Doublet Group distance statistics: 50885

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 23, 27, 36, 30, 27, 13, 8, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2	A	0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O6	A	0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N7	A	0, 0.006, 0.035, 0.065, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.035 std_dev=0.030
C8	A	0, 0.008, 0.040, 0.072, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.040 std_dev=0.032
N2	A	0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O4'	A	0, 0.109, 0.229, 0.349, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.229 std_dev=0.120
C2'	A	0, 0.104, 0.225, 0.346, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.225 std_dev=0.121
C5	B	0, 0.183, 0.365, 0.547, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.365 std_dev=0.182
C6	B	0, 0.215, 0.406, 0.596, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.406 std_dev=0.190
C4	B	0, 0.202, 0.397, 0.593, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.397 std_dev=0.196
C3'	A	0, 0.104, 0.317, 0.529, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.317 std_dev=0.212
N1	B	0, 0.263, 0.477, 0.691, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.477 std_dev=0.214
O4	B	0, 0.183, 0.397, 0.611, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.397 std_dev=0.214
C4'	A	0, 0.297, 0.512, 0.728, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.512 std_dev=0.215
O2'	A	0, 0.141, 0.378, 0.616, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.378 std_dev=0.237
N3	B	0, 0.242, 0.482, 0.722, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.482 std_dev=0.240
C1'	B	0, 0.297, 0.540, 0.784, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.540 std_dev=0.243
C2	B	0, 0.269, 0.527, 0.785, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.527 std_dev=0.258
O4'	B	0, 0.261, 0.530, 0.799, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.530 std_dev=0.269
C2'	B	0, 0.296, 0.619, 0.941, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.619 std_dev=0.322
O2	B	0, 0.302, 0.629, 0.956, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.629 std_dev=0.327
C5'	A	0, 0.607, 0.956, 1.305, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.956 std_dev=0.349
C4'	B	0, 0.217, 0.569, 0.922, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.569 std_dev=0.352
O3'	A	0, 0.042, 0.403, 0.763, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.403 std_dev=0.360
C3'	B	0, 0.258, 0.629, 1.000, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.629 std_dev=0.371
O2'	B	0, 0.296, 0.701, 1.105, 2.492 max_d=2.492 avg_d=0.701 std_dev=0.404
P	B	0, 0.062, 0.485, 0.909, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.485 std_dev=0.424
C5'	B	0, 0.108, 0.557, 1.007, 3.256 max_d=3.256 avg_d=0.557 std_dev=0.449
O3'	B	0, 0.264, 0.749, 1.235, 3.745 max_d=3.745 avg_d=0.749 std_dev=0.486
O5'	B	0, 0.096, 0.582, 1.067, 3.575 max_d=3.575 avg_d=0.582 std_dev=0.486
OP1	B	0, 0.081, 0.571, 1.061, 3.584 max_d=3.584 avg_d=0.571 std_dev=0.490
O5'	A	0, 0.942, 1.467, 1.992, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.467 std_dev=0.525
OP2	B	0, 0.084, 0.617, 1.151, 4.109 max_d=4.109 avg_d=0.617 std_dev=0.534
OP1	A	0, 1.235, 2.147, 3.060, 6.412 max_d=6.412 avg_d=2.147 std_dev=0.913
P	A	0, 2.080, 3.130, 4.179, 4.591 max_d=4.591 avg_d=3.130 std_dev=1.050
OP2	A	0, 3.436, 5.204, 6.973, 6.883 max_d=6.883 avg_d=5.204 std_dev=1.768

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.02	0.03	0.05	0.03	0.02	0.00	0.02	0.13	0.01	0.27	0.03	0.40	0.50	0.23
C2	0.04	0.00	0.08	0.07	0.01	0.14	0.01	0.20	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.18	0.24	0.16	0.36	0.02	0.43	0.64	0.43
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.08	0.06	0.05	0.07	0.09	0.07	0.05	0.03	0.01	0.04	0.02	0.40	0.06	0.44	0.86	0.42
C3'	0.02	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.02	0.04	0.09	0.05	0.10	0.06	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.37	0.06	0.40	0.75	0.30
C4	0.02	0.01	0.05	0.03	0.00	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.10	0.17	0.09	0.38	0.02	0.46	0.58	0.35
C4'	0.01	0.14	0.01	0.01	0.07	0.00	0.06	0.01	0.08	0.09	0.11	0.18	0.13	0.08	0.03	0.06	0.03	0.01	0.02	0.08	0.39	0.28	0.18
C5	0.02	0.01	0.05	0.05	0.01	0.06	0.00	0.18	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.10	0.14	0.06	0.44	0.02	0.57	0.67	0.44
C5'	0.05	0.20	0.08	0.02	0.14	0.01	0.18	0.00	0.20	0.21	0.20	0.24	0.17	0.22	0.12	0.06	0.06	0.02	0.01	0.22	0.35	0.31	0.02
C6	0.02	0.01	0.06	0.04	0.01	0.08	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.13	0.16	0.09	0.45	0.01	0.57	0.70	0.45
C8	0.02	0.02	0.05	0.09	0.01	0.09	0.01	0.21	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.13	0.08	0.07	0.48	0.03	0.63	0.74	0.51
N1	0.03	0.01	0.07	0.05	0.01	0.11	0.01	0.20	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.16	0.21	0.13	0.41	0.01	0.49	0.68	0.44
N2	0.05	0.01	0.09	0.10	0.02	0.18	0.02	0.24	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.21	0.28	0.19	0.35	0.03	0.43	0.68	0.49
N3	0.03	0.01	0.07	0.06	0.01	0.13	0.01	0.17	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.16	0.24	0.15	0.33	0.02	0.41	0.56	0.37
N7	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.08	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.12	0.09	0.04	0.49	0.03	0.67	0.75	0.53
N9	0.00	0.02	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.12	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.12	0.02	0.38	0.02	0.48	0.58	0.35
O2'	0.02	0.18	0.01	0.02	0.10	0.06	0.10	0.06	0.13	0.13	0.16	0.21	0.16	0.12	0.06	0.00	0.06	0.04	0.44	0.13	0.46	1.05	0.50
O3'	0.13	0.24	0.04	0.01	0.17	0.03	0.14	0.06	0.16	0.08	0.21	0.28	0.24	0.09	0.12	0.06	0.00	0.09	0.30	0.15	0.45	0.60	0.19
O4'	0.01	0.16	0.02	0.01	0.09	0.01	0.06	0.02	0.09	0.07	0.13	0.19	0.15	0.04	0.02	0.04	0.09	0.00	0.31	0.08	0.41	0.42	0.33
O5'	0.27	0.36	0.40	0.37	0.38	0.02	0.44	0.01	0.45	0.48	0.41	0.35	0.33	0.49	0.38	0.44	0.30	0.31	0.00	0.48	0.02	0.03	0.01
O6	0.03	0.02	0.06	0.06	0.02	0.08	0.02	0.22	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.13	0.15	0.08	0.48	0.00	0.63	0.75	0.50
OP1	0.40	0.43	0.44	0.40	0.46	0.39	0.57	0.35	0.57	0.63	0.49	0.43	0.41	0.67	0.48	0.46	0.45	0.41	0.02	0.63	0.00	0.02	0.01
OP2	0.50	0.64	0.86	0.75	0.58	0.28	0.67	0.31	0.70	0.74	0.68	0.68	0.56	0.75	0.58	1.05	0.60	0.42	0.03	0.75	0.02	0.00	0.01
P	0.23	0.43	0.42	0.30	0.35	0.18	0.44	0.02	0.45	0.51	0.44	0.49	0.37	0.53	0.35	0.50	0.19	0.33	0.01	0.50	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.16	0.21	0.15	0.17	0.13	0.16	0.18	0.16	0.16	0.16	0.16	0.22	0.17	0.19	0.17	0.14	0.17	0.26	0.12
C2	0.14	0.14	0.16	0.17	0.15	0.15	0.14	0.22	0.14	0.14	0.15	0.15	0.21	0.19	0.18	0.14	0.22	0.26	0.46	0.27
C2'	0.19	0.18	0.24	0.17	0.19	0.16	0.19	0.18	0.18	0.18	0.18	0.18	0.25	0.20	0.20	0.21	0.15	0.18	0.21	0.11
C3'	0.21	0.20	0.17	0.14	0.20	0.15	0.20	0.17	0.20	0.20	0.20	0.20	0.19	0.18	0.21	0.25	0.08	0.13	0.09	0.02
C4	0.14	0.14	0.18	0.15	0.15	0.13	0.13	0.20	0.14	0.14	0.15	0.14	0.22	0.17	0.19	0.15	0.17	0.22	0.38	0.20
C4'	0.24	0.26	0.21	0.18	0.26	0.18	0.24	0.23	0.23	0.24	0.26	0.26	0.23	0.20	0.28	0.24	0.20	0.18	0.12	0.09
C5	0.14	0.14	0.19	0.15	0.15	0.13	0.13	0.19	0.14	0.14	0.15	0.14	0.23	0.18	0.18	0.15	0.16	0.22	0.37	0.19
C5'	0.32	0.33	0.28	0.25	0.31	0.27	0.27	0.30	0.27	0.30	0.33	0.34	0.33	0.28	0.33	0.32	0.23	0.24	0.11	0.12
C6	0.14	0.14	0.18	0.16	0.15	0.14	0.13	0.20	0.14	0.13	0.15	0.15	0.23	0.18	0.18	0.15	0.19	0.24	0.41	0.22
C8	0.16	0.15	0.21	0.16	0.16	0.14	0.15	0.18	0.15	0.15	0.16	0.15	0.23	0.18	0.19	0.17	0.15	0.19	0.30	0.14
N1	0.14	0.15	0.17	0.17	0.15	0.14	0.14	0.22	0.14	0.14	0.16	0.15	0.22	0.19	0.18	0.14	0.21	0.26	0.45	0.25
N2	0.15	0.16	0.17	0.20	0.16	0.17	0.16	0.24	0.16	0.15	0.17	0.17	0.22	0.21	0.18	0.16	0.26	0.28	0.49	0.30
N3	0.13	0.14	0.17	0.16	0.15	0.14	0.13	0.21	0.13	0.13	0.15	0.14	0.21	0.17	0.19	0.14	0.20	0.24	0.43	0.24
N7	0.15	0.14	0.20	0.15	0.16	0.14	0.14	0.19	0.14	0.14	0.15	0.15	0.23	0.18	0.19	0.16	0.15	0.21	0.33	0.16
N9	0.16	0.15	0.20	0.15	0.16	0.13	0.15	0.18	0.15	0.15	0.16	0.15	0.23	0.17	0.19	0.16	0.14	0.19	0.31	0.15
O2'	0.31	0.31	0.37	0.27	0.29	0.27	0.29	0.27	0.30	0.31	0.30	0.31	0.39	0.28	0.29	0.30	0.24	0.30	0.28	0.19
O3'	0.26	0.30	0.20	0.16	0.34	0.15	0.34	0.15	0.32	0.29	0.32	0.29	0.22	0.18	0.34	0.29	0.02	0.02	0.02	0.01
O4'	0.21	0.23	0.22	0.17	0.26	0.15	0.23	0.22	0.21	0.21	0.25	0.24	0.22	0.18	0.28	0.19	0.19	0.14	0.19	0.08
O5'	0.38	0.36	0.31	0.33	0.30	0.38	0.25	0.45	0.27	0.33	0.34	0.39	0.37	0.39	0.31	0.40	0.42	0.64	0.37	0.44
O6	0.14	0.14	0.18	0.17	0.15	0.14	0.13	0.20	0.14	0.14	0.16	0.15	0.23	0.19	0.18	0.15	0.19	0.24	0.41	0.22
OP1	0.89	0.81	0.77	0.68	0.61	0.75	0.59	0.64	0.68	0.79	0.72	0.88	0.93	0.68	0.55	0.87	0.50	0.59	0.44	0.46
OP2	0.59	0.70	0.46	0.52	0.66	0.57	0.54	0.79	0.51	0.59	0.72	0.77	0.57	0.64	0.71	0.55	0.79	1.33	0.89	0.93
P	0.73	0.79	0.55	0.38	0.67	0.44	0.59	0.37	0.61	0.72	0.77	0.85	0.68	0.36	0.66	0.65	0.26	0.64	0.30	0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.08	0.02	0.01	0.12	0.12	0.22	0.13
C2	0.02	0.00	0.08	0.12	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.10	0.02	0.03	0.22	0.18	0.32	0.22
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.05	0.02	0.07	0.07	0.08	0.02	0.06	0.14	0.00	0.02	0.06	0.01	0.12	0.13	0.29	0.16
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.14	0.00	0.14	0.02	0.12	0.09	0.14	0.15	0.02	0.01	0.15	0.01	0.12	0.12	0.24	0.13
C4	0.02	0.01	0.05	0.14	0.00	0.08	0.01	0.17	0.01	0.02	0.01	0.02	0.13	0.12	0.01	0.03	0.26	0.25	0.44	0.30
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.00	0.10	0.01	0.09	0.05	0.06	0.07	0.12	0.02	0.09	0.00	0.02	0.09	0.16	0.04
C5	0.02	0.01	0.07	0.14	0.01	0.10	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.12	0.01	0.05	0.25	0.24	0.41	0.29
C5'	0.05	0.11	0.07	0.02	0.17	0.01	0.19	0.00	0.17	0.11	0.14	0.11	0.07	0.08	0.19	0.02	0.01	0.13	0.14	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.12	0.01	0.09	0.00	0.17	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.10	0.02	0.05	0.22	0.19	0.32	0.23
N1	0.01	0.01	0.02	0.09	0.02	0.05	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.08	0.05	0.02	0.02	0.19	0.16	0.27	0.19
N3	0.02	0.01	0.06	0.14	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.11	0.01	0.03	0.25	0.22	0.39	0.27
O2	0.04	0.01	0.14	0.15	0.02	0.07	0.02	0.11	0.02	0.02	0.01	0.00	0.14	0.16	0.02	0.06	0.21	0.17	0.30	0.21
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.13	0.12	0.12	0.07	0.10	0.08	0.13	0.14	0.00	0.05	0.15	0.08	0.11	0.12	0.31	0.15
O3'	0.08	0.10	0.02	0.01	0.12	0.02	0.12	0.08	0.10	0.05	0.11	0.16	0.05	0.00	0.14	0.06	0.19	0.20	0.27	0.19
O4	0.02	0.02	0.06	0.15	0.01	0.09	0.01	0.19	0.02	0.02	0.01	0.02	0.15	0.14	0.00	0.04	0.27	0.28	0.49	0.32
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.02	0.05	0.02	0.03	0.06	0.08	0.06	0.04	0.00	0.13	0.17	0.20	0.16
O5'	0.12	0.22	0.12	0.12	0.26	0.02	0.25	0.01	0.22	0.19	0.25	0.21	0.11	0.19	0.27	0.13	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.12	0.18	0.13	0.12	0.25	0.09	0.24	0.13	0.19	0.16	0.22	0.17	0.12	0.20	0.28	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.32	0.29	0.24	0.44	0.16	0.41	0.14	0.32	0.27	0.39	0.30	0.31	0.27	0.49	0.20	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.22	0.16	0.13	0.30	0.04	0.29	0.02	0.23	0.19	0.27	0.21	0.15	0.19	0.32	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00