ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 14, 24, 30, 35, 25, 18, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.036, 0.045, 0.053, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.045 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.019, 0.029, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.043, 0.053, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.053 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.027, 0.040, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.029, 0.043, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.043 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.046, 0.067, 0.089, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.067 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.041 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.051 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.059, 0.091, 0.123, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.091 std_dev=0.032
C5 B 0, 0.292, 0.438, 0.585, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.438 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.309, 0.467, 0.625, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.467 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.232, 0.403, 0.573, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.403 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.305, 0.477, 0.649, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.477 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.117, 0.300, 0.483, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.300 std_dev=0.183
C2 B 0, 0.293, 0.486, 0.680, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.486 std_dev=0.194
O4' A 0, 0.117, 0.312, 0.507, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.312 std_dev=0.195
N3 B 0, 0.246, 0.442, 0.637, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.442 std_dev=0.196
O4 B 0, 0.209, 0.418, 0.627, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.418 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.155, 0.365, 0.575, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.365 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.180, 0.399, 0.617, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.399 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.380, 0.618, 0.856, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.618 std_dev=0.238
O2 B 0, 0.337, 0.577, 0.817, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.577 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.370, 0.645, 0.921, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.645 std_dev=0.276
O3' A 0, 0.090, 0.371, 0.653, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.371 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.453, 0.754, 1.055, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.754 std_dev=0.301
O2' A 0, 0.178, 0.498, 0.818, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.498 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.315, 0.655, 0.995, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.655 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.372, 0.713, 1.054, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.713 std_dev=0.341
C5' A 0, 0.260, 0.684, 1.108, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.684 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.194, 0.676, 1.157, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.676 std_dev=0.481
P B 0, 0.120, 0.611, 1.101, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.611 std_dev=0.491
C5' B 0, 0.256, 0.755, 1.255, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.755 std_dev=0.500
O3' B 0, 0.325, 0.864, 1.404, 3.234 max_d=3.234 avg_d=0.864 std_dev=0.539
O2' B 0, 0.418, 0.963, 1.509, 3.319 max_d=3.319 avg_d=0.963 std_dev=0.545
OP1 B 0, 0.076, 0.781, 1.485, 3.034 max_d=3.034 avg_d=0.781 std_dev=0.704
O5' A 0, 0.251, 0.982, 1.712, 3.682 max_d=3.682 avg_d=0.982 std_dev=0.730
OP2 B 0, 0.015, 0.763, 1.511, 3.206 max_d=3.206 avg_d=0.763 std_dev=0.748
P A 0, 0.044, 1.285, 2.527, 6.301 max_d=6.301 avg_d=1.285 std_dev=1.242
OP1 A 0, 0.189, 1.633, 3.078, 7.170 max_d=7.170 avg_d=1.633 std_dev=1.444
OP2 A 0, -0.012, 1.682, 3.376, 7.495 max_d=7.495 avg_d=1.682 std_dev=1.694

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.33 0.02 0.37 0.49 0.27
C2 0.04 0.00 0.10 0.07 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.19 0.39 0.01 0.35 0.64 0.36
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.38 0.07 0.41 0.65 0.34
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.07 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.05 0.40 0.41 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.11 0.47 0.01 0.41 0.75 0.44
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.11 0.10 0.13 0.18 0.13 0.10 0.05 0.05 0.03 0.01 0.03 0.11 0.41 0.24 0.22
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.07 0.58 0.01 0.58 0.99 0.63
C5' 0.06 0.25 0.07 0.03 0.21 0.01 0.25 0.00 0.27 0.23 0.27 0.27 0.22 0.26 0.17 0.06 0.06 0.02 0.01 0.30 0.39 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.11 0.57 0.01 0.56 0.99 0.61
C8 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.08 0.66 0.02 0.73 1.12 0.77
N1 0.03 0.00 0.09 0.04 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.16 0.48 0.01 0.42 0.81 0.47
N2 0.05 0.01 0.11 0.10 0.01 0.18 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.28 0.23 0.33 0.02 0.40 0.56 0.36
N3 0.04 0.01 0.09 0.07 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.19 0.36 0.01 0.34 0.57 0.32
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.05 0.68 0.02 0.78 1.22 0.82
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.50 0.02 0.46 0.77 0.47
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.14 0.05 0.13 0.06 0.16 0.12 0.21 0.28 0.22 0.12 0.06 0.00 0.07 0.04 0.40 0.16 0.45 0.73 0.37
O3' 0.12 0.24 0.04 0.01 0.16 0.03 0.13 0.06 0.16 0.07 0.21 0.28 0.23 0.08 0.11 0.07 0.00 0.10 0.29 0.15 0.55 0.30 0.32
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.11 0.08 0.16 0.23 0.19 0.05 0.02 0.04 0.10 0.00 0.35 0.09 0.41 0.36 0.31
O5' 0.33 0.39 0.38 0.32 0.47 0.03 0.58 0.01 0.57 0.66 0.48 0.33 0.36 0.68 0.50 0.40 0.29 0.35 0.00 0.62 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.11 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.15 0.09 0.62 0.00 0.67 1.12 0.72
OP1 0.37 0.35 0.41 0.40 0.41 0.41 0.58 0.39 0.56 0.73 0.42 0.40 0.34 0.78 0.46 0.45 0.55 0.41 0.03 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.64 0.65 0.41 0.75 0.24 0.99 0.34 0.99 1.12 0.81 0.56 0.57 1.22 0.77 0.73 0.30 0.36 0.02 1.12 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.36 0.34 0.22 0.44 0.22 0.63 0.02 0.61 0.77 0.47 0.36 0.32 0.82 0.47 0.37 0.32 0.31 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.20 0.28 0.17 0.19 0.14 0.18 0.21 0.18 0.20 0.20 0.21 0.29 0.19 0.21 0.24 0.11 0.14 0.41 0.18
C2 0.15 0.17 0.20 0.22 0.16 0.16 0.14 0.25 0.15 0.15 0.18 0.18 0.34 0.23 0.20 0.17 0.28 0.29 0.71 0.37
C2' 0.24 0.21 0.29 0.16 0.22 0.18 0.21 0.18 0.21 0.22 0.21 0.22 0.29 0.20 0.24 0.31 0.12 0.22 0.29 0.17
C3' 0.32 0.27 0.30 0.17 0.23 0.23 0.23 0.21 0.26 0.28 0.25 0.29 0.28 0.20 0.23 0.39 0.07 0.12 0.12 0.02
C4 0.16 0.16 0.23 0.17 0.17 0.14 0.14 0.22 0.15 0.15 0.17 0.17 0.31 0.19 0.20 0.19 0.19 0.22 0.59 0.28
C4' 0.39 0.38 0.36 0.26 0.32 0.27 0.31 0.32 0.33 0.37 0.36 0.41 0.35 0.25 0.30 0.37 0.21 0.27 0.18 0.13
C5 0.16 0.16 0.23 0.17 0.16 0.13 0.14 0.21 0.14 0.15 0.17 0.17 0.31 0.20 0.20 0.19 0.18 0.22 0.59 0.27
C5' 0.47 0.46 0.41 0.32 0.37 0.35 0.35 0.38 0.38 0.44 0.43 0.51 0.46 0.31 0.36 0.46 0.27 0.37 0.21 0.19
C6 0.15 0.16 0.21 0.19 0.16 0.14 0.13 0.22 0.14 0.15 0.17 0.17 0.32 0.21 0.20 0.17 0.22 0.25 0.65 0.32
C8 0.20 0.19 0.27 0.16 0.18 0.15 0.16 0.20 0.17 0.18 0.18 0.20 0.30 0.19 0.20 0.23 0.12 0.17 0.43 0.19
N1 0.15 0.17 0.20 0.21 0.16 0.16 0.14 0.24 0.15 0.15 0.18 0.18 0.34 0.23 0.20 0.17 0.27 0.28 0.71 0.36
N2 0.17 0.19 0.20 0.26 0.18 0.19 0.17 0.27 0.17 0.17 0.19 0.20 0.36 0.26 0.20 0.18 0.33 0.32 0.75 0.40
N3 0.15 0.16 0.21 0.20 0.16 0.15 0.14 0.24 0.14 0.15 0.17 0.17 0.33 0.21 0.20 0.17 0.25 0.26 0.66 0.34
N7 0.18 0.17 0.25 0.16 0.17 0.14 0.14 0.20 0.16 0.17 0.17 0.19 0.30 0.19 0.20 0.21 0.14 0.19 0.50 0.22
N9 0.19 0.18 0.26 0.16 0.18 0.14 0.16 0.21 0.16 0.18 0.18 0.19 0.30 0.19 0.20 0.22 0.13 0.18 0.48 0.22
O2' 0.30 0.34 0.40 0.24 0.37 0.23 0.35 0.22 0.32 0.31 0.36 0.33 0.42 0.29 0.39 0.34 0.24 0.45 0.42 0.30
O3' 0.32 0.34 0.31 0.16 0.35 0.21 0.36 0.16 0.35 0.34 0.35 0.33 0.28 0.19 0.36 0.40 0.02 0.03 0.03 0.01
O4' 0.32 0.36 0.36 0.26 0.34 0.23 0.33 0.32 0.32 0.33 0.35 0.37 0.33 0.25 0.33 0.29 0.16 0.16 0.30 0.10
O5' 0.74 0.59 0.67 0.63 0.39 0.72 0.37 0.66 0.48 0.60 0.48 0.67 0.80 0.67 0.36 0.77 0.53 0.61 0.43 0.45
O6 0.15 0.16 0.21 0.19 0.16 0.14 0.13 0.22 0.14 0.15 0.17 0.17 0.32 0.21 0.20 0.17 0.22 0.25 0.65 0.31
OP1 1.52 1.29 1.37 1.19 0.87 1.27 0.82 0.95 1.04 1.29 1.09 1.44 1.69 1.22 0.73 1.47 0.74 0.60 0.54 0.53
OP2 1.09 0.93 0.90 0.74 0.62 0.85 0.56 0.62 0.68 0.90 0.78 1.08 1.20 0.77 0.57 1.04 0.43 0.61 0.47 0.40
P 1.21 1.05 1.03 0.86 0.71 0.95 0.66 0.68 0.83 1.03 0.89 1.17 1.30 0.87 0.61 1.16 0.48 0.44 0.34 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.02 0.01 0.16 0.16 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.19 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.02 0.04 0.25 0.19 0.39 0.25
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.13 0.11 0.03 0.07 0.20 0.00 0.05 0.06 0.01 0.26 0.26 0.42 0.30
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.24 0.00 0.22 0.03 0.19 0.14 0.22 0.18 0.02 0.01 0.25 0.01 0.10 0.13 0.24 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.19 0.01 0.04 0.33 0.27 0.60 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.09 0.06 0.20 0.04 0.13 0.00 0.02 0.11 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.01 0.06 0.32 0.26 0.57 0.35
C5' 0.07 0.12 0.13 0.03 0.21 0.01 0.24 0.00 0.22 0.13 0.17 0.09 0.08 0.13 0.23 0.02 0.01 0.15 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.01 0.07 0.27 0.21 0.42 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.11 0.02 0.02 0.22 0.18 0.33 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.02 0.03 0.30 0.23 0.51 0.31
O2 0.04 0.01 0.20 0.18 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.20 0.03 0.08 0.23 0.18 0.35 0.22
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.22 0.20 0.21 0.08 0.17 0.13 0.20 0.16 0.00 0.07 0.25 0.14 0.19 0.18 0.49 0.26
O3' 0.15 0.15 0.05 0.01 0.19 0.04 0.19 0.13 0.16 0.11 0.17 0.20 0.07 0.00 0.22 0.10 0.18 0.22 0.32 0.21
O4 0.02 0.02 0.06 0.25 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.03 0.25 0.22 0.00 0.04 0.35 0.30 0.67 0.39
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.08 0.14 0.10 0.04 0.00 0.15 0.24 0.22 0.21
O5' 0.16 0.25 0.26 0.10 0.33 0.02 0.32 0.01 0.27 0.22 0.30 0.23 0.19 0.18 0.35 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.19 0.26 0.13 0.27 0.11 0.26 0.15 0.21 0.18 0.23 0.18 0.18 0.22 0.30 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.39 0.42 0.24 0.60 0.15 0.57 0.12 0.42 0.33 0.51 0.35 0.49 0.32 0.67 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.30 0.12 0.35 0.05 0.35 0.01 0.27 0.22 0.31 0.22 0.26 0.21 0.39 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00