ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50880

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.004, 0.013, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.018
N9 A 0, -0.005, 0.016, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.021
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.016 std_dev=0.022
O6 A 0, -0.003, 0.029, 0.062, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.029 std_dev=0.033
N7 A 0, -0.008, 0.028, 0.063, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.028 std_dev=0.036
C8 A 0, -0.011, 0.031, 0.073, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.031 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.032, 0.233, 0.433, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.233 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.051, 0.264, 0.478, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.264 std_dev=0.214
O2' A 0, 0.094, 0.312, 0.529, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.312 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.077, 0.389, 0.701, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.389 std_dev=0.312
C3' A 0, 0.068, 0.416, 0.764, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.416 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.192, 0.588, 0.984, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.588 std_dev=0.396
N3 B 0, 0.187, 0.598, 1.008, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.598 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.203, 0.618, 1.034, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.618 std_dev=0.415
C6 B 0, 0.197, 0.619, 1.040, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.619 std_dev=0.421
C5 B 0, 0.199, 0.649, 1.100, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.649 std_dev=0.451
N6 B 0, 0.212, 0.664, 1.115, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.664 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.196, 0.652, 1.107, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.652 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.091, 0.577, 1.064, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.577 std_dev=0.487
OP2 B 0, 0.189, 0.703, 1.218, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.703 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.214, 0.738, 1.261, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.738 std_dev=0.523
N9 B 0, 0.211, 0.770, 1.328, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.770 std_dev=0.559
C5' A 0, 0.163, 0.727, 1.291, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.727 std_dev=0.564
C8 B 0, 0.226, 0.819, 1.411, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.819 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.218, 0.886, 1.554, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.886 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.195, 0.888, 1.582, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.888 std_dev=0.694
P B 0, 0.186, 1.028, 1.869, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.028 std_dev=0.841
O4' B 0, 0.209, 1.058, 1.906, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.058 std_dev=0.848
C2' B 0, 0.257, 1.111, 1.966, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.111 std_dev=0.855
O2' B 0, 0.291, 1.232, 2.172, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.232 std_dev=0.940
OP2 A 0, 0.319, 1.275, 2.231, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.275 std_dev=0.956
O5' B 0, 0.164, 1.125, 2.087, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.125 std_dev=0.961
P A 0, 0.340, 1.325, 2.309, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.325 std_dev=0.985
C3' B 0, 0.254, 1.297, 2.339, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.297 std_dev=1.043
C4' B 0, 0.225, 1.295, 2.366, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.295 std_dev=1.071
OP1 B 0, 0.249, 1.368, 2.487, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.368 std_dev=1.119
C5' B 0, 0.201, 1.423, 2.645, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.423 std_dev=1.222
OP1 A 0, 0.493, 1.761, 3.028, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.761 std_dev=1.268
O3' B 0, 0.284, 1.587, 2.891, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.587 std_dev=1.303

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.29 0.01 0.28 0.24 0.25
C2 0.01 0.00 0.14 0.17 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.21 0.03 0.47 0.01 0.47 0.62 0.49
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.06 0.11 0.16 0.13 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.15 0.13 0.10
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.12 0.07 0.15 0.19 0.15 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.16 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.50 0.00 0.50 0.61 0.52
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.16 0.05
C5 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.59 0.01 0.64 0.78 0.67
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.07 0.07 0.18 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.17 0.31 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.02 0.60 0.00 0.67 0.85 0.70
C8 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.59 0.01 0.62 0.69 0.66
N1 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.19 0.03 0.54 0.01 0.58 0.76 0.61
N2 0.01 0.00 0.16 0.19 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.25 0.04 0.42 0.02 0.42 0.57 0.43
N3 0.01 0.00 0.13 0.15 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.18 0.03 0.42 0.01 0.41 0.52 0.43
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.64 0.02 0.71 0.85 0.76
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.47 0.01 0.47 0.51 0.48
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.10 0.04 0.13 0.16 0.12 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.10 0.11 0.07 0.13
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.01 0.09 0.03 0.14 0.07 0.19 0.25 0.18 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.23 0.12 0.17 0.16 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.30 0.03 0.32 0.13 0.23
O5' 0.29 0.47 0.12 0.05 0.50 0.02 0.59 0.01 0.60 0.59 0.54 0.42 0.42 0.64 0.47 0.07 0.23 0.30 0.00 0.64 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.03 0.64 0.00 0.74 0.95 0.78
OP1 0.28 0.47 0.15 0.16 0.50 0.13 0.64 0.31 0.67 0.62 0.58 0.42 0.41 0.71 0.47 0.11 0.17 0.32 0.02 0.74 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.62 0.13 0.07 0.61 0.16 0.78 0.30 0.85 0.69 0.76 0.57 0.52 0.85 0.51 0.07 0.16 0.13 0.01 0.95 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.49 0.10 0.06 0.52 0.05 0.67 0.02 0.70 0.66 0.61 0.43 0.43 0.76 0.48 0.13 0.20 0.23 0.00 0.78 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.09 0.15 0.13 0.17 0.14 0.22 0.20 0.12 0.22 0.15 0.23 0.12 0.11 0.09 0.15 0.14 0.20 0.10 0.13 0.17
C2 0.06 0.26 0.14 0.19 0.16 0.13 0.20 0.14 0.29 0.08 0.30 0.20 0.33 0.13 0.08 0.13 0.23 0.09 0.15 0.18 0.17 0.13
C2' 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.14 0.05 0.21 0.08 0.12 0.11 0.07 0.12 0.08 0.10 0.10 0.11 0.14 0.19 0.06 0.13 0.15
C3' 0.12 0.12 0.09 0.08 0.08 0.12 0.07 0.18 0.10 0.13 0.14 0.10 0.13 0.09 0.11 0.11 0.10 0.14 0.16 0.10 0.17 0.11
C4 0.08 0.23 0.12 0.17 0.15 0.15 0.18 0.17 0.25 0.08 0.27 0.18 0.31 0.12 0.09 0.12 0.20 0.09 0.17 0.13 0.12 0.14
C4' 0.11 0.21 0.09 0.13 0.13 0.15 0.13 0.20 0.19 0.11 0.23 0.16 0.22 0.10 0.11 0.09 0.14 0.13 0.18 0.10 0.13 0.14
C5 0.06 0.24 0.14 0.19 0.15 0.13 0.19 0.14 0.26 0.08 0.28 0.19 0.31 0.13 0.09 0.14 0.23 0.05 0.15 0.14 0.12 0.13
C5' 0.11 0.23 0.09 0.13 0.13 0.16 0.13 0.20 0.21 0.11 0.26 0.17 0.24 0.09 0.10 0.09 0.15 0.14 0.19 0.20 0.20 0.18
C6 0.05 0.26 0.16 0.21 0.16 0.11 0.20 0.10 0.27 0.09 0.29 0.20 0.32 0.15 0.08 0.17 0.27 0.06 0.12 0.17 0.11 0.10
C8 0.08 0.22 0.12 0.17 0.15 0.16 0.17 0.19 0.24 0.08 0.26 0.17 0.29 0.12 0.10 0.12 0.20 0.08 0.18 0.11 0.12 0.17
N1 0.05 0.27 0.16 0.21 0.17 0.10 0.21 0.10 0.28 0.10 0.30 0.20 0.33 0.16 0.08 0.17 0.27 0.08 0.11 0.20 0.11 0.11
N2 0.06 0.28 0.14 0.19 0.17 0.13 0.22 0.14 0.30 0.09 0.32 0.21 0.34 0.14 0.08 0.13 0.23 0.12 0.16 0.22 0.26 0.17
N3 0.09 0.24 0.12 0.17 0.15 0.15 0.18 0.17 0.26 0.08 0.28 0.18 0.32 0.11 0.09 0.11 0.20 0.10 0.17 0.15 0.16 0.14
N7 0.07 0.24 0.14 0.19 0.15 0.14 0.18 0.16 0.26 0.08 0.27 0.18 0.30 0.13 0.09 0.14 0.23 0.05 0.17 0.12 0.13 0.15
N9 0.09 0.22 0.11 0.16 0.14 0.16 0.16 0.20 0.23 0.09 0.25 0.17 0.28 0.11 0.10 0.10 0.18 0.10 0.19 0.11 0.12 0.16
O2' 0.17 0.17 0.15 0.18 0.14 0.23 0.12 0.29 0.13 0.16 0.17 0.16 0.14 0.12 0.16 0.16 0.18 0.21 0.27 0.12 0.11 0.22
O3' 0.18 0.22 0.16 0.12 0.17 0.13 0.15 0.18 0.18 0.17 0.22 0.20 0.18 0.14 0.17 0.19 0.12 0.17 0.17 0.06 0.19 0.11
O4' 0.13 0.24 0.11 0.16 0.16 0.18 0.17 0.21 0.23 0.13 0.26 0.19 0.26 0.14 0.13 0.10 0.17 0.14 0.20 0.11 0.13 0.17
O5' 0.20 0.18 0.24 0.26 0.16 0.21 0.16 0.22 0.18 0.20 0.20 0.16 0.20 0.17 0.19 0.23 0.29 0.21 0.24 0.47 0.40 0.31
O6 0.05 0.26 0.18 0.22 0.16 0.09 0.20 0.06 0.27 0.11 0.30 0.20 0.32 0.16 0.09 0.19 0.29 0.07 0.09 0.18 0.14 0.07
OP1 0.18 0.20 0.19 0.22 0.12 0.19 0.12 0.20 0.17 0.18 0.23 0.14 0.21 0.14 0.16 0.18 0.26 0.22 0.24 0.54 0.44 0.35
OP2 0.38 0.13 0.40 0.45 0.23 0.46 0.20 0.50 0.13 0.36 0.13 0.19 0.14 0.28 0.33 0.40 0.48 0.45 0.51 0.82 0.65 0.61
P 0.19 0.15 0.23 0.28 0.10 0.25 0.09 0.29 0.14 0.19 0.18 0.10 0.18 0.13 0.16 0.22 0.32 0.24 0.31 0.60 0.47 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.13 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02 0.05 0.10 0.13 0.06
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.10 0.13 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.03 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.12 0.06 0.10 0.05 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02 0.04 0.05 0.13 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.11 0.02 0.05 0.07 0.11 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.03 0.10 0.06 0.11 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.11 0.16 0.07 0.03 0.15 0.17 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.05 0.03 0.10 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.11 0.09 0.20 0.10
N1 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02 0.08 0.10 0.12 0.07
N3 0.03 0.00 0.13 0.10 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.02 0.04 0.09 0.14 0.06
N6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.14 0.09 0.09 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.14 0.09 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.17 0.07
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.11 0.03 0.09 0.03 0.13 0.04 0.17 0.19 0.11 0.05 0.04 0.00 0.07 0.04 0.01 0.16 0.02 0.02
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.14 0.09 0.12 0.07 0.12 0.05 0.07 0.00 0.03 0.08 0.26 0.23 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.12 0.07 0.26 0.18
O5' 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.04 0.14 0.14 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.02 0.10 0.11 0.16 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.02 0.16 0.26 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.13 0.03 0.11 0.13 0.03 0.11 0.02 0.10 0.20 0.12 0.14 0.09 0.14 0.17 0.02 0.23 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.07 0.06 0.12 0.10 0.07 0.02 0.15 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00