ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50895

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 23, 10, 4, 5, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.035, 0.051, 0.067, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.051 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.052, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.030, 0.055, 0.080, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.055 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.019, 0.052, 0.085, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.052 std_dev=0.033
C3' A 0, 0.065, 0.113, 0.162, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.113 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.032, 0.083, 0.133, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.083 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.037, 0.089, 0.141, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.089 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.091, 0.152, 0.213, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.152 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.091, 0.154, 0.217, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.154 std_dev=0.063
P B 0, 0.104, 0.189, 0.274, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.189 std_dev=0.085
C5' A 0, 0.086, 0.175, 0.263, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.175 std_dev=0.089
OP1 B 0, 0.119, 0.224, 0.329, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.224 std_dev=0.105
OP2 B 0, 0.111, 0.219, 0.328, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.219 std_dev=0.108
O5' B 0, 0.110, 0.222, 0.333, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.222 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.133, 0.250, 0.367, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.250 std_dev=0.117
N7 B 0, 0.169, 0.295, 0.422, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.295 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.175, 0.302, 0.429, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.302 std_dev=0.127
C8 B 0, 0.167, 0.301, 0.435, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.301 std_dev=0.134
C5' B 0, 0.110, 0.262, 0.413, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.262 std_dev=0.152
P A 0, 0.095, 0.252, 0.409, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.252 std_dev=0.157
O6 B 0, 0.146, 0.304, 0.462, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.304 std_dev=0.158
OP2 A 0, 0.124, 0.285, 0.447, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.285 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.162, 0.325, 0.488, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.325 std_dev=0.163
O4' B 0, 0.159, 0.324, 0.490, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.324 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.112, 0.282, 0.453, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.282 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.157, 0.331, 0.505, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.331 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.155, 0.331, 0.506, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.331 std_dev=0.175
OP1 A 0, 0.091, 0.278, 0.465, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.278 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.146, 0.334, 0.523, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.334 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.099, 0.291, 0.483, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.291 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.159, 0.358, 0.556, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.358 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.088, 0.304, 0.520, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.304 std_dev=0.216
O3' B 0, 0.094, 0.314, 0.534, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.314 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.156, 0.376, 0.597, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.376 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.168, 0.389, 0.609, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.389 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.155, 0.404, 0.652, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.404 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.154, 0.412, 0.669, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.412 std_dev=0.257
N2 B 0, 0.151, 0.461, 0.770, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.461 std_dev=0.309

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.08 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.06
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.07 0.01 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.05
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.09
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.05 0.07 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.04 0.03
C2 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06
C2' 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.09 0.04 0.07 0.02
C3' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01
C4 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04
C4' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.09 0.04 0.04
C5 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03
C5' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04
C6 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.04
C8 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.09 0.06 0.03
N1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.05
N2 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07
N3 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.05
N7 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.09 0.06 0.03
N9 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03
O2' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.11 0.05 0.10 0.05
O3' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00
O4' 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.03 0.04
O5' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05
O6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.03
OP1 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.08
OP2 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09 0.06
P 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.08 0.05
N2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.08 0.08 0.06
OP1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00