ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50879

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O6 A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, -0.004, 0.017, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C8 A 0, -0.002, 0.019, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O4' A 0, -0.003, 0.078, 0.160, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.078 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.040, 0.131, 0.222, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.131 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.006, 0.099, 0.192, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.099 std_dev=0.093
OP1 B 0, 0.089, 0.213, 0.337, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.213 std_dev=0.124
C4' A 0, -0.007, 0.118, 0.243, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.118 std_dev=0.125
O5' B 0, 0.069, 0.196, 0.323, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.196 std_dev=0.127
P B 0, 0.057, 0.198, 0.340, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.198 std_dev=0.142
C3' A 0, -0.002, 0.143, 0.289, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.143 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.019, 0.220, 0.420, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.220 std_dev=0.200
C5' B 0, 0.026, 0.247, 0.467, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.247 std_dev=0.221
OP2 B 0, -0.003, 0.225, 0.452, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.225 std_dev=0.227
C5' A 0, -0.010, 0.222, 0.455, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.222 std_dev=0.233
O5' A 0, -0.026, 0.271, 0.569, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.271 std_dev=0.298
C4' B 0, -0.032, 0.273, 0.579, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.273 std_dev=0.306
O4' B 0, -0.050, 0.271, 0.593, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.271 std_dev=0.322
C3' B 0, -0.058, 0.282, 0.621, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.282 std_dev=0.339
C8 B 0, -0.116, 0.228, 0.572, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.228 std_dev=0.344
N7 B 0, -0.124, 0.236, 0.596, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.236 std_dev=0.360
P A 0, -0.001, 0.369, 0.739, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.369 std_dev=0.370
O3' B 0, -0.065, 0.311, 0.688, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.311 std_dev=0.377
N9 B 0, -0.113, 0.264, 0.641, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.264 std_dev=0.377
OP2 A 0, 0.040, 0.419, 0.797, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.419 std_dev=0.378
C1' B 0, -0.084, 0.295, 0.673, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.295 std_dev=0.379
C5 B 0, -0.112, 0.287, 0.685, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.287 std_dev=0.399
C4 B 0, -0.099, 0.304, 0.708, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.304 std_dev=0.403
C2' B 0, -0.083, 0.321, 0.725, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.321 std_dev=0.404
C6 B 0, -0.090, 0.339, 0.768, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.339 std_dev=0.429
N3 B 0, -0.066, 0.364, 0.794, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.364 std_dev=0.430
OP1 A 0, -0.016, 0.414, 0.844, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.414 std_dev=0.430
N6 B 0, -0.087, 0.345, 0.777, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.345 std_dev=0.432
O2' B 0, -0.072, 0.382, 0.836, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.382 std_dev=0.454
C2 B 0, -0.049, 0.405, 0.859, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.405 std_dev=0.454
N1 B 0, -0.059, 0.398, 0.856, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.398 std_dev=0.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.08 0.11 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.08
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.08
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.11 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.11 0.09
N2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.10 0.12 0.10
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.08 0.11 0.08
OP1 0.02 0.08 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.10 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.11 0.03 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.07 0.11 0.12 0.10 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.09 0.06 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.10 0.09 0.05
C2 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.05 0.12 0.16 0.08
C2' 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.08 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03
C3' 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.09 0.06 0.09 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03
C4 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.11 0.10 0.05
C4' 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.09 0.08 0.04
C5 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.11 0.08 0.04
C5' 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.08 0.06 0.03
C6 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.08 0.04
C8 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.10 0.07 0.04
N1 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.11 0.14 0.06
N2 0.03 0.04 0.08 0.09 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.12 0.09 0.02 0.08 0.13 0.04 0.08 0.13 0.19 0.11
N3 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.05 0.11 0.13 0.07
N7 0.04 0.07 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.11 0.06 0.03
N9 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.10 0.09 0.05
O2' 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05
O3' 0.04 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03
O4' 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.03 0.07 0.07 0.03 0.04 0.11 0.09 0.05
O5' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.10 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.02
O6 0.06 0.06 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.07 0.03
OP1 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05
OP2 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09
P 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.05 0.14 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.14 0.08
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.15 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.12 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.05 0.12 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.08 0.15 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.14 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.11 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.03 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.14 0.05 0.04 0.12 0.01 0.14 0.03 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.14 0.11 0.03 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00