Doublet Group distance statistics: 50878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N1	A	0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N3	A	0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.022
O6	A	0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C1'	A	0, 0.005, 0.032, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.027
N2	A	0, 0.004, 0.038, 0.072, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.038 std_dev=0.034
O4'	A	0, 0.043, 0.325, 0.608, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.325 std_dev=0.282
C2'	A	0, 0.065, 0.394, 0.722, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.394 std_dev=0.329
OP2	A	0, 0.161, 0.512, 0.863, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.512 std_dev=0.351
P	A	0, 0.155, 0.525, 0.895, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.525 std_dev=0.370
O2'	A	0, 0.104, 0.492, 0.879, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.492 std_dev=0.388
OP1	A	0, 0.182, 0.585, 0.989, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.585 std_dev=0.404
C4'	A	0, 0.089, 0.528, 0.968, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.528 std_dev=0.440
O5'	A	0, 0.184, 0.660, 1.136, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.660 std_dev=0.476
C3'	A	0, 0.099, 0.597, 1.095, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.597 std_dev=0.498
N1	B	0, 0.302, 0.860, 1.419, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.860 std_dev=0.559
C2	B	0, 0.319, 0.897, 1.476, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.897 std_dev=0.578
N3	B	0, 0.320, 0.919, 1.518, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.919 std_dev=0.599
C3'	B	0, 0.295, 0.906, 1.518, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.906 std_dev=0.612
C4	B	0, 0.280, 0.899, 1.518, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.899 std_dev=0.619
C6	B	0, 0.257, 0.878, 1.499, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.878 std_dev=0.621
C2'	B	0, 0.328, 0.971, 1.614, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.971 std_dev=0.643
O3'	B	0, 0.315, 0.961, 1.607, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.961 std_dev=0.646
C5	B	0, 0.232, 0.902, 1.572, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.902 std_dev=0.670
C4'	B	0, 0.307, 0.993, 1.678, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.993 std_dev=0.686
C5'	B	0, 0.294, 0.984, 1.675, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.984 std_dev=0.691
N9	B	0, 0.274, 0.975, 1.677, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.975 std_dev=0.702
O3'	A	0, 0.160, 0.871, 1.583, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.871 std_dev=0.712
O5'	B	0, 0.293, 1.010, 1.726, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.010 std_dev=0.716
N6	B	0, 0.244, 0.961, 1.679, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.961 std_dev=0.717
O2'	B	0, 0.377, 1.101, 1.825, 2.076 max_d=2.076 avg_d=1.101 std_dev=0.724
C1'	B	0, 0.322, 1.047, 1.773, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.047 std_dev=0.725
O4'	B	0, 0.313, 1.063, 1.814, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.063 std_dev=0.751
C5'	A	0, 0.151, 0.905, 1.659, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.905 std_dev=0.754
C8	B	0, 0.211, 1.040, 1.868, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.040 std_dev=0.828
N7	B	0, 0.175, 1.011, 1.847, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.011 std_dev=0.836
OP1	B	0, 0.307, 1.157, 2.007, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.157 std_dev=0.850
P	B	0, 0.304, 1.181, 2.057, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.181 std_dev=0.877
OP2	B	0, 0.297, 1.221, 2.145, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.221 std_dev=0.924

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.04	0.05	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.16	0.03	0.24	0.19	0.08
C2	0.04	0.00	0.24	0.23	0.01	0.07	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.25	0.31	0.06	0.39	0.01	0.33	0.16	0.25
C2'	0.01	0.24	0.00	0.01	0.11	0.01	0.03	0.02	0.08	0.14	0.17	0.29	0.24	0.09	0.01	0.01	0.02	0.02	0.31	0.05	0.51	0.20	0.31
C3'	0.02	0.23	0.01	0.00	0.09	0.00	0.03	0.02	0.07	0.20	0.16	0.30	0.23	0.15	0.04	0.03	0.01	0.02	0.41	0.05	0.63	0.28	0.44
C4	0.02	0.01	0.11	0.09	0.00	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.12	0.04	0.40	0.01	0.33	0.14	0.24
C4'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.12	0.04	0.10	0.08	0.11	0.04	0.03	0.02	0.00	0.02	0.07	0.25	0.22	0.05
C5	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.05	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.04	0.03	0.50	0.01	0.36	0.18	0.32
C5'	0.03	0.08	0.02	0.02	0.10	0.01	0.15	0.00	0.15	0.20	0.11	0.08	0.06	0.21	0.10	0.03	0.02	0.02	0.02	0.19	0.16	0.34	0.02
C6	0.03	0.01	0.08	0.07	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.11	0.08	0.03	0.52	0.01	0.38	0.21	0.34
C8	0.01	0.01	0.14	0.20	0.01	0.12	0.01	0.20	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.23	0.04	0.50	0.03	0.35	0.13	0.27
N1	0.04	0.01	0.17	0.16	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.20	0.21	0.05	0.47	0.01	0.36	0.19	0.31
N2	0.05	0.01	0.29	0.30	0.01	0.10	0.01	0.08	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.32	0.41	0.08	0.35	0.02	0.32	0.15	0.23
N3	0.05	0.01	0.24	0.23	0.01	0.08	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.25	0.29	0.06	0.34	0.01	0.31	0.15	0.21
N7	0.01	0.01	0.09	0.15	0.00	0.11	0.00	0.21	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.18	0.03	0.56	0.03	0.38	0.18	0.35
N9	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.04	0.01	0.10	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.36	0.02	0.30	0.14	0.19
O2'	0.01	0.25	0.01	0.03	0.12	0.03	0.06	0.03	0.11	0.08	0.20	0.32	0.25	0.04	0.02	0.00	0.06	0.03	0.14	0.08	0.46	0.18	0.21
O3'	0.02	0.31	0.02	0.01	0.12	0.02	0.04	0.02	0.08	0.23	0.21	0.41	0.29	0.18	0.04	0.06	0.00	0.02	0.38	0.06	0.82	0.46	0.57
O4'	0.01	0.06	0.02	0.02	0.04	0.00	0.03	0.02	0.03	0.04	0.05	0.08	0.06	0.03	0.02	0.03	0.02	0.00	0.13	0.04	0.08	0.42	0.20
O5'	0.16	0.39	0.31	0.41	0.40	0.02	0.50	0.02	0.52	0.50	0.47	0.35	0.34	0.56	0.36	0.14	0.38	0.13	0.00	0.57	0.03	0.05	0.01
O6	0.03	0.01	0.05	0.05	0.01	0.07	0.01	0.19	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.08	0.06	0.04	0.57	0.00	0.40	0.26	0.39
OP1	0.24	0.33	0.51	0.63	0.33	0.25	0.36	0.16	0.38	0.35	0.36	0.32	0.31	0.38	0.30	0.46	0.82	0.08	0.03	0.40	0.00	0.01	0.01
OP2	0.19	0.16	0.20	0.28	0.14	0.22	0.18	0.34	0.21	0.13	0.19	0.15	0.15	0.18	0.14	0.18	0.46	0.42	0.05	0.26	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.25	0.31	0.44	0.24	0.05	0.32	0.02	0.34	0.27	0.31	0.23	0.21	0.35	0.19	0.21	0.57	0.20	0.01	0.39	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.31	0.29	0.32	0.21	0.21	0.21	0.14	0.29	0.11	0.33	0.26	0.35	0.12	0.16	0.28	0.43	0.16	0.11	0.16	0.19	0.14
C2	0.32	0.35	0.40	0.41	0.33	0.29	0.31	0.17	0.33	0.27	0.35	0.35	0.34	0.26	0.31	0.40	0.48	0.29	0.13	0.25	0.30	0.17
C2'	0.20	0.35	0.11	0.09	0.26	0.17	0.28	0.24	0.36	0.21	0.39	0.29	0.42	0.24	0.21	0.12	0.12	0.21	0.28	0.44	0.48	0.41
C3'	0.24	0.46	0.12	0.09	0.33	0.17	0.34	0.22	0.44	0.23	0.49	0.38	0.49	0.26	0.26	0.14	0.15	0.25	0.25	0.39	0.40	0.37
C4	0.29	0.33	0.38	0.40	0.29	0.30	0.28	0.20	0.32	0.25	0.34	0.31	0.35	0.23	0.28	0.37	0.49	0.28	0.17	0.15	0.10	0.07
C4'	0.08	0.32	0.19	0.26	0.18	0.14	0.22	0.11	0.34	0.09	0.38	0.23	0.43	0.15	0.10	0.18	0.41	0.09	0.09	0.13	0.16	0.13
C5	0.36	0.34	0.42	0.44	0.34	0.36	0.33	0.26	0.34	0.34	0.35	0.34	0.37	0.32	0.35	0.42	0.52	0.36	0.25	0.10	0.09	0.09
C5'	0.13	0.30	0.29	0.40	0.15	0.26	0.18	0.23	0.31	0.09	0.36	0.20	0.41	0.09	0.10	0.27	0.57	0.18	0.22	0.16	0.14	0.16
C6	0.42	0.36	0.45	0.47	0.38	0.40	0.37	0.31	0.37	0.41	0.36	0.37	0.38	0.38	0.41	0.45	0.53	0.42	0.31	0.12	0.16	0.13
C8	0.30	0.33	0.38	0.41	0.29	0.32	0.28	0.24	0.32	0.27	0.34	0.31	0.35	0.25	0.29	0.37	0.51	0.30	0.22	0.07	0.09	0.09
N1	0.40	0.37	0.45	0.46	0.38	0.38	0.37	0.26	0.36	0.39	0.36	0.38	0.36	0.36	0.40	0.45	0.52	0.39	0.24	0.20	0.07	0.04
N2	0.29	0.36	0.39	0.38	0.32	0.25	0.30	0.13	0.32	0.21	0.35	0.35	0.32	0.22	0.29	0.39	0.45	0.24	0.12	0.35	0.52	0.33
N3	0.26	0.33	0.36	0.38	0.27	0.26	0.26	0.16	0.30	0.19	0.33	0.31	0.33	0.18	0.25	0.36	0.47	0.24	0.12	0.21	0.26	0.16
N7	0.35	0.34	0.41	0.44	0.33	0.37	0.32	0.28	0.34	0.34	0.35	0.33	0.37	0.31	0.34	0.41	0.53	0.36	0.28	0.08	0.17	0.14
N9	0.26	0.32	0.35	0.38	0.26	0.28	0.25	0.19	0.30	0.21	0.33	0.29	0.34	0.19	0.24	0.35	0.49	0.25	0.16	0.12	0.09	0.07
O2'	0.31	0.42	0.22	0.19	0.36	0.27	0.39	0.34	0.45	0.34	0.46	0.38	0.51	0.38	0.33	0.24	0.13	0.30	0.39	0.52	0.59	0.52
O3'	0.46	0.71	0.31	0.23	0.55	0.36	0.54	0.39	0.65	0.40	0.73	0.63	0.66	0.43	0.47	0.35	0.12	0.45	0.42	0.52	0.55	0.53
O4'	0.25	0.33	0.40	0.46	0.24	0.32	0.21	0.25	0.29	0.15	0.34	0.29	0.35	0.13	0.21	0.40	0.61	0.24	0.22	0.07	0.10	0.11
O5'	0.47	0.41	0.56	0.64	0.39	0.58	0.38	0.57	0.39	0.43	0.42	0.40	0.41	0.38	0.43	0.54	0.77	0.50	0.56	0.45	0.51	0.52
O6	0.47	0.38	0.49	0.50	0.42	0.46	0.41	0.38	0.39	0.47	0.38	0.40	0.39	0.43	0.46	0.49	0.55	0.49	0.40	0.13	0.36	0.26
OP1	0.48	0.50	0.56	0.62	0.46	0.54	0.46	0.50	0.49	0.47	0.52	0.47	0.51	0.45	0.47	0.55	0.73	0.48	0.47	0.30	0.40	0.40
OP2	0.32	0.32	0.38	0.43	0.28	0.38	0.29	0.34	0.32	0.33	0.35	0.28	0.36	0.30	0.31	0.37	0.52	0.35	0.32	0.13	0.25	0.24
P	0.41	0.38	0.48	0.55	0.35	0.49	0.34	0.46	0.37	0.39	0.40	0.36	0.40	0.35	0.38	0.47	0.67	0.43	0.45	0.29	0.39	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.11	0.10	0.23	0.16
C2	0.03	0.00	0.20	0.18	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.19	0.23	0.08	0.19	0.23	0.48	0.34
C2'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.09	0.01	0.03	0.01	0.07	0.12	0.14	0.20	0.04	0.08	0.01	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.12	0.06
C3'	0.02	0.18	0.00	0.00	0.08	0.01	0.04	0.01	0.07	0.14	0.13	0.17	0.06	0.11	0.02	0.03	0.01	0.02	0.06	0.11	0.07	0.07
C4	0.01	0.01	0.09	0.08	0.00	0.02	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.09	0.05	0.20	0.24	0.44	0.32
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.08	0.04	0.04	0.05	0.07	0.03	0.05	0.03	0.00	0.01	0.03	0.04	0.02
C5	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.04	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.04	0.25	0.34	0.52	0.38
C5'	0.02	0.07	0.01	0.01	0.08	0.00	0.12	0.00	0.12	0.14	0.10	0.05	0.15	0.16	0.08	0.05	0.06	0.02	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.07	0.01	0.04	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.10	0.06	0.25	0.35	0.56	0.41
C8	0.02	0.01	0.12	0.14	0.01	0.08	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.09	0.15	0.06	0.26	0.32	0.42	0.32
N1	0.03	0.00	0.14	0.13	0.01	0.04	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.18	0.07	0.22	0.30	0.53	0.39
N3	0.02	0.01	0.20	0.17	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.21	0.08	0.17	0.19	0.42	0.30
N6	0.03	0.01	0.04	0.06	0.02	0.05	0.01	0.15	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.07	0.05	0.27	0.42	0.60	0.45
N7	0.01	0.01	0.08	0.11	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.11	0.04	0.28	0.39	0.52	0.39
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.19	0.22	0.36	0.27
O2'	0.02	0.19	0.01	0.03	0.08	0.05	0.02	0.05	0.07	0.09	0.14	0.19	0.03	0.06	0.01	0.00	0.06	0.02	0.02	0.11	0.07	0.02
O3'	0.03	0.23	0.03	0.01	0.09	0.03	0.05	0.06	0.10	0.15	0.18	0.21	0.07	0.11	0.02	0.06	0.00	0.03	0.16	0.30	0.22	0.23
O4'	0.01	0.08	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.02	0.06	0.06	0.07	0.08	0.05	0.04	0.03	0.02	0.03	0.00	0.11	0.12	0.19	0.15
O5'	0.11	0.19	0.05	0.06	0.20	0.01	0.25	0.01	0.25	0.26	0.22	0.17	0.27	0.28	0.19	0.02	0.16	0.11	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.10	0.23	0.03	0.11	0.24	0.03	0.34	0.04	0.35	0.32	0.30	0.19	0.42	0.39	0.22	0.11	0.30	0.12	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.23	0.48	0.12	0.07	0.44	0.04	0.52	0.02	0.56	0.42	0.53	0.42	0.60	0.52	0.36	0.07	0.22	0.19	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.16	0.34	0.06	0.07	0.32	0.02	0.38	0.01	0.41	0.32	0.39	0.30	0.45	0.39	0.27	0.02	0.23	0.15	0.00	0.01	0.01	0.00