ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 13, 28, 19, 10, 13, 34, 14, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.045, 0.071, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.045 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.018, 0.050, 0.082, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.050 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.063, 0.150, 0.237, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.150 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.054, 0.144, 0.235, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.144 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.109, 0.232, 0.356, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.232 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.145, 0.272, 0.400, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.272 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.113, 0.249, 0.386, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.249 std_dev=0.136
OP2 B 0, 0.267, 0.405, 0.544, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.405 std_dev=0.139
P B 0, 0.226, 0.398, 0.571, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.398 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.407, 0.583, 0.759, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.583 std_dev=0.176
O5' B 0, 0.257, 0.442, 0.627, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.442 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.253, 0.450, 0.647, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.450 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.351, 0.553, 0.754, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.553 std_dev=0.202
C5 B 0, 0.237, 0.440, 0.642, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.440 std_dev=0.202
O3' A 0, 0.127, 0.340, 0.554, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.340 std_dev=0.213
C5' B 0, 0.271, 0.493, 0.716, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.493 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.247, 0.476, 0.705, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.476 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.321, 0.550, 0.780, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.550 std_dev=0.229
N9 B 0, 0.240, 0.473, 0.706, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.473 std_dev=0.233
N7 B 0, 0.220, 0.456, 0.691, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.456 std_dev=0.235
OP1 B 0, 0.285, 0.520, 0.755, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.520 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.298, 0.537, 0.776, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.537 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.392, 0.633, 0.873, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.633 std_dev=0.240
P A 0, 0.522, 0.764, 1.006, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.764 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.308, 0.555, 0.802, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.555 std_dev=0.247
O3' B 0, 0.513, 0.779, 1.045, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.779 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.266, 0.538, 0.810, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.538 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.411, 0.684, 0.957, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.684 std_dev=0.273
C8 B 0, 0.243, 0.517, 0.792, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.517 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.551, 0.827, 1.102, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.827 std_dev=0.276
N6 B 0, 0.307, 0.599, 0.891, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.599 std_dev=0.292
OP1 A 0, 0.564, 0.856, 1.149, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.856 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.360, 0.663, 0.965, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.663 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.365, 0.690, 1.016, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.690 std_dev=0.326
O2' B 0, 0.371, 0.783, 1.194, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.783 std_dev=0.412

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.02 0.11 0.10 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.16 0.02 0.15 0.19 0.16
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.11 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.11 0.08 0.13 0.09 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.16 0.01 0.15 0.19 0.16
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.18 0.01 0.18 0.23 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.06 0.06 0.16 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.15 0.13 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.19 0.01 0.19 0.24 0.20
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.19 0.02 0.18 0.20 0.19
N1 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.17 0.01 0.17 0.22 0.18
N2 0.04 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.04 0.15 0.02 0.14 0.19 0.15
N3 0.03 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.14 0.02 0.14 0.17 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.20 0.02 0.20 0.24 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.15 0.02 0.14 0.16 0.15
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.03 0.12 0.15 0.11 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.10 0.08 0.12 0.14 0.10 0.08 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.11 0.16 0.15 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.11 0.03 0.12 0.11 0.10
O5' 0.10 0.16 0.09 0.11 0.16 0.02 0.18 0.01 0.19 0.19 0.17 0.15 0.14 0.20 0.15 0.05 0.13 0.11 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.11 0.03 0.20 0.00 0.21 0.26 0.22
OP1 0.11 0.15 0.11 0.13 0.15 0.08 0.18 0.13 0.19 0.18 0.17 0.14 0.14 0.20 0.14 0.11 0.16 0.12 0.02 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.19 0.09 0.09 0.19 0.09 0.23 0.14 0.24 0.20 0.22 0.19 0.17 0.24 0.16 0.09 0.15 0.11 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.08 0.09 0.16 0.02 0.19 0.02 0.20 0.19 0.18 0.15 0.15 0.21 0.15 0.06 0.13 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.24 0.17 0.14 0.18 0.13 0.19 0.11 0.26 0.15 0.27 0.20 0.31 0.17 0.15 0.17 0.14 0.16 0.10 0.11 0.11 0.09
C2 0.13 0.15 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.17 0.12 0.17 0.13 0.20 0.12 0.12 0.13 0.14 0.15 0.11 0.10 0.10 0.09
C2' 0.14 0.33 0.16 0.15 0.21 0.13 0.24 0.11 0.35 0.14 0.38 0.26 0.42 0.18 0.16 0.16 0.15 0.14 0.11 0.11 0.13 0.09
C3' 0.15 0.34 0.17 0.16 0.22 0.14 0.24 0.13 0.34 0.15 0.39 0.26 0.41 0.18 0.16 0.16 0.16 0.15 0.13 0.12 0.13 0.10
C4 0.13 0.19 0.15 0.14 0.14 0.12 0.16 0.11 0.20 0.13 0.21 0.16 0.24 0.14 0.13 0.15 0.14 0.15 0.11 0.12 0.11 0.10
C4' 0.15 0.28 0.17 0.14 0.19 0.13 0.21 0.11 0.28 0.15 0.32 0.22 0.33 0.17 0.15 0.17 0.15 0.15 0.11 0.10 0.11 0.08
C5 0.13 0.18 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.12 0.19 0.12 0.20 0.15 0.23 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.11 0.15 0.12 0.12
C5' 0.16 0.28 0.18 0.16 0.20 0.15 0.21 0.15 0.28 0.16 0.31 0.22 0.32 0.18 0.16 0.19 0.16 0.17 0.14 0.14 0.14 0.13
C6 0.13 0.16 0.14 0.14 0.12 0.13 0.14 0.13 0.17 0.12 0.18 0.13 0.21 0.13 0.12 0.13 0.15 0.15 0.12 0.16 0.13 0.13
C8 0.13 0.21 0.15 0.14 0.15 0.12 0.17 0.11 0.23 0.14 0.25 0.17 0.27 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.11 0.14 0.11 0.11
N1 0.13 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.12 0.17 0.13 0.20 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.12 0.14 0.12 0.12
N2 0.13 0.15 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.16 0.12 0.16 0.13 0.19 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10
N3 0.14 0.18 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.11 0.19 0.13 0.20 0.15 0.23 0.14 0.13 0.15 0.14 0.15 0.11 0.10 0.10 0.09
N7 0.13 0.19 0.14 0.14 0.14 0.12 0.16 0.12 0.21 0.13 0.22 0.16 0.25 0.14 0.12 0.14 0.15 0.15 0.11 0.16 0.12 0.12
N9 0.14 0.22 0.16 0.14 0.16 0.12 0.18 0.11 0.23 0.14 0.25 0.18 0.28 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.11 0.12 0.11 0.10
O2' 0.15 0.33 0.15 0.14 0.20 0.13 0.23 0.13 0.35 0.15 0.39 0.25 0.44 0.17 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.16 0.18 0.15
O3' 0.16 0.39 0.17 0.16 0.24 0.15 0.27 0.15 0.39 0.15 0.45 0.30 0.46 0.19 0.17 0.17 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.13
O4' 0.17 0.24 0.18 0.15 0.18 0.14 0.20 0.12 0.24 0.17 0.26 0.20 0.28 0.18 0.17 0.19 0.15 0.17 0.11 0.12 0.11 0.10
O5' 0.12 0.26 0.12 0.11 0.16 0.11 0.18 0.12 0.26 0.12 0.30 0.20 0.31 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.22 0.20 0.17
O6 0.13 0.15 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.15 0.17 0.12 0.17 0.13 0.20 0.13 0.12 0.14 0.16 0.16 0.14 0.19 0.15 0.16
OP1 0.12 0.31 0.13 0.11 0.19 0.11 0.20 0.12 0.30 0.13 0.35 0.24 0.35 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.22 0.19 0.17
OP2 0.17 0.27 0.16 0.17 0.18 0.19 0.19 0.20 0.26 0.17 0.30 0.21 0.31 0.16 0.16 0.17 0.18 0.20 0.20 0.29 0.25 0.24
P 0.13 0.25 0.12 0.12 0.15 0.13 0.17 0.14 0.25 0.13 0.29 0.19 0.29 0.13 0.12 0.12 0.13 0.15 0.15 0.24 0.21 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
C2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.11 0.11 0.13 0.15 0.13
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.07 0.15 0.16 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.08 0.10 0.05
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.06 0.09 0.10 0.13 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.11 0.12 0.15 0.12
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.06 0.12 0.14 0.17 0.14
C8 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.06 0.11 0.11 0.13 0.11
N1 0.02 0.00 0.15 0.13 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.09 0.12 0.14 0.17 0.15
N3 0.03 0.00 0.16 0.12 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11
N6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.16 0.06 0.14 0.16 0.19 0.16
N7 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.12 0.13 0.16 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.11 0.07
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.11 0.06 0.15 0.16 0.09 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.09 0.08 0.04
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.10 0.03 0.11 0.05 0.15 0.09 0.18 0.15 0.16 0.09 0.05 0.06 0.00 0.02 0.08 0.13 0.11 0.09
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.08 0.07
O5' 0.05 0.11 0.04 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.12 0.08 0.04 0.08 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.13 0.08 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.14 0.11 0.14 0.11 0.16 0.13 0.08 0.09 0.13 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.15 0.10 0.09 0.13 0.04 0.15 0.03 0.17 0.13 0.17 0.13 0.19 0.16 0.11 0.08 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.05 0.06 0.10 0.02 0.12 0.02 0.14 0.11 0.15 0.11 0.16 0.13 0.07 0.04 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00