ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50904

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O6 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N7 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C4 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
N9 B 0, 0.000, 0.431, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.431 std_dev=0.431
O5' B 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C2 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
N3 B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C1' B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
O4' B 0, 0.000, 0.490, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C4' B 0, 0.000, 0.508, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.508 std_dev=0.508
P A 0, 0.000, 0.515, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.515 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.000, 0.515, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.515 std_dev=0.515
N2 B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
OP1 B 0, 0.000, 0.522, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.000, 0.524, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.524 std_dev=0.524
P B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C3' B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O2' B 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.553 std_dev=0.553
OP2 B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
O5' A 0, 0.000, 0.617, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.617 std_dev=0.617
O3' B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
OP2 A 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
OP1 A 0, 0.000, 0.866, 1.732, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.866 std_dev=0.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.26 0.13
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.04 0.06 0.09
C3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.02 0.00 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.25 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.03 0.02
C5 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.15 0.32 0.20
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.08 0.00
C6 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.16 0.35 0.21
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.15 0.28 0.20
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.31 0.17
N2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.23 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.11 0.01 0.22 0.35 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.20 0.13
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.10 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.10 0.03 0.06
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.22 0.03 0.04 0.06 0.08
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.01
O5' 0.05 0.00 0.09 0.18 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.11 0.01 0.06 0.22 0.14 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.00 0.09 0.00 0.22 0.38 0.24
OP1 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.14 0.15 0.16 0.16 0.15 0.10 0.03 0.01 0.22 0.04 0.10 0.04 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.06 0.00 0.25 0.03 0.32 0.08 0.35 0.28 0.31 0.23 0.21 0.35 0.20 0.03 0.06 0.06 0.01 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.09 0.10 0.15 0.02 0.20 0.00 0.21 0.20 0.17 0.09 0.10 0.24 0.13 0.06 0.08 0.01 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.15 0.11 0.14 0.07 0.13 0.04 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.10 0.09 0.05 0.10 0.02 0.06 0.05
C2 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.13 0.01 0.19 0.16 0.16
C2' 0.16 0.17 0.18 0.14 0.17 0.09 0.16 0.05 0.15 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.12 0.10 0.07 0.14 0.05 0.08 0.06
C3' 0.22 0.19 0.24 0.20 0.20 0.16 0.18 0.14 0.17 0.20 0.17 0.19 0.20 0.18 0.22 0.23 0.19 0.18 0.15 0.14 0.06 0.17 0.16
C4 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.14 0.07 0.08
C4' 0.25 0.20 0.27 0.24 0.23 0.21 0.20 0.19 0.18 0.24 0.18 0.20 0.23 0.22 0.25 0.26 0.24 0.23 0.20 0.15 0.16 0.23 0.22
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.15 0.10 0.10
C5' 0.28 0.19 0.29 0.27 0.23 0.25 0.19 0.24 0.16 0.25 0.16 0.19 0.22 0.21 0.26 0.28 0.27 0.26 0.24 0.12 0.22 0.27 0.27
C6 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03 0.09 0.03 0.12 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.11 0.04 0.19 0.15 0.14
C8 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01
N1 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.11 0.05 0.14 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.10 0.10 0.13 0.04 0.20 0.17 0.17
N2 0.05 0.00 0.03 0.08 0.03 0.11 0.03 0.14 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.10 0.14 0.02 0.19 0.17 0.17
N3 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.16 0.10 0.11
N7 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.06 0.06
N9 0.08 0.07 0.09 0.04 0.08 0.01 0.07 0.02 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.02
O2' 0.23 0.26 0.26 0.21 0.26 0.15 0.25 0.10 0.24 0.24 0.25 0.26 0.26 0.24 0.25 0.24 0.20 0.17 0.13 0.22 0.02 0.15 0.13
O3' 0.25 0.23 0.28 0.25 0.24 0.20 0.21 0.18 0.19 0.23 0.21 0.23 0.24 0.20 0.25 0.27 0.25 0.21 0.19 0.16 0.10 0.24 0.22
O4' 0.20 0.15 0.21 0.17 0.18 0.15 0.16 0.12 0.13 0.19 0.14 0.15 0.17 0.17 0.19 0.20 0.17 0.16 0.13 0.11 0.09 0.15 0.15
O5' 0.22 0.15 0.19 0.13 0.18 0.14 0.16 0.10 0.13 0.20 0.13 0.15 0.18 0.18 0.21 0.20 0.10 0.19 0.10 0.10 0.04 0.03 0.07
O6 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.13 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.11 0.09 0.13 0.07 0.20 0.17 0.16
OP1 0.41 0.24 0.40 0.37 0.31 0.40 0.25 0.40 0.18 0.36 0.18 0.23 0.30 0.28 0.37 0.41 0.36 0.43 0.36 0.12 0.37 0.34 0.36
OP2 0.09 0.10 0.09 0.09 0.02 0.11 0.07 0.13 0.14 0.04 0.15 0.12 0.04 0.02 0.04 0.10 0.09 0.10 0.10 0.20 0.13 0.15 0.13
P 0.18 0.05 0.17 0.14 0.10 0.15 0.06 0.15 0.01 0.14 0.01 0.04 0.09 0.09 0.15 0.17 0.13 0.17 0.12 0.03 0.12 0.12 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.04 0.05
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03
N2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01
N7 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.05 0.05
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.05
O5' 0.05 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.08 0.01 0.07 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00