ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50873

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 9, 8, 11, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.009, 0.037, 0.064, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.037 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.001, 0.091, 0.181, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.091 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.015, 0.107, 0.198, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.107 std_dev=0.091
O4' A 0, -0.009, 0.093, 0.195, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.093 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.003, 0.156, 0.308, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.156 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.004, 0.162, 0.320, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.162 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.063, 0.279, 0.494, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.279 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.167, 0.394, 0.621, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.394 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.193, 0.428, 0.663, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.428 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.127, 0.362, 0.597, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.362 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.201, 0.439, 0.677, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.439 std_dev=0.238
O3' A 0, -0.002, 0.239, 0.480, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.239 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.102, 0.348, 0.593, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.348 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.022, 0.270, 0.518, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.270 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.125, 0.379, 0.632, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.379 std_dev=0.254
N9 B 0, 0.151, 0.410, 0.670, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.410 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.158, 0.426, 0.693, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.426 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.103, 0.379, 0.655, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.379 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.074, 0.376, 0.677, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.376 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.158, 0.471, 0.784, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.471 std_dev=0.313
P A 0, 0.003, 0.351, 0.698, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.351 std_dev=0.347
C2' B 0, 0.140, 0.487, 0.835, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.487 std_dev=0.347
N6 B 0, 0.028, 0.377, 0.725, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.377 std_dev=0.348
O5' B 0, 0.133, 0.491, 0.849, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.491 std_dev=0.358
P B 0, -0.005, 0.390, 0.785, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.390 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.131, 0.526, 0.922, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.526 std_dev=0.396
O4' B 0, 0.113, 0.522, 0.932, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.522 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.083, 0.508, 0.933, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.508 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.057, 0.487, 0.916, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.487 std_dev=0.429
OP2 A 0, -0.036, 0.393, 0.823, 2.905 max_d=2.905 avg_d=0.393 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.066, 0.544, 1.023, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.544 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.058, 0.583, 1.107, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.583 std_dev=0.525
C5' B 0, -0.017, 0.563, 1.143, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.563 std_dev=0.580
OP1 B 0, -0.275, 0.393, 1.061, 4.642 max_d=4.642 avg_d=0.393 std_dev=0.668

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.06
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.08 0.01 0.07 0.18 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.09 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.08 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.17 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.01 0.14 0.24 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.13 0.00 0.16 0.27 0.18
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.12 0.02 0.14 0.20 0.16
N1 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.10 0.01 0.11 0.23 0.13
N2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.12 0.06 0.07 0.02 0.06 0.17 0.08
N3 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04 0.07 0.01 0.05 0.14 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.15 0.02 0.19 0.28 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.13 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.08 0.05 0.05
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.10 0.05 0.11 0.12 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.10 0.12 0.14 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.11 0.09 0.11
O5' 0.03 0.08 0.05 0.08 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.10 0.07 0.07 0.15 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.03 0.15 0.00 0.21 0.32 0.22
OP1 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.14 0.04 0.16 0.14 0.11 0.06 0.05 0.19 0.06 0.08 0.12 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.18 0.09 0.12 0.17 0.02 0.24 0.01 0.27 0.20 0.23 0.17 0.14 0.28 0.13 0.05 0.14 0.09 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.03 0.07 0.10 0.04 0.16 0.01 0.18 0.16 0.13 0.08 0.07 0.21 0.08 0.05 0.09 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.07 0.06 0.08 0.12 0.08 0.13 0.12 0.09 0.13 0.09 0.15 0.08 0.09 0.08 0.06 0.15 0.14 0.28 0.16 0.14
C2 0.11 0.12 0.07 0.06 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.15 0.09 0.09 0.08 0.07 0.14 0.15 0.22 0.16 0.12
C2' 0.14 0.09 0.13 0.13 0.09 0.17 0.07 0.19 0.09 0.12 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.13 0.13 0.19 0.20 0.37 0.21 0.23
C3' 0.14 0.09 0.12 0.12 0.09 0.17 0.07 0.19 0.09 0.12 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.13 0.12 0.19 0.18 0.37 0.20 0.21
C4 0.11 0.11 0.08 0.06 0.08 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.08 0.09 0.08 0.07 0.16 0.12 0.26 0.16 0.11
C4' 0.11 0.11 0.08 0.07 0.08 0.13 0.08 0.15 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.08 0.09 0.08 0.06 0.16 0.13 0.29 0.16 0.15
C5 0.13 0.11 0.09 0.08 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.15 0.10 0.11 0.09 0.09 0.18 0.10 0.26 0.17 0.11
C5' 0.11 0.12 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.10 0.14 0.09 0.14 0.08 0.09 0.09 0.07 0.17 0.10 0.27 0.14 0.11
C6 0.15 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.13 0.19 0.11 0.27 0.19 0.13
C8 0.12 0.11 0.08 0.07 0.09 0.12 0.09 0.13 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.08 0.17 0.10 0.27 0.17 0.11
N1 0.13 0.12 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.15 0.11 0.12 0.10 0.11 0.17 0.12 0.23 0.18 0.10
N2 0.10 0.12 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.10 0.14 0.09 0.14 0.09 0.16 0.08 0.09 0.08 0.07 0.13 0.20 0.21 0.16 0.15
N3 0.10 0.11 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.13 0.09 0.15 0.08 0.09 0.08 0.06 0.14 0.15 0.24 0.15 0.13
N7 0.14 0.11 0.09 0.08 0.10 0.13 0.10 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.10 0.19 0.10 0.28 0.17 0.12
N9 0.11 0.11 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.13 0.09 0.15 0.08 0.09 0.08 0.06 0.15 0.11 0.26 0.16 0.11
O2' 0.14 0.09 0.12 0.13 0.09 0.18 0.07 0.21 0.08 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.13 0.13 0.19 0.24 0.39 0.24 0.27
O3' 0.18 0.09 0.16 0.17 0.11 0.23 0.09 0.25 0.09 0.15 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.17 0.17 0.24 0.24 0.44 0.24 0.28
O4' 0.11 0.14 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.14 0.14 0.10 0.16 0.11 0.16 0.09 0.09 0.08 0.06 0.15 0.12 0.26 0.15 0.12
O5' 0.13 0.12 0.09 0.09 0.09 0.14 0.10 0.16 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.10 0.11 0.10 0.09 0.18 0.10 0.27 0.15 0.10
O6 0.17 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.14 0.18 0.22 0.14 0.30 0.22 0.17
OP1 0.13 0.13 0.09 0.08 0.10 0.15 0.11 0.18 0.14 0.11 0.16 0.11 0.17 0.10 0.11 0.10 0.08 0.19 0.10 0.27 0.15 0.10
OP2 0.24 0.14 0.20 0.21 0.16 0.28 0.14 0.30 0.13 0.21 0.13 0.15 0.14 0.16 0.20 0.21 0.20 0.30 0.24 0.38 0.26 0.26
P 0.15 0.10 0.11 0.11 0.09 0.18 0.09 0.20 0.12 0.13 0.12 0.09 0.14 0.10 0.12 0.12 0.11 0.21 0.13 0.28 0.17 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.27 0.12
C2 0.04 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.23 0.12 0.21 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.22 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.09 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.18 0.22 0.17 0.08
C4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.22 0.10 0.21 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.24 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.25 0.12 0.19 0.10
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.26 0.14 0.19 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.24 0.09 0.20 0.08
N1 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.25 0.13 0.20 0.11
N3 0.04 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.21 0.11 0.21 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.26 0.16 0.18 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.26 0.13 0.18 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.08 0.23 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.12 0.23 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.10 0.12 0.06 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.16 0.31 0.15 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.13 0.31 0.19
O5' 0.10 0.23 0.14 0.18 0.22 0.01 0.25 0.01 0.26 0.24 0.25 0.21 0.26 0.26 0.20 0.08 0.16 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.12 0.13 0.22 0.10 0.09 0.12 0.12 0.14 0.09 0.13 0.11 0.16 0.13 0.08 0.12 0.31 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.21 0.22 0.17 0.21 0.24 0.19 0.20 0.19 0.20 0.20 0.21 0.18 0.18 0.23 0.23 0.15 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.05 0.08 0.09 0.07 0.10 0.01 0.11 0.08 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.06 0.11 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00