ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.017, 0.036, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.020, 0.045, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.052, 0.129, 0.206, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.129 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.045, 0.136, 0.226, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.136 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.106, 0.226, 0.346, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.226 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.120, 0.245, 0.370, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.245 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.034, 0.160, 0.287, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.160 std_dev=0.126
N9 B 0, 0.141, 0.281, 0.422, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.281 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.170, 0.319, 0.468, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.319 std_dev=0.149
C8 B 0, 0.111, 0.265, 0.418, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.265 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.144, 0.314, 0.483, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.314 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.109, 0.298, 0.488, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.298 std_dev=0.190
N7 B 0, 0.122, 0.313, 0.505, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.313 std_dev=0.191
O4' B 0, 0.144, 0.339, 0.534, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.339 std_dev=0.195
O3' A 0, 0.172, 0.373, 0.575, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.373 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.161, 0.365, 0.568, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.365 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.205, 0.412, 0.619, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.412 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.164, 0.375, 0.585, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.375 std_dev=0.211
C4' B 0, 0.170, 0.386, 0.603, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.386 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.211, 0.435, 0.658, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.435 std_dev=0.224
C3' B 0, 0.202, 0.430, 0.658, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.430 std_dev=0.228
C5' B 0, 0.253, 0.488, 0.723, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.488 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.145, 0.381, 0.616, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.381 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.225, 0.461, 0.697, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.461 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.143, 0.382, 0.621, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.382 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.176, 0.423, 0.669, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.423 std_dev=0.246
P A 0, 0.198, 0.447, 0.696, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.447 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.224, 0.481, 0.737, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.481 std_dev=0.256
N6 B 0, 0.130, 0.405, 0.680, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.405 std_dev=0.275
O5' B 0, 0.313, 0.592, 0.870, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.592 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.229, 0.516, 0.803, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.516 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.230, 0.530, 0.830, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.530 std_dev=0.300
P B 0, 0.283, 0.583, 0.884, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.583 std_dev=0.301
OP1 B 0, 0.165, 0.535, 0.905, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.535 std_dev=0.370
OP2 B 0, 0.364, 0.762, 1.161, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.762 std_dev=0.398

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.11 0.08
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.05 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.06 0.06 0.04 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.15 0.13
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.10 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.13 0.01 0.14 0.18 0.15
C8 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.13 0.03 0.13 0.11 0.12
N1 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.10 0.02 0.11 0.15 0.12
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.09 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05
N7 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.04 0.15 0.03 0.16 0.17 0.16
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.12 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.10 0.06 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.12 0.08 0.09 0.06 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04
O5' 0.03 0.07 0.04 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.13 0.13 0.10 0.05 0.05 0.15 0.07 0.04 0.10 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.11 0.04 0.15 0.00 0.18 0.23 0.19
OP1 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07 0.14 0.13 0.11 0.06 0.06 0.16 0.08 0.10 0.13 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.11 0.05 0.07 0.09 0.03 0.15 0.02 0.18 0.11 0.15 0.10 0.07 0.17 0.06 0.06 0.11 0.04 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.13 0.01 0.15 0.12 0.12 0.06 0.05 0.16 0.06 0.06 0.11 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.15 0.15 0.09 0.16 0.08 0.17 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.14 0.12 0.18 0.16 0.24 0.25 0.17
C2 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.06 0.10 0.08 0.12 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.12 0.20 0.23 0.12
C2' 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.15 0.12 0.17 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.16 0.12 0.17 0.17 0.24 0.24 0.16
C3' 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.16 0.09 0.14 0.14 0.22 0.21 0.13
C4 0.13 0.09 0.12 0.13 0.07 0.13 0.07 0.15 0.08 0.06 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.10 0.15 0.14 0.23 0.24 0.15
C4' 0.11 0.08 0.13 0.11 0.08 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.15 0.09 0.15 0.12 0.22 0.21 0.13
C5 0.13 0.09 0.13 0.13 0.07 0.14 0.07 0.15 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.07 0.08 0.12 0.11 0.15 0.14 0.24 0.23 0.15
C5' 0.11 0.09 0.14 0.12 0.07 0.12 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.16 0.10 0.15 0.11 0.22 0.20 0.13
C6 0.11 0.09 0.10 0.11 0.06 0.11 0.07 0.13 0.10 0.06 0.10 0.08 0.13 0.07 0.07 0.10 0.09 0.12 0.13 0.22 0.23 0.13
C8 0.16 0.11 0.16 0.16 0.10 0.17 0.08 0.19 0.08 0.07 0.09 0.12 0.10 0.07 0.10 0.16 0.14 0.19 0.17 0.26 0.25 0.18
N1 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.12 0.11 0.06 0.11 0.08 0.13 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.12 0.20 0.23 0.12
N2 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.11 0.12 0.07 0.12 0.10 0.13 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.11 0.20 0.23 0.12
N3 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.13 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.11 0.12 0.22 0.23 0.13
N7 0.15 0.10 0.15 0.15 0.09 0.16 0.08 0.17 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08 0.10 0.15 0.13 0.17 0.16 0.25 0.24 0.17
N9 0.15 0.10 0.15 0.15 0.09 0.16 0.08 0.17 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.07 0.10 0.14 0.12 0.18 0.16 0.25 0.25 0.17
O2' 0.12 0.11 0.15 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.16 0.12 0.17 0.12 0.15 0.15 0.22 0.22 0.14
O3' 0.13 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.20 0.14 0.13 0.16 0.24 0.20 0.14
O4' 0.15 0.11 0.15 0.14 0.09 0.16 0.07 0.17 0.07 0.06 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.15 0.11 0.19 0.15 0.22 0.25 0.16
O5' 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.09 0.07 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.16 0.09 0.15 0.12 0.21 0.21 0.12
O6 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.11 0.08 0.13 0.11 0.06 0.11 0.08 0.14 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.21 0.23 0.13
OP1 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.18 0.13 0.13 0.13 0.17 0.21 0.12
OP2 0.12 0.12 0.15 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.16 0.10 0.15 0.13 0.21 0.21 0.13
P 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.16 0.09 0.14 0.12 0.19 0.20 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.23 0.06
C2 0.05 0.00 0.10 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.12 0.10 0.11 0.10 0.07 0.24 0.07
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.10 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.28 0.09
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.23 0.07
C4 0.03 0.02 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.05 0.06 0.09 0.26 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.03
C5 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.10 0.13 0.27 0.13
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.07 0.11 0.06 0.07 0.09 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02
C6 0.04 0.02 0.08 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.05 0.08 0.11 0.26 0.12
C8 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.14 0.15 0.26 0.14
N1 0.05 0.01 0.09 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.09 0.09 0.06 0.08 0.24 0.08
N3 0.05 0.01 0.10 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.25 0.06
N6 0.03 0.03 0.08 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.08 0.03 0.10 0.13 0.26 0.13
N7 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.04 0.15 0.16 0.28 0.16
N9 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.11 0.25 0.09
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.07 0.11 0.11 0.10 0.08 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.26 0.07
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.09 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.20 0.06
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.11 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.12 0.18 0.07
O5' 0.03 0.10 0.04 0.08 0.06 0.02 0.10 0.01 0.08 0.14 0.06 0.09 0.10 0.15 0.07 0.05 0.11 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.07 0.05 0.04 0.09 0.07 0.13 0.07 0.11 0.15 0.08 0.08 0.13 0.16 0.11 0.06 0.06 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.24 0.28 0.23 0.26 0.15 0.27 0.07 0.26 0.26 0.24 0.25 0.26 0.28 0.25 0.26 0.20 0.18 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.03 0.13 0.02 0.12 0.14 0.08 0.06 0.13 0.16 0.09 0.07 0.06 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00