16 0.23 0.50 0.06 0.53 0.02 0.72 0.00 0.82 0.85 0.63 0.24 0.20 0.13 0.32 0.04 0.02 0.73 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.63 0.04 0.09 0.44 0.01 0.47 0.00 0.59 0.11 0.66 0.68 0.53 0.28 0.23 0.02 0.17 0.04 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.57 0.05 0.58 0.11 0.28 0.11 0.19 0.30 0.03 0.51 0.07 0.01 0.21 0.34 0.46 1.13 0.18 0.17 0.71 0.19 1.55 1.70 1.50
C2 0.52 0.02 0.41 0.05 0.25 0.18 0.16 0.08 0.10 0.52 0.11 0.03 0.18 0.36 0.44 0.82 0.06 0.27 0.41 0.29 1.01 1.14 1.02
C2' 0.71 0.31 0.84 0.34 0.48 0.22 0.39 0.24 0.22 0.62 0.20 0.27 0.44 0.49 0.61 1.41 0.45 0.24 0.63 0.08 1.57 1.70 1.50
C3' 0.60 0.18 0.69 0.13 0.35 0.05 0.25 0.47 0.08 0.49 0.07 0.15 0.31 0.34 0.48 1.32 0.24 0.10 0.93 0.06 1.89 2.08 1.81
C4 0.58 0.06 0.55 0.05 0.28 0.09 0.16 0.33 0.07 0.50 0.08 0.02 0.22 0.30 0.46 1.12 0.13 0.17 0.78 0.26 1.58 1.81 1.56
C4' 0.48 0.04 0.45 0.08 0.18 0.03 0.10 0.48 0.11 0.41 0.16 0.11 0.12 0.24 0.36 1.06 0.01 0.07 0.95 0.25 1.81 2.01 1.74
C5 0.61 0.08 0.57 0.01 0.27 0.02 0.11 0.50 0.11 0.46 0.08 0.05 0.24 0.22 0.46 1.24 0.09 0.12 1.06 0.30 1.93 2.27 1.91
C5' 0.30 0.27 0.20 0.38 0.03 0.27 0.13 0.78 0.34 0.20 0.39 0.34 0.10 0.02 0.16 0.87 0.32 0.14 1.32 0.49 2.17 2.45 2.11
C6 0.60 0.07 0.51 0.07 0.24 0.01 0.07 0.49 0.14 0.43 0.09 0.06 0.22 0.15 0.44 1.16 0.03 0.12 1.07 0.34 1.87 2.25 1.88
C8 0.62 0.09 0.64 0.03 0.28 0.01 0.14 0.57 0.07 0.46 0.06 0.06 0.25 0.24 0.46 1.35 0.16 0.08 1.14 0.26 2.13 2.43 2.05
N1 0.56 0.03 0.42 0.03 0.24 0.10 0.09 0.25 0.15 0.49 0.12 0.01 0.19 0.24 0.44 0.93 0.02 0.21 0.70 0.35 1.35 1.60 1.37
N2 0.45 0.02 0.30 0.08 0.24 0.26 0.19 0.16 0.08 0.52 0.14 0.09 0.13 0.44 0.41 0.57 0.05 0.35 0.04 0.28 0.50 0.50 0.52
N3 0.54 0.03 0.47 0.08 0.27 0.16 0.18 0.13 0.06 0.52 0.09 0.03 0.19 0.37 0.45 0.93 0.12 0.24 0.48 0.24 1.15 1.28 1.14
N7 0.63 0.10 0.63 0.02 0.27 0.03 0.11 0.65 0.10 0.43 0.06 0.08 0.26 0.19 0.45 1.38 0.12 0.06 1.27 0.29 2.27 2.64 2.21
N9 0.60 0.07 0.60 0.07 0.28 0.08 0.17 0.39 0.05 0.49 0.07 0.02 0.23 0.30 0.47 1.21 0.16 0.15 0.87 0.23 1.75 1.97 1.70
O2' 0.83 0.49 0.98 0.54 0.64 0.41 0.59 0.03 0.44 0.77 0.40 0.44 0.60 0.68 0.76 1.46 0.64 0.41 0.28 0.32 1.17 1.21 1.09
O3' 0.65 0.30 0.78 0.22 0.43 0.10 0.35 0.42 0.21 0.54 0.20 0.27 0.41 0.42 0.55 1.40 0.35 0.13 0.85 0.09 1.85 1.99 1.75
O4' 0.46 0.16 0.38 0.10 0.12 0.01 0.03 0.39 0.22 0.40 0.28 0.24 0.03 0.22 0.33 0.95 0.05 0.11 0.85 0.38 1.63 1.83 1.58
O5' 0.01 0.59 0.07 0.70 0.35 0.60 0.47 1.16 0.69 0.13 0.72 0.64 0.41 0.33 0.15 0.67 0.61 0.46 1.75 0.85 2.60 2.97 2.55
O6 0.61 0.08 0.50 0.15 0.22 0.07 0.01 0.67 0.17 0.34 0.09 0.09 0.23 0.04 0.40 1.24 0.02 0.06 1.35 0.36 2.19 2.69 2.21
OP1 0.26 0.76 0.35 1.07 0.58 0.99 0.70 1.67 0.87 0.42 0.88 0.79 0.62 0.60 0.42 0.46 0.98 0.82 2.35 1.00 3.32 3.71 3.22
OP2 0.20 0.80 0.33 1.06 0.60 0.92 0.73 1.59 0.94 0.40 0.94 0.84 0.63 0.62 0.39 0.52 0.96 0.74 2.31 1.09 3.16 3.67 3.12
P 0.05 0.64 0.18 0.88 0.42 0.74 0.54 1.37 0.75 0.21 0.77 0.69 0.47 0.42 0.22 0.61 0.80 0.56 2.04 0.90 2.91 3.34 2.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.26 0.07 0.25
C2 0.01 0.00 0.06 0.63 0.01 0.68 0.01 1.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.47 0.55 1.72 0.00 1.73 2.17 1.67
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.09 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.11
C3' 0.00 0.63 0.00 0.00 0.25 0.00 0.07 0.01 0.20 0.33 0.45 0.83 0.60 0.23 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.12 0.16 0.04 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.31 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.14 0.29 0.75 0.00 0.48 0.77 0.47
C4' 0.00 0.68 0.02 0.00 0.31 0.00 0.15 0.01 0.29 0.28 0.52 0.86 0.64 0.15 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.21 0.14 0.03 0.12
C5 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.15 0.41 0.00 0.12 0.39 0.10
C5' 0.02 1.19 0.01 0.01 0.53 0.01 0.29 0.00 0.54 0.41 0.94 1.53 1.06 0.21 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.43 0.11 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.20 0.00 0.29 0.00 0.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.26 0.78 0.00 0.60 0.94 0.56
C8 0.01 0.01 0.06 0.33 0.00 0.28 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.29 0.25 0.58 0.01 0.99 0.89 1.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.45 0.00 0.52 0.00 0.94 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.32 0.43 1.36 0.00 1.34 1.77 1.28
N2 0.01 0.00 0.09 0.83 0.01 0.86 0.01 1.53 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.57 0.66 0.65 2.20 0.00 2.46 2.90 2.33
N3 0.00 0.00 0.06 0.60 0.00 0.64 0.00 1.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.43 0.43 0.54 1.51 0.00 1.36 1.71 1.34
N7 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.22 0.11 0.30 0.00 0.72 0.59 0.75
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.26 0.06 0.28
O2' 0.00 0.44 0.00 0.03 0.18 0.11 0.05 0.10 0.15 0.23 0.31 0.57 0.43 0.15 0.03 0.00 0.09 0.05 0.02 0.09 0.08 0.06 0.17
O3' 0.01 0.47 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.11 0.29 0.32 0.66 0.43 0.22 0.06 0.09 0.00 0.00 0.02 0.04 0.35 0.01 0.09
O4' 0.00 0.55 0.01 0.01 0.29 0.00 0.15 0.01 0.26 0.25 0.43 0.65 0.54 0.11 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.19 0.39 0.10 0.31
O5' 0.05 1.72 0.06 0.03 0.75 0.01 0.41 0.01 0.78 0.58 1.36 2.20 1.51 0.30 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.19 0.61 0.00 0.41 0.72 0.37
OP1 0.26 1.73 0.02 0.16 0.48 0.14 0.12 0.11 0.60 0.99 1.34 2.46 1.36 0.72 0.26 0.08 0.35 0.39 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 2.17 0.02 0.04 0.77 0.03 0.39 0.02 0.94 0.89 1.77 2.90 1.71 0.59 0.06 0.06 0.01 0.10 0.00 0.72 0.00 0.00 0.00
P 0.25 1.67 0.11 0.03 0.47 0.12 0.10 0.00 0.56 1.03 1.28 2.33 1.34 0.75 0.28 0.17 0.09 0.31 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00