Doublet Group distance statistics: 50907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 2, 3, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N2	A	0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.012, 0.032, 0.053, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.037 std_dev=0.022
O6	A	0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.047 std_dev=0.030
C2'	A	0, 0.053, 0.193, 0.333, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.193 std_dev=0.140
N6	B	0, 0.235, 0.401, 0.567, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.401 std_dev=0.166
O4'	A	0, 0.002, 0.172, 0.341, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.172 std_dev=0.170
O2'	A	0, 0.067, 0.252, 0.437, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.252 std_dev=0.185
N7	B	0, 0.252, 0.449, 0.645, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.449 std_dev=0.196
C6	B	0, 0.230, 0.449, 0.668, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.449 std_dev=0.219
C5	B	0, 0.241, 0.463, 0.684, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.463 std_dev=0.222
C4'	A	0, 0.077, 0.329, 0.582, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.329 std_dev=0.253
C3'	A	0, 0.082, 0.341, 0.600, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.341 std_dev=0.259
C8	B	0, 0.254, 0.522, 0.790, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.522 std_dev=0.268
O5'	A	0, 0.216, 0.518, 0.820, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.518 std_dev=0.302
OP2	A	0, 0.359, 0.673, 0.988, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.673 std_dev=0.314
P	A	0, 0.331, 0.657, 0.984, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.657 std_dev=0.327
N1	B	0, 0.197, 0.536, 0.876, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.536 std_dev=0.340
C4	B	0, 0.218, 0.558, 0.898, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.558 std_dev=0.340
N9	B	0, 0.232, 0.585, 0.938, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.585 std_dev=0.353
O3'	A	0, 0.163, 0.530, 0.897, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.530 std_dev=0.367
OP1	A	0, 0.377, 0.762, 1.147, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.762 std_dev=0.385
C5'	A	0, 0.136, 0.544, 0.952, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.544 std_dev=0.408
C2	B	0, 0.172, 0.623, 1.075, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.623 std_dev=0.451
O2'	B	0, 0.291, 0.746, 1.202, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.746 std_dev=0.456
N3	B	0, 0.182, 0.641, 1.101, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.641 std_dev=0.459
C2'	B	0, 0.264, 0.743, 1.222, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.743 std_dev=0.479
C1'	B	0, 0.203, 0.700, 1.196, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.700 std_dev=0.497
C3'	B	0, 0.151, 0.990, 1.829, 3.594 max_d=3.594 avg_d=0.990 std_dev=0.839
O4'	B	0, -0.024, 0.893, 1.810, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.893 std_dev=0.917
O3'	B	0, 0.174, 1.194, 2.213, 4.379 max_d=4.379 avg_d=1.194 std_dev=1.020
C4'	B	0, 0.015, 1.051, 2.088, 4.096 max_d=4.096 avg_d=1.051 std_dev=1.037
C5'	B	0, -0.204, 1.298, 2.800, 5.781 max_d=5.781 avg_d=1.298 std_dev=1.502
O5'	B	0, -0.676, 1.561, 3.798, 8.177 max_d=8.177 avg_d=1.561 std_dev=2.237
P	B	0, -1.197, 1.637, 4.470, 9.863 max_d=9.863 avg_d=1.637 std_dev=2.834
OP1	B	0, -0.980, 1.947, 4.874, 10.266 max_d=10.266 avg_d=1.947 std_dev=2.927
OP2	B	0, -1.166, 1.946, 5.058, 10.843 max_d=10.843 avg_d=1.946 std_dev=3.112

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.06	0.01	0.09	0.07	0.08
C2	0.02	0.00	0.11	0.19	0.01	0.07	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.25	0.03	0.13	0.01	0.14	0.15	0.14
C2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.05	0.03	0.03	0.02	0.04	0.08	0.07	0.14	0.12	0.07	0.02	0.00	0.02	0.02	0.05	0.04	0.08	0.11	0.06
C3'	0.02	0.19	0.01	0.00	0.14	0.01	0.12	0.02	0.14	0.10	0.18	0.22	0.18	0.11	0.08	0.02	0.01	0.01	0.08	0.14	0.12	0.11	0.09
C4	0.01	0.01	0.05	0.14	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.16	0.02	0.13	0.01	0.13	0.13	0.13
C4'	0.01	0.07	0.03	0.01	0.06	0.00	0.06	0.01	0.07	0.07	0.07	0.08	0.06	0.07	0.04	0.11	0.01	0.01	0.02	0.07	0.06	0.03	0.03
C5	0.01	0.00	0.03	0.12	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.15	0.02	0.15	0.01	0.16	0.17	0.16
C5'	0.02	0.08	0.02	0.02	0.07	0.01	0.10	0.00	0.11	0.11	0.09	0.08	0.07	0.12	0.06	0.11	0.03	0.02	0.01	0.12	0.07	0.03	0.02
C6	0.01	0.00	0.04	0.14	0.01	0.07	0.01	0.11	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.19	0.02	0.16	0.00	0.18	0.19	0.18
C8	0.01	0.01	0.08	0.10	0.01	0.07	0.01	0.11	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.05	0.11	0.03	0.14	0.03	0.14	0.12	0.14
N1	0.01	0.00	0.07	0.18	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.23	0.02	0.15	0.01	0.16	0.18	0.16
N2	0.02	0.00	0.14	0.22	0.01	0.08	0.01	0.08	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.29	0.04	0.13	0.03	0.15	0.15	0.14
N3	0.02	0.00	0.12	0.18	0.00	0.06	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.23	0.03	0.12	0.01	0.13	0.13	0.12
N7	0.01	0.01	0.07	0.11	0.01	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.13	0.03	0.17	0.03	0.17	0.17	0.18
N9	0.00	0.01	0.02	0.08	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.08	0.01	0.11	0.02	0.11	0.10	0.11
O2'	0.01	0.11	0.00	0.02	0.07	0.11	0.07	0.11	0.09	0.05	0.11	0.12	0.10	0.07	0.04	0.00	0.04	0.09	0.05	0.10	0.10	0.05	0.07
O3'	0.02	0.25	0.02	0.01	0.16	0.01	0.15	0.03	0.19	0.11	0.23	0.29	0.23	0.13	0.08	0.04	0.00	0.02	0.11	0.18	0.19	0.16	0.14
O4'	0.00	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.03	0.03	0.01	0.09	0.02	0.00	0.09	0.03	0.12	0.10	0.11
O5'	0.06	0.13	0.05	0.08	0.13	0.02	0.15	0.01	0.16	0.14	0.15	0.13	0.12	0.17	0.11	0.05	0.11	0.09	0.00	0.18	0.02	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.04	0.14	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.10	0.18	0.03	0.18	0.00	0.20	0.23	0.21
OP1	0.09	0.14	0.08	0.12	0.13	0.06	0.16	0.07	0.18	0.14	0.16	0.15	0.13	0.17	0.11	0.10	0.19	0.12	0.02	0.20	0.00	0.02	0.01
OP2	0.07	0.15	0.11	0.11	0.13	0.03	0.17	0.03	0.19	0.12	0.18	0.15	0.13	0.17	0.10	0.05	0.16	0.10	0.01	0.23	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.14	0.06	0.09	0.13	0.03	0.16	0.02	0.18	0.14	0.16	0.14	0.12	0.18	0.11	0.07	0.14	0.11	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.20	0.15	0.20	0.14	0.18	0.15	0.21	0.19	0.22	0.23	0.16	0.23	0.20	0.17	0.15	0.24	0.21	0.44	1.24	0.73	0.78
C2	0.18	0.14	0.21	0.30	0.14	0.29	0.15	0.36	0.12	0.22	0.14	0.13	0.11	0.21	0.18	0.19	0.31	0.24	0.79	1.41	1.36	1.27
C2'	0.18	0.26	0.21	0.24	0.19	0.21	0.22	0.26	0.30	0.19	0.31	0.21	0.36	0.19	0.17	0.18	0.29	0.26	0.61	1.54	0.94	1.06
C3'	0.16	0.24	0.24	0.30	0.17	0.18	0.21	0.23	0.28	0.16	0.29	0.18	0.35	0.18	0.14	0.18	0.40	0.26	0.56	1.64	0.88	1.04
C4	0.17	0.15	0.16	0.21	0.11	0.23	0.11	0.27	0.13	0.22	0.18	0.11	0.16	0.19	0.16	0.15	0.21	0.22	0.64	1.40	1.14	1.12
C4'	0.19	0.22	0.21	0.34	0.17	0.19	0.18	0.28	0.23	0.20	0.24	0.19	0.27	0.19	0.17	0.16	0.44	0.22	0.41	1.31	0.52	0.66
C5	0.17	0.16	0.17	0.22	0.10	0.25	0.11	0.30	0.12	0.22	0.18	0.11	0.15	0.19	0.16	0.15	0.22	0.24	0.69	1.47	1.25	1.20
C5'	0.19	0.22	0.24	0.40	0.17	0.21	0.19	0.32	0.22	0.20	0.24	0.19	0.25	0.20	0.17	0.17	0.52	0.22	0.42	1.30	0.50	0.61
C6	0.18	0.15	0.19	0.27	0.12	0.29	0.12	0.36	0.11	0.23	0.16	0.11	0.12	0.20	0.17	0.17	0.28	0.25	0.78	1.51	1.41	1.32
C8	0.17	0.19	0.15	0.19	0.12	0.20	0.12	0.23	0.16	0.22	0.22	0.14	0.20	0.19	0.16	0.15	0.22	0.23	0.53	1.39	0.98	0.98
N1	0.19	0.15	0.22	0.31	0.14	0.31	0.15	0.38	0.12	0.23	0.15	0.13	0.11	0.21	0.18	0.19	0.33	0.25	0.82	1.48	1.45	1.35
N2	0.20	0.16	0.23	0.34	0.17	0.31	0.17	0.39	0.15	0.22	0.16	0.16	0.15	0.21	0.19	0.20	0.38	0.24	0.82	1.35	1.40	1.28
N3	0.17	0.13	0.18	0.24	0.12	0.25	0.12	0.30	0.11	0.22	0.15	0.10	0.13	0.20	0.17	0.17	0.25	0.22	0.69	1.37	1.19	1.15
N7	0.17	0.18	0.15	0.19	0.10	0.23	0.11	0.27	0.14	0.22	0.20	0.12	0.17	0.19	0.15	0.15	0.21	0.24	0.62	1.46	1.15	1.12
N9	0.17	0.18	0.15	0.19	0.12	0.20	0.12	0.22	0.16	0.22	0.21	0.13	0.20	0.19	0.16	0.15	0.21	0.22	0.54	1.36	0.95	0.97
O2'	0.16	0.21	0.16	0.20	0.14	0.17	0.17	0.21	0.25	0.17	0.26	0.16	0.30	0.14	0.13	0.14	0.25	0.24	0.51	1.38	0.75	0.90
O3'	0.17	0.26	0.31	0.35	0.21	0.19	0.26	0.26	0.33	0.17	0.32	0.21	0.39	0.23	0.17	0.24	0.48	0.31	0.64	1.86	0.99	1.18
O4'	0.21	0.22	0.18	0.27	0.17	0.19	0.17	0.27	0.19	0.23	0.23	0.19	0.21	0.21	0.19	0.17	0.34	0.21	0.39	1.15	0.49	0.58
O5'	0.17	0.22	0.20	0.31	0.16	0.16	0.17	0.22	0.23	0.18	0.25	0.18	0.27	0.17	0.15	0.15	0.42	0.23	0.40	1.39	0.65	0.75
O6	0.18	0.15	0.20	0.28	0.12	0.30	0.13	0.38	0.11	0.24	0.17	0.11	0.11	0.21	0.17	0.18	0.30	0.26	0.81	1.56	1.49	1.37
OP1	0.20	0.24	0.26	0.40	0.19	0.19	0.20	0.25	0.25	0.19	0.27	0.21	0.29	0.19	0.18	0.20	0.55	0.25	0.35	1.32	0.51	0.61
OP2	0.17	0.22	0.19	0.28	0.14	0.17	0.15	0.20	0.21	0.17	0.25	0.18	0.24	0.15	0.15	0.15	0.39	0.24	0.43	1.46	0.80	0.86
P	0.18	0.24	0.23	0.35	0.17	0.17	0.19	0.24	0.24	0.18	0.27	0.20	0.27	0.18	0.16	0.17	0.47	0.21	0.37	1.31	0.56	0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.04	0.04	0.03	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.09	0.31	0.27	0.14
C2	0.04	0.00	0.30	0.26	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.30	0.36	0.21	0.19	0.35	0.47	0.19
C2'	0.01	0.30	0.00	0.00	0.16	0.01	0.08	0.02	0.14	0.16	0.24	0.30	0.10	0.09	0.02	0.00	0.02	0.01	0.22	0.26	0.33	0.20
C3'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.13	0.01	0.09	0.03	0.14	0.16	0.21	0.23	0.12	0.10	0.04	0.02	0.01	0.02	0.34	0.34	0.31	0.25
C4	0.02	0.01	0.16	0.13	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.16	0.11	0.21	0.49	0.41	0.33
C4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.08	0.07	0.07	0.08	0.07	0.04	0.05	0.02	0.00	0.03	0.14	0.36	0.07
C5	0.01	0.01	0.08	0.09	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.08	0.10	0.06	0.33	0.75	0.55	0.55
C5'	0.03	0.15	0.02	0.03	0.10	0.01	0.13	0.00	0.14	0.16	0.15	0.13	0.16	0.16	0.09	0.05	0.05	0.01	0.01	0.29	0.26	0.02
C6	0.03	0.00	0.14	0.14	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.18	0.11	0.30	0.68	0.60	0.52
C8	0.02	0.01	0.16	0.16	0.01	0.08	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.13	0.19	0.11	0.46	1.00	0.51	0.71
N1	0.04	0.00	0.24	0.21	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.24	0.30	0.17	0.23	0.47	0.53	0.34
N3	0.04	0.00	0.30	0.23	0.00	0.07	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.29	0.31	0.21	0.16	0.31	0.42	0.14
N6	0.03	0.01	0.10	0.12	0.02	0.08	0.02	0.16	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.10	0.15	0.08	0.37	0.85	0.71	0.66
N7	0.01	0.01	0.09	0.10	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.13	0.05	0.47	1.06	0.65	0.78
N9	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.09	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.24	0.59	0.34	0.39
O2'	0.02	0.30	0.00	0.02	0.14	0.05	0.08	0.05	0.14	0.13	0.24	0.29	0.10	0.07	0.02	0.00	0.05	0.06	0.07	0.13	0.47	0.11
O3'	0.02	0.36	0.02	0.01	0.16	0.02	0.10	0.05	0.18	0.19	0.30	0.31	0.15	0.13	0.05	0.05	0.00	0.02	0.36	0.33	0.35	0.19
O4'	0.01	0.21	0.01	0.02	0.11	0.00	0.06	0.01	0.11	0.11	0.17	0.21	0.08	0.05	0.01	0.06	0.02	0.00	0.13	0.26	0.27	0.10
O5'	0.09	0.19	0.22	0.34	0.21	0.03	0.33	0.01	0.30	0.46	0.23	0.16	0.37	0.47	0.24	0.07	0.36	0.13	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.31	0.35	0.26	0.34	0.49	0.14	0.75	0.29	0.68	1.00	0.47	0.31	0.85	1.06	0.59	0.13	0.33	0.26	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.27	0.47	0.33	0.31	0.41	0.36	0.55	0.26	0.60	0.51	0.53	0.42	0.71	0.65	0.34	0.47	0.35	0.27	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.14	0.19	0.20	0.25	0.33	0.07	0.55	0.02	0.52	0.71	0.34	0.14	0.66	0.78	0.39	0.11	0.19	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00