ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50903

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O5' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
OP1 B 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
P B 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
P A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O5' B 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
N2 A 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
OP2 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
OP2 A 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
OP1 A 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O6 B 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
N7 B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C8 B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O3' B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N2 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01
C2 0.05 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02
C4 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C5' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.01
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
N1 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04
N2 0.07 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.10 0.04 0.03 0.08 0.03 0.05
N3 0.06 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.01 0.08 0.03 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.04
O5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04
OP1 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
C2 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.05 0.07 0.03 0.07 0.05
C2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02
C3' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01
C4 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01
C4' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04
C5 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01
C5' 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06
C6 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03
C8 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.09 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00
N1 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.05 0.08 0.02 0.07 0.05
N2 0.11 0.15 0.11 0.10 0.14 0.12 0.15 0.14 0.14 0.12 0.15 0.16 0.14 0.15 0.12 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.06 0.10 0.09
N3 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04
N7 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00
N9 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00
O2' 0.04 0.06 0.01 0.05 0.05 0.11 0.06 0.15 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.09 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05
O3' 0.04 0.01 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.08 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.05 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
O6 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.03 0.08 0.01 0.06 0.03
OP1 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.06 0.07
P 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.06
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.07
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.04 0.07
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00
O5' 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.08 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.09 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00