ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 2, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.024, 0.056, 0.088, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.056 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.059, 0.117, 0.176, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.117 std_dev=0.058
C2' A 0, 0.033, 0.101, 0.168, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.101 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.126, 0.213, 0.299, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.213 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.052, 0.140, 0.227, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.140 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.076, 0.177, 0.278, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.177 std_dev=0.101
O2' A 0, -0.011, 0.155, 0.320, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.155 std_dev=0.165
C8 B 0, 0.143, 0.315, 0.487, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.315 std_dev=0.172
N9 B 0, 0.157, 0.336, 0.515, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.336 std_dev=0.179
O5' B 0, 0.190, 0.370, 0.550, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.370 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.135, 0.316, 0.498, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.316 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.135, 0.319, 0.502, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.319 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.137, 0.323, 0.508, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.323 std_dev=0.186
P B 0, 0.109, 0.300, 0.491, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.300 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.140, 0.332, 0.524, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.332 std_dev=0.192
C3' B 0, 0.179, 0.372, 0.566, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.193
C5' A 0, 0.099, 0.293, 0.486, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.293 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.161, 0.357, 0.553, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.357 std_dev=0.196
C2 B 0, 0.136, 0.336, 0.537, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.336 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.139, 0.341, 0.542, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.341 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.146, 0.348, 0.549, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.348 std_dev=0.202
C5' B 0, 0.264, 0.475, 0.685, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.475 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.188, 0.402, 0.616, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.402 std_dev=0.214
C4' B 0, 0.234, 0.451, 0.667, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.451 std_dev=0.217
O3' B 0, 0.174, 0.395, 0.616, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.395 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.234, 0.460, 0.686, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.460 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.185, 0.413, 0.642, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.413 std_dev=0.229
N6 B 0, 0.176, 0.421, 0.665, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.421 std_dev=0.245
P A 0, 0.247, 0.495, 0.742, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.495 std_dev=0.247
OP1 B 0, 0.123, 0.408, 0.694, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.408 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.046, 0.357, 0.668, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.357 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.416, 0.958, 1.500, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.958 std_dev=0.542
OP1 A 0, 0.418, 1.068, 1.719, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.068 std_dev=0.651
OP2 A 0, 0.628, 1.527, 2.427, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.527 std_dev=0.900

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.21 0.04 0.13 0.61 0.14
C2 0.05 0.00 0.10 0.10 0.02 0.15 0.02 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.10 0.11 0.32 0.01 0.33 0.16 0.08
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.07 0.03 0.09 0.10 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.18 0.48 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.11 0.09 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.08 0.29 0.47 0.08
C4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.06 0.36 0.02 0.25 0.40 0.10
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.14 0.17 0.13 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.10 0.21 0.54 0.13
C5 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.43 0.02 0.30 0.38 0.11
C5' 0.05 0.26 0.08 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.21 0.12 0.25 0.29 0.23 0.15 0.11 0.07 0.04 0.01 0.02 0.21 0.17 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.02 0.10 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.08 0.07 0.43 0.01 0.36 0.27 0.10
C8 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.40 0.04 0.22 0.57 0.15
N1 0.05 0.01 0.09 0.10 0.02 0.14 0.02 0.25 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.15 0.10 0.10 0.38 0.01 0.37 0.17 0.08
N2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.17 0.02 0.29 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.18 0.11 0.13 0.27 0.03 0.36 0.16 0.11
N3 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.10 0.29 0.01 0.26 0.28 0.07
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.45 0.04 0.27 0.48 0.13
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.34 0.03 0.19 0.54 0.13
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.10 0.03 0.09 0.07 0.12 0.04 0.15 0.18 0.15 0.05 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.12 0.20 0.48 0.09
O3' 0.07 0.10 0.01 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.07 0.07 0.06 0.00 0.06 0.15 0.08 0.35 0.59 0.15
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.10 0.13 0.10 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.22 0.07 0.13 0.68 0.18
O5' 0.21 0.32 0.09 0.09 0.36 0.04 0.43 0.02 0.43 0.40 0.38 0.27 0.29 0.45 0.34 0.06 0.15 0.22 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.07 0.08 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.12 0.08 0.07 0.45 0.00 0.40 0.26 0.10
OP1 0.13 0.33 0.18 0.29 0.25 0.21 0.30 0.17 0.36 0.22 0.37 0.36 0.26 0.27 0.19 0.20 0.35 0.13 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 0.16 0.48 0.47 0.40 0.54 0.38 0.28 0.27 0.57 0.17 0.16 0.28 0.48 0.54 0.48 0.59 0.68 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.11 0.02 0.10 0.15 0.08 0.11 0.07 0.13 0.13 0.09 0.15 0.18 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.09 0.13 0.10 0.16 0.10 0.14 0.10 0.14 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.09 0.10 0.19 0.08 0.05 0.31 0.11
C2 0.10 0.16 0.08 0.11 0.11 0.15 0.10 0.13 0.13 0.08 0.16 0.14 0.13 0.08 0.09 0.09 0.08 0.17 0.10 0.08 0.30 0.09
C2' 0.12 0.12 0.08 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.08 0.08 0.17 0.06 0.08 0.31 0.10
C3' 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.16 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.10 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.20 0.09 0.07 0.35 0.13
C4 0.11 0.11 0.08 0.12 0.08 0.16 0.08 0.13 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.09 0.18 0.07 0.06 0.28 0.11
C4' 0.17 0.11 0.14 0.16 0.12 0.20 0.12 0.20 0.11 0.17 0.11 0.12 0.12 0.16 0.15 0.14 0.14 0.23 0.13 0.10 0.39 0.18
C5 0.12 0.11 0.10 0.14 0.08 0.17 0.08 0.14 0.08 0.15 0.11 0.09 0.08 0.14 0.11 0.09 0.12 0.19 0.07 0.12 0.25 0.13
C5' 0.25 0.18 0.23 0.23 0.21 0.27 0.21 0.27 0.19 0.25 0.18 0.19 0.19 0.24 0.23 0.23 0.22 0.29 0.21 0.20 0.46 0.26
C6 0.11 0.13 0.09 0.13 0.07 0.16 0.07 0.14 0.09 0.13 0.14 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.18 0.07 0.16 0.23 0.13
C8 0.15 0.12 0.13 0.16 0.12 0.18 0.13 0.15 0.12 0.17 0.12 0.11 0.13 0.17 0.15 0.12 0.14 0.21 0.08 0.11 0.27 0.13
N1 0.09 0.16 0.08 0.11 0.10 0.15 0.09 0.13 0.13 0.08 0.16 0.14 0.13 0.07 0.07 0.08 0.09 0.17 0.08 0.09 0.26 0.11
N2 0.13 0.18 0.10 0.12 0.14 0.17 0.14 0.16 0.16 0.10 0.18 0.17 0.16 0.10 0.12 0.12 0.10 0.19 0.14 0.18 0.34 0.12
N3 0.10 0.14 0.07 0.10 0.09 0.15 0.09 0.13 0.11 0.09 0.14 0.12 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.18 0.10 0.08 0.30 0.10
N7 0.16 0.11 0.13 0.17 0.12 0.19 0.13 0.16 0.11 0.18 0.11 0.11 0.11 0.18 0.15 0.13 0.15 0.21 0.09 0.15 0.25 0.14
N9 0.13 0.11 0.10 0.13 0.10 0.16 0.10 0.14 0.10 0.14 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.10 0.11 0.19 0.07 0.06 0.29 0.11
O2' 0.12 0.16 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.11 0.16 0.14 0.16 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.11 0.15 0.31 0.14
O3' 0.12 0.13 0.09 0.11 0.10 0.15 0.10 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.18 0.07 0.07 0.34 0.12
O4' 0.15 0.11 0.12 0.16 0.11 0.21 0.12 0.20 0.10 0.16 0.11 0.11 0.11 0.16 0.14 0.12 0.13 0.23 0.13 0.10 0.35 0.16
O5' 0.40 0.41 0.40 0.38 0.40 0.35 0.39 0.33 0.40 0.39 0.41 0.40 0.41 0.39 0.40 0.40 0.39 0.39 0.24 0.26 0.54 0.33
O6 0.12 0.13 0.10 0.15 0.07 0.17 0.06 0.15 0.09 0.16 0.14 0.10 0.08 0.15 0.10 0.10 0.14 0.18 0.09 0.23 0.19 0.15
OP1 0.48 0.55 0.56 0.56 0.50 0.52 0.45 0.49 0.45 0.41 0.51 0.55 0.38 0.38 0.47 0.57 0.60 0.45 0.56 0.54 0.19 0.41
OP2 0.18 0.33 0.24 0.26 0.21 0.24 0.24 0.27 0.32 0.18 0.37 0.25 0.36 0.19 0.17 0.26 0.32 0.20 0.24 0.21 0.45 0.30
P 0.09 0.20 0.14 0.12 0.13 0.10 0.12 0.10 0.15 0.10 0.20 0.17 0.14 0.10 0.10 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.29 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.18 0.13 0.04
C2 0.05 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.04 0.11 0.17 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.12 0.19 0.14 0.06
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.16 0.08
C4 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.15 0.10 0.05
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.19 0.16 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.05
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.15 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.09 0.13 0.10 0.07
C8 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.14 0.10 0.04
N1 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.10 0.03 0.10 0.15 0.09 0.07
N3 0.05 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.09 0.04 0.11 0.17 0.10 0.05
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.08 0.13 0.14 0.09
N7 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.12 0.08 0.03
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.15 0.12 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.20 0.14 0.05
O3' 0.02 0.11 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.18 0.23 0.18 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.20 0.15 0.09
O5' 0.05 0.11 0.12 0.17 0.10 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.10 0.11 0.08 0.05 0.07 0.06 0.18 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.18 0.17 0.19 0.20 0.15 0.19 0.12 0.15 0.13 0.14 0.15 0.17 0.13 0.12 0.15 0.20 0.23 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.09 0.14 0.16 0.10 0.16 0.09 0.19 0.10 0.10 0.09 0.10 0.14 0.08 0.12 0.14 0.18 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.05 0.09 0.03 0.04 0.05 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00