ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50892

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.052 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.044 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.014, 0.047, 0.081, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.019, 0.059, 0.098, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.059 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.018, 0.065, 0.111, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.065 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.021, 0.080, 0.138, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.080 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.122, 0.251, 0.381, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.251 std_dev=0.129
O4' A 0, 0.133, 0.302, 0.470, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.302 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.159, 0.386, 0.613, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.386 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.269, 0.593, 0.918, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.593 std_dev=0.324
C3' A 0, 0.225, 0.569, 0.912, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.569 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.132, 0.520, 0.909, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.520 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.109, 0.552, 0.995, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.552 std_dev=0.443
C5' A 0, 0.433, 0.885, 1.337, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.885 std_dev=0.452
O4' B 0, 0.216, 0.668, 1.120, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.668 std_dev=0.452
P B 0, 0.481, 1.019, 1.556, 1.509 max_d=1.509 avg_d=1.019 std_dev=0.537
C1' B 0, 0.189, 0.727, 1.264, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.727 std_dev=0.538
C5 B 0, 0.082, 0.628, 1.174, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.628 std_dev=0.546
OP2 B 0, 0.468, 1.021, 1.573, 1.498 max_d=1.498 avg_d=1.021 std_dev=0.552
C5' B 0, 0.524, 1.097, 1.670, 1.553 max_d=1.553 avg_d=1.097 std_dev=0.573
C4' B 0, 0.450, 1.026, 1.602, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.026 std_dev=0.576
O3' A 0, 0.388, 0.981, 1.574, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.981 std_dev=0.593
O5' B 0, 0.475, 1.081, 1.688, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.081 std_dev=0.606
C4 B 0, 0.070, 0.698, 1.326, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.698 std_dev=0.628
C2' B 0, 0.337, 1.004, 1.670, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.004 std_dev=0.666
C2 B 0, 0.092, 0.761, 1.431, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.761 std_dev=0.669
C3' B 0, 0.548, 1.231, 1.915, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.231 std_dev=0.683
O5' A 0, 0.510, 1.208, 1.905, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.208 std_dev=0.698
N3 B 0, 0.064, 0.807, 1.549, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.807 std_dev=0.742
OP1 B 0, 0.663, 1.451, 2.239, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.451 std_dev=0.788
O4 B 0, 0.066, 0.995, 1.925, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.995 std_dev=0.930
O3' B 0, 0.799, 1.773, 2.748, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.773 std_dev=0.974
O2' B 0, 0.154, 1.163, 2.171, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.163 std_dev=1.009
O2 B 0, 0.018, 1.063, 2.109, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.063 std_dev=1.046
OP1 A 0, 0.454, 1.690, 2.925, 3.655 max_d=3.655 avg_d=1.690 std_dev=1.236
P A 0, 0.290, 1.555, 2.820, 3.348 max_d=3.348 avg_d=1.555 std_dev=1.265
OP2 A 0, 0.390, 2.364, 4.338, 4.788 max_d=4.788 avg_d=2.364 std_dev=1.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.35 0.01 0.22 0.74 0.26
C2 0.02 0.00 0.16 0.06 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.07 0.21 0.51 0.01 0.43 0.82 0.31
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.14 0.02 0.16 0.16 0.14 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.41 0.15 0.42 0.38 0.20
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.04 0.12 0.14 0.09 0.04 0.05 0.15 0.08 0.01 0.01 0.02 0.38 0.14 0.53 0.24 0.21
C4 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.12 0.62 0.01 0.40 0.69 0.34
C4' 0.01 0.14 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.10 0.07 0.13 0.18 0.12 0.05 0.02 0.13 0.06 0.01 0.02 0.10 0.18 0.66 0.22
C5 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.10 0.81 0.01 0.53 0.62 0.53
C5' 0.04 0.24 0.04 0.04 0.17 0.01 0.20 0.00 0.25 0.13 0.26 0.26 0.19 0.18 0.11 0.10 0.05 0.01 0.01 0.27 0.36 0.38 0.02
C6 0.01 0.00 0.14 0.12 0.00 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.15 0.82 0.00 0.58 0.64 0.54
C8 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.06 0.86 0.01 0.56 0.57 0.62
N1 0.02 0.00 0.16 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.04 0.20 0.68 0.00 0.51 0.71 0.39
N2 0.03 0.01 0.16 0.04 0.01 0.18 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.24 0.40 0.01 0.45 0.93 0.34
N3 0.02 0.00 0.14 0.05 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.19 0.45 0.01 0.37 0.85 0.30
N7 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.94 0.01 0.64 0.67 0.73
N9 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.63 0.01 0.37 0.62 0.34
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.07 0.13 0.07 0.10 0.10 0.04 0.13 0.16 0.12 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.10 0.12 0.67 0.32
O3' 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.11 0.04 0.13 0.08 0.13 0.02 0.07 0.00 0.09 0.17 0.10 0.45 0.30 0.06
O4' 0.00 0.21 0.01 0.02 0.12 0.01 0.10 0.01 0.15 0.06 0.20 0.24 0.19 0.01 0.02 0.06 0.09 0.00 0.17 0.15 0.25 0.96 0.37
O5' 0.35 0.51 0.41 0.38 0.62 0.02 0.81 0.01 0.82 0.86 0.68 0.40 0.45 0.94 0.63 0.05 0.17 0.17 0.00 0.92 0.04 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.15 0.92 0.00 0.67 0.66 0.68
OP1 0.22 0.43 0.42 0.53 0.40 0.18 0.53 0.36 0.58 0.56 0.51 0.45 0.37 0.64 0.37 0.12 0.45 0.25 0.04 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.74 0.82 0.38 0.24 0.69 0.66 0.62 0.38 0.64 0.57 0.71 0.93 0.85 0.67 0.62 0.67 0.30 0.96 0.02 0.66 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.31 0.20 0.21 0.34 0.22 0.53 0.02 0.54 0.62 0.39 0.34 0.30 0.73 0.34 0.32 0.06 0.37 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.58 0.26 0.13 0.43 0.13 0.42 0.30 0.44 0.42 0.60 0.67 0.33 0.17 0.42 0.30 0.46 0.12 0.26 0.14
C2 0.22 0.43 0.09 0.32 0.22 0.18 0.39 0.46 0.32 0.22 0.47 0.60 0.28 0.36 0.24 0.14 0.73 0.24 0.67 0.42
C2' 0.38 0.54 0.24 0.18 0.43 0.15 0.26 0.32 0.30 0.41 0.56 0.60 0.27 0.25 0.43 0.33 0.46 0.05 0.25 0.18
C3' 0.61 0.72 0.46 0.24 0.51 0.30 0.36 0.09 0.45 0.61 0.69 0.81 0.46 0.18 0.47 0.58 0.16 0.27 0.05 0.03
C4 0.31 0.52 0.16 0.22 0.37 0.14 0.43 0.38 0.39 0.32 0.57 0.65 0.30 0.28 0.40 0.23 0.61 0.09 0.53 0.32
C4' 0.58 0.69 0.45 0.25 0.44 0.28 0.45 0.17 0.56 0.56 0.65 0.82 0.51 0.25 0.39 0.49 0.27 0.27 0.09 0.01
C5 0.32 0.52 0.16 0.23 0.35 0.14 0.42 0.37 0.40 0.33 0.56 0.67 0.30 0.30 0.38 0.25 0.60 0.11 0.56 0.34
C5' 0.57 0.63 0.49 0.34 0.38 0.37 0.46 0.20 0.58 0.52 0.59 0.79 0.55 0.37 0.35 0.50 0.17 0.46 0.03 0.12
C6 0.30 0.49 0.13 0.28 0.29 0.14 0.41 0.41 0.38 0.29 0.52 0.66 0.30 0.35 0.31 0.22 0.66 0.17 0.66 0.40
C8 0.38 0.56 0.24 0.16 0.42 0.15 0.41 0.28 0.42 0.40 0.60 0.69 0.32 0.22 0.45 0.32 0.43 0.19 0.33 0.19
N1 0.25 0.45 0.09 0.31 0.23 0.17 0.40 0.45 0.35 0.24 0.48 0.63 0.29 0.37 0.24 0.17 0.72 0.24 0.71 0.44
N2 0.17 0.37 0.07 0.36 0.13 0.21 0.35 0.48 0.27 0.16 0.40 0.54 0.27 0.39 0.11 0.09 0.76 0.31 0.69 0.44
N3 0.25 0.47 0.12 0.27 0.31 0.16 0.42 0.43 0.35 0.27 0.53 0.61 0.29 0.31 0.34 0.16 0.68 0.17 0.59 0.37
N7 0.36 0.55 0.21 0.19 0.39 0.14 0.41 0.31 0.41 0.37 0.58 0.69 0.31 0.26 0.42 0.30 0.50 0.14 0.45 0.26
N9 0.36 0.56 0.22 0.16 0.42 0.13 0.42 0.32 0.42 0.38 0.60 0.67 0.32 0.22 0.44 0.28 0.50 0.10 0.37 0.22
O2' 0.23 0.44 0.19 0.34 0.40 0.33 0.17 0.54 0.07 0.28 0.49 0.49 0.20 0.41 0.43 0.21 0.67 0.18 0.22 0.28
O3' 0.83 0.94 0.66 0.42 0.70 0.45 0.52 0.08 0.59 0.83 0.88 1.02 0.60 0.27 0.65 0.81 0.02 0.02 0.04 0.01
O4' 0.51 0.72 0.39 0.16 0.46 0.20 0.50 0.20 0.56 0.52 0.71 0.88 0.48 0.17 0.43 0.39 0.35 0.23 0.18 0.06
O5' 0.38 0.20 0.40 0.44 0.13 0.47 0.40 0.48 0.53 0.27 0.26 0.33 0.51 0.48 0.19 0.42 0.36 0.72 0.31 0.30
O6 0.31 0.49 0.13 0.28 0.28 0.14 0.41 0.40 0.39 0.30 0.51 0.68 0.31 0.36 0.30 0.24 0.66 0.19 0.69 0.42
OP1 0.51 0.33 0.45 0.29 0.44 0.29 0.68 0.15 0.73 0.49 0.34 0.29 0.61 0.34 0.42 0.39 0.16 1.24 0.62 0.66
OP2 0.87 0.88 0.84 0.78 1.03 0.74 1.16 0.68 1.14 0.93 0.96 0.84 0.89 0.76 1.07 0.80 0.63 0.88 0.23 0.32
P 0.65 0.53 0.63 0.56 0.59 0.52 0.82 0.43 0.88 0.65 0.53 0.53 0.72 0.53 0.55 0.60 0.37 0.81 0.20 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.22 0.33 0.35
C2 0.01 0.00 0.21 0.23 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.28 0.01 0.07 0.08 0.29 0.41 0.39
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.16 0.02 0.20 0.03 0.15 0.39 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.03 0.22 0.20
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.22 0.00 0.31 0.01 0.32 0.13 0.21 0.40 0.05 0.01 0.23 0.01 0.03 0.20 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.22 0.00 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.23 0.00 0.02 0.37 0.23 0.26 0.25
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.20 0.07 0.06 0.14 0.12 0.04 0.13 0.00 0.01 0.03 0.14 0.16
C5 0.01 0.01 0.16 0.31 0.01 0.20 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.30 0.01 0.07 0.56 0.21 0.38 0.27
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.25 0.00 0.37 0.00 0.35 0.14 0.11 0.14 0.11 0.01 0.26 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.20 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01 0.10 0.52 0.18 0.34 0.25
N1 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.01 0.20 0.22 0.30 0.31
N3 0.01 0.00 0.15 0.21 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.26 0.01 0.05 0.17 0.28 0.34 0.33
O2 0.02 0.00 0.39 0.40 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.47 0.01 0.12 0.19 0.35 0.54 0.49
O2' 0.01 0.12 0.00 0.05 0.09 0.12 0.12 0.11 0.12 0.06 0.11 0.22 0.00 0.15 0.10 0.10 0.06 0.15 0.16 0.14
O3' 0.06 0.28 0.07 0.01 0.23 0.04 0.30 0.01 0.28 0.12 0.26 0.47 0.15 0.00 0.25 0.04 0.05 0.42 0.14 0.12
O4 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.25 0.00 0.02 0.39 0.25 0.26 0.25
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.05 0.12 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.33 0.38 0.41
O5' 0.07 0.08 0.05 0.03 0.37 0.01 0.56 0.01 0.52 0.20 0.17 0.19 0.06 0.05 0.39 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.29 0.03 0.20 0.23 0.03 0.21 0.06 0.18 0.22 0.28 0.35 0.15 0.42 0.25 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.41 0.22 0.08 0.26 0.14 0.38 0.01 0.34 0.30 0.34 0.54 0.16 0.14 0.26 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.39 0.20 0.06 0.25 0.16 0.27 0.01 0.25 0.31 0.33 0.49 0.14 0.12 0.25 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00