ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.001, 0.028, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.007, 0.044, 0.080, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.036
N2 A 0, -0.007, 0.046, 0.099, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.046 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.026, 0.210, 0.393, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.210 std_dev=0.183
O4' A 0, -0.039, 0.173, 0.385, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.173 std_dev=0.212
C2' A 0, -0.032, 0.212, 0.456, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.212 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.140, 0.507, 0.875, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.507 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.022, 0.393, 0.763, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.393 std_dev=0.371
C4' A 0, -0.072, 0.299, 0.670, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.299 std_dev=0.371
P A 0, 0.126, 0.523, 0.919, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.523 std_dev=0.397
C3' A 0, -0.100, 0.299, 0.697, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.299 std_dev=0.398
N7 B 0, 0.149, 0.565, 0.982, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.565 std_dev=0.416
C5 B 0, 0.155, 0.596, 1.037, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.596 std_dev=0.441
C8 B 0, 0.189, 0.646, 1.102, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.646 std_dev=0.457
C6 B 0, 0.166, 0.637, 1.108, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.637 std_dev=0.471
C4 B 0, 0.195, 0.673, 1.151, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.673 std_dev=0.478
OP1 A 0, 0.107, 0.586, 1.066, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.586 std_dev=0.480
N1 B 0, 0.169, 0.669, 1.169, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.669 std_dev=0.500
O6 B 0, 0.205, 0.711, 1.216, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.711 std_dev=0.505
C2 B 0, 0.183, 0.689, 1.195, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.689 std_dev=0.506
N3 B 0, 0.212, 0.727, 1.241, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.727 std_dev=0.515
N9 B 0, 0.209, 0.728, 1.246, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.728 std_dev=0.519
C5' A 0, -0.079, 0.460, 0.999, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.460 std_dev=0.539
N2 B 0, 0.199, 0.743, 1.286, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.743 std_dev=0.544
O3' A 0, -0.176, 0.463, 1.102, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.463 std_dev=0.639
C1' B 0, 0.214, 0.854, 1.495, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.854 std_dev=0.640
O2' B 0, 0.212, 1.053, 1.894, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.053 std_dev=0.841
C2' B 0, 0.132, 1.041, 1.950, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.041 std_dev=0.909
O4' B 0, 0.197, 1.358, 2.520, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.358 std_dev=1.162
C3' B 0, 0.074, 1.414, 2.755, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.414 std_dev=1.341
C4' B 0, 0.102, 1.554, 3.006, 3.494 max_d=3.494 avg_d=1.554 std_dev=1.452
O3' B 0, 0.040, 1.631, 3.222, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.631 std_dev=1.591
C5' B 0, 0.201, 1.940, 3.678, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.940 std_dev=1.738
O5' B 0, 0.263, 2.147, 4.031, 4.586 max_d=4.586 avg_d=2.147 std_dev=1.884
P B 0, 0.372, 2.258, 4.143, 4.615 max_d=4.615 avg_d=2.258 std_dev=1.885
OP1 B 0, 0.758, 2.739, 4.721, 4.621 max_d=4.621 avg_d=2.739 std_dev=1.981
OP2 B 0, 0.391, 2.475, 4.558, 5.098 max_d=5.098 avg_d=2.475 std_dev=2.084

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06
C2 0.05 0.00 0.23 0.24 0.00 0.11 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.33 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.05 0.19 0.27 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.11 0.07 0.04
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.00 0.10 0.01 0.15 0.04 0.21 0.29 0.22 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.12 0.15 0.11 0.08
C4 0.02 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.14 0.10 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.08 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
C5' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.03 0.10 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.15 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.23 0.04 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05
C8 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01
N1 0.03 0.00 0.19 0.21 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.30 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
N2 0.07 0.00 0.27 0.29 0.00 0.14 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.39 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05
N3 0.05 0.00 0.21 0.22 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.28 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06
N7 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05
O2' 0.00 0.18 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04 0.14 0.23 0.15 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.16 0.00 0.23 0.02 0.30 0.39 0.28 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.21 0.22 0.15 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.06 0.13 0.12
O5' 0.01 0.05 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.06 0.06 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.21 0.06 0.06 0.00 0.07 0.12 0.11
OP1 0.00 0.03 0.11 0.15 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.22 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.03 0.07 0.11 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.15 0.13 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.03 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.12 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.10 0.22 0.50 0.14 0.27 0.12 0.14 0.11 0.16 0.10 0.09 0.13 0.13 0.16 0.48 0.51 0.25 0.24 0.15 0.38 0.31 0.25
C2 0.19 0.07 0.23 0.35 0.14 0.23 0.12 0.29 0.06 0.20 0.05 0.06 0.11 0.18 0.18 0.43 0.29 0.21 0.45 0.06 0.24 0.27 0.10
C2' 0.18 0.23 0.30 0.31 0.19 0.16 0.22 0.26 0.25 0.18 0.25 0.24 0.20 0.20 0.18 0.61 0.33 0.12 0.51 0.30 0.22 0.39 0.11
C3' 0.16 0.21 0.30 0.33 0.18 0.15 0.21 0.24 0.25 0.17 0.24 0.22 0.18 0.20 0.17 0.62 0.38 0.09 0.49 0.30 0.27 0.39 0.14
C4 0.16 0.06 0.23 0.42 0.11 0.23 0.08 0.18 0.05 0.15 0.04 0.05 0.09 0.11 0.14 0.52 0.41 0.23 0.28 0.09 0.33 0.28 0.23
C4' 0.19 0.10 0.22 0.56 0.13 0.30 0.10 0.14 0.11 0.14 0.09 0.09 0.13 0.11 0.16 0.44 0.64 0.27 0.22 0.16 0.41 0.31 0.25
C5 0.13 0.01 0.26 0.39 0.06 0.23 0.02 0.17 0.05 0.10 0.04 0.02 0.05 0.05 0.10 0.58 0.41 0.25 0.20 0.11 0.39 0.29 0.30
C5' 0.26 0.12 0.24 0.67 0.17 0.41 0.11 0.24 0.07 0.18 0.07 0.12 0.18 0.11 0.21 0.39 0.79 0.38 0.10 0.11 0.52 0.33 0.36
C6 0.11 0.05 0.31 0.33 0.03 0.21 0.04 0.22 0.10 0.09 0.08 0.06 0.03 0.04 0.08 0.59 0.33 0.21 0.27 0.15 0.33 0.23 0.26
C8 0.14 0.04 0.22 0.47 0.08 0.29 0.04 0.15 0.04 0.10 0.03 0.03 0.08 0.05 0.11 0.57 0.54 0.31 0.11 0.11 0.50 0.36 0.39
N1 0.16 0.05 0.28 0.32 0.08 0.22 0.05 0.30 0.07 0.16 0.06 0.06 0.06 0.10 0.14 0.50 0.29 0.20 0.42 0.13 0.26 0.23 0.14
N2 0.22 0.10 0.22 0.33 0.18 0.25 0.18 0.35 0.11 0.24 0.08 0.08 0.15 0.23 0.21 0.34 0.25 0.23 0.54 0.05 0.25 0.31 0.10
N3 0.19 0.09 0.23 0.40 0.15 0.23 0.13 0.23 0.08 0.19 0.07 0.07 0.13 0.17 0.18 0.44 0.35 0.22 0.38 0.08 0.26 0.27 0.13
N7 0.12 0.00 0.25 0.42 0.05 0.27 0.00 0.16 0.06 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.09 0.61 0.50 0.31 0.08 0.12 0.51 0.37 0.42
N9 0.16 0.07 0.22 0.47 0.11 0.27 0.08 0.14 0.06 0.14 0.05 0.06 0.11 0.10 0.14 0.52 0.49 0.26 0.20 0.11 0.40 0.31 0.29
O2' 0.17 0.20 0.25 0.35 0.18 0.17 0.19 0.25 0.23 0.17 0.22 0.21 0.18 0.19 0.17 0.53 0.35 0.13 0.51 0.27 0.20 0.39 0.09
O3' 0.26 0.32 0.39 0.25 0.29 0.23 0.31 0.40 0.34 0.26 0.34 0.34 0.29 0.29 0.27 0.70 0.30 0.18 0.69 0.38 0.26 0.58 0.31
O4' 0.28 0.17 0.26 0.67 0.21 0.42 0.15 0.23 0.09 0.22 0.11 0.16 0.22 0.16 0.25 0.38 0.72 0.39 0.08 0.09 0.49 0.38 0.38
O5' 0.21 0.08 0.18 0.59 0.13 0.38 0.06 0.23 0.03 0.14 0.03 0.07 0.13 0.07 0.17 0.46 0.72 0.38 0.09 0.10 0.57 0.35 0.41
O6 0.09 0.11 0.40 0.29 0.07 0.19 0.11 0.23 0.16 0.05 0.14 0.11 0.07 0.10 0.05 0.67 0.31 0.20 0.22 0.20 0.36 0.24 0.33
OP1 0.21 0.08 0.12 0.59 0.13 0.42 0.06 0.31 0.02 0.13 0.02 0.08 0.14 0.06 0.17 0.46 0.78 0.44 0.20 0.10 0.70 0.44 0.52
OP2 0.20 0.10 0.10 0.53 0.13 0.45 0.09 0.37 0.10 0.14 0.09 0.10 0.13 0.09 0.16 0.54 0.71 0.49 0.30 0.15 0.80 0.59 0.67
P 0.25 0.09 0.13 0.65 0.15 0.49 0.07 0.38 0.03 0.17 0.03 0.09 0.16 0.08 0.20 0.44 0.82 0.49 0.24 0.11 0.74 0.53 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.13 0.01 0.03 0.35 0.19
C2 0.01 0.00 0.26 0.09 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.25 0.30 0.20 0.40 0.00 0.09 0.38 0.07
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.12 0.02 0.02 0.26 0.07 0.19 0.18 0.33 0.26 0.13 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.03 0.42 0.26 0.13
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.43 0.33 0.06
C4 0.00 0.01 0.12 0.08 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.23 0.11 0.35 0.01 0.06 0.38 0.13
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.08 0.01 0.01 0.20 0.03 0.00 0.01 0.06 0.33 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.18 0.16 0.06 0.40 0.01 0.12 0.42 0.15
C5' 0.11 0.23 0.26 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.25 0.17 0.25 0.23 0.21 0.20 0.17 0.07 0.15 0.01 0.01 0.26 0.37 0.19 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.06 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.10 0.45 0.00 0.13 0.43 0.12
C8 0.01 0.01 0.19 0.11 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.39 0.10 0.10 0.29 0.02 0.17 0.44 0.26
N1 0.01 0.00 0.18 0.10 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.25 0.16 0.44 0.00 0.10 0.42 0.09
N2 0.00 0.00 0.33 0.10 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.41 0.35 0.23 0.39 0.01 0.13 0.37 0.07
N3 0.00 0.00 0.26 0.08 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.31 0.19 0.35 0.00 0.07 0.35 0.07
N7 0.01 0.01 0.13 0.12 0.00 0.01 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.37 0.10 0.04 0.37 0.02 0.20 0.44 0.22
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.00 0.27 0.02 0.06 0.39 0.19
O2' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.04 0.20 0.18 0.07 0.11 0.39 0.10 0.41 0.27 0.37 0.15 0.00 0.09 0.12 0.01 0.19 0.21 0.23 0.10
O3' 0.29 0.30 0.01 0.00 0.23 0.03 0.16 0.15 0.18 0.10 0.25 0.35 0.31 0.10 0.19 0.09 0.00 0.23 0.09 0.16 0.40 0.43 0.08
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.10 0.16 0.23 0.19 0.04 0.00 0.12 0.23 0.00 0.06 0.08 0.05 0.39 0.25
O5' 0.13 0.40 0.25 0.02 0.35 0.01 0.40 0.01 0.45 0.29 0.44 0.39 0.35 0.37 0.27 0.01 0.09 0.06 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.16 0.08 0.47 0.00 0.17 0.46 0.12
OP1 0.03 0.09 0.42 0.43 0.06 0.33 0.12 0.37 0.13 0.17 0.10 0.13 0.07 0.20 0.06 0.21 0.40 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.38 0.26 0.33 0.38 0.26 0.42 0.19 0.43 0.44 0.42 0.37 0.35 0.44 0.39 0.23 0.43 0.39 0.00 0.46 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.07 0.13 0.06 0.13 0.05 0.15 0.02 0.12 0.26 0.09 0.07 0.07 0.22 0.19 0.10 0.08 0.25 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00