Doublet Group distance statistics: 50901

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.006, 0.025, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O6	A	0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N7	A	0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C8	A	0, 0.011, 0.048, 0.086, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N2	A	0, 0.007, 0.048, 0.088, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.048 std_dev=0.040
C2'	A	0, 0.016, 0.081, 0.147, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.081 std_dev=0.065
O4'	A	0, 0.038, 0.131, 0.224, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.131 std_dev=0.093
O2'	A	0, 0.031, 0.153, 0.275, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.153 std_dev=0.122
C3'	A	0, 0.068, 0.260, 0.452, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.260 std_dev=0.192
C4'	A	0, 0.074, 0.270, 0.465, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.270 std_dev=0.196
O5'	A	0, 0.079, 0.286, 0.493, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.286 std_dev=0.207
C5'	A	0, 0.095, 0.329, 0.563, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.329 std_dev=0.234
O3'	A	0, 0.115, 0.446, 0.778, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.446 std_dev=0.332
P	A	0, 0.121, 0.485, 0.848, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.485 std_dev=0.364
C6	B	0, 0.100, 0.503, 0.906, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.503 std_dev=0.403
O6	B	0, 0.025, 0.452, 0.879, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.452 std_dev=0.427
OP1	A	0, 0.109, 0.565, 1.021, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.565 std_dev=0.456
N3	B	0, 0.206, 0.702, 1.199, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.702 std_dev=0.497
N1	B	0, 0.150, 0.658, 1.167, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.658 std_dev=0.509
C4	B	0, 0.176, 0.706, 1.235, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.706 std_dev=0.529
OP2	A	0, 0.115, 0.701, 1.286, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.701 std_dev=0.586
C2	B	0, 0.204, 0.831, 1.457, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.831 std_dev=0.626
C5	B	0, 0.071, 0.721, 1.371, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.721 std_dev=0.650
C1'	B	0, 0.232, 1.092, 1.952, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.092 std_dev=0.860
N9	B	0, 0.129, 0.995, 1.861, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.995 std_dev=0.866
O4'	B	0, 0.279, 1.229, 2.178, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.229 std_dev=0.950
N2	B	0, 0.190, 1.242, 2.293, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.242 std_dev=1.052
N7	B	0, -0.132, 1.066, 2.264, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.066 std_dev=1.198
C8	B	0, -0.094, 1.222, 2.538, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.222 std_dev=1.316
C4'	B	0, 0.130, 1.695, 3.261, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.695 std_dev=1.565
C2'	B	0, -0.031, 1.737, 3.505, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.737 std_dev=1.768
O2'	B	0, 0.146, 1.935, 3.725, 4.315 max_d=4.315 avg_d=1.935 std_dev=1.789
C3'	B	0, -0.215, 1.968, 4.152, 5.014 max_d=5.014 avg_d=1.968 std_dev=2.184
O5'	B	0, 0.172, 2.396, 4.621, 5.359 max_d=5.359 avg_d=2.396 std_dev=2.224
C5'	B	0, -0.032, 2.333, 4.699, 5.576 max_d=5.576 avg_d=2.333 std_dev=2.366
P	B	0, 0.317, 2.878, 5.439, 6.222 max_d=6.222 avg_d=2.878 std_dev=2.561
OP2	B	0, 0.564, 3.193, 5.823, 6.440 max_d=6.440 avg_d=3.193 std_dev=2.630
O3'	B	0, -0.334, 2.404, 5.143, 6.236 max_d=6.236 avg_d=2.404 std_dev=2.739
OP1	B	0, 0.068, 3.203, 6.338, 7.459 max_d=7.459 avg_d=3.203 std_dev=3.135

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.02	0.03
C2	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.04	0.02	0.02	0.01	0.02	0.05	0.04
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.04	0.16	0.15	0.09
C3'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.05	0.05	0.02	0.02	0.07	0.03	0.01	0.00	0.00	0.09	0.07	0.20	0.21	0.14
C4	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.01	0.03	0.00	0.02	0.05	0.04
C4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.05	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.00	0.00	0.04	0.08	0.02	0.00
C5	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.01	0.06	0.00	0.08	0.10	0.07
C5'	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.04	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.05	0.00	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.08	0.01	0.06	0.00	0.09	0.11	0.08
C8	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.05	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.06	0.00	0.08	0.09	0.07
N1	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.06	0.02	0.05	0.01	0.06	0.08	0.07
N2	0.03	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.03	0.04	0.01	0.02	0.04	0.04	0.03
N3	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.03	0.02
N7	0.00	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.02	0.08	0.00	0.12	0.13	0.09
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.04
O2'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.04	0.08	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.15	0.11	0.05
O3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.02	0.07	0.02	0.08	0.06	0.06	0.03	0.02	0.08	0.03	0.01	0.00	0.01	0.11	0.10	0.28	0.28	0.19
O4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.05	0.01	0.01	0.11	0.10
O5'	0.01	0.02	0.06	0.09	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.06	0.05	0.01	0.01	0.08	0.02	0.03	0.11	0.05	0.00	0.08	0.02	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.10	0.01	0.08	0.00	0.13	0.13	0.09
OP1	0.05	0.02	0.16	0.20	0.02	0.08	0.08	0.05	0.09	0.08	0.06	0.04	0.03	0.12	0.01	0.15	0.28	0.01	0.02	0.13	0.00	0.01	0.00
OP2	0.02	0.05	0.15	0.21	0.05	0.02	0.10	0.00	0.11	0.09	0.08	0.04	0.03	0.13	0.04	0.11	0.28	0.11	0.01	0.13	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.04	0.09	0.14	0.04	0.00	0.07	0.01	0.08	0.07	0.07	0.03	0.02	0.09	0.04	0.05	0.19	0.10	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.21	0.37	0.68	0.24	0.60	0.28	0.92	0.27	0.28	0.23	0.20	0.21	0.33	0.24	0.19	0.72	0.36	1.28	0.28	1.54	2.09	1.66
C2	0.22	0.10	0.43	0.41	0.18	0.22	0.26	0.20	0.18	0.36	0.08	0.15	0.11	0.40	0.25	0.38	0.48	0.15	0.15	0.24	0.64	1.02	0.59
C2'	0.31	0.23	0.53	0.81	0.33	0.68	0.40	0.97	0.33	0.51	0.25	0.18	0.25	0.54	0.38	0.32	0.84	0.43	1.33	0.32	1.41	2.15	1.66
C3'	0.41	0.25	0.67	1.08	0.37	0.96	0.42	1.39	0.34	0.60	0.26	0.19	0.28	0.57	0.46	0.41	1.14	0.62	1.86	0.33	2.04	2.57	2.25
C4	0.30	0.12	0.56	0.72	0.27	0.52	0.36	0.66	0.27	0.48	0.14	0.09	0.17	0.54	0.35	0.41	0.80	0.30	0.79	0.31	1.15	1.66	1.16
C4'	0.23	0.26	0.42	0.89	0.27	0.88	0.29	1.40	0.28	0.29	0.26	0.25	0.25	0.31	0.27	0.19	0.94	0.56	1.92	0.26	2.21	2.53	2.30
C5	0.40	0.12	0.72	0.90	0.31	0.64	0.40	0.77	0.27	0.61	0.12	0.13	0.18	0.63	0.44	0.57	1.02	0.37	0.85	0.31	1.28	1.70	1.21
C5'	0.29	0.25	0.53	1.06	0.30	1.03	0.32	1.62	0.28	0.37	0.26	0.23	0.26	0.37	0.32	0.24	1.15	0.64	2.14	0.27	2.58	2.67	2.52
C6	0.41	0.12	0.74	0.84	0.30	0.55	0.39	0.59	0.24	0.62	0.10	0.20	0.16	0.63	0.44	0.63	0.97	0.32	0.57	0.28	1.03	1.38	0.92
C8	0.41	0.17	0.72	1.04	0.34	0.83	0.41	1.13	0.31	0.60	0.18	0.11	0.23	0.61	0.44	0.49	1.15	0.50	1.37	0.32	1.81	2.20	1.77
N1	0.32	0.13	0.60	0.60	0.23	0.35	0.32	0.33	0.20	0.50	0.10	0.22	0.14	0.53	0.35	0.54	0.71	0.21	0.25	0.24	0.74	1.07	0.64
N2	0.13	0.14	0.25	0.13	0.10	0.11	0.14	0.17	0.10	0.20	0.11	0.19	0.12	0.23	0.13	0.28	0.19	0.17	0.23	0.16	0.53	0.74	0.48
N3	0.20	0.10	0.39	0.45	0.19	0.29	0.27	0.34	0.23	0.33	0.12	0.08	0.12	0.40	0.23	0.31	0.51	0.16	0.42	0.29	0.79	1.29	0.80
N7	0.46	0.14	0.81	1.08	0.36	0.82	0.44	1.04	0.30	0.67	0.14	0.12	0.22	0.67	0.49	0.61	1.22	0.48	1.19	0.32	1.66	2.02	1.56
N9	0.31	0.17	0.56	0.83	0.29	0.66	0.37	0.91	0.29	0.48	0.19	0.12	0.20	0.52	0.35	0.37	0.90	0.39	1.16	0.31	1.51	2.03	1.55
O2'	0.11	0.25	0.21	0.45	0.21	0.45	0.22	0.72	0.25	0.11	0.26	0.26	0.22	0.17	0.15	0.15	0.45	0.29	1.13	0.22	1.07	1.81	1.37
O3'	0.46	0.27	0.72	1.16	0.39	1.09	0.42	1.59	0.33	0.61	0.27	0.21	0.31	0.55	0.49	0.45	1.21	0.72	2.15	0.31	2.10	2.59	2.47
O4'	0.16	0.24	0.33	0.74	0.22	0.72	0.24	1.17	0.25	0.20	0.24	0.24	0.22	0.24	0.20	0.13	0.79	0.44	1.62	0.25	1.96	2.34	2.03
O5'	0.32	0.16	0.61	1.10	0.28	0.97	0.34	1.49	0.28	0.47	0.19	0.10	0.20	0.47	0.35	0.34	1.22	0.55	1.92	0.29	2.44	2.55	2.32
O6	0.46	0.14	0.84	0.94	0.32	0.61	0.41	0.65	0.24	0.68	0.11	0.25	0.17	0.67	0.48	0.73	1.10	0.36	0.59	0.27	1.07	1.34	0.91
OP1	0.19	0.02	0.52	1.09	0.16	0.93	0.24	1.54	0.18	0.38	0.07	0.06	0.05	0.38	0.23	0.25	1.25	0.45	1.97	0.22	2.54	2.44	2.29
OP2	0.24	0.04	0.60	1.05	0.19	0.80	0.30	1.26	0.22	0.49	0.06	0.14	0.05	0.52	0.30	0.33	1.21	0.36	1.59	0.29	2.13	2.18	1.93
P	0.28	0.11	0.59	1.10	0.25	0.94	0.33	1.48	0.27	0.46	0.16	0.04	0.14	0.47	0.32	0.31	1.24	0.50	1.89	0.30	2.44	2.44	2.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.01	0.15	0.75	0.17
C2	0.02	0.00	0.22	0.87	0.00	0.73	0.00	1.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.24	0.90	0.40	1.42	0.01	1.38	1.16	1.37
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.10	0.01	0.03	0.00	0.08	0.14	0.16	0.28	0.23	0.10	0.03	0.00	0.01	0.00	0.16	0.06	0.13	0.77	0.18
C3'	0.01	0.87	0.00	0.00	0.38	0.00	0.14	0.00	0.32	0.41	0.63	1.10	0.84	0.26	0.03	0.01	0.01	0.01	0.29	0.23	0.07	0.63	0.18
C4	0.01	0.00	0.10	0.38	0.00	0.32	0.00	0.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.35	0.20	0.57	0.01	0.56	0.50	0.52
C4'	0.00	0.73	0.01	0.00	0.32	0.00	0.12	0.00	0.28	0.39	0.55	0.94	0.70	0.24	0.02	0.03	0.00	0.00	0.00	0.20	0.26	0.46	0.06
C5	0.00	0.00	0.03	0.14	0.00	0.12	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.14	0.08	0.26	0.01	0.37	0.82	0.46
C5'	0.01	1.15	0.00	0.00	0.47	0.00	0.17	0.00	0.44	0.59	0.87	1.50	1.04	0.39	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.30	0.15	0.26	0.01
C6	0.00	0.00	0.08	0.32	0.00	0.28	0.00	0.44	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.33	0.17	0.57	0.00	0.59	0.65	0.62
C8	0.01	0.00	0.14	0.41	0.00	0.39	0.00	0.59	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.39	0.23	0.76	0.02	0.81	1.81	1.10
N1	0.01	0.00	0.16	0.63	0.00	0.55	0.00	0.87	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.19	0.66	0.31	1.09	0.01	1.08	0.91	1.08
N2	0.02	0.00	0.28	1.10	0.00	0.94	0.01	1.50	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.30	1.20	0.48	1.83	0.02	1.84	1.74	1.82
N3	0.02	0.00	0.23	0.84	0.00	0.70	0.00	1.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.23	0.81	0.40	1.25	0.01	1.19	0.81	1.14
N7	0.01	0.00	0.10	0.26	0.00	0.24	0.00	0.39	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.26	0.13	0.53	0.03	0.74	1.62	0.95
N9	0.00	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.13	0.01	0.16	0.96	0.38
O2'	0.01	0.24	0.00	0.01	0.11	0.03	0.06	0.03	0.11	0.08	0.19	0.30	0.23	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.09	0.08	0.37	0.63	0.07
O3'	0.01	0.90	0.01	0.01	0.35	0.00	0.14	0.01	0.33	0.39	0.66	1.20	0.81	0.26	0.03	0.02	0.00	0.01	0.34	0.24	0.20	0.47	0.08
O4'	0.00	0.40	0.00	0.01	0.20	0.00	0.08	0.00	0.17	0.23	0.31	0.48	0.40	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00	0.17	0.13	0.23	0.58	0.09
O5'	0.06	1.42	0.16	0.29	0.57	0.00	0.26	0.01	0.57	0.76	1.09	1.83	1.25	0.53	0.13	0.09	0.34	0.17	0.00	0.42	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.06	0.23	0.01	0.20	0.01	0.30	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.08	0.24	0.13	0.42	0.00	0.52	0.75	0.57
OP1	0.15	1.38	0.13	0.07	0.56	0.26	0.37	0.15	0.59	0.81	1.08	1.84	1.19	0.74	0.16	0.37	0.20	0.23	0.01	0.52	0.00	0.01	0.00
OP2	0.75	1.16	0.77	0.63	0.50	0.46	0.82	0.26	0.65	1.81	0.91	1.74	0.81	1.62	0.96	0.63	0.47	0.58	0.01	0.75	0.01	0.00	0.00
P	0.17	1.37	0.18	0.18	0.52	0.06	0.46	0.01	0.62	1.10	1.08	1.82	1.14	0.95	0.38	0.07	0.08	0.09	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00