ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50888

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 8, 12, 8, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.024, 0.034, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.039, 0.056, 0.072, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.056 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.042, 0.060, 0.079, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.060 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.040, 0.058, 0.077, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.058 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.038, 0.060, 0.082, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.060 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.054, 0.081, 0.108, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.081 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.052, 0.080, 0.108, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.080 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.064, 0.095, 0.125, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.095 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.070, 0.109, 0.147, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.109 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.071, 0.121, 0.171, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.121 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.101, 0.158, 0.215, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.158 std_dev=0.057
C6 B 0, 0.422, 0.644, 0.866, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.644 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.325, 0.560, 0.796, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.560 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.394, 0.634, 0.874, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.634 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.218, 0.466, 0.714, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.466 std_dev=0.248
O4 B 0, 0.200, 0.459, 0.719, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.459 std_dev=0.260
P B 0, 0.823, 1.084, 1.344, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.084 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.526, 0.790, 1.053, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.790 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.287, 0.565, 0.842, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.565 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.342, 0.630, 0.919, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.630 std_dev=0.289
OP1 B 0, 0.854, 1.165, 1.477, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.165 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.830, 1.143, 1.457, 1.558 max_d=1.558 avg_d=1.143 std_dev=0.314
O2 B 0, 0.430, 0.791, 1.152, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.791 std_dev=0.361
O5' B 0, 1.215, 1.631, 2.048, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.631 std_dev=0.416
C3' A 0, 0.647, 1.100, 1.553, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.100 std_dev=0.453
O3' A 0, 1.305, 1.766, 2.226, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.766 std_dev=0.461
O4' A 0, -0.043, 0.440, 0.924, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.440 std_dev=0.483
C4' A 0, 0.669, 1.158, 1.647, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.158 std_dev=0.489
C2' A 0, -0.128, 0.392, 0.912, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.392 std_dev=0.520
OP2 B 0, 1.579, 2.136, 2.692, 2.453 max_d=2.453 avg_d=2.136 std_dev=0.556
C2' B 0, 1.391, 1.957, 2.524, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.957 std_dev=0.567
C4' B 0, 1.453, 2.021, 2.589, 2.510 max_d=2.510 avg_d=2.021 std_dev=0.568
C3' B 0, 1.601, 2.209, 2.817, 2.735 max_d=2.735 avg_d=2.209 std_dev=0.608
O2' B 0, 1.564, 2.222, 2.880, 3.334 max_d=3.334 avg_d=2.222 std_dev=0.658
C5' B 0, 1.921, 2.667, 3.413, 3.353 max_d=3.353 avg_d=2.667 std_dev=0.746
O3' B 0, 1.866, 2.659, 3.451, 3.299 max_d=3.299 avg_d=2.659 std_dev=0.793
O2' A 0, -0.141, 0.683, 1.508, 3.394 max_d=3.394 avg_d=0.683 std_dev=0.824
C5' A 0, 0.989, 1.910, 2.832, 4.875 max_d=4.875 avg_d=1.910 std_dev=0.921
O5' A 0, 2.638, 3.669, 4.700, 5.404 max_d=5.404 avg_d=3.669 std_dev=1.031
OP1 A 0, 3.375, 4.778, 6.181, 8.409 max_d=8.409 avg_d=4.778 std_dev=1.403
P A 0, 3.550, 4.974, 6.398, 7.137 max_d=7.137 avg_d=4.974 std_dev=1.424
OP2 A 0, 3.797, 5.486, 7.175, 7.649 max_d=7.649 avg_d=5.486 std_dev=1.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.39 0.04 0.38 0.49 0.46
C2 0.05 0.00 0.26 0.11 0.01 0.25 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.55 0.27 0.35 0.37 0.02 0.44 0.56 0.51
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.07 0.12 0.14 0.20 0.30 0.25 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.39 0.09 0.28 0.56 0.42
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.14 0.11 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.04 0.26 0.18 0.09
C4 0.03 0.01 0.14 0.05 0.00 0.11 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.18 0.18 0.54 0.02 0.58 0.73 0.71
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.15 0.19 0.34 0.24 0.12 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.25 0.20 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.07 0.72 0.02 0.79 0.99 0.96
C5' 0.04 0.29 0.07 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.20 0.26 0.24 0.37 0.26 0.25 0.12 0.06 0.03 0.01 0.01 0.22 0.25 0.36 0.01
C6 0.04 0.01 0.12 0.05 0.02 0.11 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.18 0.15 0.69 0.01 0.79 0.97 0.94
C8 0.01 0.02 0.14 0.09 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.25 0.06 0.19 0.87 0.02 0.87 1.15 1.10
N1 0.05 0.01 0.20 0.08 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.24 0.27 0.52 0.01 0.62 0.76 0.72
N2 0.07 0.01 0.30 0.14 0.02 0.34 0.02 0.37 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.67 0.31 0.44 0.25 0.02 0.32 0.43 0.34
N3 0.05 0.01 0.25 0.11 0.01 0.24 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.53 0.26 0.34 0.34 0.02 0.39 0.51 0.46
N7 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.07 0.10 0.89 0.02 0.96 1.24 1.19
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.61 0.03 0.60 0.78 0.76
O2' 0.01 0.55 0.00 0.02 0.27 0.01 0.15 0.06 0.25 0.25 0.43 0.67 0.53 0.15 0.05 0.00 0.05 0.01 0.37 0.19 0.26 0.66 0.41
O3' 0.13 0.27 0.04 0.01 0.18 0.02 0.14 0.03 0.18 0.06 0.24 0.31 0.26 0.07 0.12 0.05 0.00 0.09 0.19 0.17 0.45 0.15 0.21
O4' 0.00 0.35 0.02 0.01 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.19 0.27 0.44 0.34 0.10 0.01 0.01 0.09 0.00 0.30 0.10 0.38 0.29 0.35
O5' 0.39 0.37 0.39 0.17 0.54 0.02 0.72 0.01 0.69 0.87 0.52 0.25 0.34 0.89 0.61 0.37 0.19 0.30 0.00 0.77 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.02 0.09 0.04 0.02 0.09 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.19 0.17 0.10 0.77 0.00 0.92 1.11 1.08
OP1 0.38 0.44 0.28 0.26 0.58 0.25 0.79 0.25 0.79 0.87 0.62 0.32 0.39 0.96 0.60 0.26 0.45 0.38 0.02 0.92 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.56 0.56 0.18 0.73 0.20 0.99 0.36 0.97 1.15 0.76 0.43 0.51 1.24 0.78 0.66 0.15 0.29 0.01 1.11 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.51 0.42 0.09 0.71 0.07 0.96 0.01 0.94 1.10 0.72 0.34 0.46 1.19 0.76 0.41 0.21 0.35 0.00 1.08 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.22 0.44 0.23 0.23 0.19 0.22 0.32 0.22 0.23 0.22 0.22 0.44 0.23 0.26 0.19 0.27 0.08 0.50 0.19
C2 0.18 0.15 0.25 0.21 0.13 0.16 0.14 0.44 0.17 0.16 0.14 0.15 0.40 0.20 0.16 0.19 0.26 0.14 0.49 0.18
C2' 0.28 0.28 0.54 0.27 0.28 0.11 0.28 0.21 0.28 0.28 0.28 0.29 0.49 0.22 0.29 0.19 0.17 0.20 0.45 0.14
C3' 0.16 0.17 0.38 0.15 0.22 0.16 0.21 0.23 0.18 0.16 0.19 0.16 0.31 0.14 0.24 0.17 0.15 0.28 0.28 0.03
C4 0.20 0.17 0.35 0.18 0.16 0.16 0.16 0.36 0.18 0.19 0.16 0.17 0.43 0.20 0.20 0.19 0.27 0.10 0.52 0.18
C4' 0.55 0.63 0.48 0.37 0.65 0.46 0.64 0.44 0.62 0.61 0.65 0.62 0.52 0.36 0.64 0.53 0.41 0.21 0.32 0.08
C5 0.20 0.15 0.35 0.19 0.15 0.16 0.15 0.36 0.18 0.18 0.15 0.15 0.42 0.20 0.17 0.19 0.28 0.09 0.51 0.18
C5' 0.76 0.80 0.57 0.43 0.75 0.60 0.72 0.49 0.74 0.78 0.79 0.82 0.68 0.41 0.72 0.75 0.51 0.39 0.37 0.11
C6 0.18 0.14 0.30 0.19 0.12 0.16 0.14 0.39 0.17 0.16 0.13 0.14 0.41 0.20 0.15 0.20 0.27 0.10 0.50 0.17
C8 0.22 0.18 0.42 0.22 0.18 0.19 0.18 0.31 0.20 0.20 0.18 0.18 0.44 0.23 0.21 0.19 0.28 0.10 0.50 0.18
N1 0.18 0.14 0.25 0.21 0.12 0.16 0.14 0.42 0.16 0.16 0.13 0.14 0.40 0.20 0.14 0.20 0.27 0.12 0.50 0.18
N2 0.17 0.14 0.19 0.26 0.12 0.18 0.15 0.48 0.16 0.16 0.14 0.15 0.38 0.21 0.14 0.19 0.25 0.17 0.47 0.18
N3 0.20 0.17 0.30 0.19 0.16 0.16 0.15 0.41 0.18 0.18 0.16 0.17 0.42 0.19 0.19 0.19 0.26 0.13 0.50 0.18
N7 0.21 0.16 0.39 0.20 0.16 0.18 0.16 0.33 0.18 0.19 0.16 0.16 0.43 0.22 0.19 0.19 0.28 0.09 0.50 0.18
N9 0.22 0.19 0.41 0.21 0.19 0.18 0.18 0.33 0.20 0.21 0.19 0.19 0.44 0.22 0.22 0.19 0.28 0.08 0.52 0.19
O2' 0.68 0.76 0.88 0.53 0.78 0.30 0.77 0.18 0.74 0.74 0.78 0.76 0.86 0.42 0.76 0.51 0.29 0.28 0.53 0.23
O3' 0.28 0.30 0.47 0.18 0.37 0.10 0.36 0.19 0.32 0.29 0.33 0.28 0.39 0.14 0.40 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01
O4' 0.50 0.62 0.51 0.41 0.70 0.43 0.68 0.47 0.61 0.58 0.67 0.61 0.53 0.40 0.72 0.42 0.41 0.15 0.45 0.19
O5' 0.95 0.79 0.70 0.67 0.53 0.92 0.54 0.72 0.70 0.82 0.66 0.85 0.95 0.75 0.41 1.05 0.87 0.86 0.30 0.48
O6 0.18 0.13 0.29 0.19 0.11 0.17 0.13 0.39 0.16 0.16 0.12 0.13 0.41 0.20 0.13 0.20 0.27 0.10 0.49 0.17
OP1 1.10 0.88 0.87 0.81 0.54 1.08 0.55 0.85 0.75 0.91 0.71 0.98 1.19 0.92 0.40 1.20 0.97 0.94 0.33 0.55
OP2 1.13 0.93 0.78 0.70 0.57 0.98 0.56 0.71 0.76 0.94 0.76 1.05 1.10 0.77 0.44 1.21 0.77 0.74 0.34 0.32
P 1.20 0.95 0.91 0.85 0.56 1.12 0.56 0.83 0.80 0.99 0.76 1.07 1.25 0.94 0.39 1.29 0.95 0.88 0.24 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.20 0.02 0.00 0.26 0.43 0.37 0.31
C2 0.02 0.00 0.11 0.24 0.01 0.12 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.02 0.05 0.24 0.35 0.44 0.28
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.12 0.12 0.02 0.08 0.21 0.00 0.03 0.04 0.01 0.50 0.76 0.62 0.60
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.31 0.01 0.27 0.06 0.21 0.19 0.30 0.21 0.02 0.01 0.34 0.02 0.29 0.64 0.24 0.31
C4 0.02 0.01 0.03 0.31 0.00 0.23 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.19 0.00 0.03 0.19 0.21 0.48 0.23
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.23 0.00 0.25 0.01 0.22 0.14 0.18 0.06 0.19 0.02 0.24 0.00 0.02 0.29 0.26 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.25 0.00 0.53 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.01 0.06 0.18 0.19 0.47 0.23
C5' 0.10 0.33 0.12 0.06 0.52 0.01 0.53 0.00 0.45 0.32 0.44 0.24 0.07 0.17 0.56 0.02 0.01 0.34 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.22 0.00 0.45 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.13 0.01 0.07 0.21 0.26 0.44 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.14 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.01 0.02 0.24 0.35 0.42 0.28
N3 0.02 0.00 0.08 0.30 0.01 0.18 0.01 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.01 0.04 0.21 0.28 0.46 0.25
O2 0.04 0.00 0.21 0.21 0.01 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01 0.08 0.26 0.41 0.43 0.30
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.28 0.19 0.27 0.07 0.22 0.16 0.25 0.17 0.00 0.06 0.30 0.18 0.32 0.64 0.60 0.48
O3' 0.20 0.11 0.03 0.01 0.19 0.02 0.19 0.17 0.13 0.08 0.14 0.18 0.06 0.00 0.23 0.13 0.15 0.51 0.39 0.20
O4 0.02 0.02 0.04 0.34 0.00 0.24 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.23 0.00 0.04 0.18 0.18 0.49 0.22
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.08 0.18 0.13 0.04 0.00 0.12 0.26 0.16 0.14
O5' 0.26 0.24 0.50 0.29 0.19 0.02 0.18 0.01 0.21 0.24 0.21 0.26 0.32 0.15 0.18 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.35 0.76 0.64 0.21 0.29 0.19 0.34 0.26 0.35 0.28 0.41 0.64 0.51 0.18 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.44 0.62 0.24 0.48 0.26 0.47 0.36 0.44 0.42 0.46 0.43 0.60 0.39 0.49 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.28 0.60 0.31 0.23 0.06 0.23 0.03 0.25 0.28 0.25 0.30 0.48 0.20 0.22 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00