ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50906

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 11, 11, 9, 6, 4, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.013 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.030 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.026, 0.083, 0.140, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.083 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.023, 0.098, 0.173, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.098 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.048, 0.137, 0.226, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.137 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.049, 0.148, 0.247, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.148 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.045, 0.162, 0.280, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.162 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.058, 0.202, 0.347, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.202 std_dev=0.145
N7 B 0, 0.200, 0.375, 0.551, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.375 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.180, 0.377, 0.574, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.377 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.044, 0.242, 0.440, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.242 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.228, 0.450, 0.672, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.450 std_dev=0.222
N9 B 0, 0.227, 0.454, 0.682, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.454 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.259, 0.505, 0.751, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.505 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.251, 0.536, 0.820, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.536 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.226, 0.536, 0.846, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.536 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.239, 0.554, 0.870, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.554 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.322, 0.640, 0.959, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.640 std_dev=0.318
N6 B 0, 0.229, 0.573, 0.916, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.573 std_dev=0.344
C2 B 0, 0.306, 0.690, 1.074, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.690 std_dev=0.384
N1 B 0, 0.249, 0.645, 1.042, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.645 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.133, 0.535, 0.938, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.535 std_dev=0.403
C4' B 0, 0.141, 0.575, 1.009, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.575 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.161, 0.617, 1.073, 3.041 max_d=3.041 avg_d=0.617 std_dev=0.456
O2' B 0, 0.168, 0.632, 1.095, 2.737 max_d=2.737 avg_d=0.632 std_dev=0.463
C3' B 0, 0.066, 0.546, 1.025, 2.874 max_d=2.874 avg_d=0.546 std_dev=0.479
O5' A 0, 0.037, 0.532, 1.027, 2.981 max_d=2.981 avg_d=0.532 std_dev=0.495
OP1 A 0, -0.024, 0.477, 0.977, 3.392 max_d=3.392 avg_d=0.477 std_dev=0.500
C5' B 0, 0.041, 0.559, 1.077, 3.200 max_d=3.200 avg_d=0.559 std_dev=0.518
O3' B 0, -0.026, 0.572, 1.170, 3.587 max_d=3.587 avg_d=0.572 std_dev=0.598
P A 0, -0.059, 0.560, 1.180, 3.776 max_d=3.776 avg_d=0.560 std_dev=0.619
P B 0, -0.131, 0.550, 1.230, 4.141 max_d=4.141 avg_d=0.550 std_dev=0.681
O5' B 0, -0.077, 0.613, 1.302, 4.186 max_d=4.186 avg_d=0.613 std_dev=0.690
OP1 B 0, -0.136, 0.753, 1.642, 5.394 max_d=5.394 avg_d=0.753 std_dev=0.889
OP2 A 0, -0.384, 0.760, 1.905, 6.372 max_d=6.372 avg_d=0.760 std_dev=1.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.23 0.02 0.14 0.36 0.21
C2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.17 0.05 0.30 0.01 0.14 0.56 0.32
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.03 0.24 0.35 0.21
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.27 0.11 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.35 0.01 0.16 0.62 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.44 0.01 0.21 0.79 0.46
C5' 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.43 0.00 0.21 0.82 0.47
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.48 0.01 0.22 0.80 0.47
N1 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.04 0.37 0.01 0.17 0.70 0.40
N2 0.05 0.00 0.09 0.10 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.06 0.25 0.02 0.13 0.48 0.27
N3 0.04 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.16 0.05 0.27 0.01 0.13 0.50 0.28
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.50 0.01 0.24 0.90 0.52
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.36 0.01 0.16 0.59 0.35
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.16 0.13 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.18 0.08 0.31 0.37 0.22
O3' 0.06 0.17 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.11 0.04 0.15 0.19 0.16 0.05 0.07 0.04 0.00 0.05 0.08 0.10 0.32 0.12 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.18 0.02 0.08 0.23 0.14
O5' 0.23 0.30 0.21 0.06 0.35 0.01 0.44 0.01 0.43 0.48 0.37 0.25 0.27 0.50 0.36 0.18 0.08 0.18 0.00 0.48 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.48 0.00 0.24 0.92 0.53
OP1 0.14 0.14 0.24 0.27 0.16 0.10 0.21 0.06 0.21 0.22 0.17 0.13 0.13 0.24 0.16 0.31 0.32 0.08 0.02 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.56 0.35 0.11 0.62 0.03 0.79 0.04 0.82 0.80 0.70 0.48 0.50 0.90 0.59 0.37 0.12 0.23 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.32 0.21 0.12 0.36 0.04 0.46 0.01 0.47 0.47 0.40 0.27 0.28 0.52 0.35 0.22 0.14 0.14 0.00 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.13 0.32 0.44 0.16 0.41 0.13 0.50 0.11 0.20 0.11 0.16 0.10 0.15 0.20 0.31 0.50 0.28 0.60 0.65 0.19 0.57
C2 0.14 0.16 0.20 0.27 0.13 0.22 0.15 0.25 0.18 0.14 0.18 0.14 0.21 0.13 0.13 0.18 0.31 0.15 0.33 0.37 0.11 0.29
C2' 0.28 0.19 0.40 0.53 0.21 0.47 0.17 0.56 0.15 0.22 0.16 0.21 0.14 0.17 0.24 0.39 0.61 0.32 0.62 0.62 0.31 0.62
C3' 0.32 0.20 0.44 0.58 0.22 0.54 0.16 0.65 0.13 0.22 0.15 0.24 0.09 0.16 0.26 0.44 0.66 0.37 0.76 0.80 0.43 0.77
C4 0.19 0.14 0.26 0.36 0.15 0.31 0.15 0.37 0.15 0.18 0.14 0.15 0.16 0.16 0.17 0.24 0.41 0.22 0.46 0.52 0.10 0.44
C4' 0.28 0.15 0.37 0.51 0.17 0.50 0.12 0.62 0.09 0.19 0.11 0.19 0.07 0.13 0.22 0.36 0.58 0.35 0.78 0.94 0.39 0.78
C5 0.18 0.14 0.24 0.34 0.15 0.30 0.15 0.35 0.15 0.17 0.15 0.14 0.17 0.16 0.16 0.22 0.40 0.21 0.45 0.53 0.12 0.44
C5' 0.28 0.15 0.38 0.53 0.17 0.52 0.11 0.65 0.08 0.19 0.10 0.18 0.07 0.12 0.21 0.38 0.61 0.36 0.81 1.02 0.49 0.84
C6 0.15 0.15 0.21 0.29 0.13 0.25 0.14 0.29 0.16 0.15 0.17 0.13 0.19 0.14 0.14 0.19 0.34 0.17 0.38 0.47 0.09 0.38
C8 0.21 0.13 0.29 0.40 0.16 0.37 0.15 0.45 0.13 0.20 0.13 0.15 0.14 0.17 0.19 0.28 0.47 0.26 0.55 0.65 0.22 0.56
N1 0.13 0.16 0.19 0.26 0.13 0.21 0.14 0.24 0.18 0.14 0.19 0.14 0.21 0.13 0.13 0.17 0.30 0.15 0.33 0.40 0.09 0.31
N2 0.11 0.18 0.17 0.22 0.13 0.17 0.15 0.18 0.21 0.12 0.22 0.15 0.25 0.10 0.11 0.15 0.25 0.12 0.25 0.29 0.17 0.21
N3 0.17 0.15 0.24 0.33 0.15 0.27 0.15 0.31 0.16 0.17 0.16 0.15 0.18 0.16 0.16 0.22 0.37 0.19 0.40 0.43 0.08 0.35
N7 0.20 0.14 0.27 0.37 0.16 0.33 0.15 0.40 0.15 0.19 0.14 0.15 0.16 0.17 0.18 0.25 0.43 0.24 0.50 0.61 0.19 0.52
N9 0.21 0.13 0.29 0.40 0.16 0.36 0.15 0.44 0.13 0.20 0.12 0.15 0.13 0.17 0.19 0.28 0.46 0.25 0.54 0.61 0.16 0.52
O2' 0.30 0.26 0.43 0.54 0.26 0.45 0.23 0.50 0.22 0.25 0.24 0.27 0.20 0.21 0.27 0.43 0.63 0.30 0.49 0.38 0.21 0.45
O3' 0.37 0.28 0.49 0.61 0.29 0.57 0.23 0.68 0.20 0.26 0.23 0.31 0.16 0.20 0.31 0.48 0.67 0.41 0.77 0.67 0.31 0.71
O4' 0.23 0.13 0.30 0.43 0.15 0.42 0.11 0.53 0.09 0.18 0.10 0.15 0.09 0.13 0.19 0.29 0.49 0.30 0.69 0.82 0.26 0.67
O5' 0.32 0.10 0.44 0.58 0.13 0.60 0.07 0.72 0.10 0.15 0.07 0.16 0.20 0.12 0.20 0.48 0.70 0.43 0.93 1.24 0.67 1.00
O6 0.14 0.15 0.20 0.28 0.13 0.24 0.14 0.28 0.17 0.15 0.18 0.13 0.19 0.13 0.13 0.18 0.33 0.17 0.37 0.47 0.11 0.39
OP1 0.43 0.25 0.53 0.65 0.29 0.65 0.22 0.73 0.17 0.31 0.19 0.31 0.14 0.23 0.35 0.58 0.75 0.49 0.87 1.10 0.66 0.90
OP2 0.37 0.08 0.49 0.62 0.12 0.67 0.14 0.75 0.21 0.14 0.14 0.16 0.36 0.20 0.19 0.58 0.77 0.49 1.00 1.36 0.79 1.08
P 0.35 0.11 0.47 0.61 0.15 0.63 0.11 0.74 0.13 0.19 0.09 0.18 0.23 0.15 0.23 0.52 0.74 0.45 0.94 1.24 0.72 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.22 0.09
C2 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.21 0.05 0.12 0.20 0.23 0.05
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.11 0.14 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.11 0.08
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.08 0.14 0.15 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.12 0.15 0.24 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.12 0.17 0.27 0.05
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.13 0.20 0.27 0.06
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.12 0.10 0.28 0.06
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.05 0.13 0.21 0.25 0.05
N3 0.02 0.00 0.14 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.05 0.11 0.17 0.22 0.06
N6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.14 0.22 0.29 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.12 0.14 0.29 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.11 0.25 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.09 0.11
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.14 0.09 0.19 0.18 0.13 0.07 0.04 0.04 0.00 0.02 0.14 0.15 0.11 0.10
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.08 0.24 0.11
O5' 0.10 0.12 0.02 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.11 0.04 0.14 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.20 0.04 0.07 0.15 0.04 0.17 0.03 0.20 0.10 0.21 0.17 0.22 0.14 0.11 0.08 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.23 0.11 0.05 0.24 0.10 0.27 0.07 0.27 0.28 0.25 0.22 0.29 0.29 0.25 0.09 0.11 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.11 0.10 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00