ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50872

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 3, 6, 3, 7, 14, 14, 15, 3, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.006, 0.044, 0.081, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.044 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.008, 0.051, 0.094, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.051 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.040, 0.153, 0.266, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.153 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.074, 0.189, 0.303, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.189 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.148, 0.292, 0.435, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.292 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.123, 0.277, 0.431, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.277 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.145, 0.309, 0.473, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.309 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.223, 0.428, 0.633, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.428 std_dev=0.205
P B 0, 0.225, 0.446, 0.668, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.446 std_dev=0.222
O5' B 0, 0.266, 0.491, 0.717, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.491 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.374, 0.620, 0.865, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.620 std_dev=0.246
O3' A 0, 0.206, 0.462, 0.718, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.462 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.331, 0.591, 0.852, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.591 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.359, 0.621, 0.882, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.621 std_dev=0.261
OP1 B 0, 0.280, 0.548, 0.817, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.548 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.407, 0.678, 0.948, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.678 std_dev=0.270
C8 B 0, 0.340, 0.619, 0.899, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.619 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.363, 0.643, 0.923, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.643 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.382, 0.663, 0.945, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.663 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.387, 0.670, 0.954, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.670 std_dev=0.283
C5' A 0, 0.187, 0.473, 0.759, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.473 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.366, 0.657, 0.948, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.657 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.348, 0.641, 0.933, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.641 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.390, 0.682, 0.975, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.682 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.325, 0.633, 0.941, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.633 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.415, 0.730, 1.046, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.730 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.436, 0.757, 1.078, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.757 std_dev=0.321
N6 B 0, 0.400, 0.725, 1.050, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.725 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.451, 0.792, 1.132, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.792 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.202, 0.548, 0.894, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.548 std_dev=0.346
O2' B 0, 0.424, 0.781, 1.138, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.781 std_dev=0.357
O3' B 0, 0.387, 0.752, 1.117, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.752 std_dev=0.365
OP2 A 0, 0.256, 0.740, 1.225, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.740 std_dev=0.484
P A 0, 0.256, 0.757, 1.257, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.757 std_dev=0.501
OP1 A 0, 0.288, 0.911, 1.533, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.911 std_dev=0.623

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.13 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.20 0.01 0.20 0.22 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.09 0.12 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.06 0.15 0.11 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.12 0.10 0.18 0.10 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.21 0.01 0.21 0.22 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.10 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.25 0.02 0.24 0.28 0.26
C5' 0.04 0.10 0.03 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.20 0.14 0.08 0.09 0.21 0.12 0.04 0.03 0.02 0.01 0.22 0.16 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.11 0.03 0.25 0.00 0.25 0.29 0.27
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.26 0.03 0.25 0.25 0.26
N1 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.04 0.23 0.01 0.22 0.26 0.24
N2 0.04 0.00 0.12 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.17 0.05 0.19 0.02 0.18 0.21 0.19
N3 0.03 0.01 0.10 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.04 0.19 0.01 0.18 0.20 0.19
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.27 0.03 0.28 0.30 0.29
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.21 0.02 0.20 0.19 0.20
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.10 0.03 0.13 0.18 0.13 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.09 0.12 0.08 0.04
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.11 0.10 0.13 0.17 0.12 0.09 0.05 0.04 0.00 0.02 0.11 0.12 0.20 0.15 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.04 0.17 0.11 0.13
O5' 0.14 0.20 0.12 0.12 0.21 0.02 0.25 0.01 0.25 0.26 0.23 0.19 0.19 0.27 0.21 0.04 0.11 0.13 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.02 0.22 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.12 0.04 0.26 0.00 0.28 0.33 0.29
OP1 0.16 0.20 0.15 0.18 0.21 0.10 0.24 0.16 0.25 0.25 0.22 0.18 0.18 0.28 0.20 0.12 0.20 0.17 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.22 0.11 0.10 0.22 0.12 0.28 0.19 0.29 0.25 0.26 0.21 0.20 0.30 0.19 0.08 0.15 0.11 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.10 0.10 0.21 0.03 0.26 0.02 0.27 0.26 0.24 0.19 0.19 0.29 0.20 0.04 0.12 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.31 0.16 0.16 0.20 0.13 0.22 0.14 0.31 0.16 0.35 0.24 0.38 0.18 0.15 0.16 0.19 0.17 0.10 0.09 0.09 0.10
C2 0.11 0.24 0.15 0.16 0.16 0.12 0.21 0.12 0.29 0.11 0.29 0.18 0.36 0.16 0.11 0.14 0.19 0.14 0.11 0.09 0.09 0.10
C2' 0.17 0.34 0.20 0.19 0.24 0.12 0.28 0.12 0.36 0.24 0.38 0.27 0.45 0.29 0.20 0.19 0.22 0.15 0.12 0.10 0.11 0.10
C3' 0.18 0.34 0.21 0.19 0.24 0.13 0.28 0.13 0.35 0.24 0.38 0.27 0.42 0.28 0.20 0.19 0.22 0.15 0.13 0.11 0.12 0.11
C4 0.12 0.27 0.15 0.16 0.17 0.12 0.21 0.13 0.30 0.13 0.32 0.20 0.38 0.15 0.12 0.14 0.20 0.15 0.11 0.10 0.10 0.10
C4' 0.15 0.33 0.17 0.16 0.21 0.12 0.22 0.13 0.31 0.17 0.36 0.26 0.36 0.20 0.16 0.17 0.20 0.15 0.10 0.09 0.09 0.09
C5 0.12 0.26 0.15 0.17 0.16 0.13 0.20 0.14 0.30 0.11 0.31 0.19 0.38 0.15 0.12 0.14 0.22 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13
C5' 0.16 0.33 0.17 0.17 0.20 0.15 0.21 0.17 0.30 0.18 0.36 0.26 0.34 0.18 0.16 0.17 0.20 0.18 0.14 0.17 0.16 0.15
C6 0.12 0.25 0.16 0.19 0.16 0.15 0.21 0.15 0.29 0.11 0.30 0.19 0.37 0.16 0.12 0.16 0.23 0.16 0.15 0.14 0.15 0.15
C8 0.13 0.28 0.15 0.16 0.18 0.13 0.21 0.14 0.31 0.13 0.34 0.21 0.38 0.15 0.13 0.14 0.21 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12
N1 0.12 0.24 0.16 0.18 0.17 0.14 0.21 0.14 0.29 0.11 0.29 0.19 0.36 0.16 0.12 0.15 0.22 0.15 0.14 0.12 0.12 0.13
N2 0.11 0.23 0.15 0.15 0.17 0.12 0.21 0.12 0.28 0.10 0.27 0.18 0.33 0.17 0.11 0.13 0.18 0.14 0.11 0.11 0.12 0.11
N3 0.13 0.26 0.15 0.16 0.17 0.12 0.21 0.13 0.30 0.13 0.31 0.20 0.38 0.16 0.13 0.14 0.19 0.15 0.10 0.09 0.09 0.09
N7 0.12 0.27 0.15 0.17 0.17 0.13 0.20 0.14 0.30 0.11 0.32 0.20 0.38 0.15 0.12 0.14 0.22 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14
N9 0.13 0.29 0.15 0.16 0.18 0.12 0.21 0.14 0.31 0.14 0.34 0.22 0.39 0.16 0.14 0.14 0.20 0.16 0.11 0.10 0.10 0.10
O2' 0.19 0.36 0.23 0.21 0.25 0.15 0.30 0.15 0.38 0.27 0.40 0.29 0.47 0.32 0.22 0.21 0.24 0.17 0.17 0.15 0.15 0.16
O3' 0.21 0.37 0.24 0.22 0.28 0.15 0.32 0.14 0.38 0.31 0.40 0.30 0.46 0.35 0.25 0.23 0.24 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15
O4' 0.16 0.33 0.16 0.15 0.21 0.14 0.21 0.15 0.30 0.16 0.36 0.26 0.35 0.17 0.16 0.16 0.19 0.18 0.11 0.10 0.10 0.10
O5' 0.16 0.32 0.16 0.17 0.20 0.17 0.21 0.19 0.29 0.16 0.35 0.25 0.34 0.17 0.16 0.16 0.19 0.19 0.18 0.23 0.22 0.21
O6 0.14 0.25 0.17 0.20 0.17 0.17 0.21 0.18 0.29 0.11 0.30 0.19 0.37 0.16 0.13 0.18 0.25 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18
OP1 0.18 0.36 0.17 0.18 0.23 0.17 0.24 0.19 0.33 0.19 0.39 0.29 0.37 0.20 0.18 0.18 0.20 0.18 0.18 0.23 0.22 0.21
OP2 0.19 0.31 0.16 0.17 0.20 0.22 0.20 0.25 0.28 0.18 0.34 0.24 0.34 0.16 0.18 0.17 0.18 0.25 0.23 0.29 0.27 0.26
P 0.16 0.33 0.13 0.14 0.20 0.17 0.20 0.20 0.30 0.15 0.36 0.26 0.34 0.14 0.16 0.14 0.15 0.20 0.19 0.25 0.23 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.07 0.07
C2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.27 0.07 0.15 0.16 0.20 0.16
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.08 0.16 0.19 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.09 0.05
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.13 0.11 0.18 0.18 0.12 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.14 0.04 0.14 0.14 0.17 0.14
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.17 0.19 0.22 0.19
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.11 0.07 0.16 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.18 0.21 0.26 0.21
C8 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.13 0.05 0.16 0.17 0.16 0.16
N1 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.24 0.06 0.17 0.19 0.24 0.19
N3 0.03 0.00 0.19 0.18 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.07 0.14 0.14 0.16 0.13
N6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.16 0.04 0.20 0.25 0.30 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.19 0.21 0.23 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.12 0.12 0.11
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.09 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.15 0.17 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.09 0.09 0.05
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.14 0.01 0.12 0.03 0.17 0.13 0.24 0.24 0.16 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.11 0.15 0.16 0.11
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.12 0.07 0.10
O5' 0.08 0.15 0.04 0.06 0.14 0.02 0.17 0.01 0.18 0.16 0.17 0.14 0.20 0.19 0.12 0.05 0.11 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.16 0.08 0.10 0.14 0.07 0.19 0.10 0.21 0.17 0.19 0.14 0.25 0.21 0.12 0.09 0.15 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.20 0.09 0.11 0.17 0.04 0.22 0.04 0.26 0.16 0.24 0.16 0.30 0.23 0.12 0.09 0.16 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.05 0.07 0.14 0.02 0.19 0.01 0.21 0.16 0.19 0.13 0.25 0.21 0.11 0.05 0.11 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00