ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50868

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N7 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C8 B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
N9 B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C4' B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
O6 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C1' B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C2' A 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C6 B 0, 0.000, 0.425, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.425 std_dev=0.425
O2' A 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C4 B 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.000, 0.471, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.471 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.000, 0.499, 0.998, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.499 std_dev=0.499
C5' B 0, 0.000, 0.523, 1.046, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.523 std_dev=0.523
O4' A 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
O2' B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O5' B 0, 0.000, 0.576, 1.153, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.576 std_dev=0.576
N1 B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
N3 B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O3' B 0, 0.000, 0.669, 1.338, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C2 B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
C3' A 0, 0.000, 0.830, 1.660, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.830 std_dev=0.830
O5' A 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
N2 B 0, 0.000, 0.880, 1.759, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.880 std_dev=0.880
OP2 B 0, 0.000, 0.887, 1.773, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.887 std_dev=0.887
C4' A 0, 0.000, 0.932, 1.864, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.932 std_dev=0.932
P B 0, 0.000, 0.941, 1.881, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.941 std_dev=0.941
O3' A 0, 0.000, 1.037, 2.074, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.037 std_dev=1.037
OP1 B 0, 0.000, 1.154, 2.308, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.154 std_dev=1.154
P A 0, 0.000, 1.231, 2.462, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.231 std_dev=1.231
OP2 A 0, 0.000, 1.249, 2.497, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.249 std_dev=1.249
OP1 A 0, 0.000, 1.568, 3.135, 3.135 max_d=3.135 avg_d=1.568 std_dev=1.568
C5' A 0, 0.000, 1.612, 3.224, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.612 std_dev=1.612

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.17 0.10 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.04 0.00 0.20 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.23 0.22 0.00 0.29 0.02 0.13
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.13 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.12 0.38 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.16 0.23 0.10 0.01 0.02 0.23 0.13 0.00 0.00 0.01 0.25 0.19 0.35 0.43 0.24
C4 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.10 0.00 0.38 0.05 0.24
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.02 0.27 0.10 0.29 0.20 0.23 0.08 0.05 0.02 0.00 0.00 0.07 0.14 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.04 0.01 0.00 0.56 0.20 0.39
C5' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.00 0.13 0.46 0.07 0.36 0.21 0.43 0.17 0.04 0.01 0.01 0.00 0.21 0.32 0.11 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.16 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.08 0.05 0.00 0.59 0.22 0.38
C8 0.00 0.00 0.04 0.23 0.00 0.27 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.21 0.14 0.13 0.00 0.56 0.23 0.46
N1 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.17 0.15 0.00 0.45 0.11 0.25
N2 0.02 0.00 0.13 0.01 0.00 0.29 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.29 0.29 0.00 0.18 0.09 0.04
N3 0.02 0.00 0.11 0.02 0.00 0.20 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.24 0.22 0.00 0.23 0.07 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.23 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.23 0.08 0.11 0.00 0.67 0.32 0.52
N9 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.37 0.04 0.27
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.13 0.01 0.10 0.07 0.12 0.06 0.00 0.04 0.08 0.02 0.07 0.03 0.29 0.02
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.15 0.01 0.14 0.21 0.07 0.06 0.03 0.23 0.09 0.04 0.00 0.02 0.20 0.18 0.50 0.46 0.30
O4' 0.00 0.23 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04 0.01 0.08 0.14 0.17 0.29 0.24 0.08 0.00 0.08 0.02 0.00 0.03 0.05 0.18 0.03 0.18
O5' 0.05 0.22 0.18 0.25 0.10 0.00 0.01 0.00 0.05 0.13 0.15 0.29 0.22 0.11 0.02 0.02 0.20 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.18 0.05 0.00 0.00 0.70 0.32 0.47
OP1 0.17 0.29 0.12 0.35 0.38 0.14 0.56 0.32 0.59 0.56 0.45 0.18 0.23 0.67 0.37 0.03 0.50 0.18 0.01 0.70 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.02 0.38 0.43 0.05 0.06 0.20 0.11 0.22 0.23 0.11 0.09 0.07 0.32 0.04 0.29 0.46 0.03 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.13 0.11 0.24 0.24 0.02 0.39 0.00 0.38 0.46 0.25 0.04 0.10 0.52 0.27 0.02 0.30 0.18 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.21 0.32 0.12 0.21 0.12 0.26 0.14 0.08 0.15 0.17 0.14 0.09 0.10 0.18 0.41 0.08 0.10 0.14 0.21 0.18 0.16
C2 0.11 0.09 0.21 0.33 0.09 0.24 0.07 0.30 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.05 0.10 0.19 0.40 0.11 0.15 0.02 0.23 0.24 0.21
C2' 0.26 0.33 0.34 0.43 0.30 0.34 0.31 0.37 0.34 0.27 0.34 0.34 0.31 0.29 0.28 0.32 0.50 0.24 0.23 0.35 0.32 0.30 0.28
C3' 0.17 0.13 0.23 0.34 0.14 0.28 0.13 0.34 0.12 0.15 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.22 0.41 0.18 0.24 0.10 0.37 0.32 0.32
C4 0.08 0.11 0.20 0.32 0.09 0.22 0.08 0.28 0.09 0.06 0.10 0.12 0.10 0.06 0.08 0.18 0.41 0.07 0.11 0.08 0.23 0.21 0.17
C4' 0.12 0.19 0.04 0.09 0.17 0.04 0.19 0.11 0.22 0.15 0.21 0.19 0.17 0.19 0.15 0.05 0.19 0.09 0.01 0.25 0.16 0.11 0.10
C5 0.04 0.06 0.16 0.30 0.04 0.19 0.03 0.26 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.03 0.15 0.39 0.03 0.09 0.03 0.24 0.21 0.16
C5' 0.18 0.34 0.12 0.02 0.28 0.01 0.32 0.09 0.38 0.23 0.38 0.35 0.29 0.29 0.23 0.11 0.13 0.12 0.03 0.43 0.21 0.13 0.14
C6 0.01 0.01 0.14 0.28 0.00 0.18 0.02 0.27 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.38 0.01 0.09 0.03 0.26 0.24 0.17
C8 0.05 0.10 0.18 0.30 0.07 0.19 0.07 0.25 0.09 0.04 0.10 0.11 0.09 0.05 0.06 0.16 0.40 0.04 0.08 0.09 0.23 0.18 0.14
N1 0.05 0.03 0.17 0.31 0.02 0.22 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.16 0.39 0.06 0.13 0.04 0.25 0.26 0.21
N2 0.16 0.12 0.24 0.35 0.13 0.27 0.10 0.30 0.06 0.12 0.08 0.12 0.14 0.09 0.15 0.22 0.40 0.16 0.18 0.00 0.22 0.24 0.23
N3 0.12 0.13 0.22 0.34 0.12 0.24 0.11 0.29 0.11 0.10 0.12 0.14 0.13 0.09 0.12 0.20 0.41 0.11 0.14 0.09 0.22 0.22 0.20
N7 0.02 0.06 0.15 0.28 0.04 0.17 0.04 0.25 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.01 0.02 0.14 0.38 0.01 0.07 0.05 0.24 0.18 0.13
N9 0.08 0.13 0.20 0.32 0.10 0.21 0.10 0.27 0.11 0.07 0.13 0.14 0.12 0.08 0.09 0.18 0.41 0.07 0.10 0.11 0.22 0.19 0.16
O2' 0.21 0.34 0.31 0.41 0.29 0.29 0.31 0.32 0.36 0.23 0.37 0.36 0.31 0.27 0.24 0.27 0.48 0.18 0.16 0.39 0.25 0.24 0.21
O3' 0.13 0.06 0.19 0.30 0.10 0.26 0.09 0.33 0.06 0.13 0.05 0.06 0.09 0.10 0.12 0.18 0.37 0.16 0.24 0.04 0.40 0.33 0.34
O4' 0.13 0.12 0.03 0.09 0.15 0.00 0.17 0.06 0.16 0.18 0.14 0.11 0.13 0.19 0.15 0.04 0.20 0.13 0.08 0.18 0.04 0.00 0.01
O5' 0.16 0.16 0.06 0.05 0.19 0.04 0.22 0.00 0.21 0.23 0.18 0.14 0.16 0.25 0.19 0.05 0.17 0.17 0.13 0.24 0.04 0.09 0.10
O6 0.04 0.04 0.10 0.25 0.05 0.14 0.06 0.25 0.06 0.08 0.05 0.03 0.04 0.08 0.06 0.10 0.35 0.04 0.06 0.06 0.28 0.25 0.15
OP1 0.43 0.26 0.55 0.70 0.30 0.63 0.22 0.68 0.15 0.30 0.18 0.27 0.32 0.21 0.35 0.58 0.86 0.45 0.55 0.05 0.63 0.55 0.56
OP2 0.12 0.02 0.24 0.37 0.03 0.30 0.02 0.35 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.26 0.52 0.13 0.22 0.12 0.35 0.24 0.25
P 0.21 0.12 0.32 0.44 0.14 0.38 0.08 0.42 0.04 0.12 0.07 0.13 0.15 0.07 0.16 0.34 0.58 0.23 0.30 0.02 0.39 0.32 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.06 0.00
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05
N2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.00 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.00 0.09 0.07
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.08 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03
O5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.07
OP1 0.02 0.04 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.09 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.05 0.07 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00