ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.015, 0.042, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.030, 0.080, 0.130, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.080 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.029, 0.080, 0.132, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.080 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.025, 0.077, 0.129, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.077 std_dev=0.052
C5 B 0, 0.109, 0.355, 0.601, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.355 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.126, 0.420, 0.714, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.420 std_dev=0.294
N7 B 0, 0.158, 0.468, 0.777, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.468 std_dev=0.309
O4' A 0, -0.081, 0.232, 0.546, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.232 std_dev=0.314
C2' A 0, -0.069, 0.245, 0.560, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.245 std_dev=0.315
O2' A 0, 0.006, 0.361, 0.716, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.361 std_dev=0.355
N3 B 0, 0.151, 0.615, 1.079, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.615 std_dev=0.464
C4' A 0, -0.139, 0.332, 0.803, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.332 std_dev=0.471
C3' A 0, -0.126, 0.392, 0.910, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.392 std_dev=0.518
C6 B 0, 0.106, 0.730, 1.354, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.730 std_dev=0.624
N9 B 0, -0.015, 0.631, 1.278, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.631 std_dev=0.646
C8 B 0, 0.061, 0.740, 1.419, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.740 std_dev=0.679
O3' A 0, -0.156, 0.575, 1.306, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.575 std_dev=0.731
C2 B 0, 0.125, 0.911, 1.697, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.911 std_dev=0.786
C5' A 0, -0.220, 0.578, 1.375, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.578 std_dev=0.797
O6 B 0, 0.095, 0.928, 1.760, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.928 std_dev=0.833
O5' A 0, -0.219, 0.673, 1.565, 2.944 max_d=2.944 avg_d=0.673 std_dev=0.892
N1 B 0, 0.099, 1.004, 1.908, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.004 std_dev=0.905
O4' B 0, -0.091, 0.888, 1.867, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.888 std_dev=0.979
C1' B 0, -0.129, 0.916, 1.960, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.916 std_dev=1.044
N2 B 0, 0.149, 1.273, 2.396, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.273 std_dev=1.124
OP2 A 0, -0.308, 1.192, 2.693, 4.895 max_d=4.895 avg_d=1.192 std_dev=1.501
C4' B 0, 0.029, 1.538, 3.046, 4.026 max_d=4.026 avg_d=1.538 std_dev=1.508
P A 0, -0.238, 1.402, 3.041, 5.235 max_d=5.235 avg_d=1.402 std_dev=1.640
C2' B 0, -0.030, 2.180, 4.391, 5.317 max_d=5.317 avg_d=2.180 std_dev=2.210
OP1 A 0, -0.181, 2.048, 4.276, 6.832 max_d=6.832 avg_d=2.048 std_dev=2.228
C3' B 0, 0.044, 2.319, 4.595, 5.315 max_d=5.315 avg_d=2.319 std_dev=2.276
O3' B 0, 0.081, 2.638, 5.194, 6.216 max_d=6.216 avg_d=2.638 std_dev=2.556
C5' B 0, 0.099, 2.774, 5.448, 6.901 max_d=6.901 avg_d=2.774 std_dev=2.674
O2' B 0, 0.010, 3.070, 6.131, 7.469 max_d=7.469 avg_d=3.070 std_dev=3.061
O5' B 0, 0.144, 3.289, 6.434, 7.594 max_d=7.594 avg_d=3.289 std_dev=3.145
P B 0, 0.114, 4.705, 9.296, 10.585 max_d=10.585 avg_d=4.705 std_dev=4.591
OP2 B 0, 0.118, 4.997, 9.876, 10.776 max_d=10.776 avg_d=4.997 std_dev=4.879
OP1 B 0, 0.107, 5.569, 11.030, 12.289 max_d=12.289 avg_d=5.569 std_dev=5.462

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.32 0.08 0.08
C2 0.03 0.00 0.22 0.21 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.28 0.11 0.08 0.02 0.50 0.14 0.13
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.01 0.10 0.10 0.17 0.26 0.21 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.51 0.12 0.16
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.14 0.15 0.18 0.24 0.18 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.54 0.14 0.20
C4 0.01 0.01 0.11 0.12 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.06 0.08 0.01 0.37 0.14 0.10
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.23 0.04 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.10 0.01 0.31 0.17 0.10
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.12 0.06 0.06 0.05 0.11 0.07 0.06 0.02 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.18 0.04 0.09 0.00 0.37 0.17 0.09
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.06 0.12 0.03 0.14 0.19 0.14
N1 0.02 0.01 0.17 0.18 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.08 0.09 0.02 0.46 0.15 0.11
N2 0.04 0.00 0.26 0.24 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.34 0.13 0.09 0.03 0.55 0.14 0.15
N3 0.03 0.00 0.21 0.18 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.24 0.11 0.08 0.01 0.46 0.13 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.13 0.04 0.17 0.22 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.28 0.13 0.09
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.11 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.17 0.26 0.20 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.45 0.09 0.13
O3' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.15 0.01 0.13 0.02 0.18 0.16 0.24 0.34 0.24 0.13 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.17 0.64 0.19 0.27
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.13 0.11 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.02 0.17 0.08 0.10
O5' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.02 0.10 0.01 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.13 0.08 0.02 0.07 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.01
O6 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.09 0.17 0.02 0.08 0.00 0.35 0.17 0.08
OP1 0.32 0.50 0.51 0.54 0.37 0.23 0.31 0.10 0.37 0.14 0.46 0.55 0.46 0.17 0.28 0.45 0.64 0.17 0.03 0.35 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.14 0.12 0.14 0.14 0.04 0.17 0.02 0.17 0.19 0.15 0.14 0.13 0.22 0.13 0.09 0.19 0.08 0.03 0.17 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.16 0.20 0.10 0.07 0.10 0.02 0.09 0.14 0.11 0.15 0.12 0.15 0.09 0.13 0.27 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.17 0.20 0.57 0.16 0.76 0.15 1.21 0.22 0.26 0.23 0.19 0.15 0.17 0.23 0.70 0.52 0.62 1.69 0.32 2.46 1.98 2.26
C2 0.12 0.21 0.23 0.44 0.14 0.35 0.12 0.59 0.16 0.12 0.21 0.24 0.17 0.12 0.11 0.42 0.34 0.24 1.15 0.16 1.27 1.49 1.39
C2' 0.23 0.31 0.30 0.48 0.26 0.61 0.29 1.16 0.33 0.22 0.33 0.32 0.28 0.26 0.24 0.74 0.38 0.38 1.59 0.37 2.54 2.00 2.28
C3' 0.32 0.38 0.38 0.46 0.34 0.58 0.35 1.21 0.38 0.29 0.39 0.40 0.36 0.31 0.32 0.82 0.35 0.35 1.60 0.39 2.77 2.05 2.36
C4 0.13 0.17 0.24 0.54 0.11 0.56 0.12 0.85 0.17 0.15 0.19 0.19 0.13 0.13 0.12 0.48 0.42 0.41 1.36 0.21 1.78 1.65 1.78
C4' 0.36 0.16 0.24 0.48 0.20 0.75 0.16 1.37 0.18 0.27 0.18 0.16 0.19 0.18 0.28 0.87 0.50 0.61 1.77 0.26 2.95 2.16 2.51
C5 0.11 0.17 0.31 0.58 0.12 0.54 0.12 0.82 0.14 0.12 0.17 0.19 0.14 0.12 0.11 0.50 0.44 0.37 1.34 0.16 1.74 1.68 1.77
C5' 0.38 0.16 0.24 0.46 0.22 0.75 0.17 1.40 0.17 0.28 0.16 0.16 0.21 0.19 0.30 0.88 0.49 0.61 1.77 0.23 3.04 2.19 2.54
C6 0.14 0.19 0.36 0.56 0.14 0.44 0.12 0.68 0.13 0.12 0.17 0.21 0.18 0.12 0.13 0.54 0.44 0.28 1.23 0.13 1.48 1.62 1.58
C8 0.17 0.15 0.26 0.63 0.12 0.71 0.12 1.11 0.17 0.16 0.18 0.16 0.11 0.14 0.14 0.54 0.48 0.52 1.59 0.21 2.30 1.95 2.17
N1 0.16 0.21 0.32 0.49 0.16 0.35 0.13 0.60 0.14 0.13 0.19 0.24 0.20 0.12 0.14 0.52 0.39 0.22 1.16 0.13 1.31 1.57 1.43
N2 0.13 0.24 0.19 0.36 0.16 0.26 0.14 0.56 0.18 0.13 0.24 0.28 0.21 0.14 0.13 0.39 0.27 0.17 1.10 0.17 1.16 1.50 1.27
N3 0.13 0.19 0.20 0.48 0.11 0.46 0.12 0.70 0.19 0.15 0.22 0.22 0.14 0.12 0.12 0.45 0.38 0.35 1.24 0.23 1.49 1.49 1.56
N7 0.12 0.15 0.32 0.64 0.11 0.63 0.12 0.97 0.15 0.13 0.17 0.17 0.12 0.12 0.11 0.52 0.47 0.44 1.47 0.17 2.04 1.83 1.98
N9 0.19 0.16 0.21 0.58 0.12 0.68 0.13 1.06 0.18 0.19 0.20 0.18 0.12 0.14 0.16 0.55 0.46 0.52 1.55 0.25 2.18 1.85 2.08
O2' 0.37 0.33 0.24 0.44 0.32 0.68 0.32 1.27 0.35 0.34 0.34 0.33 0.32 0.32 0.34 0.88 0.48 0.49 1.73 0.38 2.71 2.13 2.43
O3' 0.47 0.60 0.53 0.46 0.54 0.50 0.53 1.24 0.55 0.44 0.59 0.63 0.58 0.47 0.49 0.93 0.35 0.25 1.57 0.54 2.95 2.13 2.44
O4' 0.40 0.23 0.24 0.58 0.24 0.84 0.22 1.34 0.26 0.33 0.27 0.25 0.23 0.24 0.32 0.81 0.56 0.74 1.78 0.35 2.72 2.07 2.40
O5' 0.27 0.14 0.25 0.51 0.17 0.70 0.14 1.31 0.14 0.21 0.14 0.15 0.17 0.16 0.22 0.73 0.36 0.54 1.69 0.18 2.88 2.08 2.44
O6 0.19 0.20 0.43 0.60 0.16 0.43 0.13 0.68 0.13 0.14 0.17 0.22 0.20 0.12 0.16 0.62 0.49 0.25 1.22 0.13 1.47 1.66 1.57
OP1 0.92 0.94 0.60 0.13 0.89 0.39 0.83 0.77 0.81 0.80 0.88 0.98 0.95 0.76 0.88 1.17 0.69 0.69 1.20 0.73 2.48 1.50 1.88
OP2 0.22 0.15 0.39 0.56 0.17 0.62 0.14 1.16 0.11 0.19 0.13 0.17 0.18 0.16 0.20 0.66 0.18 0.46 1.55 0.11 2.69 1.87 2.25
P 0.46 0.32 0.25 0.34 0.35 0.55 0.29 1.12 0.23 0.36 0.26 0.33 0.37 0.29 0.40 0.81 0.39 0.51 1.51 0.17 2.72 1.85 2.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.23 0.01 0.33 0.03 0.26 0.34 0.24
C2 0.04 0.00 0.35 0.51 0.01 0.80 0.01 1.59 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.55 0.36 0.64 2.10 0.02 2.50 2.72 2.35
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.03 0.10 0.22 0.16 0.21 0.27 0.43 0.35 0.15 0.05 0.01 0.03 0.01 0.15 0.12 0.24 0.31 0.12
C3' 0.02 0.51 0.01 0.00 0.29 0.00 0.27 0.03 0.32 0.32 0.43 0.63 0.48 0.31 0.17 0.01 0.01 0.02 0.35 0.32 0.04 0.66 0.34
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.37 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.23 0.33 1.12 0.01 1.13 1.37 1.11
C4' 0.04 0.80 0.03 0.00 0.37 0.00 0.20 0.01 0.35 0.35 0.61 1.01 0.77 0.23 0.08 0.22 0.05 0.01 0.03 0.27 0.17 0.25 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.20 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.23 0.15 0.98 0.01 0.91 1.28 0.98
C5' 0.10 1.59 0.22 0.03 0.78 0.01 0.53 0.00 0.81 0.47 1.28 1.98 1.45 0.34 0.24 0.12 0.17 0.02 0.01 0.69 0.23 0.39 0.04
C6 0.03 0.01 0.16 0.32 0.01 0.35 0.01 0.81 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.27 1.29 0.01 1.37 1.79 1.38
C8 0.01 0.01 0.21 0.32 0.01 0.35 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.41 0.19 0.30 0.86 0.01 0.85 0.81 0.93
N1 0.03 0.01 0.27 0.43 0.01 0.61 0.01 1.28 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.33 0.48 1.79 0.02 2.10 2.45 2.00
N2 0.04 0.00 0.43 0.63 0.01 1.01 0.01 1.98 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.71 0.42 0.76 2.62 0.03 3.32 3.51 3.09
N3 0.04 0.00 0.35 0.48 0.00 0.77 0.01 1.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.55 0.33 0.65 1.84 0.01 2.05 2.18 1.94
N7 0.01 0.01 0.15 0.31 0.01 0.23 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.21 0.16 0.85 0.01 0.78 0.93 0.92
N9 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.03 0.61 0.01 0.47 0.66 0.53
O2' 0.07 0.55 0.01 0.01 0.26 0.22 0.20 0.12 0.24 0.41 0.39 0.71 0.55 0.35 0.15 0.00 0.04 0.16 0.23 0.22 0.18 0.50 0.24
O3' 0.23 0.36 0.03 0.01 0.23 0.05 0.23 0.17 0.27 0.19 0.33 0.42 0.33 0.21 0.17 0.04 0.00 0.19 0.46 0.28 0.14 0.97 0.50
O4' 0.01 0.64 0.01 0.02 0.33 0.01 0.15 0.02 0.27 0.30 0.48 0.76 0.65 0.16 0.03 0.16 0.19 0.00 0.37 0.20 0.25 0.45 0.29
O5' 0.33 2.10 0.15 0.35 1.12 0.03 0.98 0.01 1.29 0.86 1.79 2.62 1.84 0.85 0.61 0.23 0.46 0.37 0.00 1.22 0.03 0.03 0.02
O6 0.03 0.02 0.12 0.32 0.01 0.27 0.01 0.69 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.20 1.22 0.00 1.25 1.76 1.32
OP1 0.26 2.50 0.24 0.04 1.13 0.17 0.91 0.23 1.37 0.85 2.10 3.32 2.05 0.78 0.47 0.18 0.14 0.25 0.03 1.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 2.72 0.31 0.66 1.37 0.25 1.28 0.39 1.79 0.81 2.45 3.51 2.18 0.93 0.66 0.50 0.97 0.45 0.03 1.76 0.01 0.00 0.01
P 0.24 2.35 0.12 0.34 1.11 0.06 0.98 0.04 1.38 0.93 2.00 3.09 1.94 0.92 0.53 0.24 0.50 0.29 0.02 1.32 0.01 0.01 0.00