ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.011, 0.046, 0.080, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.046 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.016, 0.071, 0.126, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.071 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.024, 0.111, 0.198, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.111 std_dev=0.087
P A 0, 0.034, 0.122, 0.209, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.122 std_dev=0.088
C6 B 0, 0.033, 0.122, 0.212, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.122 std_dev=0.089
N6 B 0, 0.035, 0.128, 0.221, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.128 std_dev=0.093
C5 B 0, 0.043, 0.147, 0.251, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.147 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.025, 0.136, 0.246, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.111
N1 B 0, 0.040, 0.156, 0.271, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.156 std_dev=0.115
C2 B 0, 0.045, 0.166, 0.288, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.166 std_dev=0.122
N3 B 0, 0.047, 0.173, 0.299, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.173 std_dev=0.126
C4 B 0, 0.044, 0.173, 0.301, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.173 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.045, 0.177, 0.309, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.177 std_dev=0.132
N7 B 0, 0.055, 0.197, 0.339, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.197 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.036, 0.179, 0.322, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.179 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.061, 0.239, 0.417, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.239 std_dev=0.178
C8 B 0, 0.075, 0.258, 0.441, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.258 std_dev=0.183
OP1 A 0, 0.051, 0.238, 0.424, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.238 std_dev=0.186
O5' B 0, 0.073, 0.262, 0.452, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.262 std_dev=0.190
P B 0, 0.081, 0.278, 0.475, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.278 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.073, 0.273, 0.473, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.273 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.043, 0.251, 0.459, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.251 std_dev=0.208
C4' B 0, 0.060, 0.271, 0.482, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.271 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.038, 0.253, 0.467, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.253 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.063, 0.278, 0.493, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.278 std_dev=0.215
C1' B 0, 0.064, 0.290, 0.517, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.290 std_dev=0.226
OP2 B 0, 0.094, 0.322, 0.550, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.322 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.061, 0.300, 0.539, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.300 std_dev=0.239
OP1 B 0, 0.099, 0.376, 0.653, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.376 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.078, 0.368, 0.657, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.368 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.055, 0.356, 0.658, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.356 std_dev=0.302
OP2 A 0, 0.111, 0.417, 0.724, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.417 std_dev=0.307
O5' A 0, -0.056, 0.406, 0.868, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.406 std_dev=0.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.00 0.14 0.40 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.29 0.00 0.09 0.39 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.18 0.39 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.15 0.05 0.20 0.37 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.30 0.00 0.09 0.40 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.17 0.39 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.36 0.00 0.05 0.37 0.04
C5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.09 0.08 0.16 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.21 0.39 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.37 0.00 0.04 0.35 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.35 0.01 0.05 0.39 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.34 0.00 0.06 0.37 0.04
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.27 0.00 0.11 0.40 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.26 0.00 0.11 0.40 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.39 0.01 0.04 0.35 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.28 0.00 0.10 0.40 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.16 0.40 0.05
O3' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.20 0.36 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.13 0.39 0.05
O5' 0.15 0.29 0.13 0.15 0.30 0.02 0.36 0.01 0.37 0.35 0.34 0.27 0.26 0.39 0.28 0.03 0.04 0.07 0.00 0.40 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.40 0.00 0.03 0.32 0.03
OP1 0.14 0.09 0.18 0.20 0.09 0.17 0.05 0.21 0.04 0.05 0.06 0.11 0.11 0.04 0.10 0.16 0.20 0.13 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.39 0.39 0.37 0.40 0.39 0.37 0.39 0.35 0.39 0.37 0.40 0.40 0.35 0.40 0.40 0.36 0.39 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.13 0.12 0.11
C2 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.11 0.12 0.09
C2' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.14 0.14 0.13
C3' 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.02 0.00 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07
C4 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.13 0.13 0.10
C4' 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.10 0.03 0.03 0.07 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06
C5 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.13 0.13 0.10
C5' 0.19 0.14 0.19 0.18 0.17 0.19 0.18 0.18 0.17 0.21 0.14 0.15 0.18 0.21 0.19 0.19 0.18 0.19 0.17 0.15 0.18 0.15
C6 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.12 0.12 0.10
C8 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.14 0.13 0.11
N1 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.11 0.12 0.09
N2 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.11 0.12 0.09
N3 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.12 0.13 0.10
N7 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.10 0.14 0.13 0.11
N9 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.13 0.13 0.11
O2' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.14 0.14 0.13
O3' 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.09 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05
O4' 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08
O5' 0.47 0.47 0.46 0.47 0.47 0.48 0.45 0.49 0.44 0.45 0.45 0.48 0.42 0.44 0.47 0.46 0.47 0.47 0.49 0.48 0.47 0.49
O6 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.12 0.11 0.09
OP1 0.13 0.07 0.13 0.14 0.09 0.15 0.09 0.17 0.07 0.14 0.07 0.07 0.08 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.20 0.19 0.17
OP2 0.19 0.25 0.17 0.12 0.23 0.12 0.26 0.10 0.28 0.22 0.27 0.23 0.31 0.25 0.21 0.17 0.09 0.16 0.10 0.13 0.11 0.10
P 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.11 0.14 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.08 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.07 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00