ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50902

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.010, 0.033, 0.057, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.013, 0.044, 0.076, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.015, 0.051, 0.088, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.051 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.070 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.024, 0.082, 0.139, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.083, 0.300, 0.516, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.300 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.052, 0.279, 0.506, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.279 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.062, 0.299, 0.536, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.299 std_dev=0.237
C2' A 0, 0.096, 0.334, 0.571, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.334 std_dev=0.238
O6 B 0, 0.087, 0.346, 0.605, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.346 std_dev=0.259
N1 B 0, -0.051, 0.221, 0.492, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.221 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.117, 0.402, 0.688, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.402 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.121, 0.416, 0.711, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.416 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.123, 0.420, 0.717, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.420 std_dev=0.297
C4' A 0, 0.125, 0.450, 0.775, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.450 std_dev=0.325
N2 B 0, 0.101, 0.430, 0.758, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.430 std_dev=0.328
C3' A 0, 0.134, 0.474, 0.815, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.474 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.141, 0.484, 0.828, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.484 std_dev=0.344
O3' A 0, 0.154, 0.555, 0.956, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.555 std_dev=0.401
N7 B 0, 0.176, 0.604, 1.032, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.604 std_dev=0.428
N9 B 0, 0.207, 0.722, 1.237, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.722 std_dev=0.515
OP2 A 0, 0.223, 0.767, 1.312, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.767 std_dev=0.544
C8 B 0, 0.222, 0.767, 1.311, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.767 std_dev=0.544
P A 0, 0.209, 0.754, 1.299, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.754 std_dev=0.545
O5' A 0, 0.265, 0.912, 1.558, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.912 std_dev=0.646
C5' A 0, 0.261, 0.922, 1.584, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.922 std_dev=0.662
C1' B 0, 0.264, 0.925, 1.587, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.925 std_dev=0.662
O5' B 0, 0.292, 0.999, 1.706, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.999 std_dev=0.707
C2' B 0, 0.284, 0.995, 1.706, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.995 std_dev=0.711
O2' B 0, 0.308, 1.094, 1.880, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.094 std_dev=0.786
O4' B 0, 0.325, 1.126, 1.926, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.126 std_dev=0.801
OP1 A 0, 0.320, 1.165, 2.010, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.165 std_dev=0.845
C3' B 0, 0.347, 1.199, 2.050, 1.896 max_d=1.896 avg_d=1.199 std_dev=0.851
C4' B 0, 0.362, 1.250, 2.139, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.250 std_dev=0.889
C5' B 0, 0.390, 1.340, 2.289, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.340 std_dev=0.949
O3' B 0, 0.392, 1.347, 2.302, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.347 std_dev=0.955
P B 0, 0.602, 2.055, 3.508, 3.103 max_d=3.103 avg_d=2.055 std_dev=1.453
OP1 B 0, 0.659, 2.252, 3.844, 3.402 max_d=3.402 avg_d=2.252 std_dev=1.592
OP2 B 0, 0.905, 3.092, 5.279, 4.690 max_d=4.690 avg_d=3.092 std_dev=2.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.01 0.05 0.26 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.26 0.01 0.04 0.17 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02 0.15 0.13 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.03 0.30 0.08 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.27 0.01 0.04 0.18 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.27 0.12
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.32 0.01 0.06 0.14 0.06
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.09 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.20 0.26 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.33 0.00 0.06 0.13 0.06
C8 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.32 0.01 0.05 0.16 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.30 0.00 0.05 0.14 0.06
N2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.23 0.01 0.04 0.18 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.23 0.01 0.04 0.19 0.10
N7 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.34 0.01 0.08 0.13 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.25 0.01 0.03 0.20 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.21 0.14
O3' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.12 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.03 0.37 0.08 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.13 0.35 0.24
O5' 0.15 0.26 0.20 0.23 0.27 0.01 0.32 0.00 0.33 0.32 0.30 0.23 0.23 0.34 0.25 0.05 0.13 0.04 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.35 0.00 0.08 0.12 0.08
OP1 0.05 0.04 0.15 0.30 0.04 0.07 0.06 0.20 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.04 0.37 0.13 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.17 0.13 0.08 0.18 0.27 0.14 0.26 0.13 0.16 0.14 0.18 0.19 0.13 0.20 0.21 0.08 0.35 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.08 0.02 0.09 0.08 0.12 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.09 0.10 0.07 0.09 0.14 0.10 0.24 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.07 0.34 0.40 0.17 0.39 0.12 0.37 0.03 0.27 0.03 0.05 0.15 0.18 0.26 0.34 0.43 0.39 0.30 0.07 0.57 0.67 0.54
C2 0.26 0.10 0.24 0.27 0.18 0.25 0.16 0.19 0.09 0.27 0.08 0.08 0.15 0.23 0.24 0.24 0.29 0.29 0.12 0.07 0.27 0.10 0.13
C2' 0.44 0.20 0.46 0.52 0.29 0.50 0.22 0.48 0.12 0.37 0.13 0.18 0.27 0.27 0.37 0.47 0.56 0.50 0.43 0.05 0.58 0.78 0.65
C3' 0.44 0.21 0.49 0.56 0.30 0.52 0.24 0.51 0.15 0.38 0.15 0.20 0.28 0.28 0.38 0.49 0.61 0.50 0.48 0.08 0.58 0.90 0.72
C4 0.29 0.08 0.29 0.33 0.18 0.32 0.15 0.28 0.07 0.29 0.06 0.06 0.15 0.22 0.26 0.29 0.36 0.35 0.22 0.07 0.41 0.36 0.33
C4' 0.32 0.07 0.36 0.45 0.17 0.42 0.12 0.43 0.04 0.26 0.04 0.06 0.15 0.17 0.26 0.37 0.50 0.39 0.38 0.07 0.61 0.90 0.68
C5 0.28 0.09 0.26 0.30 0.18 0.29 0.16 0.25 0.08 0.28 0.07 0.07 0.14 0.23 0.25 0.26 0.32 0.33 0.19 0.07 0.35 0.28 0.26
C5' 0.32 0.08 0.37 0.46 0.18 0.42 0.13 0.44 0.06 0.28 0.04 0.05 0.15 0.19 0.26 0.36 0.52 0.39 0.40 0.05 0.61 0.94 0.71
C6 0.25 0.10 0.22 0.25 0.17 0.24 0.16 0.19 0.11 0.26 0.09 0.09 0.14 0.23 0.23 0.22 0.27 0.29 0.12 0.09 0.26 0.11 0.14
C8 0.31 0.08 0.31 0.36 0.18 0.35 0.14 0.32 0.06 0.29 0.05 0.05 0.14 0.22 0.26 0.31 0.39 0.37 0.26 0.06 0.46 0.51 0.42
N1 0.23 0.11 0.21 0.23 0.17 0.22 0.17 0.16 0.11 0.25 0.10 0.10 0.14 0.23 0.22 0.21 0.25 0.27 0.09 0.09 0.22 0.03 0.08
N2 0.23 0.11 0.22 0.24 0.18 0.21 0.16 0.14 0.09 0.24 0.08 0.09 0.15 0.23 0.22 0.22 0.26 0.25 0.06 0.08 0.21 0.05 0.03
N3 0.29 0.09 0.29 0.33 0.18 0.31 0.15 0.26 0.06 0.29 0.06 0.07 0.15 0.22 0.26 0.29 0.35 0.34 0.19 0.07 0.39 0.29 0.28
N7 0.29 0.08 0.28 0.32 0.18 0.32 0.15 0.28 0.08 0.28 0.07 0.07 0.14 0.22 0.25 0.28 0.35 0.35 0.22 0.07 0.39 0.38 0.33
N9 0.31 0.08 0.32 0.37 0.18 0.36 0.14 0.33 0.05 0.29 0.05 0.05 0.15 0.21 0.27 0.32 0.40 0.38 0.26 0.06 0.49 0.52 0.44
O2' 0.38 0.13 0.41 0.47 0.21 0.46 0.12 0.45 0.05 0.28 0.06 0.13 0.20 0.15 0.30 0.43 0.51 0.45 0.38 0.07 0.59 0.83 0.66
O3' 0.46 0.24 0.52 0.60 0.32 0.55 0.25 0.55 0.16 0.38 0.17 0.23 0.31 0.28 0.39 0.53 0.66 0.52 0.53 0.08 0.55 1.01 0.79
O4' 0.28 0.03 0.30 0.38 0.12 0.37 0.07 0.38 0.05 0.23 0.06 0.03 0.09 0.13 0.22 0.31 0.42 0.36 0.30 0.11 0.61 0.77 0.60
O5' 0.25 0.11 0.27 0.35 0.03 0.38 0.05 0.40 0.18 0.16 0.19 0.14 0.01 0.03 0.15 0.29 0.41 0.36 0.31 0.27 0.53 0.82 0.58
O6 0.23 0.11 0.20 0.22 0.17 0.22 0.16 0.16 0.12 0.24 0.11 0.11 0.14 0.22 0.21 0.20 0.23 0.27 0.10 0.10 0.22 0.05 0.09
OP1 0.44 0.18 0.43 0.47 0.28 0.49 0.21 0.46 0.12 0.35 0.11 0.15 0.26 0.26 0.36 0.46 0.49 0.51 0.36 0.05 0.58 0.82 0.61
OP2 0.57 0.26 0.56 0.62 0.39 0.64 0.34 0.62 0.22 0.51 0.19 0.22 0.35 0.41 0.50 0.57 0.65 0.65 0.54 0.14 0.74 0.91 0.76
P 0.52 0.20 0.52 0.58 0.33 0.60 0.27 0.59 0.15 0.44 0.13 0.17 0.30 0.33 0.44 0.54 0.61 0.60 0.50 0.06 0.73 0.94 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.23 0.19 0.07
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.12 0.39 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.32 0.14
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.34 0.13
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.12 0.00 0.14 0.33 0.19
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.12 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.16 0.01 0.12 0.34 0.23
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.02 0.03 0.11 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.00 0.11 0.39 0.26
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.16 0.23 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.00 0.11 0.41 0.25
N2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.12 0.40 0.22
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.14 0.35 0.19
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.01 0.12 0.29 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.18 0.26 0.14
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.17 0.26 0.08
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.03 0.04 0.34 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.31 0.04 0.05
O5' 0.06 0.11 0.01 0.06 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.14 0.09 0.10 0.18 0.12 0.03 0.12 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.17 0.00 0.12 0.39 0.27
OP1 0.23 0.12 0.13 0.07 0.14 0.16 0.12 0.08 0.11 0.16 0.11 0.12 0.14 0.12 0.18 0.17 0.04 0.31 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.39 0.32 0.34 0.33 0.12 0.34 0.01 0.39 0.23 0.41 0.40 0.35 0.29 0.26 0.26 0.34 0.04 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.23 0.14 0.13 0.19 0.02 0.23 0.01 0.26 0.15 0.25 0.22 0.19 0.21 0.14 0.08 0.10 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00